Erfahrungsberichte in Biochemie (4. Semester)
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2025

Zahnbohrer500


21.01.2025 12:02 		MetHB und Enzymkinetik Bestimmung von Km und Vmax einer enzymkatalysierten Reaktion, geprüft von nette Dame mit grauen kurzen Haaren

Meine Prüferinnen waren sehr freundlich und hatten ein Skript mit Prüfungsfragen dabei. Ich war die erste Person, die sie in diesem Jahr geprüft haben. Es schien, als hätten sie bisher nicht viele Prüfungen durchgeführt. Waren zwei totale Sonnenscheine und ich fühlte mich super wohl bei ihnen.

Vorbereitung
Ich habe mich leider nur sehr unzureichend auf die Prüfungen vorbereitet. Während der Praktika habe ich selten genau verstanden, wie die Experimente theoretisch funktionieren, sondern einfach die Anleitungen befolgt und die Reagenzien gemixt. Eine Vor- oder Nachbereitung fand nicht statt (Man lernt ja aus seinen Fehlern)
Falls jemand dies liest und im ersten oder zweiten Studienjahr ist, empfehle ich dringend, vor den Praktika kurz die Zusammenfassungen von Nils oder OW durchzugehen, zum Beispiel auf dem Weg dorthin im Zug. Das erleichtert das Verständnis enorm und reduziert Panik.

Erst eine Woche vor der Lernphase habe ich angefangen, mich mit Biochemie zu beschäftigen, und konnte während dieser Zeit nur sporadisch lernen. Rund 90 % des Lernstoffs habe ich innerhalb von vier Tagen nach der schriftlichen Prüfung aufgenommen – sicherlich nicht nachhaltig und empfehlenswert. Das Enzymzeugs habe ich erst zwei Tage vor der Prüfung angeschaut und bis heute nicht vollständig verstanden, wie die Kurven und Experimente auf die Theorie anzuwenden sind. Natürlich zog ich genau Enzymkinetik in der Prüfung!


Allgm. Ablauf / Vorberietungszeit:
In der Wartezone gab es vier Tische, und man wurde einzeln aufgerufen, um ein farbiges Mäppli zu ziehen. Darin waren die Prüfungsunterlagen. Im Vorbereitungsraum lagen Bleistifte, Kugelschreiber, Taschenrechner (Ja er hat eine Logarithmusfunktion nciht wie unten beschireben ohne log funktion was mir totale panik gemacht hat. ISt so ein tolles Modell aus dem Gymi log potenzen kann es alles), Millimeterpapier und Streiflipapier bereit.


Ich begann mit dem Thema Methämoglobin. Ich hatte mir im Vorfeld notiert, was wir im Experiment gemacht haben und was das Ziel war. Das half mir, den Einstieg zu finden. Ich erklärte so ausführlich, dass die Co-Prüferin kaum aufschreiben konnte und nur noch Häkchen setzte. Nach wenigen Minuten war das Thema durch die Prüfer fanden keine neuen Fragen ich habe alles gesgt was man nur sagen könne zu diesem Thema (Was gar nciht stimmte ich hätte sr gerne noch über Kooperativität 2,3 BPG etc geredet), was ich schade fand, da die restliche Zeit für die Enzymkinetik genutzt werden musste.

Bei der Enzymkinetik war ich weniger sicher. Ich erklärte zunächst die Definition und das Ziel der Experimente, verhaspelte mich jedoch, da ich nicht wusste, wie man von den Kurven auf die Michaelis-Menten-Kinetik schliesst.
Eine Aufgabe war, die Absorption über die Zeit zu erklären. Ich war verwirrt, da wir im Praktikum immer die Produktkonzentration über die Zeit betrachtet hatten. Eine Frage betraf die Halbierung der Substratkonzentration. Ich tippte mehrmals falsch, weil ich die Darstellung (Absorption statt Produktkonzentration) nicht sofort verstand.

Am Ende erwähnte ich, dass der molare Extinktionskoeffizient fehlt, um die Produktkonzentration zu berechnen. Eine letzte Frage betraf die Restabsorption in Proben ohne Enzym. Ich antwortete zunächst falsch, korrigierte mich aber noch rechtzeitig: Reaktionen laufen ohne Enzyme zwar sehr langsam ab, sind aber nicht vollständig inaktiv.

Sorry genzielt an Fragen kann ich mich momentan nicht erinnern. mein Gehirn ist gerade nur noch Grütze. Sie liebten aber dass ich Zusammenhänge zur Medizin knüpfte.

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2023

beste leben


11.07.2023 19:37 		Trypsin PH-Optimum, PCR, geprüft von Mittel

40min vorbereitig
Ufgabe gmacht wo sie null gjuckt hend und ned agluegt worde sind. + Base zeichnet, wichtigi AS und DNA Rückgradt

Stepe i de rum ine und hock erst mal confidently an Platz vom Mittel.
M: hier sitze ich
P: müsse lache und bin a de richtig Platz
M: womit wollen sie beginnen
P: trypsin bidde
M: ok was haben sie gemacht
P: Han mi fast ned chene hebe und alles verzehlt vo katalytische triade bis zum optimum
M: was ist der Ph
P: der neg dekadische log der Protonenkonzentration
M: ja in welchem Bereich
P: da müssen wir chemisch und physiologisch unterschieden. Im Körper geringe Schwankungen (grad no chli über Puffersystem glaberet)
M: naja gibt bei uns schon Schwankungen
P: aaa stimmt im Magen zb dort ist aber die saure protease pepsin mit zwei asparaginsäuren im aktiven Zentrum wirksam
M: genau was ist denn ein Puffer
P: eifach definition geh
M: und was puffert hier (im dünndarm bi trypsin)
P: das bicarbonat aus den Exokrinen drüsen
M: schauen wir uns BAPNA an
(P: wenns sein muss)
M: wieso das p-Nitroanilin
P: damit wir die Spaltung Photometrisch nachweisen können. (Grad no chli weg de pi elektrone verzehlt)
M: Wo spaltet trypsin
P: c-terminal nach hydrophonen und basischen AS
~ab da isches steil bergab gange~
M: wieso haben wir einen benzoyl ring
P: kein blaze
M: was hält Proteine zusammen
P: kovalenete und nicht Kovalente kräfte
M welche nicht kovalenten Kräfte kennen sie
P: elektrostatische, spielen hier woll kaum eine Rolle
M: denke ich auch, welche noch
P: H brücken
M: genau welche sekundären AS Strukturen kennen sie
P: alpha helix und beta faltbaltt
M: ja genau zeichnen sie mir bitte ein beta faltbaltt
~lol emmm how about nein~
Antiparalleli ebene zeichnet und gseit ich kann leider schlecht zeichnen darum lasse ich die AS weg
M: ok zeichenne sie eine Peptidbinding
P: so gstresst gsi dasi peptid binding falsch zeichnet han
M: und die h brücken
P: denn au no falsch gmacht lol
~ im nachhinen hetter glaub Welle ghöre, dass de benzoyl ring ähnlichkeit minere peptidbindig het und h-Brücke mit trypsin igaht und darum de ganz gspass fest ghebt wird während die katalytisch triade schaffet~
M: gehen wir zu PCR
p: ja bitte

M: für was steht PCR
p: chli muesse lache willi denkt han das frögeds fix ned. (Polymerase chain reaction)
M: ja stimmt, erkläre
P: erklär experiment
M: wieso kettenreaktion
P: gibt exponentielle Vermehrung der pCR Produkte die immer nacheinander Abfolgen.
M: ja das auch was noch
P: die Taq-polymerase auch Kettenreaktion
M: ja schon 2 Kettenreaktionen
M: reagenz fuer reagenz durchgehen:
~erste isch de Puffer gsi und willi wuerk gar Kei lust gha Han uf die frage I dem Bereich hanis eifach üpersprunge~
P: mg ist ein wichtiger cofactor der DNApolymerase
M: ja. Aber jetzt haben sie etwas übersprungen
P: ooo upise gar ned gemerkt *sehr wohl gemerkt*
M: weiso brauchen wir denn hier Puffer
P: hmm also die DNA polymerase katalysierst ja den nucleophilen Angriff der 3‘OH Gruppe auf das Phosphat der nächsten base. Dafür muss ja das H von der hydroxylgruppr abgegeben werden (han a de mdl Alkohol gseit :/)
M: genau auf welches Phosphat
P: (confused) ja das welches eine base gebunden hat welche komplementär zum tamplet ist
M: ja aber Alpha Beta oder Gamma
P: a lol ja alpha
M: Genau
P: ok primer für spezifische Anlagerung an Enden des zu replzierenden Stranges
M: ja was sind primer
P: anhaftungsdtellen für die polymerase die aus DNA bestehen
M: bitte palindrom zeichnen
P: hani scho gmacht und eifach zeigt
M: guter primer?
P: bissl kurz vlt
M: nein nein schon gut
P: dann ja
M:nein
P: ooo
M: schauen sie sich die konz an
P: aaa viel mehr primer als dna also würden sie einfach an sich selber binden
M: ja, was wird denn hier gespalten
P: ein plasmid also ringförmige dna mir Origin of Replication
M: wo findet man das
P: Bakterien
M: sind alle ringförmigen DNAs plasmide
P: (50/50 shot) Ja
M: nein
P: schade
M: was für monogenetische Erkrankungen kennen sie
P: Keine
M doch denken sie an Hämoglobin
P: aaa Sichelzellanämie
M: genau, wo muss die mutation sein dass sie mit PCR nachweisbar ist
P: Im primer
M: genau wir sind hier fertig
P: hoch die Hände endlich ferie

Han mich verabschiedet und ihne au schöni ferie gwünscht
Er fragt scho easy Randy züg aber er hilft eim ufd sprüng und isch eig en sympathische findi

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2022

Dr. Strange


03.04.2022 20:48 		2.4 Katalase im Blut und 2.2 Restriktionsanalyse von DNA, geprüft von Manatschal, CoEx: some dude (mittl?)

Es isch scho s ziitli her (2 Monät) abr "better late than never". Ich han vo cgfx echt profitiert und druum isch s au mini pflicht dies zum zrugggeh. That's the freaking code of honor. Grammatik isch nie mini stärki gsi und s zweit mal wird ich de text nöd dureläse, so scho mal sorry für die paar hunderte fehler.

Inhalt: VORBEREITUNG; kurz vor der PRÜFUNG; PRÜFUNG (für alle die nur den Inhalt wissen wollen)

Alsooo, zerscht mal - het n 6er geh (für dich hert irrelevant) jz luegemer wie (das isch für dich wichtiger).


VORBEREITUNG:

1. Theorie teil lesen. Nicht zu viel Zeit verlieren sondern zuerst mal einen Überblick verschaffen (smart work statt hard work). Was du gar nicht verstehst, gehst du im Schuler Skript nachschauen. Detaillierter als Schuler Skript muss du nicht wissen. Benutze Google und schaue videos auf YouTube um Prinzipien zu verinnerlichen. Rede mit deinen Kollegen wenn etwas lang unklar bleibt. Falls du trotzdem nicht verstehst, sorry aber you're fucked. (keine Angst, es ist sehr selten der Fall, da man meist schon im Schuler Skript alles findet. Wenn du merkst dass du nicht mehr weiter kommst, einfach weiter gehen und nicht Zeit verlieren!!!)

2. Experiment durchgehen (wichtig hier ist zu verstehen wieso etwas drin ist. Hier versucht man nicht chemical-waste entgegenzuwirken und mischt alles drin, sondern jedes Zeug hat eine Rolle und es ist deine Aufgabe dies zu verstehen
Hier helfen Zusammenfassungen aus Uniboard.

3. Wie schon erwähnt, schaue videos and wenn du genug Zeit hast, lese kurz etwas mehr über das Thema. Da darfst du nicht mehr als 5-10 min in Anspruch nehmen, da dies nur als Bonus hilfreich sind. (z.B. ich habe prokrastiniert und SimpleClub videos über DNA-Sequenzierung nach Sänger angeschaut. Konnte dies an der Prüfung erwähnen und Manatschal impressen

Das ist alles was ich gemacht habe. Hatte keine Zeit mit Kollegen zu lernen oder üben. Ich kann euch dies aber empfehlen (insb. für die Anatomie mündlich prüfung), aber keine Angst, es geht auch ohne.


kurz vor der PRÜFUNG - (ich habe nur Bruchstücke der Prüfung im Kopf, also versuche ich euch so gut wie möglich darüber zu berichten)

Man geht dort hin und muss nach der Identitätskontrolle ein Mäppchen aussuchen. Dann geht man in ein Biochemie-Labor und hat etw. 40 min Zeit, um das Experiment anzuschauen, zu bereuen wieso man dies nicht genau angeschaut hat und Notizen für die Prüfung zu machen. Man darf seine Notizen dabei haben.

Pro-Tip: Löse zuerst alle Aufgaben, die du bekommen hast (bei mir haben sie dies gar nicht angeschaut, evtl nach der Prüfung, da sie mich befehlt haben, dies zurückzulassen) Aufabe bei Katalase: erklären wieso 3 RGs und was es passiert, RA: Herausfinden was für Enzym benutzt wurde anhand Gelektrophorese Bild. Dann, schreibe dich alles auf was relevant für deine Experimenten ist. Zeichne Kurven und Moleküle. Und wenn dich Zeit übrig bleibt, dann schreibe alles auf womit du flexen kannst. Yup, flexen.

Die Atmosphäre war entspannt, Prüferin wirkte auch Nett. CoEx habe ich nicht zu sehr angeschaut ausser als er einmal den Augenbrauen zuckte.

Soooo - salopp formuliert, lief das Gespräch etwa so:

Manatschal: "Was haben sie den für Experimente bekommen?"
Ich: Habe gar nicht auf die Frage reagiert. "Derf ich pruefig uf schwiizerdüütsch mache?"
M: Ja klar
I: Han also Katalase & PCR Restriktionsanalyse (RA) (beidi themene die ich erst am abiig vor de pruefig ahgluegt cha han)
M: Sie können ein Thema auswählen.
I: Gern Katalase bitte (ich han das gwählt woni mich siicher gfühlt han. So chani versueche möglichst viel ziit det z'verlüre damit mer bim RA weniger ziit zum mich grilliere hend
M: Was hat man hier also gemacht?
I: Kurz erklärt, dass mer mit pferdecitratblut de ihfluss vo Katalase im Blut analysiert. Ich han nie würkli ufghört rede sondern bin immer wieter gange: s het 3 RGs mit *Aufzählung aller chemikalien* (steht schon auf dem Blatt)
M: ja gut, wieso 3 RGs?
I: Unterscheiden sich in ihrer Zusammensetzung. RG A hat keine Natriumazid, RG B hat alles, RG C hat keine H202. Dann erklärt was Natriumazid mach und wie wir dies beobachtet (blubbern, da H2O2 -> *O2* + H2O). Beim RG C passiert nix, da keine H2O2. RG B

[habe vergessen was nachher genau kam, also liste ich mal alle Fragen/Themen, die an mich gestellt wurden resp. diskutiert wurden]

- Photometrie, Lambert-Beer => Flex moment wenn du mit LUMO & HOMO erklären kannst (noch flexer wenn du über Fluoreszenz und "planksche formel" erwähnst)
- Absorptionskurve von Oxy- & Desoxy-Hämoglobin zeichnen & begründen
- Chlorophyll Absorptionsspektrum zeichnen (logsich überlegen -> Chlorophyll = grün, also absorption bei Wellenlänge ROT)
- Erklären was Citrat macht -> Flex moment wenn du erklären kannst, dass Citrat = EDTA => komplexiert also Calcium was für die Blutgerinnung fehlt. Erschwert blutgerinnung, da Calcium zur Bildung der notwendigen Komplexen (ich glaub komplex V & X) fehlt.
- Wieso händert RG B die farbe nach etwas Zeit --> O2 = oxidationsmittel, oxidert also porphyrin ring -> führt zu Farbe änderung (danke cgfx!)

- NAD & NADH Absorptionsspektrum & Struktur zeichnen
- DNA Gerüst zeichnen
- wie kann man die grösse eines strangs genau herausfinden -> DNA Sequenzierung
- Was gibt es alles, um Sachen in BC zu trennen?
- Wie funktioniert Gelektrophorese
- Sticky end vs blunt end
- Von wo kommen Restriktionsenzyme ? => von bakterien als schutzmechanismus gegen Phagen (nicht virus!, super peinlich als sie mir sagte dass viren nur menschen infizieren können)
- Wie funktioniert PCR?
- Wiese gibt es untersch. streifen auf Gelektrophorese? (logisch, da Restriktionsenzyme bei untersch. stellen "schneiden" und somit untersch. grosse stücke hinterlassen)

Den Rest habe ich leider vergessen, aber es war mehr oder weniger alles was bei mir bir gefragt wurde. Die Zeit geht sehr schnell und wie schon erwähnt, liess ich mich abschweifen bis sie mich unterbrachen. Hat bei mier gut funktioniert einerseits als "Know-How Show off" und als Zeitverschwendung

Falls etwas wieder im Sinn kommt, schreibe ich als Kommentar

Take-Home message: Vorbereitungsschema von oben einhalten, während der Prüfung cool bleiben (keinen Grund zu stressen, wir werden schlimmeres sehen, trust me) und die Ferien geniessen.

Alright, that's it. Falls ihr Fragen zur Vorbereitung habt, einfach hier unten schreiben.

Peace out!

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:-)


19.02.2022 18:03 		Katalase (Häm) und Restriktionsanalyse (PCR), geprüft von Mittl

Hi, also vore weg ich bin nur Mündlich Repi und ha drum ewigs viel Zit gha zum mich für die Prüefig vorbereite. Ha aber nöd möge de ganz Stoffwechsel und Vorlesige repetiere drum echli schiss gha dass ich das abgfragt wird. Isch zum Glück fascht nöd passiert.

Zum Ablauf: Mer zieht es Mäppli mit 2 Versüech und bechunt en A4 Boge zum Notize mache. Im Ruum hets denn Stift, Lineal, en simple Tascherechner und Milimeterpapier. 40min Zit zum Vorbereite, s langet guet. Ha Höm zeichnet, d Raktion ufgschribe viel Notize gmacht und e DNA zeichnet.

Prüfer Mittl, Coex Gloor (hat nichts gesagt)

Mittl: Welche Versuche hatten Sie, mit welchem wollen Sie beginnen?
Ich: Katalase & Restriktionsanalyse, würde gerne mit Katalase beginnen.
M: Gut was haben wir im Versuch gemacht?
I: Wir haben getestet wie die Katalase fuktioniert und was passiert wenn sie gehemmt wird mit Natriumazid.
Habe begonnen zu erklären welche Reagenzien für was gebraucht wurde:
Pferdecitratblut = Häm, Katalase, Citrat gegen Gerinnung.
Wasser = Hämolyse. —> Phospholipide machen bubbles
Wasserstoffperoxid (H2O2) = oxidation Fe2+ zu fe3+
Natriumphosphatpuffer, pH 7.0 = Puffer für Katalase
Natriumazid (NaN3, toxisch) = Hemmer der Katalase
M: Gut wie hemmt das Citrat die Gerinnung?
I: Weiss ich leider nicht (habe Blutvorlesung nicht mehr Repetiert)
M: Hilft es ihnen wenn Ihnen sage dass es Calcium im Citrat hat?
I: Hm nein sorry kein blaze. (Anscheinend iwas mit calcium in der Gerinnungskaskade, kann mich nicht genau erinnern)
M: Gut wie können wir in Zahlen beweisen dass die Erys hamolisiert wurden?
I: Wegen dem Schaum.
M: Das ist mir nicht beweis genug, Wie können wir es in Zahlen beweisen?
I: Hmm alsooo wegen der Osmose muss das ja passieren weil 3mL Wasser???
M: was für eine Lösung haben wir?
I: Hypoton?
M: Ja genau, was heisst Isoton?
I: wenn beide gleich sind.
M: Gut wenn sie jetzt bei Médecins sans frontières in der Sahara eine hypotone Lösung bräuchten was für eine Konz. Salzlösung würden sie herstellen? (Er und Gloor lachen HaaaHaaa)
I: Keine Ahnung
M: 0.9M
I: Okeee, dann brauchen wird also bei unsere Lösung weniger als das vorliegen.
M: Ja wieviel genau?
I: Sehe Puffer 0.1 M versuche irgend was zu rechnen wegen mol/L in ml sage 0.001
M: Falsch was ist das Verhältnis?
I: Ah 1:4 (1mL Puffer zu 3mL Rest) dann 0.025 mol
M: Richtig. Wie reagiert die Katalase?
I: 2H2O2 zu 2H20 und O2, ist eine Disproportionierungsreaktion well O2 gleichzeitig Red und oxidiert wird.
M: Nennen Sie die Oxidationszahlen.
I: -1, zu -2 und 0
M: Gut wie heisst die Umkehrreaktion?
I: Ui weiss ich nicht (kann mich auch nicht mehr an die Antwort erinnern, sorry!)
M: Wie entsteht ein H2O2?
I: Habe es mir notiert gehabt und eifach abgelesen: Bei Fe2+ zu Fe31 ein Hyperoxidanion zu Peroxidanion und mit Superoxidismutase zu Wasserstoffperoxid.
M: Kann H2O2 auch gutes oder ist es nur schlecht im Körper?
I: hmm kann mir vorstellen dass es auch gutes tut weiss aber gerade nicht was.
M: Sagt iwas mit Wasserstoffperoxidzellen????? Vergessen sorry haha
M: Wie kann man H2O2 noch umwandeln’
I: Glutathion!
M: richtig wie funktioniert es?
I: Glutathionperoxidase also GSH wird zu GSSG und das wird dann durch das NADPH regeneriert und dieses dann im Pentosephosphatweg regeneriert.
M: Gut aus welchen AS besteht GSH?
I: Glutamat, Glycin und Cystein für Schwefel wegen den Disulfidbrücken. (Danke cgfx!!!!)
M: Sehr gut, wie sind die denn verbunden?
I: Peptidbindungen?
M: und?
I: weiss nicht.
M: Isopeptid. Was ist eine Isopeptidbindung?
I: nicht sicher
M: erklärt es mir, wegen zwei gruppen coo- dort weitere Bindung


M: Gut zur Restriktionsanalyse was haben wird gemacht?
I: Geschaut wo Restriktionsezym bindet und durch zufällige Mutation auf Palindrom wurde eine Bande weniger. Habe erzählt was Resrtriktioonsenzyme sind (homodimere) was Palindrome sind etc.
M: wo schneiden die Enzyme
I: DNA Rückgrat die 3’ OH Monophosphatestherbindung.
M: zeichnen sie die DNA
I: habe ich schon, zeige ihm wo es schneidet
M: gut wo könnte es noch schneiden?
I: zeige auf weitere estherbindungen
M. Was für ein Angriff ist es?
I: hydrolyse
M: Nein meinte einen Nukleophilen angriff.
M: Oke welche DNA kann nicht geschnitten werden?
I: Einsträngige
M; ja und welche noch? (hilft mir auf den richtigen weg zu kommen)
I: ah Methylierte DNA weil Restriktionsenzyme sind Schutzmechanismus für Bakterien sie schneiden fremd DNA aber nicht eigene Methylierte.
M: Richtig. Wo bindet Polymerase?
I: habe ein paar falsche antworten gegeben.
M: Origin sowieso, weiss nicht mehr
M: Kann man das auch mit Human-DNA machen?
I: Ja sehe nicht wieso nicht?
M: Ja wo sehen sie Probleme?
I: wusste nicht, er half mir darauf zu kommen dass extreem viel DNA beim Mensch (3mia, hat er auch gefragt wieviele BP) deshalb viele zufällige Palindrome, viele Schnittstellen
M: Fliesst DNA immer zur Anode?
I: Ja sie ist negativ geladen.
M: bin ich nicht einverstanden.
I: ah wenn pH nicht stimmt zB sauer wird protoniert verliert negative ladung.
M: Richtig.

Dann war die Prüfung auch schon vorbei. Sorry bei Restiktionsanalyse war ich etwas verwirrt konnte zum Teil seinen Fragen nicht ganz folgen darum ist der Bericht etwas weniger ausführlich.

Over all waren sie mega lieb und haben trotz manchmal tricky fragen immer geholfen und auch mal gesagt „das ist jetzt eher chemie“ etc. Am Schluss hat er noch meine Notizen angeschaut und gesagt "ah da hätten wir ja noch mehr fragen können." Gab mir ein gutes Gefühl, drum zeichnet und schreibt in der Vorbereitung so viel wie möglich.

Hat am Schluss eine 6 gegeben obwohl ich nicht immer alles wusste

You can do it, viel Glück!

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2021

Repi


10.02.2021 18:02 		Restriktionsenzyme und Katalase, geprüft von Lindner

TIPP: lest so viel CGFX wie nur möglich!!! Hätte viele Dinge nicht gewusst, ohne diese Berichte.

Corona-Jahr: Online-Prüfung
Ich musste als erstes den kleinen Text vorlesen über AAT 2 und Wild-Typ und Mutation.

Lindner: Was ist ein wildtyp? Ich: natürlich vorkommende DNA. Also sozusagen das Gegenteil der Mutation.
Lindner: Was ist ein plasmid? Ich: Doppelsträngig,ringförmige DNA.
Lindner: DNa ist aber auch ringförmig im Bakterium- Was ist nun der Unterschied?
Ich: plasmid besitzt einen eigenen replikationsursprung und kann sich somit unabhängig von der asexuellen Teilung des bakteriums replizieren. Ausserdem kann das Plasmid auch ausgetauscht werden und in andere Bakterien gehen.
Er war nicht vollständig zufrieden mit meiner Antwort und wollte schlussendlich einfach wissen wie wie viele basenpaare und wie viele Gene das plasmid und die DNA besitzen.
Ich: plasmid viereinhalb Millionen basenpaare und zirka 4000 Gene und die DNA tausendmal so viel.( was falsch ist!)
Lindner: Sie haben sich da bei beiden um den Faktor 1000 verschätzt.. aber das ist ja nicht so schlimm Was ist schon der Faktor 1000. hAha ups.
Lindner: was ist ein restriktionsenzym ? Restriktionsenzym ist eine Nuklease und gehört somit zur enzymklasse der hydrolasen es schneidet eine esterbindung. Lintner: Eine esterbindung das müssen sie spezifizieren. Ich: es schneidet eine Phosphomonoester-Bindung der DANN. es hat dort zwar eine Phsophodiesterbindung aber das restriktionsenzym schneidet nur eine Monoesterbidnung.
Lindner: wo kommen restriktionsenzyme vor? Ich: sie kommen in Bakterien vor und dienen als schutzmechanismus gegenüber fremd DNA also vor Phagen. die eigene DNA wird nicht erkannt da diese methyliert ist an den Basen.
Lindner: an allen Basen oder können Sie das präzisieren? Ich: Ich denke vor allem am cytosin.( hab das irgendwo mal gelesen war mir aber nicht sicher. Er war zufrieden mit der Antwort.)
Lindner: was erkennt dann das restriktionsenzym? Ich: Es erkennt eine palindromische Sequenz.

Daraufhin musste ich eine beliebige palindromische Sequenz zeichnen und einzeichnen wo dann das restriktionsEnzym schneiden kann. CCCGGG. Ich habe die Schnittstelle für ein blunt-end und für ein sticky End eingezeichnet.
Lindner: wieso schneidet es sticky End? Ich: durch das sticky-end ist ein präziseres einfügen von fremd DANN möglich.
Lindner: ja aber was sind die Eigenschaften von einem restriktionsenzym? Ich: aha es ist ein Homo dimer und besteht somit aus 2 gleichen untereinheiten welche die palindromische Sequenz erkennen.
Darauf zeigte er das Plasmid aus dem Prakikumsskript und wollte, dass ich beschreibe, wie denn die Fragmente aussehen.
Ich: Da das AatII mehrere Schnittstellen hat, wird es auch zu mehreren Fragmenten kommen. Ein Fragment ist immer von Schnittstelle zu Schnittstelle.
Lindner: gut, ja ich denke,das haben Sie verstanden.
Wie erkenne ich jetzt, ob mein Gen mutiert ist oder nicht?
Ich: Anhand der Gelelektrophorese sieht man die unterschiedlichen Fragmente. Wenn es mutiert ist, kann das AatII nicht schneiden, somit entstehen dieses Fragment nicht.
Lindner: kann die Mutation einfach irgendwo sein?
Ich: nein, muss natürlich in der Erkennungsstelle des Restirktionsenzyms liegen.
Lindner: oke, also dann ist es ziemlich zufällig, dass die Mutation genau dort ist, wo auch das RE schneidet…
Ich: ?? vo mir uus haha.
Lindner: Also Abschlussfrage: wie könnt man dann sonst noch heruasfinden, wo jetzt unser mutiertes Gen liegt?
Ich: DANN-Sequenzierung
Zweiter Versuch Katalase
Lindner; Wo befindet sich die KAtalse?
Ich: Im Erythrozyten drin.
Musste zu jedem Reagenz sagen, wieso es wichtig ist für das Experiment.
Pferdecitrtatblut: Blut halt soweiso essentiell für Verusch und eben auch“ Katalase-Spender“ . Citrat, damit das Blut nicht gerinnt.
Wasser: Erythrozyt ist im Wasser in einer hypotonen Lösung, wodurch das Wasser via Osmose in den Ery strömt. Der Ery lysiert dadurch und die Katalase wird somit frei.
Lindner: wie nennt man den Fachbegriff dafür? (wusste ich nicht mehr) – Hämolyse.
H2O2: Oxididert das Häm. Fe2+ wird zu Fe3+ und somit wird es zu MetHb.
Lindner: sie haben das Häm erwähnt. Aus was besteht dann Hämoglobin sonst noch?
Ich: globin- also aus einer Proteinkette. Genauer gesagt aus vier Proteinketten, da das Hämoglobin ein Tetramer ist. Aus zwei alpha und zwei beta ketten.
Lindner: hat es dann nur eine Häm Gruppe? Ich: nein es hat 4 hämgruppen.
Lindner: wie lautet die Genaue Reaktion der KAtalse mit H2O2?
2H2O2-> 2H2O + O2. Es ist eine Redoxreaktion. Genauer gesagt eine Disproportionierung, da das H2O2 sowohl reudziert wird, wie auch oxidiert.
Lindner: Das H2O2? Ich: Also das O2. Lindner: das O.
Phosphatpuffer: Ehm ja um den pH konstant zu halten. Hier ist der pH bei 7 und das ist ja so ungefähr der pH von Blut. Also der pH von Blut ligt ja so bei 7.4.
Lindner: ja aber das ist ja hier nicht der Fall. Für wen ist der Puffer wichtig?
Ich: aha. Ja für die Katalase denke ich jetzt mal…
Natriumazid: hemmt die Katalase. Katalase hat auch Häm als Cofaktor und hemmt es indem es ans Fe3+ bindet.
Musste dann die einzelnen Versuche erklären. (Resultate waren angegeben.) A: Schaumbildung, leicht rot B: braun, C: rot
A: Wasser hämolysiert Ery. Katalse wird frei. Spaltet H2O2, wodurch dann H2O und O2 frei werden. Zusätzlich geht durch die Hämolyse auch die Mmebran kaputt, wodurch Phospholipide frei werden. Die pHospholipide sind hydrophob und hydrophil und lagern sich dadurch Mizellenartig an und um das O2. Sie Steigen zur Oberfläche und bilden dort Schaum.
Lindner: Oke, wenn sie meine, dass der O2 in der Mizelle drin ist. Das hab ich jetzt noch nie gehört. Aber klingt interessant…
B: Anfang ist gleich. Auch hämolyse. Danach wird aber Katalse inhibiert durch Natriumazid, wodurch H2O2 nicht unschädlich gemacht werden kann. Es entsteht MetHb und somit kommt es zu einer Farbänderung.
C: es passiert nichts. Macht das um zu zeigen, dass nicht Natriumazid für die braun Färbung zuständig ist sondern eben H2O2. Es dient als Negativkontrolle.


Note: 6

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endlich ferie


08.02.2021 20:58 		Restriktionsenzyme und Katalase, geprüft von Plückthun und Coex Jinek

Hett mer aglüte, sehr pünktlich. hett es Dokument mit mir teilt wo Leitfrage drufgstande sind (Was ist ein Gen, ein Plasmid, ein Restriktionsenzym, was macht die Katalase im Blut)

Angfange mit Restriktionsenzym:

P: Was ist ein Restriktionsenzym
I: Enzym von Bakterien gebildet um sich vor fremden Mikroorganismen zu schützen.
P:....
I:...
P: reden sie weiter
I: öhmmm ähmm erchennt nur fremdi DNA will die eigeni methyliert isch. Erchennt palindrom.
P: was ist ein Palindrom
I: öhmm (weiss was es ist, formulierung ist mir entfallen) darf ich es zeichnen?
P: ok
I: zeichnes und hebes id Kamera
P: ok lassen wir geltem. Warum ein Palindrom?
I: RE sind Homodimere
P: Richtig, Wo genau schneidet es
I: öhm zwischen den Basen
P: wo genau
I: überforderet, weiss nüm wasi gseit han
P: ok gehen wir weiter. (zeigt mir es bild vomene Plasmit mit mutation und ohni wie im praktikum) In wieviele Stückchen wird die DNA geschnitten (AaI2 hett 6 Schnittstelle)
I: etwas 7
P: etwa?
I: ja (ha denn no was glaberet vo wege die chline teili gseht mer ide gelelektrophorese nöd was ihn aber nld interessiert hett)
P. wie gross ist die DNA?
I: ca 7000 Bp
P: und was ist wenn das Gen mutiert ist
I: Ca 1500 und 5500 jewils (has denn müsse mit de muus nahfahre ufem screensharing)
P: wie würden sie jetzt die BP bestimmen
I: mit der Gelelektrophorese
P: was für ein Gel ist es?
I: (shiiit eigentlich e easy frag ha aber müeh gha d gel usenand zhalte). Würde sagen acrylamid oder cellulose
P: Cellulose evtl warum geht acrylamid nicht?
I: Porendichte stimmt nicht
P: richtig. Für was braucht man Acrylamid
I: Proteine
P: swo sind die Poren grösser? sind Proteine grösser als DNA?
I: Bei unserem Gel müssen sie grösser sein, da DNA grösser ist
P: wir haben agarose gebraucht
I: (Wie dumm chanich sie fml)
P: wie machen wir das sichtbar?
I: wir geben EZ-Vision oder Ethidiumbromid hinzu
P: was macht ethidiumbromid
I: es interkaliert zwischen den basen und wir können dies unter dem UV licht sehen.
P: aber was macht es? (hett di glich frag iwie 3x gstellt, hett eif welle ghöre dases fluoresziert und has natürlich nöd gscafft das zsege obwohl ichs gwüsst hett)
I: oh...

P: gehen wir weiter

Katalase

P: Was ist Katalase
I: Enzym bla bla
P: was für eine Reaktion macht die Katalase
I: reduktion
P: lassen wir gelten (Wollte disproportionierungsreaktion hören, hätte ich gewusst aber habs dummerweise nicht erwähnt)
p: welche reaktion katalysiert die katalse
I: (Ha jämmerlich versuecht das ufem screen zmale has aber nöd gschafft, de Plückthun völlig gnervt: haben sie ein Blatt vor sich??)
Has denn ufs blatt gmalet und ha de faktor 2 vergesse fml
P: da fehlt noch was
I: ah ja stimmt so würde es ja nicht aufgehen und has korrigiert
P: ok das ist schon besser. Wo entsteht hydrogenperoxid
I: eehhhhmmm wenn superoxidanion durch die SOD reduziert wird
P. Was ist das superoxidanion
I: O2-
P: zeichnen sie es
I: has ufgschribe
P: wo entsteht das¨
I: wenn eisen spontan oxidiert wird durch sauerstoff
P;: wo im körper? (Ha nöd cheggt das er hett welle ghöre bim Hämoglobin)
I: im stoffwechsel (???)
P: das wäre aber schön blöd
I: ja (LOL fml)
P: wo GENAUUUUUUU? (hett iwie 3x mit jewils komische formulierige gfregt)
I: has irgendwenn cheggt, wenn das eisen des häms oxidiert
P: lassen wir gelten


Denn simmer zum versuech und er hett fregt was Natriumazid macht
I: hemt die katalse
P: wo bindet es
I: am Häm der katalse (ha kei ahnig gha)
P: richtig, wo genau?
I: ehmm am eisenatom (ha grate)
P: das würde sich gut ergeben
I: okk
P. zeigt mer Reagenzgläsli. warum schäumt es bei A, warum wird B braun dann beige. was passiert bei c
I: Schäumt wegen den Phospholipiden welche Mizellen bilden und dem Sauerstoff welcher durch die Katalaser gebildet wird
B wird braun wegen dem MetHb welches entsteht
P: warum wird es beige
I: weil der porphyrinring zerstört wird (Danke cgfx has weg eu guete lüt gwüsst)
P: richtig

Ok dann tschüss

Ehm ja asso ha paarmal ganz basics nöd gwüsst (agarosegel, katalsereaktion chli falsch ufgchribe etc) und oft sini frage nld verstande bzw zspat cheggt waser vo mir wett ghöre obwohl ich d antwort gwüsst hett. Ha oft sehr unsicher gwürkt und hoffe er bewertet einigermasse lieb.

hoffe mal dases füren 4er langet lol

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De prüefling

11.02.2021 12:45

 Ha en 5er gha

ICHHANKEIAHNIGGHA


08.02.2021 10:49 		Katalase im Blut (Hb, Methb) und Restriktionsenzyme, geprüft von Dutzler und Lobet/Libet ka sie hett eh nix gseit

Katalase Pferdeblutshit
Rona und so darum kei vorbereitigszit dh ich han mer schön chöne chli id hoseschisse i dene 10min womer vorher igloggt si muss....
Dutzler
-moi (ich bin de grösst bc/chemie noob aso wück mini antworte sind sowieso en bs

*Zeigt so versuech mit pferdeblut und ich ka was das isch bisi dobe hb gsi han ufm dok name*

Was ist die Katalase im Blut?
-ich ka darum gibi mal e definition vo was es enzym isch

Was macht die Katalase im Blut?

Wieso schäumt es?

Was ist H2O2 woher kommt es?

(es ging dann mega lange so, er musste mir mega viel helfen und so alle 5' wusste ich wieder mal was aber sonst wars hauptsächlich er der mir iwie probiert was vorzukauen)

Hier noch die Ergebnisse vom Experiment (mit ABC wo eimal H2O2 und eimal Nan3 dezue geh worde isch)
Was ist passiert/erklären Sie

Wieso wird es braun?
!!!!!nicht wegen irgendeinem farbstoff!!!!!
-Eisen reduziert -> Methb

Restriktionsenzyme
*sie hend so huere komplizierte paragraph mit iwie es renzym schnidet es plasmid iwie mutation iwie atii, ka wir sind eh ned dezue cho zum glück*
Was ist ein Restirktionsenzym?
Wie schützen sich Bakterien vor Selbstverdauung durchs Renzym
Was ist ein Plasmid?
Was ist ein Gen?
Was ist ein Palindrom?
-ich probiert en joke mache wege min name es palindrom, er hetts ned so funny gfunde ^^

Was ist ein Gen?
Haben Prokaryoten nur Gene in Ringform?
Unterschied zu Eukaryotischen Genen?
Wie liest man DNA?
-5´-3´ (hani logischerwis falsch umme gseit)
Was macht Restirktionsenzym mit de fremde DNA?
-KA
es schneidet die phsophatiwas bindungen


Es tut mer mega leid, dassis ned besser ufschribe chan bin immerno easy am zittere haha aber aso ebe ich bin wück sone bc lusche und han nie iwas checkt und insane schiss gha und ja grundsätzlich ischer nett gsi, hett zwar immer wieder gseit so ja lowkey sowasvo falsch gsi was du gseit hesch aber ja eig mega nett gsi usser am schluss hetter sehr abrupt abbroche
Minere meinig nah isch mini leistig eh ziemlichi 2er leistig gsi darum beti grad für de 3er, was eif mega komisch isch isch dassi am afang nie was gwüsst han denn hetter mega ghulfe denn hani vlt so 2 sätz lang was richtig gseit und denn chunter so mit fragene wo minere meinig nach so 6er fragene wäred und ich denk mer eif so broo? was heschs gfühl, ich chan kei basics und du chunsch mer mit supergenius fragene???
anyway pray for me und füege note no ah


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auen2tiamverzwiffle

08.02.2021 12:33

 Danke vielmol für de Itrag, chunt alles guet. Denk dra die Prüefig isch guet möglich ufzhole, du hesch no 3 vo denen. Gnüss dini Ferie, du packsch das!
hanwückkeiahnigghaa haha

24.02.2021 10:47

 han en 3er gha, aber han eig en 2er erwartet aso vodem her okee, betet für mich dassis im summer kompensiere chan

essiggurke#1


06.02.2021 14:20 		GGW Konstanze Enzymaktivität und Oxy/desoxy Hb , geprüft von Frau Dr. Manatschal

Wegen Covid gab es keine Vorbereitungszeit und die Prüfung fand per Zoom statt. Frau Manatschal hat mich angerufen, sich vorgestellt und mir per screensharing die erste Aufgabe von Enzymaktivität präsentiert. Es war die gleiche Gleichung zum Reaktionsgleichgewicht die auch im Praktikumsskript stand (Exp. 2.3 von Enzymaktivität).
Frau Manatschal hat mir die Reaktionsgleichung gezeigt und dann eigentlich sehr nett mit einfachen Fragen angefangen. Sie hat mir immer (probiert) zu helfen wenn ich nicht weiterkam, aber zum Teil hat sie auch Dinge gefragt, die auf einem sehr basic chemie Level waren und die ich mir nicht mehr angeschaut habe, weil ich dachte «so basic Sachen fragt sie doch sicher nicht»… lol.

M: Was für ein Enzym katalysiert diese Reaktion?
I: Lactatdehydrogenase
M: Richtig. Um was für eine Reaktion handelt es sich hier?
I: Ähm… (wusste ich leider nicht mehr so genau) eine Dehydrierung?
M: Nein nicht ganz. Was wird dann hier bewegt?

Ja das ging dann eine Zeit so hin und her (Sauerstoff wird bewegt? Nein. Protonen? Nein. Elektronen? Ja!), ich glaube die Lösung wäre etwas mit Oxidationszuständen und deren Änderungen oder so gewesen, ich bin mir nicht mehr sicher. Nachdem sie aber gemerkt hat, dass ich es wirklich nicht weiss hat sie es dann aber auch sein lassen und ist weiter gegangen, wofür ich sehr dankbar war.

M: Wie kann man dann überhaupt die Gleichgewichtskonstante berechnen?
I: Mit dieser Gleichung (habe die Gleichung K= Produkte durch Edukte erklärt und noch gesagt, dass je nachdem ob K grösser oder kleiner als 1 man daraus ableiten kann, in welche Richtung die Reaktion abläuft)
M: Genau, und wie kann man diese Reaktion verfolgen?
I: Durch die Änderung des Absorptionsspektrum von NADH zu NAD+ (habe ein bisschen darüber erzählt)
M: Für was steht NADH?
I: Nicotinamidadenindinukleotid
M: Ja, können sie mir die beiden Absorptionsspektren aufzeichen?
I: habe es gezeichnet, auch mit dem erhöhten Peak von NAD+ bei 260nm, und in die Kamera gehalten
M: Ja das stimmt soweit, haben Sie den erhöhten Peak bei 260nm extra so gezeichnet?
I: (dachte das wäre eine Fangfrage und war mega stolz dass ich nicht darauf rein falle haha) Ja, das habe ich extra so gezeichnet (und dann hab ich die gleiche Erklärung von Gloor aus seinem Rep. Podcast gebracht warum das so ist)
M: Mhm… ja das könnte eine Erklärung sein. Aber warum sollte es denn so anders absorbieren? Können sie mir NADH und NAD+ aufzeichnen, also nur den Nikotin Teil.
I: (zeichne beide auf, habe zum Glück eh nur den nikotin teil gelernt weil bei anderen cgfx Berichten stand dass die Profs nur den Teil sehen wollen)
M: Und was absorbiert jetzt wo?
I: Der Nikotinring absorbiert bei NADH anders da der Ring zu einem chioiden System wird durch das zusätzliche H.
M: und warum sollte es dann bei 260nm anders absorbieren wenn der Rest gleich bleibt?
I: (habe glaube ich nochmal Gloors Erklärung gebracht weil ich ja wusste, dass das Absorptionsspektrum so aussieht und das halt ein Fakt ist)
M: Ich würde argumentieren, dass es die gleiche Absorption hat bei 260nm
I: Ja also das ist halt das was gemessen wurde und der Graph sieht halt so aus alsoo… (Das Spektrum sieht wirklich so aus, habe es im Nachhinein noch gegooglet und ich konnte ihr ja auch nicht sagen dass sie hier falsch liegt…)
M: Na gut ich habe ihn jetzt grade nicht vor mir gehen wir weiter
Dann hat sie noch mehr Fragen zum Experiment gestellt:
M: was ist ein Absorptionspektrum?
M: wie kann man die Endkonzentrationen der einzelnen Stoffe berechnen? (so viel wie NADH abnimmt nimmt NAD+ zu, Konzentration durch Lambert-Beer Gleichung)
M: was passiert mit den Protonen? (war ich mir nicht sicher, sie half mir dann weiter indem sie gefragt hat was da sonst noch für Stoffe in der Lösung sind. Der Puffer fängt die Protonen ab.)
M: was ist ein Puffer? (habe die Definition erklärt und ich glaube auch noch die der Pufferkapazität)

Dann kam ein sehr peinlicher Moment als sie, um mir bei einer anderen Frage zum Puffer zu helfen, mich fragte wie denn der pH definiert ist. Ich hatte ein komplettes Blackout und das war mir sehr unangenehm da das eigentlich noch Gymi Stoff ist. Naja whatever, ich wusste es nicht.

Jetzt waren schon fast 20min der halben Stunde um und sie wechselte zum zweiten Experiment, dem Absorptionspektrum von Oxy und Desoxy Hämoglobin. Hier verlief die Befragung nicht mehr strikt nach Experiment, da das Experiment an sich ja auch nicht so viel hergibt. Ich habe probiert hier einfach ein bisschen mehr über Hämoglobin generell zu erzählen, was es ist, wo es vorkommt, wie der Häm Teil aufgebaut ist, der Unterschied von MetHäm zu Häm, was wo bindet an das Eisen. Dann sollte ich die beiden Absoprtionspektren von Oxy und Desoxy Hämoglobin aufzeichnen (Zu Glück habe ich das Zeichnen genug geübt) und erklären was sich ändert vom einen zum anderen. Ich habe hier noch gesagt, dass oxy und desoxy Blut auch unterschiedlich aussieht, dass venöses desoxygeniertes Blut dunkler ist als oxygeniertes und daraufhin fragte sie noch allgemein zur Photometrie, wie das funktioniere mit der absorbierten Wellenlänge und welche Farbe man dann wahrnehme (die Komplementärfarbe). Sie brachte noch das Beispiel vom grünen Chlorophyll und wie wohl das Spektrum davon aussehen könnte (alles ausser grün wird absorbiert, habe noch kurz das Farbspektrum erklärt, welche Farbe bei welcher Wellenlänge vorkommt)

Sie fragte mich auch noch zu der Sauerstoffbindungskurve, die ich eigentlich nur noch vom Lernen für die Schriftlichen wusste.
M: Zeichnen Sie uns bitte die Sauerstoffbindungskurve von Hämoglobin auf
I: (zeichne auf)
M: Was für einen Verlauf hat sie?
I: einen sigmoiden, (habe noch was über die positive Kooperativität erzählt)
M: sie haben die x-Achse mit dem Sauerstoffpartialdruck angeschrieben. Wissen sie noch bei welchen Drücken sich die Steigung ändert?
I: das wäre im Gewebe etwa 30mmHg und in der Lunge 100mmHg (in etwa)
M: kennen sie noch einen klinischen Bezug wo die unterschiedlichen Absorptionsspektren von Oxy und Desoxy Hb hilfreich sind?
I: (habe erzählt dass sie ja unterschiedlichen Farben haben und dass man so von der Farbe des Blutes bei einer Verletzung daraus schliessen kann was für ein Gefäss verletzt ist, habe noch das Beispiel der Hämorrhoiden aus der Vorlesung von Prof. Stockmann gebracht.
Das haben sie offenbar nicht erwartet, fanden es aber glaube ich ein spannendes Beispiel.
M: Kennen sie noch ein nicht invasives Beispiel?
I: Ahja, der Clip, mir ist leider der Name entfallen, mit dem man den Sauerstoffgehalt des Blutes am Finger messen kann!
M:Pulsoxymeter.
I: Ja genau! (habe noch ein bisschen was darüber erzählt)

Frau Manatschal hat sich dann noch bedankt und das Gespräch nach ca 25min beendet. Sie war wirklich sehr sympathisch und wollte mir helfen wenn ich nicht weiterkam. Es hat mich aber schon sehr genervt, dass ich ein paar sehr einfache Fragen nicht beantworten konnte, da ich mir die Chemie Grundlagen nicht mehr angeschaut habe, da ich nicht dachte, dass sie solches Wissen abfragen. Ich hätte zu einigen Themen auch noch mehr gewusst, aber es wurde nicht danach gefragt also habe ich es nicht gesagt, vielleicht hätte ich es aber auch einfach ohne explizite Frage erzählen sollen, um zu zeigen, was ich weiss. Naja, ich war einigermassen zufrieden mit meiner Leistung (nicht brillant aber decent), vorallem aber froh, dass es vorbei war und hoffe, dass die paar einfachen Fragen die ich nicht wusste nicht zu stark ins Gewicht fallen.

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essiggurke#1

15.02.2021 22:22

 gab einen 6er, idk how that happened lol

anonym


02.02.2021 23:50 		Proteinreinigung / SDS-Page, geprüft von Gloor /Coex. C. Sprecher Berger

Durch Covid-19 keine Vorbereitungszeit und Prüfung via MS-Teams

Beim Prof. Gloor reicht es nicht aus wenn man seine Fragen mit dem Wissen aus dem Theorie oder Praktikumsskript beantwortet. Unbedingt molekulare Aspekte anschauen.

Aussalzen mit Ammoniumsulfat:
Schon bei der ersten Frage bohrte er meiner Meinung nach viel zu unnötig tief obwohl es nicht wirklich mit dem Versuch zutun hatte. Als ich nicht verstanden habe was er genau von mir hören wollte hat er nicht locker gelassen. Er wollte er mir mit wirren Analogien wie "Kuchen backen" auf die Sprünge helfen. Dadurch haben wir sehr viel Zeit verschwendet und ich konnte nicht mal ansatzweise zeigen was ich alles zum Thema und Versuch wusste. Auch hat er mich einige male nicht ganz ausreden lassen. Wir haben die ersten 10min lag darüber geredet welche Wechselwirkungen wo zwischen den Proteinen beim entreissen der Hydrathülle auftreten. Übrigends ist "entreissen der Hydrathülle" zu Umgangssprachlich (es steht so in seinem eigenen Skript aber eeeeeasy). Ich wurde auch noch gefragt ob das Aussalzen mit Ammoniumsulfat reversibel ist oder nicht und wie ich das zeigen kann (endlich eine Frage bei der ihm meine Antwort genügt hat ohne mich zum weinen zu bringen). Danach ging er sofort weiter obwohl ich noch etwas sagen wollte. Unter einem Vorwand habe ich dann noch erwähnt das die Fällung mit Trichloressigsäure wie wir es im Versuch auch gemacht haben irreversibel ist weil das Protein denaturiert (ja, ich war sehr verzweifelt und wollte irgendwie zeigen das ich irgend etwas gelernt habe). Auch wenn ich etwas weiter ausgeholt habe hat er mich sofort unterbrochen mit "das interessiert uns hier nicht".

SDS-Page mit IgG und BSA:
Ich wurde gefragt wofür SDS und PAGE steht und ich konnte EINWENIG dazu sagen bevor er mich wieder unterbrochen hat um zu wissen wieso SDS mein Protein negativ macht. Die Antwort "es ist ein anionisches Detergenz" reicht nicht und das Spiel mit den Wechselwirkungen ging wieder von vorne los. Als ich nach einigen peinlichen Antworten versuchte der Frage auszuweichen und erwähnt habe das man mit Zugabe von beta-Me und DTT Disulfidbrücken spalten kann und damit das Protein entfaltet wollte er wieder irgendetwas über die Wechselwirkungen wissen.
Mir wurde ein Bild von der Elektrophorese gezeigt mit den Banden vom Überstand des IgG mit und ohne DTT und von BSA mit und ohne DTT. Ich musste auch erklären was das für Banden sind also z.B. den Marker besprechen. Aus Nervosität habe ich gesagt das es sich um einen DNA Marker handelt (jaja ich weiss, macht 0 Sinn sind ja Proteine) habe mich dann korrigiert als er fragte wieso DNA-Marker. Musste dann herausfinden bei welcher Bande es sich um das IgG und BSA handelt. Hab gesagt das das IgG mit DTT sich in zwei Banden (eigentlich. sinds ja mehr weil die leichten sich auch teilen) zeigen muss wegen der Teilung der schwere und leichte Kette. Aus Panik weil die Prüfung nicht gut lief hab ich dann gesagt das die Bande weiter unten die schwere Kette ist und die Bande oben die leichte Kette (links beim Marker steht das Molekulargewicht und es wird ja von oben nach unten kleiner). Dann hab ich mich korrigiert als er mich darauf hinwis das ich gerade gesagt habe, dass die schwere Kette eigentlich leichter ist. Beim BSA hab ich gesagt, dass es mit DTT zwischen 55 bis 70 kDa wandern muss und hab dann einen Streifen ausgewählt (wenigstens hab ich hier den richtigen ausgewählt). Wurde noch gefragt was man alles mit der Gelelektrophorese nachweisen kann.

Fazit: Ich glaube Prof. Gloor möchte einem helfen auf die richtige Antwort zu kommen aber er sollte nicht so lang auf einer Frage rumhacken. Ich habe sehr viel Zeit verloren weil er am Anfang nicht locker liess und konnte leider dadurch nicht zeigen was ich eigentlich kann (Wechselwirkungen sind es ja offensichtlich nicht). Versucht bei der Prüfung Ruhe zu bewahren. Er fragt oft nach "sind sie sicher?" und manchmal will er einen dadurch verunsichern (hat er auch geschafft lol) oder einem darauf aufmerksam machen das die Antwort Quatsch ist. Ich hoffe er bewertet so nett wie immer alle behaupten. Viel Erfolg!

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Ahsoka Tano

03.02.2021 11:02

 Ich bin zu de gliche experiment abgfregt worde und han au SDS PAGE mit dem Elektrophorese vode DNA verwechslet. Dezue ischs mer no passiert dass ich d Bande vo IgG ohni DTT falsch erkennt han!!!!((( S isch mer ultra peinlich aber d Frau Dreier (wo mich prüeft het) isch immer lieb blibe und het mer au ghulfe falls ich mal eppis ned gwüsst han: Zb warum Glycin im Ladepuffer vorchunt (erhöhig vode Viskosität) oder ebe das mit de Bande.
Ich hoffe du bechunsch trotzdem e gueti Note und gnüss dini Ferie!
AA

04.02.2021 10:18

 Ich wurde auch übers Aussalzen von Ammoniumsulfat befragt - er ist 10 Min darauf rumgeritten, wieso genau die Hydrathülle von den Proteinen abgezogen wird zu den Ionen. Dass Ionen stärker geladen sind, hat er nicht gelten lassen.

2020

B


30.03.2020 20:46 		Katalase und restriktionsenzyme, geprüft von Herr Nettels

mini prüefig: katalase hani becho hani müsse alli vorgäng erchläre wo passiered einzeln wieso dases die farbänderige git usw mit au all dene glichige zu dem superoxidzügs ufzeichne müsse und das gluthathion zügs denne hani müsse no witeri ufsege vitamine methäm reduktase usw denne hani müsse d struktur vo hämoglobin ganz genau erchläre proximql distales histidin porphirinring usw aber ned ufzeichne denne positivi kooperativität wie das genau stand chunt was denne mit em häm passiert ich glaub das wärs zum erste versuech gsie

denne hani restriktionsenzym kah mit restriktionskarte mitere mutation dna stückli berechne, dna ufzeichne und zeige wie sie genau schniedet d restriktionsenzym aso die chemisch reaktion hydrolyse, denne gelelektrophorese, pcr, plasmid expressionsvektor unterschied plasmid und bakteriumchromosom

Sehr fründliche Prüfer

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07.02.2020 17:27 		Enzymkinetik (alkalische Phosphatase) und Absorption von NADH und Tyrosin, geprüft von Prof. Schuler

Ich hatte eine Tabelle mit den Absorptionen bei verschiedenen Wellenlängen und musste einen Graphen aufzeichnen (ich habe nur jeden 2ten bis dritten Wert genommen, die Prüfer hat sowieso nur die ungefähre Kurve interessiert).
Bei der alkalischen Phosphatase hatte ich eine Tabelle mit verschiedenen Substratkonzentrationen und der jeweiligen Reaktionsgeschwindigkeit. Musste auch hier den Graphen aufzeichnen. Hier musste ich noch das Substrat und das Produkt aufzeichnen.

Ich konnte wählen mit welchem Experiment ich beginnen wollte: Photometrie

1. Was ist Photometrie?
2. Was wird gemessen?
3. Wie wird die Absorption bestimmt?
4. Was wird bei NADH zu NAD übertragen?
5. Wie viele Elektronen hat ein h- Ion?
6. Wieso absorbiert Tyrosin bei diesen Wellenlängen?
7. Wieso absorbiert nadh bei diesen Wellenlängen?
8. Für was steht nadh?
9. Wieso heisst es Dinukleotid?
10. Absorbieren auch andere Basen oder nur Adenin? -> alle
11. Überleitung zum zweiten Versuch: Gemeinsamkeit zwischen meinen beiden Graphen: wollte einfach hören, dass die Steigung der Geschwindigkeit entspricht
12. Wie sähe der Graph bei halber Enzymkonzentration aus?
13. Wie bei einem kompetitiven Inhibitor?
14. Kommt das Substrat im Körper vor?
15. Was kommt im Körper vor, was so ähnlich aussieht, wie das Substrat -> phosphoryliertes Tyrosin
16. Wieso wird Tyrosin phosphoryliert?
17. Was ist der pH einer 0.1M NaOH?

Die Fragen von Schuler waren alle sehr einfach und er hat auch richtig nett bewertet.

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Hi

13.01.2022 21:46

 Sorry finds nirgends, wieso wird tyrosin phosphoryliert?
okeeletsgo

22.01.2022 15:35

 Ich glaub es isch wichtig für Signalübertragig:
"Tyrosinkinasen sind eine Gruppe von Proteinen aus der Familie der Proteinkinasen, deren Aufgabe die reversible Übertragung einer Phosphatgruppe (Phosphorylierung) auf die Hydroxygruppe der Aminosäure Tyrosin eines anderen Proteins ist. Dadurch wird die Aktivität des Zielproteins beträchtlich beeinflusst, weshalb Tyrosinkinasen auch als Teil von Rezeptorsystemen einen wichtigen Beitrag zur Signalübertragung leisten."

https://www.chemie.de/lexikon/Tyrosinkinase.html

Morat


07.02.2020 16:51 		PCR & pH-Abhängigkeit von Trypsin, geprüft von Prof. Lindner

Vorbereitung:
- PCR: PCR aufzeichnen und Länge des PCR-Produkt berechnen
- Trypsin: Absorptionsunterschiede ausrechnen und gegen pH auftragen als Diagramm
- zusätzlich habe ich zu Trypsin noch die katalyt. Triade sowie die S1-Tasche aufgezeichnet und zu PCR die DNA gezeichnet sowie alles aufgeschrieben was mir in den Sinn gekommen ist

Nach 40min Vorbereitungszeit hat mich Herr Lindner abgeholt.
Begonnen haben wir mit pH Abhängigkeit von Trypsin. Wir haben über folgende Dinge gesprochen:
- Was passiert bei einer Denaturierung genau?
- Woran machen Sie fest, dass das pH Optimum bei 8-9 liegt?
- Wieso braucht man ein pH-Optimum?
- Wieso absorbiert die Pufferlösung bei pH=11? Da habe ich etwas länger nachgedacht und mit dem Tipp von ihm "Was macht den ein Enzym?" Bin ich darauf gekommen, dass das pH Optimum der normalen Reaktion bei einem hohen pH liegen muss und so bei hohem pH die Reaktion freiwillig abläuft, das absorbierende Substrat entsteht.

Bei PCR wollte er folgende Dinge wissen:
- Was heisst PCR? Und auf Deutsch?
- Um was für eine Polymerase handelt es sich? hitzestabile DNA-Polymerase, 5'-3' Aktivität ohne 3'-5' Exonukleaseaktivität, setzt am 3' Ende des Primers an, benötigt dNTPs
- Als ich erwähnte, dass die PCR theoretisch exponentiell viel Produkt herstellte, unterbrach er mich und meinte "gut das wissen Sie auch, dann muss ich diese Frage nicht mehr stellen."
- Dann haben wir 5min darüber gesprochen wie man einen Primer spezifischer machen könnte und weshalb dass es nötig ist, er wollte darauf hinaus, dass man die Annaeling Temperatur erhöhen sollte, wo ich leider für die Gegenrichtung plädierte

Die einfachen Fragen / Basic Sachen (wie hier weiter unten auf cgfx zu finden) haben ihn nicht weiter interessiert. Er hat bei vielen Sachen gesagt, dass wissen Sie oder dass haben sie schon aufgeschrieben / gezeichnet also besprechen wir es nicht weiter. Er hat mich motiviert und versucht gut Tipps zu gehen, bei der letzten Frage zur Annaeling Temperatur habe ich leider falsch argumentiert - aber ich denke dies ist nicht weiter schlimm. Die Prüfung fand in sehr angenehmer Atmosphäre statt, nach 25min hat er die Prüfung beendet. Die Coexaminatorin hat aufgeschrieben und nur 1x kurz etwas gesagt - sie hat sich nicht vorgestellt, hat aber einen netten Eindruck gemacht.

Ich wünsche den nächsten Zweitis viel Erfolg bei der Vorbereitung und viel Glück - ihr schafft das!
@Mitstudenten: es wäre schön wenn ihr auch noch einen Beitrag auf cgfx erfasst, wenn es euch beim Lernen geholfen hat .

Note: 6

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...


28.01.2020 12:07 		Verdauungsenzyme, Proteinreinigung, geprüft von ?

Vorbereitung:
Proteinreinigung: erklären, was in den Reagenzgläsern A-F passiert
Verdauungsenzyme: N-Benzoyl-L-tyrosinester zeichene, reaktionsablauf zeichnen, peptidae 1 und 2 bestimmen

Prüfer holt mich ab stellt sich nicht vor

Han mit versauigsenzym ahgfange, zerst müsse de versuech erkläre, denn welli peptidase s isch und wie d substratspezifität isch
Irgendwie simmer uf eh dipeptidbindig cho und han sie müsse zeichne, wiiteri peptidase ufzelle, (pepsin=saure peptidase)

Denn gwechslet zu proteinreinigung
Dete hani jedes RG müsse erchläre und was passiert isch
Denn d frag: TCA ist ja auch eine starke säure, wieso passiert nicht das gleiche wie bei Hcl? (Aso protonierung und positivi SK stossed sich ab) -> wil tca sich as protein ahlageret unds drum usfallt (hani nöd gwüsst leider)

Nach ca 27min fertig gsi

Viel Glück!

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Gurke


26.01.2020 20:34 		Bakteriologie und Hb und AS Titration, geprüft von Frau Dreier, Coex Herr Lindner

Vorbereitung: für Bakteriologie musste ich die Wachstumskurve aufzeichnen und die Generationszeit sowie die Teilungsgeschwindigkeit berechnen. Beim zweiten Versuch musste ich die Titrationskurve einer AS (Histidin) und von Hämoglobin zeichen, auf der Kurve pKs identifizieren und die AS bestimmen und dann noch die Pufferkapazität von Hämoglobin berechnen.

Ich habe mich verrechnet und das aber gemerkt, da meine resultate sehr komisch waren, habe dann als sie mich gefragt haben sofort gesagt dass ich mich verrechnet habe aber keine Zeit hatte den Fehler zu finden und gesagt was ich für Werte erwartet hätte: Generationszeit zwischen 0.33 und 0.5 Stunden und Teilungsrate von ca 2-3 pro Stunde. Habe dann meine Formeln gezeigt die ich benutzt habe und war dann glaube ich gut so.

Prüfung:
Ich durfte aussuchen mit was ich beginnen wollte: Titration
Ich habe erklärt für was das Experiment ist und was wir gemacht haben. Sie wollte wissen in welchen Bereich Hämoglobin puffert und wieso man keine klaren Pufferbereiche sieht wie bei den AS aus der es gemacht ist. Sie hat mich lange sprechen lassen über Funktion von Hämoglobin und hat mich eigentlich nie unterbrochen. Ich habe dann erzählt, dass man noch das Lösungsmittel mit HCl titrieren sollte, um auszuschliessen, dass die Pufferung von da kommt. Dann wollte Sie, dass ich diese Titrationskurve aufzeichne. Beim berechnen des pH der 0.2 M Hcl Lösung hatte ich dann mühe. Herr Lindner hat mir dann geholfen und gesagt ich könne näherungsweise 0.1 M nehmen -> pH 1 bis zu diesem Teilversuch hat Frau Dreier sehr faire Fragen gestellt

Bakteriologie: Frau Dreier wollte nach dem Versuchsbeschrieb wissen, wo man E. Coli findet und wieso man dieses Bakterium im Labor so gerne benutzt. Ich Habe gesagt dass es im Magen-Darm-Trakt vorkomme worauf sie nur gelacht hat und gemeint hat ahh das sei ihr neu. Habe dann spezifiziert, dass es nur im Darm und nicht im Magen vorkommt, da es dort zu Sauer sei. Danach wollte sie, dass ich die Wachstumsphase mit Plateauphase und Absterbephase ergänze und erkläre wieso diese Veränderungen so ablaufen. Zum Schluss wollte sie noch wissen wie man das Bakterienwachstum verlangsamen kann, meine Antwort der Temperatur und pH Veränderung genügte Ihr noch nicht und Sie fragte mich wieso wir die Bakterien im Inkubator geschüttelt haben. Habe dann gesagt dass das sei weil sie damit homogen in der Mischung verteilt bleiben und mit Nährstoffen umspült werden. Sie hat dann gefragt was denn sonst noch passiert wenn man das schüttelt. Sie wollte schlussendlich nur hören, dass die Bakterien gut mit Sauerstoff versorgt werden. Zum Schluss wollte sie noch wissen aus was im LB-Nährmedium ist: Trypton (Durch Trypsin gespaltene Peptide), Hefeextrakt und NaCl (Stand auch auf der Versuchsanleitung genau wie im Praktikumsskript). Sie wollte aber wissen welche Stoffe essentiell sind für Bakterien und wollte schlussendlich nur hören C, N, O, H, S, P, Mg, Cl, Na, Ca, K, und Spurenelemente.

Sie hat mich dann nach 22 Minuten schon rausgeschickt.

Die Prüfung ging echt schnell um und die Vorbereitungszeit fand ich etwas knapp und war dort sehr gestresst, ich hätte im Nachhinein die Berechnungen noch geübt damit blöde Rechnungsfehler ausbleiben. Die Strukturen (Häm und Histidin) die ich aufgezeichnet hatte hat Sie nicht spezifisch abgefragt, habe deshalb in meinen Erklärungen darauf hingewiesen, und anhand dieser Zeichnungen erklärt.

Euch Allen noch viel Glück

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2019

Cleo


16.02.2019 11:18 		Pufferlösungen (Hämoglobin) und Bakteriologie (Wachstumskurve), geprüft von Nettels

Pufferlösungen (Hämoglobin): Ich musst die Titrationskurven von Hämoglobin und einer unbekannten Aminosäure zeichnen. Bei der Aminosäure musste ich die pKs-Werte bestimmen und herausfinden um welche Aminosäure es sich handelt. Berechnen musst die den HCl-Verbrauch zwischen pH 7.5 und 6.5 sowie die Pufferkapazitäten.
Bakteriologie: Ich musste eine Wachstumskurve zeichnen und die Teilungsrate sowie die Generationszeit berechnen.

Diese Themen waren gehörten definitiv nicht zu meinen Stärken. Ich begann damit die Wachstumskurve der Bakterienkultur zu zeichnen und mein Resultat sah nicht so aus, wie ich es erwarten hätte. Also berechnete ich v und g, was ich nicht ganz hinkriegte, weil ich vor Nervosität mein ganzes Wissen über Berechnungen mit Logarithmus vergass. Auch, wenn es eigentlich nicht viel war, hatte ich damit schon mehr als die Vorbereitungszeit verbraucht. Ich ging deshalb zu den Pufferlösungen über und zeichnete die Titrationskurven. Die Titrationskurve der Aminosäure erschien mir etwas komisch und ich konnte mich nicht auf eine Aminosäure festlegen. Die Kurve sah für mich nach einer vierprotonigen Aminosäure aus, was gar nicht sein kann. Nun hatte ich nur noch sehr wenig Zeit und im Zeitdruck kam schon etwas Panik auf, und ich hatte bei den Berechnungen Mühe, mich an die Formeln zu Erinnern. Zum Glück hat es Herr Nettels nicht interessiert was ich berechnet hatte.

Ich startete mit den Pufferlösungen, weil ich bei beiden Versuchen kein gutes Gefühl hatte.
Zuerst fragte er mich was man beim Versuch gemacht hat und wollte die Titratiosnkurve der Aminosäure sehen. Da ich verunsichert war, sagte ich ihm, dass mich die Kurve etwas verwirrt hätte, da sich mich weder an eine Kurve einer zweiprotonigen noch einer dreiprotonigen AS erinnere, sondern eher an eine vierprotonige, ich aber auf eine dreiprotonige Aminosäure tippe. Er liess mich die in Frage kommenden Aminosäuren aufzählen und in meiner Nervosität kamen mir nur Lysin, Histidin und Tyrosin in den Sinn, er schien aber alle hören zu wollen. Daraufhin bat er mich die Titrationskurve einer dreiprotonigen AS zu zeichnen. Da wir damals im Praktikum Histidin titriert hatten, zeichnete ich diese Titratiosnkurve, zeichnete die pKs-Werte und die Äquivalenzpunkte ein. Anschliessend sollte ich die Deprotonierungsgleichgewichte von Histidin zeichnen. Ich hatte unglaubliches Glück, denn ich konnte genau von einer Aminosäure das Deprotonierungsgleichgewicht zeichnen und das war Histidin. Als begann ich zu zeichnen und vergass prompt eine N im Imidazolring. Ich musste Histidin nur einmal zeichnen und konnte anschliessend zeigen, was wo deprotoniert wird. Aus lauter Nervosität vertauschte ich die Reihenfolgen und musste mich zweimal korrigieren. Ich hatte die Kurve nur bis pH 12 gezeichnet und er fragte mich wie die Kurve denn weiter gehen würde. Die Kurve steigt steil an, weil Histidin nicht mehr weiter puffern kann. Hier erhielt ich auch die Auflösung warum, mir die Titratiosnkurve aus der Vorbereitung ungewöhnlich vorkam. Im Praktikum mussten wird die Kurven immer nur bis pH 12 zeichnen und in den meisten Lehrbüchern werden die Kurven auch nur bis pH 12 gezeichnet. Die Titrationskurve aus der Vorbereitung ging allerdings bis pH 13. Ich glaube auch, dass die Titrationskurve zu Histidin gehörte, eine Auflösung dazu habe ich aber nie bekommen. Dann kamen noch weiter Fragen:
Kann man die Pufferkapazität variieren? Ja kann man, indem man den Puffer höher oder tiefer konzentriert. Ein höher konzentrierter Puffer hat eine höhere Pufferkapazität?
Kann man den pH-Wert des Puffers selbst wählen (Die Frage war anders und etwas umständlicher formuliert und ich habe sie nicht auf anhiebt verstanden)? Ja. Das haben wir auch in einem Praktikumsversuch gemacht. Man braucht dafür die Henderson-Hasselbalch-Gleichung. Ich habe die Gleichung notiert und wollte eigentlich noch fortfahren, wie man es genau berechnet, aber es ging schon zur nächsten Frage weiter.
Wie funktioniert en Puffer? Mit dieser eigentlichen ziemlich grundlegender Frage war ich zuerst einmal überfordert und habe zuerst einmal erzählt aus was ein Puffer überhaupt besteht und wie die Pufferkapazität definiert ist. Das A- Protonen aufnehmen kann und zu HA wird, ist mir in diesem Moment nicht eingefallen. (Später habe ich es, dann aber doch noch erwähnt).
Warum sieht die Titrationskurve von Hb anders aus als die einer Aminosäure? Hb ist ein Protein und besteht aus versch. Aminosäuren, nicht nur Histidin.
Warum hat man eine Titrationskurve von Hämoglobin gemacht? Ich glaube mein Antwort war, weil Hb der wichtigste Puffer im Blut ist. Der wichtigste ist natürlich falsch und nachdem Herr Nettels nachgefragt hat, ob ich mir sicher sei, habe ich mich darauf korrigiert das Bicarbonat das wichtigste Puffersystem sei und Hb zusammen mit Albumin das zweitwichtigste.
Ich musste die Titrationskurve von Hb erklären und aufzeigen in welchem Bereich Hb am besten puffert und welcher pH-Wert das Blut hat. Dabei habe ich auch noch erwähnt, dass Histidin mehrheitlich für die puffernde Wirkung von Hämoglobin verantwortlich ist.

Bakteriologie: Zuerst ging er auf die Wachstumskurve ein. Ich erkläre ihm den Unterschied zwischen der gemessenen Kurve und der theoretischen Kurve. Er wollte wissen wie die Phasen genau heissen (lag-Phase, log-Phase). Danach wollte er wissen, mit welchen Formeln man die Teilungsrate und Generationszeit berechnen kann. Meine Berechnungen hatten ihn nicht interessiert. Er wollte wissen, wo in der Formel für das exponentielle Wachstum (N = N0 x 2n) die Zeit vorkommt. Ich war zuerst etwas verwirrt, aber die Zeit kommt in dieser Formel nicht vor, man bringt sie erst bei der Berechnung der Teilungsrate (v=n/t) in Spiel. Er wollte wissen, was alles in einer Nährlösung vorhanden sein muss. Zum Schluss wollte er wissen, wofür man Bakterien überhaupt züchtet. Ich habe etwas von PCR, Restriktionsenzymen, Vektoren usw. erzählt und dass man mit den Bakterien Proteine herstellen kann. Daraufhin wollte er wissen, wie man an die Proteine separieren kann. Die Frage war etwas ungeschickt gestellt, denn ich meinte er wolle wissen, wie man die Proteine aus dem Bakterium herausbekommt und habe deshalb zuerst nur eine paar geratene Antworten gegeben. Als er dann gemeint hat, wir hätten sehr viele Versuche zu diesem Thema gemacht, kam ich darauf, dass er auf die Versuche zur Proteinreinigung hinauswollte. Ich zählte noch einige Methoden zur Proteinreinigung auf und dann war die Prüfung auch schon zu Ende.

Herr Nettels war sehr angenehm und obwohl ich aufgeregt war, könnte er mich ein wenig beruhigen und zeigte Verständnis für meine Aufregung. Direkt nach der Prüfung hatte ich ein sehr schlechtes Gefühl und war mir sicher ev. knapp genügend zu sein. Mit etwas Abstand zur Prüfung, hatte ich dann schlussendlich doch ein besseres Gefühlt erwartete eine 4, war mir aber nicht sicher ob es auch für eine 5 reichen könnte. Schlussendlich hat es für eine 5 gereicht. Lasst euch deshalb nicht von euerem Gefühl direkt nach der Prüfung täuschen, dann sind euch v.a. alle Fragen präsent, die ihr nicht beantworten konntet und alle richtig beantworteten Fragen rücken in den Hintergrund.

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10.02.2019 18:24 		Bakteriologie (Wachstumskurve) & Titration von Hämoglobin, geprüft von Gloor, CoEx Dutzler

Danke an alle die Ihre Erfahrungen mit CGFX geteilt haben. Sie waren in meiner Lernvorbereitung eine gut Hilfe. Deshalb sehe ich es als meine Pflicht dasselbe zu tun.

Die Prüfung findet in den Zwischenräumen der Labors statt. Zuerst zieht man ein Mäppchen in denen sich die zwei Themen befinden, die man in 45min vorbereiten soll. Ich habe das zweitunterste gezogen und hatte mit meinen Themen, so schien es mir am Anfang zumindest, glück. Danach wurde man in einen Laborraum begleitet. Auf dem Weg teilte mir die Koordinatorin mit, wo meine Prüfung stattfinden wird. Da der Raum eine Glassscheibe hatte, sah ich wer sich darin befand: Prof. Gloor. Dies gab mir zunächst ein beruhigendes Gefühl, da ich Ihn als einen fairen Prüfer einschätzte. Dann ging es auch schon an die Vorbereitung. Auf dem Blatt stand alles was zu tun war. Man hatte auch Zeit sich ein paar weiterführende Gedanken zu machen.

Bakteriologie: Wachstumskurve erstellen
Dies war nicht weiter schwierig, man musste lediglich die Skalierung beachten und bekam eine exponentielle Wachstumskurve. Zusätzlich musste man die Generationszeit und Teilungsrate bestimmen. Den Taschenrechner den man für die Berechnungen bekam war ein sehr einfaches Modell. Er beschränkte sich auf die einfachsten Funktionen, Potenzenrechnen beispielsweise war nicht möglich, da man die Zahlen nicht hochstellen konnte. Hierbei ein wichtiger Tipp: Analysiere die Berechnung in der Lernphase genau und rechne sie nochmals durch, damit dir unangenehme Situationen während der Vorbereitungszeit erspart bleiben.

Hämoglobin: Titration Hämoglobin und einer unbekannten AS (in meinem Fall Histidin)
Dazu wurde eine Titrationskutve verlangt. Diese konnte man mit den angaben relativ einfach zeichnen. Es wurde dann gefragt um welche unbekannte As es sich handelte. Da der pKs bei 6 lag, konnte man auf Histidin schliessen.

Die Zeit verging wie im Flug und genau nach 45min stand erwartungsgemäss Herr Gloor auch schon vor mir und schüttelte mir die Hand. Er führte mich aus dem Labor in das Examinatorzimmer. Ich sass am Kopf des Tisches, zu meiner Linker Herr Gloor, der mich prüfte und rechts Herr Dutzler der sich Notizen machte. Nach der Legiprüfung ging es dann auch schon los. Ich dürfte wählen mit was ich beginnen wollte und ich entschied mich bei der Reihenfolge des Dossiers zu bleiben. Beide Themen schienen dankbar für mich, was sich dann während der Prüfung leider nicht bewahrheitete.

Bakteriologie
G: Was haben sie gemacht?
I: Wir haben eine Bakterium untersucht (E. coli) auf das Wachstum. Dies indem wir immer wieder (30min Intervall) eine Trübungsmessung durchführten. Daraus ergab sich eine exponentielle Wachstumskurve die ich ihm sodann vorwies.
G: Was ist das Nährmedium?
I: Wir haben ein LB-Medium benutzt in diesem befindet sich Tryptophan usw. (dies stand nicht auf dem Blatt sprich man musste es auswendig lernen).
G: Nun began Herr Gloor auf dem Nährmedium herum zu reiten, das ich schier verzweifelt bin. Warum Tryptophan und keine andere AS?
I: dies konnte ich mir auch mir auch nicht definitiv erklären und ich begann der Frage auszuweichen, was ihm gar nicht gefiel: evtl. liegt es daran das es eine essentielle AS ist.
G: Essentiell? Ich glaube Sie verwechseln da was und er begann von einem anderen Stoff zu reden denn ich nicht kannte. Ich wusste genau das es eine essentielle AS war, trotzdem versuchte er mir weis zu machen das dies nicht zutrifft. Verunsichert hoffte ich dann das Nährmedium endlich hinter uns zu lassen ... leider nein
G: Was würden sie dazu geben um ein gutes Nährmedium zu erstellen?
I: Je nach Bakterium würde ich die passenden Stoffe dazu geben um ideale Wachstumsbedingungen zu erstellen.
G: Können Sie hier konkreter werden?
I: hatte ein Blackout und versuchte händeringend eine Antwort zu finden und unangenehme Pausen zu verhindern. Die Diskussion ging noch ein bisschen weiter ohne wirklich an Tiefe zu gewinnen. Es lief dann darauf hinaus, dass man alle As dazu geben sollte und auch Zucker um die Energiegewinnung (Glykolyse und Citratzyklus) der Bakterien sicherzustellen. Auf die Antwort hätte man auch selber kommen können, aber in diesem Moment war alles ein bisschen anders. Nachdem wir viel Zeit auf diesem Gebiet verloren hatten ging es dann leider nicht besser weiter.
G: Was ist die Generationszeit?
I: Gab ihm die korrekte Definition
G: Wieviel war es im Fall von E. coli?
I: Leider hatte ich verrechnet und die Generationszeit stimmte nicht. Sie war viel zu kurz. Es stellte sich dann hinaus das ich mit den Potenzen einen durcheinander bekam während der Vorbereitung. Gemeinsam versuchten wir dann den Fehler zu finden, was für mich eine sehr unangenehme Situation war, da ich die Theorie korrekt wiedergeben konnte, aber es an der Mathematik scheiterte. Dies u.a. weil ich bei der Vorbereitung zu Hause keine Wachstumskurve in meinen Unterlagen hatte. Auch hier ging wieder unnötigerweise Zeit verloren, was mich sehr nervte. Viel Zeit blieb nicht mehr und wir wechselten das Thema.
G: warum würde die Kurve weiter gehen?
I: noch mehr exponentiell, es folgt die stationäre Phase und schliesslich die Absterbephase. Wichtig hier zu sehen ist, dass man die Absterbephase nicht sehen wird, da man lediglich eine Trübungsmessung durchführt.
G: was bedeutet exponentiell? Verdoppelung?
I: natürlich nicht, sonst wäre es ja linear usw.

THEMENWECHSEL (ca. nach 15min)

Hämoglobin: Titration
G: Welche AS haben Sie bestimmt?
I: Histidin
G: Struktur?
G: Ladungszustände? was ist der pks? Was ist die Pufferkapazität? was ist der Äquivalenzpunkt?
G: was sind die anderen Abstufungen?
I: Carboxylgruppe und Aminogruppe
G: Sie haben bei pH 14 begonnen und titrierten mit HCl. Wie würden Sie vorgehen, wenn Sie bei pH 7 starten würden.
I: Eigentlich macht das keinen Unterschied, es fehlt dann eifach der basische Teil, sofern man mit HCl titiriert. Ich würde deshalb das Gemisch trennen in zwei RGs. RG1: mit HCl titrieren und RG2: mit NaOH danach die Kurven zusammenfügen.
G: wie sähe die Kurve aus, wenn man zwei Histidine hätte, die mit einer Peptidbindung verbunden wären?
I: Die Pufferkapazität würde sich vergrössern. mag heissen, doppelt so grosses Plateau bei pKs 6. Da die AS miteinander verbunden sind, ändert sich bei den beiden anderen pks nichts gross.
G: Welche As puffern bei Hämoglobin?
I: dies kommt auf den pH an, bei pH 7 mehrheitlich Histidin. Im basischen Bereich Lysin und Arginin usw.
G: Warum ist die Kurve nicht identisch mit Histidin?
I: kam leider nicht sofort auf die Antwort und versuchte hier verschiedene Lösungsansätze die ihn weniger beeindruckten. Schlussendlich lief es darauf hinaus das pKs Werte nicht abschliessend sind, sondern je nach Umgebung änderst sind. Darum kann man auch keine klare Abstufungen erkennen.

Die Zeit ging auch hier sehr sehr schnell vorbei und die Prüfung war schneller vorüber als es mir recht war. Nach einer halben Stunde war Schluss. Frustriert verliess ich die Uni. Ich hätte so gerne noch mehr Fragen beantwortet und regte mich darüber auf, dass immer auf den gleichen Fragen herumgeritten wurde. Als ich dann eine Frage wusste, liess er mir keine grosse Ausführungen zu und versuchte mich bereits mit der nächsten ins Wanken zu bringen, was ihm leider vielfach gelang, so kam es mir zumindest vor. Ich war damals enttäuscht von mir, aber auch von meinem Examinator. Es waren wirklich gute Themen, was mir nicht half. Umso überraschter war ich dann als ich die Note 5 bekam.

Meine Tipps fürs Examen:
- pass in den Praktikas gut auf, mach Fotos von dem was ihr gemacht habt (Kurven usw.), auch wenn die Themen teilweise wirklich langweilig sind. Denn das geschriebene reicht nicht aus für eine adäquate Vorbereitung
- versuche bereits während dem Praktikum zu verstehen um was es ging
- bereite die Praktikas nach, denn auch auf der Lea-Zf ist nicht alles vorhanden
- rechne mit einem frühen Prüfungstermin (3 Tage nach den Schriftlichen) und plane dies in deinem Lernplan ein
- Literatur kann hilfreich sein für die Theorie, die Praktikas findet man aber nirgends eins zu eins beschrieben, was einen Abgleich mit Studienkollegen bezüglich den Unterlagen unumgänglich macht bzw. sehr empfehlenswert ist
- die Theorie mit den Vorlesungen abgleichen und noch weiter ausbauen
- Strukturformeln lernen (alle As, Häm, NAD, FAD, ...)
- verstehen um was es in jedem einzelnen Versuch ging, insbesondere was wurde dazu gegeben? Warum? was ist chemisch passiert?
- Repetitionsvorlesung von Herrn Gloor ist zwar hilfreich, kann man aber, wenn man in den Praktikas gut aufgepasst hat weglassen.

Während dem Examen ruhig bleiben und versuchen das Beste daraus zu machen. Manchmal ist die Frage einfacher als man denkt. Auch wenn man nicht alle Fragen weiss, muss dies nicht zwingend etwas schlechtes bedeuten. In meinem Fall gab mir der Examinator weniger Freiraum und wollte nur die eine Antwort hören, um dann auf die nächste Frage über zu gehen. Die Examinatoren versuchen euch zu helfen, am Prüfungstag empfand ich dies aber ehr als Qual und hoffte er geht auf die nächste Frage über, vielfach blieb er aber hartnäckig und gab im Zweifelsfall selber die Antwort, eine beschämende Situation.

Ich hoffe, ich konnte mit meine Ausführungen helfen.


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Studi

26.02.2019 16:13

 Danke für deinen Beitrag; ich finde aber, man sollte die Rep. Vorlesung von Gloor eher nicht weglassen, sondern als Refresh gleich hingehen; wenn man Gloor als Prüfer hat, kann das speziell hilfreich sein. Zudem finde ich, LEA ZF und uniboard Material genügen aus, um Fragen beantworten zu können.
X

08.03.2019 15:07

 Man kann, bezüglich der Repetitionsvorlesung, meiner Meinung nach, die Zusammenfassung auf VAM verwenden. Viele neue Informationen kommen nicht dazu, es schafft lediglich nochmals einen Überblick über alle Praktikas, wobei keine Details besprochen werden.

...


31.01.2019 19:41 		MetHb-Gehalt und Enzymkinetik (Reaktionsbeschleunigung Alk. Phos.), geprüft von Lindner und unbekannte Dame

Vorbereitung zu MetHb war genau gleich wie im Praktikum. Die 2 Ansätze mit hämolysiertem Blut und dann mit den 2 Zusätzen.
Es musst erklärt werden was die jeweilige Probe aussagt und der MetHb-gehalt im Ursprungs-Blut musste berechnet werden

Enzymkinetik war, glaube ich, auch wie im Praktikum. Gegeben waren 5-minütliche Messungen der Absorption über 1 Stunde bei 4 versch. Enzymkonzentrationen 0M, 300M, 600M und 800M. Es mussten die unterschiedlichen Graphen aufgetragen werden. In der Aufgabenstellung stand bei mir es soll in einem Graphen dargestellt werden. fand ich etwas merkwürdig und hab dann einfach den Graphen von 2 Konzentrationen aufgetragen. Naja, schlussendlich war einfach gemeint dass die alle in einem Diagramm dargestellt werden sollten...

Hab das geforderte dann relativ schnell gemacht und angefangen noch das p-Benzoenitrophenol (oder so...) zu zeichnen (war bei mir nicht gefordert) und die Reaktionen mit der Katalase und alles was mir noch so in den Sinn gekommen ist.

Dann kam auch schon Prof. Lindner und hat mich abgeholt.
Co-Expertin war eine Dame mit franz. (??) Akzent, hat sich nicht vorgestellt und auch nichts gesagt während der Prüfung. Machte aber einen netten Eindruck.

L: Welche Versuche haben Sie? mit welchem wollten Sie beginnen?
I: MetHb (wusste zu beiden nichts zu sagen...)
L: Was haben Sie gemacht?
I: (fing schon an zu stottern und das aufzusagen)
L: sie dürfen das schon im Mäppchen nachsehen!
I: oh, okey...; ja also wir haben den Met-Hb-Gehalt in der Probe bestimmt
L: was ist denn MetHb?
I: Hb mit Fe3+
L: und das ist nicht gut so?
I: nein, normalerweise ist das Fe2+
L: und das ist ein Problem?
I: ja, kann das O2 nicht binden
L: das ist ein Problem?
I: (ich wusste gar nicht was sagen... Ja??!) ääääähm ja, schon. also zumindest für den Menschen ist das schon nicht so gut...
irgendwie sind wir dann noch drauf gekommen das es schon MetHb im Körper gibt aber es ist <2% und so
Ich hab dann erzählt dass es ja die Katalase gibt und die Reaktion und das mit GSH und NADPred und so alles gezeichnet und gezeigt.
L: nun, jetzt haben Sie alles erläutert um zu Verindern, dass MetHb entsteht. Aber wie wird das denn rückgängig gemacht? Sie haben ja gesagt das sollte nicht ansteigen.
I: (ratlos....) hhhmmmm, ja also, hmmm... (hab ich mir noch nie überlegt...!)
L: also sie haben das ja alles so schon aufgezeichnet und auch gesagt was das für eine Reaktion ist. wie könnte das denn rückgängig gemacht werden?
I: naja, ich denke, dass wird schon irgendwie rückreduziert..?
L: ja genau, und durch was? durch welches Enzym? Es geht nicht einfacher!
I: (kein Plan!) Ferroreduktase? (war mir sicher dass es das gibt! hab nachgeschaut: gibt es, leider nur in den Enterozyten...)
L: nein!
I: Hb-Reduktase?
L: fast!
I: MetHb-Reduktase?
L: genau! Sehen Sie, einfacher gehts nicht!; und warum wird das Eisen denn oxidiert? also wodurch geschieht das?
I: kann spontan passieren
L: naja, aber auch eher selten...
I: okey... (wieder mal ratlos...) also da gibt es auch noch Medikamente die das machen können.
L: ja.
I: und ich denke auch dass Radikale das auch machen
L: ja genau. Sehen Sie sich doch mal Ihre Notizen an, sie haben ja alles hier aufgezeichnet.
I: (habs ewig nicht gecheckt...)oh, ja, ach so, ja ääähhm H2O2 genau! und das Superoxid!
irgendwie ging es dann noch darum wie die Radikale eliminiert werden. Ich weiss nicht mehr so genau, auf jeden Fall wusste ich doch auch nicht wie die verschwinden. Wäre wahrscheinlich Antioxidantien bzw. Radikalfänger gewesen aber naja...
L: und was gibt dass denn sonst noch für Auswirkungen wenn die nicht verschwinden?
I: (wiedermal planlos..., mein Kopf war leer) ......hhhmmm jaaa....
L: stellen Sie sich mal alles Moleküle (??) der Zelle vor und überlegen Sie mal, wo da noch was passieren könnte
I: (Geistesblitz! und gebetet dass ich richtig spekuliere!) ich könnte mir vorstellen dass das für die Zellmembran nicht so gut ist!
L: ich bin beeindruckt! Genau, die Fette! Was passierte denn da? (oh mann, wenigstens 1x Glück!)
I: Ich denke, dass die Membran durchlässiger würde, was nicht so gut wäre.
L: ja genau, sehr gut! wo könnte sich das sonst noch auswirken in der Zelle?
I: (was könnte noch wichtig sein....???) an der DNA!
L: Sehr gut! und was passiert da?
I: (hab nur das Bild mit den H-Brücken vor mir gesehen) naja, ich denke, etwas mit den Wasserstoffbrücken, dass das nicht mehr so fest ist?
L: Mhhmm, ja, und wo passiert das genau?
I: (weiterhin, nur das eine Bild im Kopf, konnte nicht weiterdenken). Naja, also es ist ja Desoxy, vielleicht was damit. Macht aber nicht so Sinn... (beide am lachen )
L: eher was mit den Basen?
naja, ich bin nicht drauf gekommen....
L: könnte da ev. etwas falsches entstehen?
I: ah ja, also wenn das Leseraster verändert wird ist das nicht so gut. Vielleicht während der Transkription, dass da was Falsches eingebaut wird, hmmmm (konnte nicht überlegen...)
L: Ja eher, Replikation.
I: ah ja genau, dass das dann falsch Repliziert wird und dann wird eine falsche Base eingebaut
L: genau, und das kann dann Mutationen geben
I: ja genau!
Irgendwann musste ich noch erläutern was das mit den Proben auf sich hat, welche Probe was bedeutet und warm das Resultat mit ca. 30% viel höher als normal ist. ich glaub das war irgendwann noch früher im Gespräch.

L: gut, dann gehen wird zum 2. Versuch. Was haben Sie da gemacht?
I: ich habe die Reaktionsgeschwindigkeit in Abhängigkeit von der Enzymkonzentration aufgezeichnet.
L: und, ist die Geschwindigkeit abhängig von der Enzymkonzentration?
I: ja, das Gleichgewicht stellt sich schneller ein, also die Aktivierungsenergie wird heruntersetzt
L: genau, das Gleichgewicht ändert sich aber nicht
I: ja, genau!
L: und wie sehen denn da die Graphen aus? hhhmm da hat es ja nur 2..?
hab ihm dann gesagt dass ich das mit dem einen Graphen nicht ganz gecheckt hab und konnten dann einfach noch schnell, schnell den anderen Zeichnen (der Letzte war alle bei 0 ausser die letzte A war ca. 0,003 oder so)
L: okey, dann erläutern Sie mal, was sie hier gezeichnet haben.
hab dann alles erklärt und so was ich gezeichnet hab.
L: und warum ist die Kurve dort denn so flach oben? Warum geht es nicht mehr weiter.
I: (ich hatte vage irgendeinen Satz aus dem Schuler-Skript im Kopf, wusste aber nicht mehr genau ob es jetzt um Substratsättigung ging oder so; denken war auch wieder mal schwierig...) hhhmm also irgendwann ist ja da Gleichgewicht erreicht, aber nein, warten Sie, irgendwie war da was mit alles S liegt als P vor? macht auch nicht so Sinn.... Ah ja natürlich (zum Glück!), wenn alle Substrate im Enzymkomplex sind, nützt mir auch mehr Enzym nichts mehr! Es Beschleunigt die Einstellung des GGW aber irgendwann nützt auch das Enzym nichts mehr (hab mich gefühlt als würde bei mir auch alles nichts mehr nützen..!)
L: ja genau! Sehr gut! Und da der 1. Graph (Enzym 0M), denn hätten Sie ja also gar nicht zeichnen müssen, wenn der eh nur bei Null entlang geht?
I: ja nicht unbedingt, die Reaktion läuft ja ohne Enzym schon PRAKTISCH nicht ab
L: Aha!! jetzt bin ich aber froh haben Sie praktisch gesagt!! Genau!
I: ja, also die Reaktion läuft ja immer ab, auch ohne Enzym.... (konnte meinen Satz gar nicht fertig machen)
L: .... aber halt nur sehr, sehr langsam, genau!
J: ja, genau!
Irgendwann war da auch noch die Frage ob das Enzym denn verändert wird während der Reaktion.
I: Nein, eigentlich nicht
L: ...... (wollte schon Antworten )
I: ABER! es bildet einfach den ES-Komplex
L: Aha!
I: ja, also der Übergangszustand, ich weiss nicht ob man das als Veränderung sehen kann, es ja nach der Reaktion nicht weg oder verändert.
L: okey gut, sagen wir das Enzym kommt so raus wie es in die Reaktion gegangen ist!
I: ja, genau, so habe ich das gemeint!
Er hat sich dann auch mal noch meine Zeichnung angesehen und gefragt ob die Reaktion so im Körper stattfindet. War auch etwas verwirrend, weil ich sagte dass das Molekül so nicht im Körper vorkomme aber die Alk. Phos. die Reaktion sonst schon im Körper mache und mich das auch irgendwie an Tyrosin erinnere. und er meinte ja aber Tyrosin hat kein Phosphat und naja, irgendwie ging das so drum herum, bis ich irgendwann etwas davon sagte dass ja Tyrosin auch phosphoryliert werden könne (Kinasen) und etwas mit Rezeptoren und Inaktivierung oder so.


Ich glaub das wars dann auch schon, bin mir nicht mehr so ganz sicher...

Also Herr Lindner war ein sehr angenehmer und netter Prüfer! Die Stimmung war aufgelockert und wir haben auch ein paar mal gelacht (auch wenn das bei mir wohl eher verlegenheitslachen war und ich mein Gesicht in den Händen verbergen musste!)
Er hat mir schon auch Tipps gegeben wenn ich ratlos war (war ja etwas oft der Fall...) und dann auch immer wieder mal gelobt, wenn was vor mir aus kam. Gab wenigstens Sekunden-weise ein gutes Gefühl... Manchmal hat er mir auch schon fast die Worte aus dem Mund genommen und die Frage dann selber beantwortet, ich konnte dann nur noch ja, genau sagen.

Meiner Meinung nach hatte ich auch etwas Pech mit den Themen. Ich wusste dazu nicht wirklich was zu sagen oder zu zeichnen. Ich habe dass Gefühl dass ich bei anderen Dingen wie Verdauungsenzyme oder Proteinreinigung viel mehr hätte ausholen können mit erzählen.
Zwar hab ich sehr oft nicht recht gewusst was ich jetzt sagen soll oder auf was er hinaus will, Herr Lindner hat mich aber nie irgendwie blöd hingestellt oder so, er hackt recht schnell wieder ein und versucht die Frage auf eine andere Art zu stellen oder an die Antwort zu kommen.
So, zum Glück vorbei, und allen die es noch vor sich haben viel Erfolg!

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Anti-Connaisseur der Biochemie


30.01.2019 16:03 		Proteinreinigung durch Ausfällung und Substratspezifität von Trypsin und Chymotrypsin, geprüft von M. Jinek, CoEx unbekannt

Prüfer Prof. Jinek, coexaminator, namen nicht verstanden

Ich habe Verdauungsenzyme (Substratspezifität von Trypsin und Chymotrypsin) und Proteinreinigung (Ausfällen von Proteinen) gezogen.

Die versuche waren 1:1 wie im Skript, ich verzichte deshalb hier auf einen genauen Beschrieb. Jedoch musste man bei den Verdauungsenzymen die N-Benzoyl-L-Tyrosinethylester zeichnen, was mir Mühe bereitete.

Dann zur Befragung:

Allgemein war die Stimmung nicht allzu steif. Ich war sehr nervös (Biochemie ist nicht meine Stärke). Der Examinator war jedoch fair, hat mir geholfen, wenn ich etwas nicht wusste und ging an vielen Stellen nicht zu sehr ins Detail. Herr Jinek war ein angenehmer Examinator. Habe glaub Glück gehabt.

E: Mit welchem Versuch wollen Sie beginnen?
I: Mit der Proteinreinigung

E: Gut, was haben sie bei diesem Versuch gemacht, was ist das Ziel?
I: Habe ausgeholt, warum wir Proteine reinigen müssen, dass das Ausfällen eine Variante davon ist, dass wir mit verschiedenen Methoden nach unterschiedlichen Eigenschaften des Proteins trennen etc.

E: Wie funktioniert das Ausfällen von Proteinen?
I: Wir verändern die Umgebung des Proteins so, dass es Präzipitiert und dann ausfällt.

E: Okay, zum Reagenzglas A, was passiert da?
I: Wir denaturieren das Protein irreversibel mit Hitze

E: Okay, und was heisst das?
I: Wir zerstören seine native 3d-Konformation.

E: Wie kommt denn diese Konformation zu stande?
-> hier wollte er den Schuler hören, die Bindungstypen und Kräfte die dafür verantwortlich sind. Ich musste eine H-Brücke und eine Salzbrücke zeichnen. Hier habe ich bereut, dass ich den Schuler nur nochmals überflogen habe.

E: Gehen wir zum nächsten Reagenzglas (HCL)
I: Durch die Salzsäure werden seitenketten Protoniert. Weil damit die Positiven Ladungen der SK zunehmen stossen sich die Proteine stärker ab und werden besser löslich.

E: Weshalb stossen sie sich stärker ab?
I: (War hier etwas verwirrt, da ich dachte das vorher schon genannt zu haben) Naja, gleiche ladungen Stossen sich eben ab
E: Richtig.

E:Was passiert beim Reagenzglas C (TCA)?
I: TCA ist ein starkes Detergenz, das die konformation irreversibel zerstört.

E: Können Sie mir das genauer erklären?
I: Konnte ich nicht. TCA ist und bleibt mir suspekt. Habe das so ähnlich gesagt, er ist kurz drauf eingegangen und hat dann weitergemacht.

E: Wie ist es mit dem Nächsten Reagenzglas? (Ethanol)
I: Ethanol hat eine Tiefere Dielektrizitätskonstante als Wasser weil es apolarer ist. Deshalb werden die Ladungen schlechter voneinander abgeschirmt, was dazu führt dass sich die entgegengesetzten Ladungen stärker anziehen.

E: Gut, was passiert bei der Nächsten Reaktion? (Ammoniumsulfat)?
I: Ammoniumsulfat wird als schonendes Aussalzungsmittel verwendet. Es hat zwei grosse Vorteile: 1. Ist es gut löslich, was dazu führt, dass grosse Ionenstärken erreicht werden können, weiter entsteht nicht viel Lösungswärme, die die Proteine denaturieren könnte. 2. Ist Ammoniumsulfat antichaotrop, das heisst es hat nicht die Tendenz, Proteine zu denaturieren, sondern sie lediglich zu Präzipitieren.

E: (unterbrach mich irgendwann) Okay, wie funktioniert denn dieses Aussalzen?
I: Durch Bildung von H-Brücken zwischen dem Wasser, das die Hydrathülle der hydrophoben Bereiche bildet. Diese Hydrophoben Bereiche lagern sich dann zusammen, das Protein verklumpt. (Habe hier noch ein bisschen mehr gesagt, weiss aber nicht mehr was.)

-- Zweiter Versuch--

E: Okay, gehen wir zum nächsten Versuch über. Was können Sie mir über die die beiden Enzyme sagen?
I: Habe dann recht allgemein über Trypsin und Chymotrypsin ausgeholt, d.h. das aus der Praktikumstheorie rezitiert, an das ich mich noch erinnern konnte.

E: Und was können Sie mir über die Verwendeten Substrate sagen?
I: Die verwendeten Substrate sind artifiziell, jedoch für diesen Versuch besonders geeignet, weil durch die Spaltung eine Carbonsäure entsteht. Deshalb können wir relativ einfach mit einem pH indikator nachweisen, ob eine Reaktion stattgefunden hat oder nicht.

E: hat dann meine Zeichnung vom N-Benzoyl-L-Tyrosinethylester angeschaut. Ich habe ihm gesagt dass ich im Bereich der Esterbindung nicht ganz sicher sei. Er hat etwas gesagt das ich nicht verstanden habe und ist dann weitergegangen. Ich habe nachher nachgeschaut. Das Molekül war falsch gezeichnet.

E: Okay, und welches Enzym spaltet nun welches Substrat
I: Habe gesagt welches was macht, mit Bezug auf die verschieden angelegten Bindungstaschen und so.

E: Wollte dann recht genau wissen wie die Spaltung abläuft.
I: Reaktionstyp bleibt erhalten obwohl es eine Ester- und keine Peptidbindung ist etc. An dieser Stelle war ich bisherigen CGFX Einträgen sehr dankbar, denn ich hätte ohne sie diesen bereich der Praktikumstheorie bzw des Schulerskriptes nicht so genau gelernt.

Sagte dass Serin angreift, Histidin das Serin Aktiviert und die Asparaginsäure das Histidin stabilisiert. Weiter nannte ich dass die Triade nicht aufeinanderfolgend auf der AS-Sequenz liegt sondern durch die räumliche Struktur zusammenzuliegen kommt.

E: Können sie mir die Triade aufzeichnen?
I: Ich bin eine absolute Null im zeichnen von AS, habe also einfach eine Skizze gemacht, in die ich Ser, His, Asp geschrieben habe anstatt die SK zu zeichnen. Ich sollte dann noch eine Peptidbindung in die mitte zeichnen.

Okay, und wie funktioniert die Spaltung, erklären Sie mir anhand der Zeichnung.
I: Das Serin greift das carbonyl-C-Atom der Peptidbindung an.

E: (unterbrach mich hier) Welcher teil des Serins?
I: Die Seitenkette

E: Genauer
I: Die Carboxygruppe.

E: *Stirnrunzeln von Marianengraben-Ausmass*
I: Oooh, nein natürlich die Hydroxygruppe. Habe mich versprochen.

E: Okay, machen sie weiter.
I: Das Histidin aktiviert die als Base das Serin, seine positive Ladung wird durch die Asparaginsäure stabilisiert. (Wusste hier echt nicht mehr genauer wie der Mechanismus ist, wäre aber sicher nicht schlecht gewesen noch mehr ins detail gehen zu können.)

E: Okay, was passiert denn mit dem pKs des Histidin in Anwesenheit dieser Asparaginsäure?
I: (Okay, hier hatte ich keine Ahnung. Wusste jedoch dass dies die absoluten Basics waren. pKs steigt, klang logischer für mich.)
pKs steigt sagte in gespielt sicherer Manier.

E: Das ist richtig.
Stein auf meinem Herzen: Fällt krachend zu Boden.

E: Gut das wärs, die Prüfung ist hiermit beendet.



Nach der Prüfung war ich vor allem froh das es vorbei war. Ich weiss nicht, wie ich meine Leistung einschätzen sollte. Die Note folgt in den Kommentaren.

Allgemein: Herr Jinek will einen nicht aufs Glatteis führen, hat mir einen wohlwollenden Eindruck gemacht. Er Gräbt nicht tief wenn das Thema nicht teil der Praktika war, ausser es geht um den Schuler. Die Praktikumstheorie erwartet er jedoch sehr präzise.

Viel Glück mit eurer Prüfungsvorbereitung. Ich hoffe ich konnte etwas behilflich sein.





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Anti-Connaisseur der Biochemie

06.02.2019 14:28

 Note: 5

Biochemie Lusche


29.01.2019 17:49 		Spektrum NADH und Tryptophan, alkalische Phosphatase, geprüft von Gloor

G: mit welchem Versuch wollen Sie beginnen?
- alkal Phosphatase. Es ging darum, die Reaktionsmechanismen (p-Nitrophenylphosphatester wird zu Nitrophenylat) aufzuzeichnen, Michaelis Menten Graphik und Lineweaver Burk zu skizzieren und noch irgendwas...
schluss endlich wollte Gloor gar nicht darüber sprechen, es wurde auch nicht einmal angeschaut. er fragte nur kurz, was ich denn vergessen hatte, was in der Reaktion entsteht beim Zeichnen (Phosphat)... und wie wir die Absoprtion messen (Lambert Beer)

danach ging es die gefühlte Halbe Zeit nur darum, wie man von Produkt (y_Achse) über Zeit (x-Achse) zeichnen würde und wie man von daher auf Michaelis-Menten Grafik kommen konnte (Produkt über Zeit sei Geschwindigkeit(= Steigung); er war jedoch nicht zufrieden damit: er meinte Reaktionsgeschwindigkeit. ok.... Stand ein bisschen auf dem Schlauch und verstehe auch nicht wirklich, warum wir nur darüber gesprochen haben... auch wollte er wissen, warum irgendwann das Produkt nicht mehr zunimmt (Gleichgewicht erreicht; das Wort viel mir natürlich nicht ein.......)

-kurz zudem noch dein Einfluss von Enzymzunahme und Substratzunahme auf Vmax und Km besprochen (Km bleibt gleich, kurz gesagt was es ist), vmax abhängig von der Menge.. Michaelis Menten Gleichugn wurde auch nicht angesprochen. Vielleicht zu banal?


2. Versuch:
Sollte 2 Graphen aufzeichnen und berechnungen machen. Habe ich nicht berechnet, interessierte aber auch niemanden..
NADH und Tryptophan gemäss Absorptionsspektrum aufzeichnen und E mit A und C berechnen (interessierte niemanden, nicht einmal Lambert Beer wurde angesprochen), habe ebenfalls NADH und Tryptophan aufgezeichnet; interessierte aber erstaunlciherweise auch niemanden =>
-Was geschieht, wenn wir ein Gemisch hätten? dann wären Kurven dazwischen.. sagt etwas über die Reinheit einer Probe.... oder mit Absorption könnten wir auch Produktbildungen messen (zB Nitrophenolat, NADox..)....
-Welche Farbe hatte das Gemisch? sagte dass es im UV Bereich absorbiert und von daher wahrscheinlich keine..
-Warum absorbieren Aromaten..?? (böö.. Doppelbindung...?? ..)

G wollte die meiste Zeit über hypothetische Graphen und Zusammenhänge sprechen, auf die man sich eigentlich auch nicht vorbereiten hätte können, entweder man hat das Verständnis, oder weniger.
Wenn ich selber ein bisschen mehr sprechen wollte, um das Gespräch in eine andere Richtung zu lenken, wurde ich meistens unterbrochen. Er leitet das Gespräch doch sehr stark, leider. Basics will er nicht hören, schien mir.

Nichts desto trotz war es nicht so schlimm wie erwartet, aber auch nicht so toll wie gewünscht. Hätte viel mehr gewusst, was aber nicht gefragt wurde. Hoffe daher auf seine Gnade.

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Biochemie Lusche

06.02.2019 14:15

 es gab ne 5!!!! nichts ist unmöglich, danke Gloor my buddy.

YoungestVeteran


29.01.2019 16:21 		Bakteriologie, Titration von Hämoglobin und Aminosäure, geprüft von Dutzler

Beim Versuch Bakteriologie musste man eine Wachstumskurve aufzeichnen und Teilungsrate sowie Generationszeit herausfinden. Befragt dazu wurde ich zunächst ziemlich allgemein, danach ging es in etwas spezifischere Bereiche wie die Optische Dichte (wird nicht durch Absorption, wie ich dachte, sondern durch Streuung erzielt).
Auch das Nährmedium der Bakterien wurde thematisiert, wobei es wichtig war, hervorzuheben dass alle essentiellen Elemente
im Nährmedium vorhanden sein müssen. Wir gingen auf verschiedene Phasen der Wachstungskurve ein, beispielsweise wurde gefragt, warum die Bakterien nicht mehr wachsen/absterben würden (zu wenig Nährstoffe, zu viele Giftstoffe ihres Metabolismus (?)).

Im Titrationskurven-Versuch musste man in der Aufgabe zwei Titrationskurven zeichhen, eine für Hämoglobin und eine für eine unbekannte Aminosäure.
Weitere Aufgabe war dann, herauszufinden welche pKs-Werte in der Aminosäure vorherrschen und dann herauszufinden, um welche Aminosäure es sich handelt. Die Dritte Teilaufgabe war es, die Pufferkapazität des Hämoglobins herauszufinden, worauf wir jedoch nicht eingingen.
Somit blieb uns üppig Zeit für den Aminosäuren-Titrationsversuch. Wichtig war es herauszufinden, dass es Histidin ist. Ich lehne mich mal weit aus dem Fenster und behaupte, dass es wohl immer Histidin sein wird. Dies erkennt ihr aber an den pKs-Werten!
Hier sind wir sehr intensiv auf das Thema pKs-Werte, speziell bei Histidin eingegangen. Protonierung/Ladungszustand der Aminosäure bei welchem pKs wurden Thematisiert, sowie die Struktur von Histidin, insbesondere wo welches Proton abgegeben wird. Ich verlor dabei öfters den Faden, der Experte versuchte mich jedoch soweit es ging auf die richtigen Antworten zu lenken.
Danach kamen wir auf das Hämoglobin zu sprechen, welches bekanntlich andere pKs-Werte und einen höheren Pufferbereich aufweist. Hier wurde gefragt, warum Hämoglobin nun in einem anderen Bereich puffert. Ich versuchte, so gut es ging auf die Antwort zu kommen, es hängt mit der lokalen Umgebung der Puffernden Aminosäure (hauptsächlich Histidin) zusammen. Bei positiv geladener lokaler Aminosäurenumgebung ist der Imidazolring eher protoniert und Puffert deswegen in tieferem (?)pH-Bereich war so etwa "the gist of it", aber ich lasse mich hier gerne korrigieren.

Prinzipiell wurden die Einfachen Fragen relativ schnell abgefrühstückt, worauf hin versucht wurde "tiefer zu bohren". Deswegen denke ich, dass es keine Schande ist, wenn einige tiefere Fragen nicht vollständig beantwortet blieben. Sagt offen, wenn ihr die Antwort nicht wisst oder Fragt den Prüfer nochmals nach, um sicher zu sein dass ihr beide das gleiche meint. Insgesamt war die Atmosphäre angenehm, aber doch sehr "Prüfungs-mässig".

Viel Erfolg wünsche ich allen!

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YoungestVeteran

11.07.2019 10:28

 Note: 4

harlekijn


29.01.2019 15:38 		Pepsin und Titration von Hb & einer unbekannten Aminosäure, geprüft von M. Jinek

Verdau von Eieralbumin mit Pepsin:
Versuch war der gleiche wie im Praktikumsskript, nur dass die Zusammensetzung vom Biuret-Reagenz nicht angegeben war. Ergebnisse bzw. Beobachtungen waren vorgegeben.

Gefragt wurde nach der Bedeutung der einzelnen Proben (RG A-D).
Ich konnte den Versuchsaufbau frei erläutern und wurde gegebenfalls vom Prüfer unterbrochen. Er wollte insbesondere wissen:
- Warum ist das Eieralbumin hitzebehandelt?
- Wieso denaturiert Eieralbumin in der Hitze?
- Was ist Pepsin? Wo kommt es vor? Wo schneidet es, was für Produkte entstehen?
- Was bedeutet Endopeptidase?
- Welche anderen Peptidasen gibt es? -> Trypsin, Chymotrypsin
- Wie unterscheiden sie sich vom Pepsin? Wie ist der Reaktionsmechanismus?
- Den Mechanismus der kovalenten Katalyse der Serinproteasen aufzeichnen (Peptidbindung aufzeichnen und nur den nukleophilen Angriff des Serins aufs alpha-Kohlenstoffatom zeigen, ganze kat. Triade war nicht notwendig). Welches Zwischenprodukt entsteht? -> Ester
- Was ist Biurett und wie wirkt das? -> Komplex aufzeichnen
- Welche anderen Methoden gibt es zur Proteinbestimmung?
- Zur UV-Spekroskopie: welche Aminosäuren absorbieren? Welche am stärksten/schwächsten?

Titration von Hämoglobin und einer unbekannten Aminosäure:
Auch hier war der Versuch wie im Skript. Als Daten hatte ich zwei Tabellen mit den pH-Werten und ml-Angaben von HCl bzw. NaOH. Ich musste zwei Titrationskurven zeichnen. Aus der Hämoglobinkurve musste ich die Pufferkapazität der Hämoglobinlösung berechnen (aus dem HCl-Verbrauch zwischen pH 6.5 und 7.5). Allerdings wurde während der Prüfung gar nicht nach dem Ergebnis oder der Berechnung gefragt.
Aus der Titrationskurve musste ich die pKs-Werte bestimmen und damit die Aminosäure identifizieren. Ich hatte pKs-Werte von ca. 2, 9 und 11 erhalten und daraus geschlossen, dass es sich um Tyrosin oder Lysin handeln konnte.
Ich hatte den Zeitaufwand beim Zeichnen der beiden Graphen unterschätzt und kam recht in Zeitdruck; die Berechnungen konnte ich grade fertig machen und wurde zur Prüfung abgeholt.
Begonnen wurde mit dem Hämoglobin. Ich sollte den Kurvenverlauf erklären.
- Warum ist der Verlauf nicht so sprunghaft wie der der Aminosäure?
- Wo puffert Hb am besten?
- Wo kommt Hb vor?
Zum Schluss musste ich den Kurvenverlauf der Aminosäure erklären: Wann wird was deprotoniert, wie ist was geladen. Wo liegen pKs und Äquivalenzpunkte. Ich musste begründen, warum ich von den pKs-Werten auf Tyr oder Lys kam und wie man zwischen beiden unterscheiden kann.
- Warum nicht Arginin?
- Wie ist der pKs der Arginin-Seitenkette?
- Wie ist der pKs definiert und wie verhält er sich zum pH? -> Hierbei legte er den Schwerpunkt darauf, dass der pKs das Gleichgewicht zwischen protonierten und deprotonierten Gruppen beschreibt.
- Welcher ist der bessere Puffer: Hb oder die Aminosäure?

Alles in allem verlief die Prüfung sehr schnell und unkompliziert. Ich konnte mir aussuchen mit welchem Versuch ich beginnen will. Die Atmosphäre war sehr angenehm. Prof. Jinek lässt einem Raum zum Erklären und fragt bei Unklarheiten nach. Fragen waren fair und verständlich gestellt.
Cheers!

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2ti


29.01.2019 12:06 		Katalase im Blut und Restriktionsenzyme, geprüft von Jinek

Yes keine Enzymscheisse!

Versuch Katalase im Blut
Ich musste genau wie im Praktikum auch beschreiben was in den einzelnen Reagenzgläsern passiert ist.

RG A: Schaum hat sich gebildet, blieb aber weiss. Katalase macht H202 zu H20 und O2. Erys lysieren weil sie in hypotoner Lösung sind und Membranlipide ordnen sich zu Mizellen an. Bleibt aber rot, da ja die Katalase aktiv war und somit kein Met - Hb entstanden ist.

RG B: Natriumazid drin. Hemmt die Katalase -> es entsteht Met-Hb-> braun und mit der Zeit beige, weil der Porhyrinring oxidiert wird und nicht mehr absorbiert.

RG C: Negativkontrolle

Ich musst dann noch die Absorptionsspektren von Oxy , Desoxy und Met- Hb zeichnen, die Sauerstoffsättigungskurven von Hb und Mb.
-erklären was Met- Hb ist und was es macht.
-Bohr Effekt erklären
-Hb mit Mb vergleichen
Ich habe in der Vorbereitung Hb gezeichnet (han mer mega müeh geh) hat ihn aber nicht interessiert

Restriktionsenzyme:

Auch dieser Versuch war eigentlich wie bei uns im Praktikum. Ich bekam das Ergebnis einer Gelelektrophorese von Mut A und Wt A und musste die Grösse der Fragmente abschätzen. Danach musste ich diese anhand einer Restriktionskarte noch genau berechnen.

über das was ich vorbereitet habe wurde ich eigentlich nicht befragt.

Herr Jinek befragte mich über Restriktionsenzyme, was sie sind (Endonukleasen) , wo sie vorkommen, wo sie genau hydrolysieren. Ich musste dann die DNA zeichnen und zeigen wo jetzt die Restriktionsenzyme genau schneiden. Ich fing an die DNA zu zeichnen mit Basen und allem drum und dran, er unterbrach mich aber un fand das geht jetzt aber zu sehr ins Detail, ich solle nur das Phosphatrückgrat und die Zucker zeichnen. (ok sorry)
Er hat mich dann ein bisschen aus dem Konzept gebracht und somit hatte ich dann 4 Möglichkeiten wo die Enzyme schneiden können. 3 mal hab ich es falsch gezeigt aber richtig gesagt, war ein bisschen verwirrt, haha

Ich musste dann noch ein Palindrom zeichnen und sagen was es ist.
Er fragte auch noch wieso die Restriktionsenzyme denn Palindrome erkennen ( weil die ja Homodimere sind und jede Untereinheit lagert sich an einen Strang)
Am Schluss ging er noch auf die Gelelektrophorese ein, was sie ist, wieso etc.
und dann beharrte er noch auf dieser Färbung (EZ- Vision) ich hab nie gepeilt wieso genau diese, aber ja. Er wollte wissen weshalb EZ- Vision. Ich meinte dann so ja man könnte auch eine andere nehmen, ich erinnerte mich nämlich daran, dass es noch eine andere gab, die wir aber nicht benutzt haben, weil sie kanzerogen ist. er meinte dann, ja nein wir nehmen jetzt EZ- Vision. Ich versuchte ein wenig an ihm vorbeizureden und labberte was von DNA absorbiert im UV- Licht und Fluoreszenz und sowas. Schlussendlich hat er dann gemeint es hat was mit dem UV und VIS Licht zusammen zu tun.
Ok who cares dachte ich und dann wars auch schon vorbei!

Herr Jinek war angenehm und stellte auch faire Fragen eigentlich einfach der Schluss war ein bisschen mühsam mit diesen Färbungen.
Es ist nicht so schlimm wie man denkt auch wenn ich vorher kurz vor einem Kammerflimmern war, auch ich habe es überlebt!

ade merciii






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LA


29.01.2019 08:31 		Methb und Enzymkinetik (alkalische Phosphatase), geprüft von Mittl und unbekannte Frau

Zu den Versuchen

Bei Methb musste ich den Gehalt im Blut berechnen. Ich war zuerst ein bisschen verwirrt dass nur die Absorption angegeben war und ich dachte man bräuchte den Absorptionskoeffizienten noch (ich glaube bei unserem Versuch im Praktikum war das so). Habe mich dann aber entschieden, dass das wohl nicht der Fall ist weil die Absorption ja direkt proportional zur Konzentration ist.
Also Konzentration ausgerechnet, ziemlich easy.
Und dann noch erklären für was die einzelnen Röhrchen sind.
Bei der Enzymkinetik musste ich drei Graphen zeichnen, Absorption über Zeit mit drei verschiedenen Enzymkonzentrationen.
War auch kein Problem hat aber nachher niemanden interessiert.

Herr Mittl hat mich abgeholt, sich vorgestellt und dann gingen wir ins Prüfungszimmer nebenan. Dort sass schon eine Frau drin, vielleicht hat sie sich vorgestellt und ich habs in der Nervosität einfach nicht gehört - jedenfalls hab ich keine Ahnung wie sie hiess. Sie war aber sehr freundlich und hat sowieso fast nur aufgeschrieben.
Wie auch immer. Dann konnte ich aussuchen mit was ich beginnen wollte und sagte MetHb - ich dachte vielleicht haben wir dann nicht mehr so viel Zeit für Enzymkinetik (und Arrhenius, mit dem konnte ich mich bis zuletzt nicht anfreunden).

M: Was haben Sie gemacht?
I: Ich hatte vier Röhrchen und es ging darum den Methb Gehalt im Blut zu bestimmen. Röhrchen A gibt eine Aussage über den wahren Gehalt des MetHbs.
M: Wie entsteht das Methb im Blut?
I: Jaa, also wenn das Fe2+ oxidiert wird zu Fe3+
M: Jaaa hmm und wann passiert das?
I: Das passiert eigentlich ständig aber wir haben ein Enzym, die Methb Reduktase welche das rückgängig macht.
M: Und wie passiert das?
I: Es ist eine Oxidationsreaktion....?
M: Jaaa und was passiert da noch?
I: Es bildet sich ein Radikal
M: Wie heisst das?
I: Superoxidanion
M: Genau, und was machen wir damit nachher?
I: Es wird in H2O2 umgewandelt und dann entweder über die Katalase in H2O oder über das Glutathion
M: Ahh Glutathion, wie funktioniert das?
I: Also das Glutathion - (glaube es sind zwei) reduzieren das H2O2 und werden dabei selber oxidiert und über eine Disulfidbrücke verbunden.
M: Und was hat es da drin im Glutathion?
I: äääh Schwefel?
M: Jaa und wie nennt man das?
I: Sulfat ( bi echt e Lusche i Chemie - sorry wahrschinli langed sich jetz paar an Chopf)
M: Neein.
I:Hmm, ja jedenfalls hat es eine SH Gruppe die dann mit einer zweiten oxidiert wird.
M: Ja das stimmt, wo kommt diese SH Gruppe her?
I: Von einer Aminosäure
M: Genau, welche?
I: Cystein oder Methionin, Methionin vielleicht eher nicht weil sie dort nicht randständig ist (hab denkt ich stell mal paar Hypothese uf in Gloor Manier
M: (leider unbeeindruckt vo minere These) - genau Cystein. Was hat es sonst noch im Glutathion
I: Andere Aminosäuren? Vielleicht Glutamin
M: Genau, was noch?
I: Glutamat (hehehe Ziit am probiere schinde, ha echt kein Plan gha)
M: Ja stimmt. Was ist da besonders?
I: Ähhh.
M: Die sind speziell verknüpft, wie nennt man das?
I: Polypeptid?
M: Nö, das ist ja normal. Ne Isopeptidbindung nennt man das
I: (wie gseit, Chemielusche) aaaah, das habe ich auch schön gehört
(Alli hend bitz gelacht, sie wahrschinli denkt nice try ich ha denkt besser lache als brüele - nei Spass so schlimm ischs echt ned)
M: Was hat es sonst noch drin
I: Ich weiss es nicht
M: Wie kürzt man denn Glutathion ab?
I: GSH
M: Genau....
I: Jaaa eben Glutamat und Glutaminsäure und Cystein
M: Andere AS mit G?
I: (Mis Hirn scho id Ferien, es isch mer keini me in Sinn cho)
M: Glycin!

Dann wollte er noch ziemlich genau wissen wie denn das Kalimhexacyanoferrat das gesamte Fe2+ oxidiert. Ich hatte nicht so viel Ahnung, sagte dann einfach mal Oxidationsreaktion, er sagte zuerst nein und dann stimmte es aber offenbar doch. Anscheinend bildet sich auch noch ein Radikal.
Dann wollte er wissen was das Cyanid macht (bindet an Fe3+ und lässt das Absorptionsmaximum verschwinden) und was gefährlich ist an Cyanid - vor allem das binden ans Cytochrom C in Komplex IV der Atmungskette.
Dann wurde es lustig:
Er bemerkte dann dass ich ja Ärztin werde und nicht Biochemikern (Jackpot - da waren wir wohl beide froh drüber) und was ich darum tun würde wenn jemand Cyanid geschluckt hat. Vielleicht wollte er mir damit die Chance geben zu zeigen dass mir klinische Bezüge eher liegen - naja war leider nicht der Fall. Er hat dann aber mit mir gemeinsam hergeleitet dass man etwas geben muss welches das Cyanid stärker bindet als das Fe3+ in der Atmungskette - einerseits wären das Nitritionen und andererseits VB12 (ja es hat Cobalt drin, Cobalt ist auch dreifach positiv geladen - wusste ich nicht)
Dann sagte er: Oh wir sind abgeschweift, das sollten wir ja nicht. Weiter zum zweiten Versuch

I: Ich habe die Produktbildung gegen die Enzymkonzentration aufgezeichnet.
M: (Schaut meine Skizze des Nitrophenolphosphatesters an) Ahh was haben wir da
I: Einen Phosphatester
M: Hm wo denn?
I: (WTF es hett doch eine?! Und gseh denn dasi s P und s O vertuscht han uf de Zeichnig) Oh Entschuldigung, das ist falsch
Dann dürfte ich korrigieren
M: Ist das Produkt physiologisch?
I: Nein es ist künstlich aber Phosphatester kommen schon im Körper vor
M: Ahja wo denn?
I: AMP
M: Jaaa wo noch?
I: Ja zum Beispiel an AS Resten
M: Welche?
I: Serin, Threonin
M: Genau und wieso sollte man das tun wollen?
I: ja zum Beispiel um die Enzymaktivität zu regulieren
M: und wie heissen diese Enzyme
I: Kinasen
M: die Umkehrreaktion
I: Phosphatasen
M: Genau. Jetz haben sie ja einen relativ hohen PH bei dieser Reaktion, wie haben sie das gemacht?
I: Der PH sollte konstant gehalten werden, wir haben das mit dem Puffer gemacht
M: Was ist ein Puffer?
I: Eine schwache Säure oder Base mit ihrer konjugierten schwachen Säure oder Base die PH Veränderungen abfedern kann
M: Ja genau (han allgemein sGfühl daser amel sobald er sGfühl gha hett sich seg öpis richtiges (ja isch scho vorcho) denn nüm sooo genau glost hett)
Er wollte dann noch einige Dinge wissen zum Carbonatpuffer im Körper, war ziemlich harzig weil ich das nicht mehr sooo genau wusste. Also zuerst sollte ich Kohlensäure aufzeichnen - ich wusste leider nur noch die Formel zeichnen musste er mir dann helfen.
Und dann fragte er bei welchen Pks Werten die Hs dann dissoziieren (das erste bei ca. PH 7 glaubs und das zweite eben bei PH 10 - siehe alkalische Phosphatase Reaktion - das war wohl der Zusammenhang zum Experiment den er mir aufzeigen wollte, er hatte da mehr Freude daran als ich aber ja, er hats sicher gut gemeint.)
Und dann war die Zeit dann auch schon um, er verabschiedete sich und wünschte mir alles Gute ( jööö).

Also, an alle die sich bis hierher durchgekämpft haben:
Ich habe viele Horrorgeschichten von Mittl gehört und kann diese also nicht bestätigen. Er ist wirklich sehr sehr freundlich und auch gut gelaunt was man glaube ich nicht von allen Prüfern behaupten kann.
Ja es stimmt er stellt schwierigere Fragen (nehme ich an, ich hatte ja nur ihn) und ja vielleicht haben sie nicht mega direkt etwas ist dem Experiment zu tun. Aber ich finde man hat bei meinen Fragen den Bezug eigentlich immer gesehen und dass er einfach random Dinge von seiner Vorlesung abfragt stimmt also wirklich nicht (jedenfalls bei mir nicht).
Und wenn man etwas nicht weiss (isch scho zimli oft vorcho bi mier wenni so drüber nachdenke - jänu) dann hilft er weiter und gibt einem auch nicht das Gefühl man sei total von gestern dass man das jetzt nicht weiss - vielleicht denkt er das aber er lässt sichs zumindest nicht anmerken).

Darum: Lässt euch nicht entmutigen und gebt einfach euer Bestes. Man kann das Ganze nur ein Stück weit beeinflussen, es ist auch viel Glück dabei!

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28.01.2019 16:26 		Enzymaktivität und Absorptionsspektrum von Hb, geprüft von Mittl

Also ich chan glaub sunglücklichste Los vo allne zoge, han de Mittl als Prüefer becho und zwei happigi Themene. Natürli je nach Betrachtig.

1. Versuech Enzymaktivität: Reaktion vode LDH -> Glichgewichtskonstante usrechne. Alles gmacht etc. usgrechnet, molekül zeichnet und na die vorherige Reaktione zude Kreatinkinase dezue gschriebe.

2. Absoprtionsspektrum vo OxyHb und DesoxyHb ufem Milimeterpapier izeichne. So guet wie möglich gmacht, geh sind Absorptionswerte bi bestimmte Wellelängene.

Prüefig:

Mittl het mich abgholt, het gfrögt was für praktika gha han und denn direkt mit de erste Frag agfange ohni dasi han chöne uswähle.

- Was sind Enzyme? -> sind protein

- Sind alle Proteine Enzyme? -> Nei, git Ribozym und au Protein wie z.b Albumin wo im Bluet Transporter isch.

- Was transportiert Albumin? -> Cholesterin und Fettsüri

- Was ischs spezielle ah Enzym dass sie sich vode andere Protein unterscheide? -> ha denn epis usegstottert wie sie hend es katalytisches Zentrum etc.

- Druf heter gfrögt was Enzym spezifisch bindet? -> Hani gseit Substrat, heter aber ned gmeint demit. Mit viel rund herum bini denn druf cho dases de Übergangszuestand stabilisiert. (logisch ja, aber isch mer ih dere Situation doch ned igfalle sofort).

- Han denn müsse na de Graph mitem Übergangszuestand ufzeichne

- Denn heter uf mis Blatt gluegt und het LDH gseh, hetter gfrögt was LDH füres Enzym isch -> Dehydrogenase

- Was isch de unterschied zu Oxygenase, Carboxylase und Kinase? Hani alles ned so gnau gwüsst, irgendwas usegstotteret und schlussendlich denn mit ihm zeme usegfunde. Eig au easy, aber ih dem moment ned gwüsst.

- Denn heter gseh dass ich no die vorherige kopplete Reaktione mit Kreatinkinase ufgschriebe han (aber mega chli und mit bleistift) -> denn hetter agfange über Kreatin fröge, was isch de unterschied zu Keratin, wie wirds bildet, us was wirds bildet und wo wirds bildet. Für was brucht mehr Kreatinphosphat? Alles zum Metabolismus...

- Hemmer recht lang über das gredet, denn hetter sich de versuech gnau agluegt und gseh dass Kreatinkinase reaktion gar ned drin vorchunnt, hani druf gmeint dasis eifach chli ufgschriebe han wils im ganze praktikum drum gange isch. Het er nüt dezue gmeint und wieter mit Enzym gmacht.

- Michealis Menten, praktisch alles dezue, Glichig ufschriebe, Graphzeichne, Ifluss wenn mer Enzymkonz um dhälfti abesetzt, ifluss vo pH und Temp uf Michaelis Menten. Stiegig ihde Gerade ufzeige und Stiegig formle ufzeige. Was passiert wenn Substrat unendlich isch? Schlussendlich heter na epis zu Lineweaver Burk gfrögt.

- Denn hetter mit em Zweite versuech agfange und sozege die direkt überleitig vode Michealis Menten Grafik zude Suurstoffsättigungkurve vo Hb. Sättigungskurve müsse ufzeichne, Achse aschriebe (die y-Achse isch ja Sauerstoffsättigung in % -> heter wele de Name vode Y-Achse wüsse. Hani gseit Sättigungs in %, falsch, isch eifach Y. WTF

- Was isch Sättigungskoeffizient? -> Hani ned checkt waser demit mein, han mega viel dezue überleit obs eh formle oder so git. Wär aber eifach oxyHb/GesamtHb gsi.

- Denn heter mini Absorptionskurve vo Oxy und Desoxy agluegt. Gfrögt womer Gsamtkonz chan messe -> Isospestischer Punkt. Denn hetter na gfrögt wie mer OxyHb konz chönnt ermittle. Mega lang drum gange und schlussendlich heter wele uf Differenz Absorption wele use (WTF isch das?!, na nie devo ghört.)

- Denn ischs na um Spektrometrie gange, han müsse erchläre was spektrometer isch, wie das gnau funktioniert und Unterschied zwüsched Einstrahl und Zweistrahl Spektrometer.

- Das wärs denn au gsi, er isch 0.0 würkli gar ned uf mini Rechnige igange etc. Het nüt vo dem wele gseh woni zeichnet han, obwohl ich na druf higwiese han. Isch eig irgendwas random gsi woner grad useglah het. Enzymaktivität als Thema, meh über Kinetik gredet. Am Afang wohl am Thema verbie gredet, aber ned min fehler find ich, er het agfange vode Kreatinkinase fröge.

Mittl eigentlich en nette prüefer, er frögt aber eifach irgendepis. Coex isch eh Frau gsi und het nume ufgschriebe, nüt dezue gseit. Isch en richtige Kampf gsi, bin froh gsi wos fertig gsi isch. Es isch wie Lotto ich segs eu, meh chan irgendepis becho und schlussendlich wird mer trozdem über irgendwas gfrögt. Naja hoffe er bewertet nett! Note gits denn ide Kommentär.

Dfrage vor allem am afang sind recht machbar gsi, aber bin überforderet gsi ide Situation und han teilwies die eifachste Sache ned ganz begriffe. Vor allem heter sini ganz Kreatin vorlesig bis zu SAM methylgruppe überträgig gfrögt WTF.

Hoffe es bringt epis, da mal usere Sicht wo ned ganz guet gloffe isch wie bide andere Bricht. Seged eifach waser dezue meined, und tüsched ned ah! Stay Strong, Stay canny.

cheers

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#niemalsantäuschen

06.02.2019 17:51

 habe nicht angetäuscht. 6er

Lele


28.01.2019 11:25 		pH-Abhängigkeit von Trypsin und PCR, geprüft von A. Caflisch &amp; CoEx P. Lindner

PCR:
Grösse des PCR-Fragment abschätzen mit Marker
Grösse des PCR-Fragments ausrechen (Afang vom erste bzw Ende vom zweite Primer, da sie ja Teil vom Produkt werded)
PCR Ablauf aufzeichnen

pH-Abhängigkeit von Trypsin:
die Absorptionswerte von Kontrolle und Probe mit Trypsin waren gegeben, deltaA ausrechnen und Grafik aufzeichnen

Also ich ha minere Meinig na echt Glück gha mit de Versüech und ned so komplizierti Ufgabe, drum hani während de Vorbereitig au scho ziemli ziit gha zum mir suscht na paar Notize zmache zude Versüech, was sicher sehr hilfrich gsi isch^^

de Hr Caflisch isch ziemli agnehm gsi, er het viil zude Praktika gfrögt und mini antworte bestätigt bzw wiiterghulfe, wennis ned cheggt ha. De Hr Lindner het bis uf eimal eigentli nüt gseit, nur ab und zue gnickt und sich Notize gmacht.


Ich cha mi nüm so guet a alles erinnere, drum protokollier ich mini Prüefig leider ned so schön wie viili anderi da Ich ha mitem Trypsin-Versuech agfange, da ich mich det sicherer gfühlt ha.

Trypsin:
- Ziel und Resultat vom Versuech

- Begründig vom Resultat: da hani zerst wele physiologisch erkläre vom pH Optimum im Duodenum, aber er het gmeint es intressieri ihn chemisch???? aso hani über die katalytisch Triade vo Trypsin verzellt

- witeri Frage dezue sind gsi ob denn die 3 As nebenand lieged (nei erst in 3D Konformation), ob das Ganze au würd mit Citrullin als Substrat funktioniere, wo gnau sEnzym spaltet, weles Atom agriffe wird, obs au würd mit Esterbindig gah und wieso

- Histidin zeichne

- Bsp vo Pepsin, wie würd da dpH-Abhängigkeit usgseh, wie funktionierts (Asp-Asp Diade), wieso

- zu wellne Klasse vo Peptidasen ghöred die beide Enzym? Kenned sie na anderi Klasse? (zB Metallopeptidase und Cysteinpeptidase)

- denn simmer irgendwie uf dabsorption zspreche cho, Formle uf schriibe und die einzelne Komponente erkläre (Epsilon isch natürli au vode Wellelängi abhängig, hani nüm gwüsst), wie viel Liecht chunt hinde a wenn A=1


PCR
- au wieder Versuech, Resultat und Ziel erklärt

- er het mini zeichnig agluegt woner glaub zfriede gsi isch demit

- was bruchts alles für PCR?

- leider hani da bim erkläre gseit das dur dHitz dDNA trennt wird (was ja stimmt) will dWasserstoff-Brugge trennt werded (da isch er denn ziemli lang druf umegritte und het e gnäueri antwort welle, woni ihm aber ned ha chönne geh. Anschiinend trenned sich dH-Brugge au scho bi viil tüfere Temperature, und es gaht vorallem drum zum d stacking force und dVdWWw ztrenne. Sowieso bini da ziemli verwirrt gsi und ha was vo alpha-Helix verzellt^^, drum als Tipp: antwortet eher minimal, wenner eu bimene Thema ned so sicher fühled. Wenns na meh wend wüsse, frogeds denn scho na.)

- denn hani na müsse DNA ufzeichne und dBindige erkläre, und wieso dEnde 5 und 3 heissed (falls ihr das je gfrögt werded: die Zahle ohni Strich sind für dBase reserviert und die mit Strich für Zucker), und zum Schluss hani na Adenin müsse zeichne


So das wärs glaub eppe gsi, dPrüefig isch ziemli schnell verbi. Ich hoffe, es hilft vlt epperem...
A alli wos na vor sich hend, viel Glück, ihr schaffed das!

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Zoro


27.01.2019 11:11 		Ionenaustauschchromatographie und Enymkinetik, geprüft von Nettels

Vorbereitung: Versuche 1:1 wie im Praktikumsskript. Zu Enzymkinetik war eine Liste mit den Absorptionswerten vorhanden und ebenfalls ein Diagramm wo die Absorption gegen die Zeit aufgetragen war. Die Aufgabe bestand darin, U/ml und die Konzentration der Kreatinkinase in mg/ml zu bestimmen. Dies war sehr einfach da die Formel dazu eigentlich im Text gegeben war. Dauerte also keine 5min diese Rechnung durchzuführen. Die Aufgabe bei der Ionenaustauschchromatographie war auch nicht schwieriger. War die Farbintensität pro Röhrchen von 0 bis ++++ gegeben. Daraus musste das Eluationsprofil gezeichnet werden und das Prinzip der Ionenaustauschchromatographie erklären. Machte dazu eine kleine Skizze. Nach 10min war ich also eigentlich fertig mit den Aufgaben. Jetzt begann ich einfach noch die Moleküle die in de Versuchen vorkommen und die ich zeichnen konnte zu zeichnen. (NAD(H), ATP, Kreatin, Pyruvat, Lactat).

Ich durfte wählen mit welchem Versuch ich beginnen will. Startete mit dem Ionenaustausch weil ich dachte gibt weniger dazu zu sagen und bleibt so noch genügend Zeit für die Enzymaktivität.

N: Erzählen sie mal was sie gemachth haben.
I: Habe dann alles zum Versuch gesagt das ich wusste und anhand von meiner Skizze erklärt und bin auch auf den Einfluss des pH und des IEPs eingegange.
N: Jezt haben sie eigentlich schon alles zum Versuch gesagt. Stellte aber dann nochmals paar Fragen zu IEP und so. Wie ich den pH wählen würde bei anderen Protein und so.
I: Hatte mir in der Vorbereitung aufgeschrieben wie die Ladung ist wenn pH < IEP und umgekehrt. Dies half mir das ich mich nicht versprochen habe. Brachte dann das Beispiel Pepsin das ja einen sehr tiefen IEP hat.
N: Wie trennen sie zwei Proteine mit gleichem IEP?
I: Bsp Affinitätschromatographie mit Antikörpern (führte das dann noch genauer aus). Begann dann noch von der Gelfiltration zu sprechen. Und dann von der SDS-Page aber das das ja eigentlich eine andere Funktion hat da es ja durch das SDS denaturiert wird (relativierte also meine eigene Aussage direkt wieder.)
N: Ja für was brauchen wir die Proteinreinigung dann?
I: Brachte dann eine lange Geschichte das früher Antikörper so gewonnen werden könnten oder das früher Insulin in Schweinen produziert wurde und das dieses für die Therapie gereinigt werden musste.
N: Hier verwenden wir ja CytC wozu dient es im Körper?
I: Atmungskette und dann auch erklärt das hier das CN- die Vergiftungssymptome auslöst und nicht beim Häm da das Eisen einen anderen Ladungszustand hat.
N: Bin fertig so weit. Zur CoEx haben Sie noch eine Frage?
C: Wollte nochmals auf die Gelfiltration eingehen und fragte nach was dort getrennt wird
I: Sagte nochmals nach Grösse wie ich bereits gesagt hattte
C: nicht genau
I: (ohne gross Nachzudenken) ok vielleicht Masse
C: oh nein das noch viel weniger
I: ok vlt nicht nur Grösse sondern Form. Beispielsweise Globuläre vs Fibrilläre Proteine
C: jetzt bin ich auch zufrieden

Wechsel zu Enzymaktivität

N: Sagen sie etwas zum Versuch
I: Erzählte das es darum ging die Kreatinkinase nachzuweisen und das es nicht möglich ist direkt sondern wir deren Aktivität nachweisen und dies auch nicht direkt möglich ist da Produkte keine andere Absorption als Edukte haben. Da ja ATP und ADP gleich absorbieren da ja das Adenin absorbiert und nicht die Phosphatgruppen. Zeigte dazu auch auf meine Zeichnung des ATPs und auf die Phosphatgruppe die Übetragen wird (N: sagte dann etwas zu meiner Zeichnung das das Adenin für ihn komisch aussieht, aber das sei jetzt egal. Lag vmtl. daran das ich es genau anders herum gezeichnet hatte als es in den Lehrbüchern gemacht wird.) Sagte dann auch das dieser Nachweis effektiv Verwendung in der Labordiagnostik findet da ja KK normalerweise nicht im Blut ist.
N: Wo befindet es sich denn?
I: Cytoplasma und Mitrochondrium von Muskelzellen => Marker für Infarkt oder Muskeldistrophie da dort durch Nekrose ins Serum gelangt.
N: Die anderen Reaktionen sind auch Physiologisch?
I: Ja aber nicht in dieser Reihenfolge
N: Wo kommen sie den vor?
I: PK als letzter Schritt der Glykolyse, LDH zum Abbau von NADH bei Anerober Stoffwechsellage.
N: Wiese Abbau von NADH
I: da es sonst als Produkt der Glykolyse die Glykolyse inhibiert und deshalb auch die Glykolyse zum stehen kommen würde
N: ja kann man vlt auch so sagen aber was entsteht dann durch die Reaktion der LDH
I: Ah NAD(ox) ist ja Cosubstrat der Glykolyse. Glykolyse würde also auch zu stehen kommen weil ein Substratmangel vorliegt
N: ja genau würde es eher so beschreiben.
I: habe dann auch noch kurz über den Cori-Zykluss sprechen wollen da ja dort das Lactat in der Leber als Substrat für die Glykoneogenese dient.
N: jaja das stimmt schon aber wir können hier jetzt nicht noch den gesamten Stoffwechsel abhandeln. Deshalb zurück zum Experiement. Was ist wichtig für Reaktion 2 und 3?
I: GGW der 3. muss stark rechts liegen, dass er 2. ist nicht so wichtig, da ja durch das Abführen von Produkten die Reaktion immer nach rechts läuft.
N: ja sind sie da sicher?
I: begann dann das einfach die Geschwindigkeit hoch sein muss dies aber unabhängig von der GGW-Lage durch hohe Enzymkonzentrationen erreicht werden kann. Das also das Enzym im Überfluss zugegeben wird.
N: Ja das mit der Geschwindigkeit stimmt sicher aber er blieb dabei das das GGW für die 2. Reaktion auch rechts liegen muss.
N: Sie haben ja noch etwas berechnet sagen sie dazu etwas
I: habe dann die Rechnung erklärt mit den Werten aus der Tabelle usw. War ein 3 Zeiler dauert also nicht besonders lange und sind auch nicht genau auf die Werte eingangen mehr das Prinzip war wichtig.
N: dann sind wir hier fertig

Allgemein: N war ein angenehmer Prüfer lies mir immer die Zeit sehr weit auszuhohlen und unterbrach mich eigentlich nie. konnte so das Gespräch relativ stark selber lenken. Wichtig ist einfach das wenn ihr selber etwas erzählt ihr dazu auch etwas mehr wisst da sie dann auch die Fragen dazu stellen werden. Also werft nicht einfach mit Wörter um euch die ihr dann nicht genauer erklären könnt. Lernt gut zu jedem Versuch was genau das Ziel dieses Versuchs war. Sind häufig die Einstiegsfragen und könnt wenn ihr das genau erklärt schon zu beginn einen guten Eindruck machen.
(Note folgt dann noch in den Kommentaren wenn sie bekannt ist)

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Zoro

06.02.2019 16:10

 Note: 6

Money Boiii


26.01.2019 00:36 		Katalase im Blut & Restriktionsenzyme, geprüft von A. Caflisch &amp; CoEx P. Lindner

Am Anfang sitzt man in dem Raum mit den Tischen beim biochemischen Institut, bis man dann zu dritt aufgerufen wird, woraufhin man ins Büro kommen muss, dort einem alle Infos gegeben werden, man sine Wertsachen abgeben kann und jeder aus einem Stapel mit 3 unterschiedlichen Farben ein Mäppchen ziehen kann, in welchem beide Versuche drinstehen.
Danach wird jeder in einen separaten Raum gebracht, in welchem ein anderer Student sitzt und seine Versuche vorbereitet. Dieser wird aber kurze Zeit später geholt (Der, der den anderen Studenten holt, ist euer Experte bei der mündlichen, war zumindest bei mir so.)

Versuchsafbau gleich, wie im Praktikum (siehe im Eintrag weiter unten)

Nach 45 Minuten wurde ich abgeholt und ins Prüfungszimmer nebenan gebracht. Nach kurzer Begrüssung und Vergewisserung, dass ich der Typ bin, der auch auf der Legi drauf ist, ging es auch schon los:

Ich durfte auswählen, mit welchem ich beginnen wollen würde. Ich entschied mich für die Katalase, da ich das Gefühl hatte, dass dieser Versuch mir besser liegen würde.

Katalase:

Ziel des Versuchs?
-Erklärte es.

Was passiert bei den einzelnen Reagenzien A, B & C?
- Herr Caflisch liess einem immer Zeit um schön alles zu erklären und unterbrach einen wenn man zu sehr ins Detail gehen wollte.

Was macht Katalase?
Erzählte die Reaktionsgleichung, sagte dass es sich um eine Disproportioniereung handle und erklärte weshalb, dies schien im aber zu sehr ins Detail zu gehen, also sagte ich, wieso sich Schaum bildet im Reagenz (O2 Freisetzung und die Phospholipide, von den in hypotoner Lösung lysierten Erymembran). Ich zeigte ihm anschliessend meinen, in der Vorbereitung gemalten Porphyrinring.

Danach fragte Herr Caflisch, ob die Katalase ein schnelles Enzym sei und wieso. Da ich ihn verdutzt anschaute lächelte er und meinte, daich bis jetzt alles gewusst hatte, müsse er schwierigere Fragen stellen. Mit viel Hilfe von ihm kam ich drauf, dass die Produkte bei der Katalase wenig miteinander wechselwirkten, im Vergleich zu Proteasen, bei denen die Produkte (Peptide) durch hohe Van der Waals Kräfte wechselwirkten.

Zum Schluss wollte er noch wissen, wofür die Probe C da wäre. Das Wort, was er hier hören wollte war "Negativkontrolle".

Danach machte er die Überleitung zum zweiten Teilexperiment.

Restriktionsenzyme:

Zu erst musste ich den Begriff "Restriktionssenzym" definieren. Immer, wenn ich zu sehr ins Detail gehen wollte, unterbrach er mich und stellte eine andere Frage. Wir kamen auf Plasmide, Vektoren und Resistenz gegen Penicillinin zu sprechen. Anschliessend fragte er, ob ich die funktionelle Gruppe von Penicillin (Beta-Lactam) zeichnen könne. Ich, voll in meinem Element sagte stolz, dass wenn er wolle ich auch Penicillin aufzeichnen könne, allerdings winkte er ab und meinte, er wüsste selber nicht wie es ausschaue und wirkte beeindruckt. Ich zeichnete Beta-Lactam auf und musste anschliessend einzeichnen, wo die Enzyme von penicillinresistenten Bakterien den Lactamring schneiden (zwischen Carbonyl-C und N) Danach kamen wir auf die Restriktionsenzyme zu sprechen und wofür man sie in der Biotechnologie gebrauchen könne. Ich meinte zum Einbau von klonierter Dna in Plasmide. Daraufhin erklärte ich ihm, was Plasmide waren, worauf er mich wieder unterbrach, als ich zu sehr auf Details einging.
Seine letzte Frage, für die ich lang brauchte war, wieso man manche Proteine, welche man mit Klonierungsvektoren herstellte, eher in Hefe produziert. Die Antwort war, weil Hefe Eukaryonten sin (Mehrzeller) und diese Golgi-Apparat, Er, etc. besässen, mit welchen man posttranslationelle Modifikationen vornehmen könne, welche in Einzellern nicht möglich wäre. (Er wollte auch Beispiele für posttranslationelle Modifikationen haben (Glykolisierung).

Dann waren wir auch schon fertig. Die Prüfung ging eine knappe halbe Stunde (28min).

Zu den beiden Prüfern kann man sagen, dass sie sehr angenehm waren. Herr Lindner schrieb mit, stellte keine Frage und schrieb mit, nickte oder schüttelte jedoch den Kopf bei richtigen oder falschen Antworten. Herr Caflisch war sehr nett und ermutigte einen mit Bemerkungen, wie "Das wissen sie vermutlich eh schon, aber wieso..." und ähnlichem. Allerdings unterbricht er einen schnell, wenn man zu sehr ins Detail gehen will.

Am Schluss der Prüfung wollte er von mir wissen, wieso ich Penicillin zeichnen könne und (das zählte nicht mehr zu der Prüfung) ob ich auch Aspirin zeichnen könne. Ich sagte, bei Aspirin sei ich mir nicht ganz sicher, aber Penicillin käme im Praktikumskript vor und weil ich genug Zeit zum Lernen hatte, hätte ich auch Penicillin gelernt zu zeichnen. Das schien ihm zu gefallen.

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Money Boiii

06.02.2019 19:32

 Het en 6er geh!

Tscheierlu


24.01.2019 18:57 		Proteinreinigung & SDS-PAGE, geprüft von Gloor

han 1:1 gliche Versuech gha wie de unter mir nur halt en andere Prüefe, jetzt gsehnder was für en Unterschied das macht.

Also ich bin schlau gsih und han bim Stapel witer unde griffe und debi das Glück gha Proteinreinigung und SDS-PAGE becho, han bi dem vo 2 anderi wo es vor mir zoge hend scho ghört, dass das Experiment echli andersch isch als mir es gmacht hend.

Versuech Proteinreinigung:
Rinderplasma mit Albumin und IgG usfälle lah mit Ammoniumsulfat. mer nimmt 4ml vo beidem lahts inkubiere und zentrifugiert es denn. Danach nimmt mer de Überstand und tuets in en reagenz mit Ü1 beschriftet ine. Das Sediment tuet mer mit Phosphatpuffer wieder löse und in en Reagenz Sed1 ine. Danach nimmt mer vom Ü1 1ml und vermischt es mit 3ml Ammoniumsulfat, inkubiert es und zentrifugiert es wieder. Nimmt wieder de Überstand und tuets in en Reagenz mit Ü2 beschriftet und Sediment wieder in Phosphatpuffer löse und mit Sed2 beschriftet.
Nachdem tuet mer ih allne Reagenzie Trichloressigsäure ine und beobachtet Fällig (in + ahgeh wieviel gfällt worde isch).
Ü1=++
Sed1=++
Ü2=0
Sed2=++
-mer gseht dadurch das Ammoniumsulfat reversibel usfälle tuet und dass nachde fällig vom Überstand 1 alli Protein usgfällt worde sind, wodurch mer im Ü2 nüt meh usfälle chan

Versuech SDS-PAGE:
mer nimmt die gliche Reagenzie wie usem Proteinreinigung und tuet ih allne eimal Ladepuffer mit DTT ine und eimal ohni DTT. Wird beschriftet mit A-H, wobi A=Ü1 mit Ladepuffer ohni DTT usw. (A-D ohni DTT und E-H mit DTT). laht es dure laufe. Denn hets es bild mit de Bande wo entstande sind und mer söll gwicht abschätze und Verteilig vo Albumin und IgG uf de einzelne Reagenzie A-H.
Bandene: A & D 1 fetti Bande bi 250kDa, B 1 fetti Bande bi 55kDa, C kei Bande will usem Ü2 (het ja kei Protein meh gha), E het eh fetti Bande bi 55kDa und eh schüchi bi 25kDa (hani nöd gseh gha wills würkli en liechte Schatte gsih isch aber zählt au!!) F nur 1 fetti bande bi ca. 55kDa, G wieder nüt (Ü2) und H glich wie A.

Vorbereitig han nöt würkli viel gmacht Frage ufem Blatt sind simpel gsih und eifach und han alles richtig usgwertet nur bini weg de Verteilig nöd sicher gsih, willi leider nüm molekulargwicht vo Albumin und IgG gwüsst han. han im Kopf gha Albumin müssti schwerer sih, will IgG isch ja Plazentagängig und Albumin nöd also isch Albumin grösser und schwerer, was eh dummi überlegig gsih isch han die meiste zit damit verschwendet. Die überlegig macht eifach kei sinn mit de Bandene, will mer het bim A 1 fetti Bande bi 250kDa und bi E (beides mit Ü1) 2 verschiedenie gha witer unde, und das wür nur bi IgG passiere will döte die Disulfidbindig reduziert wird und es denn ih liechti und schweri Ketti ufteil wird, bi Albumin sötti es sich nöd verändere (was richtig isch), aber hans komisch gfunde, dass es nur 55kDa willi im Kopf gha han Antikörper sind chliner und liechter, naja.
ufjedefall chunt mer dadurch uf Verteilig im B und F hets vorallem albumin und ih de andere denn IgG (und wahrschinli au no echli Albumin, will 1 fetti Bande bi 250kDa isch zviel -> IgG het 160 kDa, hani derfe mitem Gloor usefinde, damn it)

Nun nach 40min isch de Gloor cho, han mich zerst freut willi denkt gha han am Gloor sini Frage chamer guet beantworte. Han denkt das er sehr viel wert uf Logik leiht, leider aber isch das bi dene Versüech eher müesahm worde, will mer eus uswertig vom Versuech nöd ahgluegt hend und stattdesse sini Gedankeexperiment hend chöne analysiere (ffs).

Also han denkt will Versüech ufenander ufbauet fangi mit Proteinreinigung ah, im Endeffekt wärs scheiss egal gsih.

G: Was hend sie bi dem Experiment gmacht und usegfunde?
Ich: Nun mir fället eh Proteinlösig mit Ammoniumsulfat us (han denkt hau ihm grad ihne wie das funktioniert und ab dete het de Spass ahgfange, ahn eig welle de ganze Versuech durebringe aber Pustekuchen), das funktioniert indem Ammoniumsulfat hidrathülle vo de Proteine wegzieht und dadurch die Proteine mit de hydrophobe Teil vonenand wechselwirked und sich verklumped und...
G: Ahh Hydrathülle wegziehnd das isch interessant, wieso passiert das?
I: Nun Ammoniumsulfat isch es Anion (trottel han bi de Hofmeister Reihe nur Sulfat ahgluegt und Anion gmerkt, aber es het ja au Ammonium was es Kation isch), und durch die Negativi Ladig chan es guet mit Wasserstoff vom Wasser wechselwirke und die Ahzieh, wodurch Proteine weniger Hydrathülle übrig hend.
G: Ammoniumsulfat isch es Anion? chönd Katione nöd das gliche mache?
Ich: doch halt mitere positivi Ladig.
G: und hets bi ammoniumsulfat kei Katione?
Ich: (han bemerkt öpis stimmt nöd und han mer Formle ahgluegt und NH4 gseh und denn isch es mir ufgfalle) Oh doch natürli hets es Kation in Form vo Ammonium
G: guet nun brucht mer eh bestimmti Mengi vo Ammoniumsulfat fürd usfällig?
Ich: ja, es git Proteine wo meh Hydrathüllene hend, weg de positivi oder negativi Sitekettene wo es het, hydrophobie Proteine chönd hingege nöd so viel Hydrathüllene bilde deswege brucht es für die weniger. (han da am Ahfang Sache gseit wo nöd nötig wäred vo wege hydrophobe Effekt, hydrophobi teil lagered sich zemme damit wenniger Wasser rundume isch bla bla bla)
G: guet und nun stelled sie sich vor sie hend eh Lösig mit irgendwelchi Protein, und die Protein münd sie ez trenne wie würed sie da vorgah?
Ich: (han zerst nöd checkt wie er es meint, ob mers mit Ammoniumsulfat trenne söll oder irgendwie anders) ich wür eh Elektrophorese mache, damit chani es nach de Grössi und gwicht trenne.
G: das chönd sie mache, aber sie sölled es durch eh Fällig vonenand trenne wie würed sie da vorgah?
Ich: PH ändere, bim IEP chame proteine am beste usfälle lah und de isch für die meiste Protein anders
G: nei PH lömer jetzt weg chunt spöter, nur mit Ammoniumsulfat fälle, wie würed sie da vor gah?
Ich: (zerst würkli verwirrt wie wotsch das züg trenne wenn sowiso alles eifach usfällt, ha denn doch no eh Idee gha) Ahja bi Ammoniumsulfat fälled hydrophobie Proteine früehner us als Protein wo nöd hydrophob sind, dadurch chamer sie nach hydrophobie und nöt hydrophobie trenne.
G: Ja, aber wie würed sie vorgah, wieviel Ammoniumsulfat würed sie ine tue?
Ich: Nun mir wüssed ja nüt über die Proteine also eifach irgend eh Mengi und denn luege was usfallt (Ez hets Klick gmacht) Ahh mir fanget zerst mitere chlini Mengi ah will, denn die hydrophobe als erstes usfället, danach nimmt mer de Überstand und tuet ez echli meh ine um die nöchste Gruppe usfälle und das wiederholt mer bis nüt meh usfallt
G:genau, nun kenned sie no anderi usfallmethodene nebed Ammoniumsulfat
Ichverdammti scheisse hani da en Blackout gha, han zerst so überleit gits no anderi und han wükli denkt es git kei anderi, dumbass) nei, mir fallt jetzt nüt ih
G:guet demfall gömer..
Ich: Ah nei wartet sih es isch mer wieder ihgfalle es git mehreri, eh ander Möglichkeit wär mitere organischi Lösig wie Ethanol!
G: genau, und wie funktioniert das?
Ich: Ethanol bildet H-Brückene mit wasser und setzt die Dielektrizitätskonstante abe, dadurch chönd sich Ladige vo de Sitekettene stärker ahzie, ah wartet sih ich zeigs ine mitere Formle (Coulomb formle ufzeichnet, aber ich halbschlaue han mit epsilon0 ufzeichneit), da wie sie gsehnd isch Kraft vo de ahziehig umgekehrt Proportional zur Dielektrizitätskonstante, dadurch wird Kraft vergrössert wenns chliner wird.
G:genau, jedoch hend sie jetzt eh ander Formle ufzeichnet als ich erwartet han, es fehlt öpis?
Ich: (nöd checkt was will ich eifach Formle us Wikipedia übernoh han) würkli? ich wüssti jetzt nöd was.
G: sie hend epsilon0 gschribe, das isch Konstante für im Vakuum, mir bruched aber Konstante für euses Medium, dadurch münd sie das Epsilon für euses Medium no ergänze
Ich: ahhh stimmt vergesse
G:nun wo denked sie chunts ane?
Ich: ehm es muess im Nenner sih wills suscht mit mine Argumentation vorher kei sinn mache wür also (hans im Nenner inezeichnet)
G:und weli beziehig? mal, minus plus?
Ich: (han es Mal seiche gmacht) wird multipliziert, sust hets kein umgekehrte Proportionale Zemhang mit de Kraft
G: Guet nun chömemer zum PH, stelled sie sich vor sie fället es Protein zum bispiel Albumin mit Ethanol, was für en Effekt het PH ufd Fällig (malt en Graph mit Abzisse PH und Ordinate Fälligeffizienz)
Ich: nun Albumin isch physiologisch bi PH 7 glöst also also liegt de IEP wahrschinli au bi PH 7, dadurch wird de Effekt am beste sie bi dem PH und suscht schlechte will mer denn viel positivi oder viel negativi Teilladige het, wodurch löslich blibt wiell Dielektrizitätskonstante verstärkt ahziehig, deswege bruch es gsamthaft glichviel postivie und negativi Teilladige (han da zerst es Misch Masch useghaue vowege frögemer eus ob Nettoladig eh Rolle spielt oder Teilladige vo de Sitekettene, daruf het er gfunde er frögt sich das au hend beidi glacht und han ihm denn gseit ja Nettoladig macht ja kei sinn will denn Protein mehrehitlich die glich hetti, was abstosse wür, deswege wemmer möglichst wenig Nettoladig)
G: warum denked sie das IEP vo Albumin bi PH 7
Ich: isch physiologisch so gseh und isch die stabilsti Form für Konformation, wenn mir de PH ztüf hend oder zu höch hemer zviel Teilladige mit de gliche Ladig, was zur abstossige führt und denn zunere Denaturation, wodurch Albumin verklumpe chan
G: Cytochrom c het en IEP vo 10.6 liegt aber au physiologisch in PH 7 vor, also chamer so nöd argumentiere
Ich: oKay stimmt, demfall isch es eifach weg de Zemesetzig vo de AS
G: nun wie wür de Graph usgseh (setzt de IEP irgendwo ufem Graph)
I: (han en Grap gmacht wo bim IEP maximum het und uf beidi andere Site abegaht
G: nun gömer zum nöchste Thema

SDS-PAGE
G: was ist alles in dem Ladepuffer drin?
ich: (eigentlich hetti das ablese chöne aber han sgfühl gha er wot nöd dasi es mach will er vo sich us eifach grad zu de letzte site gange, han das wasi gwüsst han gseit aber z.B vergesse es het Wasser dine haha)
G: was haben sie getan nachdem sie alles gemischt haben?
Ich: (verwirrt, willi nöd gwüsst han was er ghöre wot) coomassie, also den Marker dazugeben?
G: neine, sie müssen etwas tun bevor sie es ins gel reintun, wissen sie noch was?
Ich: (isch mer im Sinn cho imene chline sätzli ganz unde uf de erste site isch es gstande) ahaa wir inkubieren es bei 94
G: wofür?
ich: um die Proteine zu denaturieren, durch die Hitze gehen die Wechselwirkungen kaputt, die die native Form stabilisieren
G:welche WW gibt es?
ich: H-Brücke, Salzbrücken, hydrophobischer effekt
G: es gibt noch eines
ich: hmm die Vaan der vaals Kräfte?
G: die auch aber ich meinte Dipol-Dipol WW
G:wofür geben sie SDS?
ich: (han ihm es ufzeichnet zum zeige wie es usgseht) SDS leiht sich am Protein ah, damit es negativi Nettoladig het, dadurch wandert es zur Anode im Gel
G:wie bindet SDS am Protein?
Ich: (han da leider nöd gwüsst wie) Nun ich weiss es nöd würkli aber die Sulfatgruppe muess sicher frei sih, will susht die negativi Ladig verschwindet, meh weissi aber nöd
G: das stimmt und jetzt überlegen sie mal könnte die andere Seite vlt mit Seitenketten wie valin alanin usw zusammenlegen?
Ich: aaah ja das wäre möglich weil die lange C-Kette ist hydrophob also geht es sehr wahrscheinlich an hydrophobe Seitenketten
G: wofür haben sie DTT hinzugegeben?
Ich; um die Disulfidbindungen zu reduzieren
G: zeigen sie mal wie eine Disulfidbindung aussieht
Ich: gezeichnet
G: ist das die reduzierte oder oxidierte Form?
Ich: nun ich sagte vorhin das DTT es reduziert, also ist das die oxidierte Form
G: wie sieht die reduzierte aus?
Ich: gezeichnet
G: in der A Bande befindet sich vorallem IgG, und es hat einen dicken Strich bei 250kDa ist das plausibel?
Ich: (wie gseiht han Molekulargwicht nöd gwüsst naja) nuuuun ich weiss das Molekulargewicht von IgG leider nicht, aber in B nur Albumin ist, muss dort nur IgG sein und wir sehen, bei der E Bande eine relative verschmierung zwischen 55-65 kDa, dadurch wäre es rechnerisch möglich, leichte Kette 55kDa schwere 65kDa beides hat es 2 Mal, das würde 250kDa ergeben
G: nun gerechnet haben sie richtig, aber schauen sie sich die E Bande an es hat noch eine zweite Bande
Ich: WOOO? sehe da nur die bei 55kDa
G: na da unten (zeigt uf de schüche Schatte bi ca 25kDa)
Ich: OOOh das habe ich nicht gesehn, dachte wäre nichts ausschlaggebendes, habe zu sehr auf die dicken Banden geschaut
G: gut damit wäre di Zeit auch vorbei

(kei ahnig wiso ich ufeimal uf Hochdütsch gwechselt han bim schribe, naja söt nöd störe)

Fazit: Also grundsätzlich het de Gloor fairi Frage gstellt, nur het er sich leider nöd uf de Versuech wo mer gha hend bezoge und mehrheitlich sini eigeni Bispiel geh und isch immer id tüfi wenni epis gwüsst han. Er hilft nöd so viel, git selte tipps nur wenn komplett kein Plan hesch, aber er wot einem immer zum nahdenke ahrege, aber bi ihm weisch halt nie genau was er ghöre wot, darum isch das ab und zue verwirrend gsi für mich. Die antworte wie ich sie da gschribe han sind ah de Prüefig nöd genauso vo mir gseit worde, han paarmal müsse nahfröge was er ez wüsse wot. für SDS-PAGE het er relativ eifachi Frage gstellt hend döte nüm so viel zit gha. aber isch alles machbar gsih, wenn mer das züg guet ahgluegt het.

Nun im Endeffekt hani halt Pech gha, genau die 2 Sache hani ih de Praktikas nüt mitgschriebe und genau 2 hani relativ wenig glernt, einersits hani ebe denkt das es nöd so oft vorchunt, will uf CGFX findsch seeeehr wenig bericht zu dene 2 und sind für mich au die uninteressanteste Praktikas gsih, han die deswege vernachlässigt.
Und wenn ihr mich jetzt würed fröge obi es wieder so mache wür, denn segi 100% ja sicher*
Wahrschinlichkeit dasi 2 Theme verwütsch woni nöd guet chan isch 4% also fuck it. han halt Pech gha, aber isch im Endeffekt nöd so schlimm gsih, aber het chöne besser sih

Naja hoffe es hilft de zuekünftigi 2is und au die vo dem Semester hend ja no eh Wuche prüefige. wür eu jetzt rate die 2 Praktikas guet ahluege, han scho paar gseh wo das zoge hend und immer beides zemme*
Naja haupsach Ferie*

ciao ciao

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A

26.01.2019 17:56

 wiiiiiieso zum hänker, heds IgG bi 250kDa en strich??? heder dir d antwort uf das gseit ? danke vill mal für din Bricht. Echt usfüehrlich! hoffe hesch denn en gueti Note
Tscheierlu

06.02.2019 14:15

 duuu kei ahnig, vlt het er es nöd gseit oder ich hans vergesse beides möglich han übrigens en 5er gha de Gloor benotet demfall chillig
Anonym

31.01.2020 23:04

 bin über die gliche Praktika prüft worde, er het mir zeigt, dass PAGE im kline kDa Bereich sehr präziseisch (=grosse Abstand zwüsched wenig kDa) bi de grössere Grösse lieged aber 250kDa und 130kDa sehr nöch zeme und so chan mehr sege dases drum eifach ungenau isch. Die nöchst frag isch den gsi, wie mer das i dem Bereich chan genauer messe und das wär i dem mehr weniger Acrylamid inetuet oders Verhältnis zwisched Acrylamid/ Bismethylacrylamid änderet.

*


24.01.2019 16:35 		Verdauungsenzyme und Proteinreinigung, geprüft von Jelsarov

Verdauungsenzyme und Proteinreinigung bei Jelesarov (Co-Ex Brunner)

J: Welche Versuche haben Sie gezogen und mit was möchten Sie anfangen?
I: Verdauungsenzyme und Proteinreinigung. Wir können gerne mit den Verdauungsenzymen beginnen.
J: Was sind Trypsin und Chymotrypsin?
I: Es sind Verdaungsenzyme aus dem exokrinen Pankreas. Die haben ihr pH-Optimum bei pH 7-8 und werden im Duodenum aktiviert. Sie sind Serin Proteasen und spalten Peptidbinungen. Sie unterscheiden sich in Ihrer Substratspezitivität und das nutzen wir in diesem Experiment.
J: Was heisst spalten?
I: Hydrolyse (zeige auf Zeichnung. Lerne N-Benzoyl-L-argininethylester und N-Benzoyl-L-tyrosinethylester zeichnen) Es handelt sich hier um ein artifizielles Substrat.
J: warum artifiziell?
I : Die Bezoyl-gruppe ist sonst nicht hier.
J: Und sonst?
I: Die Ethyl-gruppe auch nicht
J: Wo ist die Esterbindung?
I (auf Zeichnung gezeigt)
J: Ist auch eine Peptidbind vorhanden?
I (auf Zeichnung gezeigt)
J: Wie ergibt sich die Substratspezifität?
I. Durch die Bindungstasche. Bei Trypsin befindet sich dort ein Aspartat. Asparginsäure ist bei neutralem pH negativ geladen. So binden bevorzugt basische AS wie Lysin oder Arginin. Während Chymotrypsin eine apolare Bindungstasche besitzt.
J: warum ist den hier eine Benzoyl-Gruppe?
I: Es ist eine Schutzgruppe. Bei der Hydrolyse von Estern entsteht Carbonsäure und diese hat einen Pks von etwa 3 also dieses Proton (zeige auf Zeichnung) wird abgegeben. Den pH-Umschwung kann nun mittels Phenolrot sichtbar gemacht werden. Sonst würde einfach die Aminogruppe das Proton übernehemen.
J: warum kann das Enzym die Esterbildung spalten?
I: Esterbindungen und Peptidbindungen sind sterisch sehr ähnlich.
J: Zeichnen sie mir eine Ester und eine Peptidbindung
I: (zeichnet) Die Reaktionsspezitivität bleibt erhalten. es ist immernoch eine Hydrolyse. Ausserdem spaltet das Enzym C-terminal und C-terminal vom Tyrosin liegt halt nur diese Esterbindung
J: Sieht die Zeichnung der katalytischen Triade.
J: was ist macht das Serin?
I: Es greift nukleophil am Carbonyl-C an. Nachdem es vom Histidin aktiviert wurde
J: Wofür ist dann die Asparginsäure?
I Es stabilisiert das Histidin weil diese im Prozess mehrmals positiv geladen ist (an diesem Punkt hätte ich noch viel mehr über den Mechanismus erzählen sollen, da ich stark darin gewesen wäre. Leider blieb ich eher defensiv und wartete auf die nächste Frage)
J:Kennen sie noch andere Proteasen?
I: zum Beispiel Pepsin mit seiner Asp-asp-Diade oder Cystein-Proteasen.. oder Metallo-Peptidasen.
J: Dann gehen wir weiter zum nächsten Versuch. Was haben sie gemacht?
I: Wir haben verschiedene proteintrennungsverfahren durgeführt. Zum Beispiel im ersten RG haben wir eine Proteinlösung mit Hitze inkubiert und die Auswirkungen beobachtet. Usw.
J unterbricht: Was heisst ausfallen?
I: ausfallen heisst das gleiche wie präzipitieren oder aggregieren. Die Proteine lagern sich aneinander.
J: In der Biochemie haben wir 4 Ebenen zur Beschreibung der dreidimensionale Struktur erklären sie?
I: Primärstruktur: Sie Sequenz wie die AS verknüpft sind. Sekundär: Zum Beispiel Alfa-helix oder Beta-Faltblatt. Tertiär: Anordnung einer Kette zum Beispiel in Domänen. Quartiär: mehre Untereinheiten zusammen und ob es ein globuläres oder fibrilläres Protein ist.
Kommen auf den hydrophoben Effekt zu sprechen:
I: ich möchte das anhand von Fettsäuren erklären diese haben einen hydrophoben Schwanz und eine polare Kopfgruppe. Die Wasser Moleküle die um den hydrophoben Teil liegen, sind in ihrer Entropie eingeschränkt. Die FS lagern sich zusammen zu Mizellen. Somit können wieder mehr Wasserstoffbrücken entstehen und die hydrophobe Teile können im Innern wechselwirken.
J: und das trifft auf Proteine auch zu?
I: Ja
J: Gibt es auch Aggregation ohne Entfaltung (oder so ähnliche)?
I : Ja zum Beispiel beim Aussalzen. Der Prozess ist reversibel. Die Ionen werden hydratisiert und enziehen dem Protein seine hydrathülle. Das Protein aggregiert über hydrophobe Ww:
J: Das ist so nicht richtig ( ? ich denke ich habe seine Frage nicht richtig verstanden?!?) Passiert denn immer Aggregation bei Entfaltung?
I: Nein zum Beispiel bei HCL wird das Protein an vielen Stellen portioniert oder neutralisiert. Es wird ein Polykation, entfaltet aber bleibt dennoch in Lösung, weil es zu einer intermolekularen Abstossung kommt.
J: was ist denn der Unterschied zwischen denaturieren und entfalten?
I: entfalten ist reversibel? (? scheint nicht zufrieden zu sein)
J: Der Unterschied liegt eigentlich schon im Wort.
I Vielleicht etwas mit Natur? Bei denaturieren kommt das Protein nicht mehr in seiner natürlichen Form vor. (? noch weniger zufrieden)
Das Gespräch ging noch weiter aber vom Rest weiss ich nicht mehr viel.

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Anonym

23.06.2019 20:31

 het en 6er geh

maymuna


24.01.2019 10:41 		Hämoglobin und PCR, geprüft von Schuler und deutsche Frau

CGFX isch super! Danke dene, wo sich bemüeht hend, en text da zverfasse, het mer mega ghulfe

Drum findis nur fair, dassi au mini Erfahrig mit andere teile.

Die, wo vo da profitiered, aber nüt dezue biiträged, die setet sich wüki fröge



Hämoglobin
Katalase im Blut

RG A
H2O, Natriumazid, Pferdecitratblut, H2O2, Na-Phosphatpuffer-> Schaumbildung

RG B
H2O, Pferdecitratblut, Na-Phosphatpuffer, H2O2 ->braune Verfärbung

RG C
H2O, Pferdecitratblut, Natriumazid, Na-Phosphatpuffer -> keine Veränderung


Aufgabe: Erklären sie die molekulare Veränderung!


PCR:
Restriktionsanalyse der DNA

Sind die genau gliiche Afangsbedingige, wie i euesem Praktikum

Mer hets Plasmid mitem Gen Neurotrypsin drin und genau eis Restriktionsenzym AatII becho. Normalerwiis hets 6 Schnittstelle (Wildtyp). Bide mutierte Form fehlt ei Schnittstell.

Mer hets Plasmid ufzeichnet becho und sGelektropherese-Resultat.

Aufgabe:
1) Schätzen sie die ungefähre Grösse des Plasmids ab
2) Wie gross sind die geschnittenen Stücke?
3) Erklären sie die Begriffe Palindrom, Restriktionsenzym, chemische Reaktion...

Prüefigsatmosphäre ish wüki sehr agnehm gsie und dFrage hend sich zum Glück bi mir nur ums Praktikum ghandlet.
Ersti Bemerkig vorweg, guet ish vom Grosse is Detail zga. Wo sie mich gfrögt hend, um was es im Praktikum gaht, hani scho wele genau erchläre, wasi i dene 40 min gmacht han, debie hend sie eifach ganz allgemein en Istieg is Thema wele.
Nehmed eu Ziit und überleged eu guet, waser seged.
Wenn ihr imne Thema ned so starch sind, denn benutzed nur Wörter, wo ihr au verstönd, sie merked schnelll, wo Lukke sind.


Ich han mit PCR agfange, willi mi dete sicherer gfühlt han, ish e gueti Idee gsie, wie sich ussegstellt het, die Lukke woni bim Hämoglobin han, sind nur teilwiis glüftet worde





PCR

Um was isches i ihrem Versuech gange?

Was passiert genau binre Zuegab vo Restriktionsenzym?

Was macht das Enzym genau?

Was ish genau andersh zwüsched de mutierte und de normale DNA?

Was ish e Gelektrophorese?

Wie funkktionierts?

Wie muss DNA sie, demit mer sie für Gelektrophorese bruche chan?

Wie färbt mer sie a?

Wieso gset mer denn die chliine DNA-Stückli ide Gelektrophorese nöd?

Was ish es Plasmid?

Was ish es Palindrom?

Zeichned sie mer eis!

Was sind sticky/blunt ends?

Was ish Definition vomne Restriktionsenzym?

Chummt das bim Mensch vor?

Wie schützed sich Bakterie vode Restriktionsenzym selber?

Seged sie mir eze, um was es i ihre Ufgab gange isch?

Was für Stückli entstönd?


Hämoglobin:

Erkläred sie eus, was e Katalase ish!

Was katalysiert sie für e Reaktion?

Wo chunnt sie vor?

Wie chan mer e katalytische Reaktion beobachte, wie hend Kursleiter sBluet vorbehandlet, dass sich Katalase im Serum befindet und nüm ide Zelle?

Erchläred sie, was sie ide einzelne RG beobachtet hend!

Wieso bildet sich Schuum?
Het das nur mitem Suurstoff ztue? (Lipide)


Bi wüki nervös gise, will BIOCHEMIE eifach ned mis isch, ha Glück kha mitem Thema und de Prüefer,
bi gwüsse eifache Froge hani eifach ned gwüsst was sege, muess ehrlich sege, Frage hani ned immer cheggt, gwüssi Frage hend sie scho kompliziert formuliert, haha

Wie au immer, wenners hinder eu hend, henders hinder eu und chönd eui wohlverdiente Feriee gnüsse

Viel GLÜCK dene, wos no hend!


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Biochemie Lusche

24.01.2019 10:57

 Danke für de Biitrag! Lustig hesch genau s gliiche zoge wie die Person 2 Biiträg vor dir! sind das ächt so Packages? aber d Frage sind immerhin ähnlihch! ahja und ich glaub es het sich en chliiine Fehler igschliche, det wo s Natriumazid drin isch, sött s MetHb entstah und bruun werde, willd Katalase ja dadurch ghemmt wird.
I

25.01.2019 22:03

 Ja mer zieht eis Mäppli und dette sind scho beidi Praktika enthalte drum han es guet si dass mehreri lüüt immer die gleiche Praktika hend wil sie halt s gliche mäppli gzoge hend

Ensen


24.01.2019 00:39 		Proteinreinigung und SDS PAGE, geprüft von R. Dutzler

Hier noch einige Anmerkungen bevor ich mit meinem Bericht beginne:

Vorbereitung Proteinreinigung:

Ich war vorerst ein wenig verwirrt, als ich meine Aufgabe für die Prüfung zum ersten Mal sah. Es handelte sich bei der Versuchsanleitung nicht um ein Experiment, dass wir auf diese Weise durchgeführt haben. Deshalb musste ich mich zuerst mit dem neuen Versuch vertraut machen. Das Wichtigste in Kürze:
1. Man hat ein Proteingemisch in Rinderplasma (Albumin und IgG) und fällt es dann mittels Ammoniumsulfat aus.
2. Einen Teil des Überstands entnimmt man dieser Probe und setzt diesem wieder Ammoniumsulfat hinzu, sodass es wieder zu einer Präzipitation kommt.
3. Der Überstand bei der zweiten Ausfällung wird auch in ein separates Reagenzglas geleert, sodass man schliesslich zwei Reagenzgläser mit den Sedimenten 1 und 2 hat, sowie Überstand 1 und 2.
4. Mittels Natriumphosphatpuffer sind dann die Sedimente wieder in Lösung gebracht worden.
5. Bei Zugabe von Trichloressigsäure ist es dann in allen Reagenzgläsern ausser dem Überstand 2 zur Präzipitation gekommen.

Zu diesem Versuch musste ich erklären, wie es zur Ausfällung kam, welche Art der Präzipitation reversibel war und weshalb.

Bei der SDS PAGE wurden dann diese Proben genommen und mit oder ohne DTT behandelt in die Elektrophorese gegeben. Der Versuch kommt dem Teilversuch 2.2 Probenvorbereitung des Praktikums SDS PAGE am nächsten, auch wenn es mehr Proben in diesem Experiment waren. Dazu gab es noch ein Bild vom Resultat der Elektrophorese.

Ich musste dann beschreiben, wie gross die Proteine waren und was die Funktion von DTT war. Des Weiteren sollte ich erklären, weshalb die Proben (Proteine) genau so zu liegen kamen.


Prüfung:

Prof. Dutzler war ein angenehmer Prüfer und hat mich nach meinen 45 min Vorbereitungszeit abgeholt. Ich durfte entscheiden, ob ich die Prüfung auf Hochdeutsch oder Schweizerdeutsch ablegen möchte. Ich entschied mich für Schweizerdeutsch, während er (natürlich!) die Fragen auf Hochdeutsch stellte. Einfachheitshalber sind meine Antworten in diesem Protokoll auch auf Hochdeutsch verfasst. Wie schon in vorherigen Berichten möchte ich erwähnen, dass dies lediglich ein Prüfungsprotokoll meinerseits ist und die folgenden Informationen sowie meine Antworten mit Vorsicht zu geniessen sind und nicht als allgemeingültig anerkannt werden sollten


D: Mit welchem Experiment möchten Sie beginnen?
I: Proteinreinigung.
D: Gut, was war das Ziel?
I: (Schon verunsichert, weil ich nicht genau wusste, was das eigentliche Ziel des Experimentes war (ausser der Fällung von Proteinen durch verschiedene Substanzen), versuchte zu erklären, worum es in diesem Versuch ging und was die Resultate waren)
D: (Wahrscheinlich ein wenig überrumpelt von meinem etwas zu lang geratenen Satz zum Versuch und dessen Ziel). Wofür wird das Ammoniumsulfat gebraucht?
I: Ammoniumsulfat kann die Hydrathülle der Proteine in der Lösung entziehen, sodass deren hydrophobe Gruppen nicht mehr geschützt sind. Diese wollen nicht mit dem Wasser interagieren, aggregieren durch hydrophobe Wechselwirkungen mit anderen Proteinen und fallen aus. (Habe an dieser Stelle auch schon direkt die Hofmeister Reihe angesprochen und gesagt, dass Ammoniumsulfat sehr kosmotrop ist und weitere Beispiele dafür genannt. Sowohl Prof. Dutzler als auch die Coex schienen zufrieden zu sein mit dem Gebrauch dieser Schlüsselbegriffe)
D: Weshalb brauchen wir die Trichloressigsäure?
I: Für die zweite Ausfällung der Proteine. Zuvor sind die präzipitierten Proteine wieder in Lösung gebracht worden. Damit will man nachweisen, ob es noch Proteine im Reagenz hat.
D: Was sind die Ergebnisse?
I: Beim zweiten Überstand gibt es keine Fällung, weil es keine Proteine mehr hat. Diese sind nur die zweimalige Gabe von Ammoniumsulfat schon sedimentiert.
D: Welche Fällungsmethode ist nun reversibel?
I: Ammoniumsulfat. Die Sedimente sind nach der Gabe von Natriumphosphatpuffer wieder in Lösung gebracht worden. Ausserdem kommt es im Gegensatz zur Trichloressigsäure (TCA) nicht zu einer Denaturierung.
D: Wie ist der Wirkungsmechanismus von TCA?
I: Es stört die elektrostatischen Wechselwirkungen innerhalb eines Proteins, sodass die hydrophoben Gruppen freigelegt werden. Die native Struktur des Proteins wird zerstört. Sie bewirken dann die Aggregation von Proteinen, weil sie nur mit anderen hydrophoben Anteilen interagieren.
D: Erklären Sie die Proteinstruktur.
I: (Glücklich, dass ich jetzt viel Wissen präsentieren kann, beginne mit der Primärstruktur und schreibe eine Kette von Aminosäuren hin)
D: Wo fängt die Struktur an?
I: Beim N-Terminus und hört beim C-Terminus auf.
D: Gut. Was kommt als nächstes?
I: Sekundärstruktur bestehend aus Alpha Helix und Beta Faltblatt. Sie basiert auf H-Brücken.
D: Wo sind diese H-Brücken?
I: (Voller Reue, dass ich das Thema angeschnitten habe, weil ich keine Ahnung habe, versuche zu erklären, dass sich Wasserstoffbrücken jeweils zwischen der Aminosäure i und i+4 ausbilden)
D: Aber wo genau am Molekül sind sie?
I: (Gestehe, dass ich es nicht weiss)
D: Bei der Peptidbindung. Können Sie diese zeichnen?
I: Habe sie ihm dann fehlerfrei gezeichnet.
D: Ist die H-Brücke beim N der Peptidbindung?
I: (Denke, er will mir helfen und sagte ohne zu zögern) Ja!
D: Falsch! Sie ist zwischen dem Wasserstoff der Peptidbindung und den freien Elektronen des Carboxyl-Sauerstoffs. Weiter zur Tertiärstruktur.
I: Die Tertiärstruktur gibt die räumliche Anordnung des Proteins an. Sie ist aber meistens schon durch die Aminosäuresequenz bestimmt.
D: Welche Struktur ist jetzt von einer Denaturierung betroffen?
I: (Überlegte einige Sekunden) Die Tertiärstruktur, weil die native Faltung des Proteins zerstört wird und das Protein damit seine Aktivität verliert. Die Aminosäuresequenz verändert sich ja nicht.
D: Richtig!
D: (Weiss die genaue Überleitung nicht mehr, aber wir haben dann noch über die Protonierungszustände von Aminosäuren bei verschiedenem pH gesprochen und welche Seitenketten da aktiv sein können (Asp, Glu, His, Cys, Arg, Lys etc.) und fordert mich auf eine positiv geladene Aminosäure zu zeichnen)
I: (Mein Gehirn muss an dieser Stelle einen grossen Aussetzer gehabt haben, da ich einfach Asparaginsäure gezeichnet habe und es durch einen Versprecher sogar Argininsäure genannt habe)
D: Wo ist die positive Ladung?
I: (Ich schaue meine Zeichnung nochmals an und realisiere dann erst meinen fatalen Fehler) Natürlich ist dies falsch! Arginin und Lysin sind die positiv geladenen Aminosäuren. Saure Aminosäuren können nur negativ oder neutral geladen sein.
D: (scheint zufrieden zu sein, dass ich mich noch korrigiert habe, weil er in diesem Moment auch die Lösung aussprechen wollte)

Dann die Überleitung in das nächste Experiment


D: Was haben Sie hier gemacht?
I: (Erkläre ihm, was in den Reagenzien war und wie die verschiedenen Substanzen im Puffer gelaufen sind)
D: Wie funktioniert die SDS PAGE?
I: (Kann hier ein wenig ausholen und viel erzählen, was das SDS (Natriumdodecylsulfat) macht, weshalb es gebraucht wird, wie es sich bei den Aminosäuren anlagert etc, die Ladung der Proteine, das Potential bei der Elektrophorese etc. Ich habe wohl zu oft auf das SDS hingewiesen, welches ich extra gezeichnet habe und ihm zeigen wollte, dass ich es kann)
D: Was sind die Eigenschaften von SDS?
I: Stark negativ? Können Sie Ihre Frage spezifizieren?
D: Was ist SDS?
I: (Weiss nicht worauf er hinaus will und kann seine Frage nicht beantworten)
D: Ein Detergens (natürlich!). Beschreiben Sie die Struktur von SDS, um auf seine Eigenschaften zu schliessen.
I: (Betrachte meine Zeichnung genauer) Die Kohlenstoffkette erinnert mich an Fettsäuren, welche hydrophob sind und das Sulfat ist gut wasserlöslich. Es muss also ein amphiphiles Molekül sein.
D: Wie lagert es sich dem Protein an?
I: Ich kann mir gut vorstellen, dass es Mizellen um das Protein bildet.
D: (Sichtlich erfreut, dass ich das weiss und gibt mir Recht)
D: Jetzt schauen wir uns die Ergebnisse des Experimentes an. Was können Sie sagen?
I: (Erkläre dann was wo gelaufen ist und erläutere die Unterschiede zwischen den Proben mit und ohne DTT, ich gebe auch meine Vermutung ab, welche Probe das Albumin und welches das IgG ist)
D: Was macht DTT?
I: Es schneidet Immunglobuline.
D: An der Peptidbindung?
I: Nein, bei den Disulfidbrücken zwischen schwerer und leichter Kette.
D: Um was für eine Reaktion handelt es sich?
I: Oxidation (Was natürlich falsch ist!)
D: Umgekehrt.
I: (Ich verbessere mich schnell, doch es scheint als würde dieser Fehler ihn gar nicht interessieren; weiterhin zeige ich ihm noch mal auf der Gelelektrophorese, wo man nun die Immunglobuline sehen kann)
D: Gehen wir nun noch auf die Substrate ein. Was sind sie und wo findet man sie?
I: Albumin ist eines der wichtigsten Transportproteine im Blut. Sie sind globulär. IgG haben eine typische Antikörperstruktur und haben Funktionen im Immunsystem etc. (habe das natürlich als eine Chance genutzt, Wissen von den schriftlichen Prüfungen zu präsentieren und erzählt, ohne dass er mich unterbrochen hat)

D: Ich möchte noch auf die Färbung zu sprechen kommen (Jetzt beginnt der Spass!) Wir haben in diesem Experiment die Coomassie Blue Färbung genutzt. Wofür brauchen wir sie?
I: Wir müssen die Proteine anfärben, damit wir sie nach der Wanderung auch sichtbar machen können. (Nach diesem Satz herrschte ungefähr eine halbe Minute Stille - womöglich weil Prof. Dutzler auf einen Monolog von mir wartete, wie ich ihm vorher bei jeder etwas offenen Frage geboten habe, aber zu diesem Thema haben mir einfach die Worte gefehlt. Um die Stille dann zu füllen sagte ich dann) Man muss diese Färbung unter UV Licht sichtbar machen.
D: Sind sie sicher? (Autsch komplett daneben und jetzt muss ich noch meinen Fehler geradebiegen) Was untersuchen Sie hier?
I: Proteine.
D: Muss man Proteine unter UV Licht sichtbar machen?
I: Nein.
D: Richtig, man sieht sie auch mit blossem Auge. Wo braucht man aber UV Licht?
I: (Überlege einige Sekunden und direkt bevor er schon weitermachen will, entfährt es mir) DNA natürlich!
D: Gut. Können wir UV Licht sehen?
I: Nein es ist ausserhalb des sichtbaren Bereiches.
D: Was für ein Verhältnis hat es zu sichtbarem Licht?
I: Die Wellenlängen sind kleiner. (Hier habe ich noch einen kleinen Exkurs über sichtbares Licht gemacht, in welchem Wellenlängenbereich man sich befindet etc.)
D: (als ich fertig bin) Was ist Fluoreszenz?
I: (baff) Eeeeehm (Habe irgendetwas gesagt zu Licht, welches das pi Elektronensystem anregt und in einen höhere Zustand versetzt etc. und das nachher bei der Rückkehr in den Normalzustand wieder emittiert - ich habe überhaupt nicht mit dieser Frage gerechnet und wusste auch nicht wie ich sie beantworten kann. Ich habe mich lediglich an einen früheren Bericht von hier erinnern können und vage daraus zitiert)
D: (Anscheinend zufrieden mit der Antwort, obwohl ich nicht weiss wieviel Mist ich jetzt erzählt habe) Trifft das, was Sie gesagt haben auf Fluoreszenz zu?
I: (Wieder sehr unsicher, ob das eine Fangfrage ist, warte ein wenig ab. Ein simples nein wäre die Lösung gewesen)
D: (schaute mehrmals auf die Uhr, wir hatten die 30 min schon überschritten, aber ich war zu diesem Zeitpunkt nicht glücklich und wollte nicht, dass die Prüfung so beendet wird - vielleicht kann Prof. Dutzler auch Gedanken lesen, weil er dann noch auf mein zusätzliches Blatt mit Molekülstrukturen begutachtet , welche passend zu diesem Thema sind. Sein Blick bleibt dann bei Ethanol hängen). Wieso haben Sie hier Ethanol aufgezeichnet?
I: (antwortete verschmitzt) Ich habe mir überlegt, dass Sie in der Prüfung noch andere Fällungsmethoden besprechen wollen und habe deshalb die Strukturen schon sicherheitshalber eingezeichnet.
D: Dann ist jetzt ihre Chance.
I: Ethanol entzieht den Proteinen auch die Hydrathülle es kommt somit zu Wechselwirkungen zwischen den hydrophoben Gruppen. Der unpolare Teil von Ethanol führt aber auch zu einer Denaturierung der Proteine. Weiterhin setzt Ethanol die Dielektrizitätskonstante von Wasser herab, was ich mit dem Coulomb Gesetz erläutern kann.
D: Dies gilt aber nur für Ladungen und nicht für hydrophobe Wechselwirkungen. Wie wirkt sich eine herabgesetzte Dielektrizitätskonstante auf zwei entgegengesetzte Ladungen aus?
I: (wusste das natürlich und bestätigte seine Aussage und schreibe schnell noch die Formel für die Coulomb Kraft auf) Da die Konstante im Nenner steht, muss die Kraft bei entgegengesetzten Ladungen grösser sein! Somit ziehen sie sich stärker an.



Fazit: Prof. Dutzler beendete meine Prüfung nach über 35 min und ich konnte so mit einem besseren Gefühl die Prüfung verlassen. Die Atmosphäre war super und ich habe mich trotz der Prüfungssituation wohlgefühlt. Er stellte faire Fragen und half aus, wenn ich ins Stocken geriet. Grundsätzlich wollen die Examinatoren also die Versuche und darüber hinausgehenden Fragen mit dem Studenten zusammen erarbeiten und nicht mit unmöglichen Fragen blossstellen.

Noch ein kleiner Tipp meinerseits: Lernt, die wichtigsten Strukturen zu zeichnen! Es ist sicher auch keine schlechte Idee, sich über Fluoreszenz zu informieren, wenn man bedenkt, wer diese Frage schon alles beantworten musste.



In diesem Sinne wünsche ich allen, die die Prüfung noch vor sich haben, viel Erfolg!




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Ensen

06.02.2019 18:56

 Habe schlussendlich eine 5 für diese Leistung bekommen.

S


23.01.2019 20:14 		Hämoglobin: Katalase im Blut und PCR: Restriktionsanalyse, geprüft von Ein netter Herr ( habe den Namen nicht verstanden)

Ich habe mit dem Versuch Katalase im Blut begonnen. Durfte am Anfang relativ frei erzählen.
Was ist Katalase? Ein Enzym
Was für ein Biomakromolekül ist es? Ein Protein.
Welche Reaktion katalysiert die Katalase? 2H2O2 --> 2H2O + O2
Was ist das für eine Reaktion? Es ist eine Disproportinierungsreaktion. Was heisst das? Das gleiche Molekül wird gleichzeitig oxidiert und reduziert und in diesem Fall wäre es O2 gewesen.
Wie kommt Katalase mit H2O2 in Kontakt? Es handelt sich hierbei um eine hypotone Lösung (Wasser). Dies führt dazu, dass die Zelle lysiert, da Wasser in die Zelle strömt.
Wie kommt es zur Schaumbildung? Dadurch, dass die Zelle platzt, treten Membranlipide und Proteine ins Wasser, Lipide bilden Mizellen.
Weswegen ist Citrat im Blut vorhanden? Damit es nicht zu einer Blutgerinnung kommt.
Ich habe bereits in der Vorbereitung die Hämgruppe gezeichnet, er wollte wissen, welche Moleküle noch eine Hämgruppe besitzen --> Cytochrom C.
Wo kommt Cytochrom C vor und was macht Cytochrom C? Es ist ein Elektronentransporter und kommt während der oxidativen Phosphorylierung vor. Darufhin musste ich die gesamte Oxidative Phosphorylierung erläutern.
Was ist der terminale Elektronenakzeptor? Sauerstoff.
Was entsteht dabei? Wasser.
Was ist Methb und wie ensteht es? Methb liegt vor wenn das Eisen als Fe3+ vorliegt und es kommt durch spontane Oxidation zustande wie z.B durch H2O2.
Wieso ist es in einem Reagenzglas zuerst braun und dann wird es beige? Am Anfang ensteht Methb, da Natriumazid vorhanden ist und die Katalse hemmt, später werden die Doppelbindungen vom Poryphirinring zerstört und die Absorption verschwindet.
Weshalb ist das dritte Reagenzglas vorhanden? Es stellt eine Kontrolle dar, um zu zeigen, dass nicht Natriumazid sondern H2o2 Methb bildet.

PCR: Restriktionsanalyse
Es wurde genau die gleiche Restriktionskarte wie in den Versuchen gegeben mit der gleichen Mutationstelle. Auf dem Aufgabenblatt stand, dass ich ein Palindrom zeichnen soll. Zudem sollte ich die Funktion der Restriktionsenzyme erläutern. Es war noch ein Bild der Elektrophorese abgebildet. Darauf konnte man die Fragmente der mutierten DNA und der Wildtyp-DNA sehen und mit dem abgebildeten Marker vergleichen.

Was ist ein Palindrom? habe mein aufgezeichnetes Palindrom gezeigt und gesagt, dass Palindrome Erkennsequenzen der Restriktionsenzyme darstellen.
Was sind Restriktionsenzyme, wo kommen sie vor ? Es sind Nukleasen gehören der Enzymklasse der Hyrolasen an. Restriktionsenzyme sind Endonukleasen und spalten die Phosphoesterbindung im Inneren der DNA. Menschen haben keine Restriktionsenzyme nur Bakterien haben sie.
Was ist die Funktion der Restriktionsenzyme? Sie schützen die Bakterien vor Fremd DNA, denn die Bakteriendna sind methyliert und die anderen DNA sind nicht methyliert.
Wie ist die DNA von den Bakterien aufgebaut und wie die des Menschen? Bakterien haben zirkuläre DNA und Menschen haben lineare DNA.
Wie liegt die menschliche DNA in der Zelle vor? DNA ist um Histone gewickelt, Histone bestehen aus basischen AS (Lysin) und diese binden an negativ geladene DNA und somit liegt sie kompakt vor.
Wie findet die Replikation, Transkription und Translation statt?
Wieso haben wir bei der mutiereten nur ein Fragment und bei der Wildtyp-DNA zwei Fragmente? Da bei der mutierten Dna eine Schnittstelle fehlt.
Ich musste das Prinzip der Elektrophorese erklären.
Würde die Bakterien Dna oder die menschliche Dna schneller wandern? die Bakterien Dna, da sie viel kleiner und kompakter ist und sich nicht im Agarosegel verfangen würde.
Wie kommt die Färbung zustande? Es lagert sich zwischen den Basen an.
Ich musste das Prinzip der Fluoreszens erklären.


Ich hoffe, ich konnte euch helfen. Viel Glück wünsche ich euch noch!

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Stella


18.01.2019 14:35 		Biochemie: Enzymkinetik, PCR, geprüft von B.Dreier, P.Mittl, geprüft von B.Dreier, P.Mittl

Has anschinend an falsche Ort postet, drum da nomal:

Vorbereitung

Enzymkinetik: Teilversuch 2.4 Einfluss der Temperatur

Der Versuch war exakt gleich vorgegeben wie im Praktikum (sogar inklusive logarithmierter Arrhenius-Gleichung, musste man nicht auswendig können). Als Aufgabe während der 40min sollte ich ln(kcat) sowie 1/T ausrechnen und meine Resultate sowie die bereits vorgegebenen Messwerte auf Millimeterpapier auftragen. Ausserdem musste ich das Substrat (p-Nitrophenylphosphat) in seinen verschiedenen Formen zeichnen.
Da ich nicht rechnen kann, habe ich einfach ungefähr aufgezeichnet, was ich erwarten würde:
1. Millimeterpapier: y-Achse ln(kcat), x-Achse 1/T und dann eine Gerade mit negativer Steigung -Ea/R
2. Millimeterpapier: y-Achse Anfangsgeschwindigkeit, x-Achse Temperatur

Ich habe mir einfach alles aufgeschrieben und -gezeichnet, was mir zum Versuch eingefallen ist; Zusätzliche Einflüsse auf die Enzymkinetik, Boltzmann-Konstante, Phosphoesterbindung, Michaelis-Menten-Gleichung, endotherme vs. exotherme Reaktion etc.

PCR: Teilversuch 2.1 Polymerase Chain Reaction

Auch hier wurde der Versuch 1:1 dem Praktikumsskript entnommen. Zusätzlich eine Restriktionskarte und ein Bild einer Gelelektrophorese. Ich sollte ausrechnen und abschätzen wie viele Basenpaare das Gen hat (auch hier habe ich nur abgeschätzt). Ausserdem habe ich alle DNA-Basen mit H-Brücken, Glycerol und ein Palindrom gezeichnet und mir wiederum aufgeschrieben was ich zum Versuch im Vorhinein gelernt hatte. Es lohnt sich zu notieren, für was die verschiedenen Komponenten nötig sind. Also welches die Färbungen sind, für was 5x steht beim Ladepuffer, warum es Magnesium braucht usw.

Prüfung: Ich wurde von Frau Dreier geprüft, Prof. Mittl hat nur aufgeschrieben. Ich durfte entscheiden, mit was ich beginnen wollte und nahm Enzymkinetik, da ich mich dort sicherer fühlte.

- Was haben sie gemacht? Temperaturabhängigkeit einer enzymatischen Reaktion untersucht.
- Ich zeigte ihnen meine 2 Kurven und sagte auch, dass ich alles einfach abgeschätzt hatte und keine Zeit zum rechnen hatte (haben sie nicht weiter kommentiert). Sie fragten mich, was man daraus ableiten kann:
1. Millimeterpapier, Arrhenius Repräsentation: Wenn die Gerade flach ist, dann bewirkt eine Temperaturabhängigkeit keine starke Änderung von kcat (kleine Steigung). Heisst, eine Temperaturerhöhung ist vor allem dann wirksam, wenn eine hohe Aktivierungsenergie Ea überwunden werden muss. Ausserdem erklärte ich, dass durch die Zugabe eines Enzyms die Steigung flacher wird, da dieses ja die Ea erniedrigt.
2. Millimeterpapier: Geschwindigkeit steigt erst an (RGT-Regel), fällt dann aber bei hohen Temperaturen, da das Enzym irgendwann denaturiert wird (in meinem Beispiel bei den letzten zwei Messungen).
- Was heisst denaturiert? Es werden intramolekulare Wechselwirkungen wie z.B. H-Brücken, hydrophobe WW, Salzbrücken etc. zerstört.
- Inwiefern unterscheidet sich der Einfluss eines Enzyms auf die Reaktionsgeschwindigkeit von dem der Temperatur? Das Enzym erniedrigt die Aktivierungsenergie. Die Temperatur erhöht die Wechselzahl kcat --> mit Arrheniusgleichung begründet: wenn T grösser wird, wird der Exponent kleiner und somit kcat grösser. Die Temperatur erhöht die Energie der einzelnen Teilchen und man hat mehr Zusammenstösse --> Boltzmann-Verteilung. Weder Enzym noch Temperatur haben einen Einfluss auf das Gleichgewicht.
- Was ist das Enzym und Substrat in der Reaktion? Enzym: Alkalische Phosphatase, Substrat: p-Nitrophenylphosphatester. Ich habe ihnen dann meine Zeichnunung gezeigt.
- Was wird hier für eine Bindung gespalten? Eine Phosphoesterbindung
- Es fehlt etwas auf ihrer Zeichnung, entsteht nicht noch mehr bei der Reaktion? Ich hatte nur die 3 Formen des Substrats aufgezeichnet, habe dann aber beim ersten + H2O dazu geschrieben (es handelt sich ja um eine Hydrolyse), beim p-Nitrophenol HPO42- und beim p-Nitrophenolat-Anion Na+ und H2O. Sie wollten noch hören, dass es sich bei HPO42- um eine Säure handelt bzw. der Ester eine Verbindung zwischen einem Alkohol und einer Säure ist.
- Was macht NaOH? Stoppt die Reaktion. Erhöht als starke Base den pH und deprotoniert das Enzym (und auch das Produkt, welches ja als Anion vorliegen soll damit es photometrisch bestimmt werden kann).
- Was genau wird deprotoniert? Die AS-Seitenketten. Habe noch hinzugefügt: pH < pKa protonierte Form, pH > pKa deprotonierte Form.
- Heisst das, das Produkt fällt aus? Weiss ich nicht, habe das Experiment ja nicht mehr durchgeführt. Können sie sich nicht mehr erinnern? Hat mich ziemlich verunsichert. Ich habe dann versucht mit dem Experiment Proteinreinigung zu begründen, wo es durch die Denaturierung von HCl (starke Säure vergleichbar mit starker Base NaOH?) auch nicht zur Aggregation kommt, da sich dann alle positiven Ladungen abstossen.
- Jetzt sind sie aber beim falschen Experiment... Ich sagte, dass ich es wirklich nicht weiss. Sie konnte mir dann selbst gar keine richtige Antwort geben, habe ich also bis jetzt noch nicht verstanden. Aber sie ging dann einfach zur nächsten Frage über.
- Für was steht p? para-Stellung (1,4), habe dann auch noch erklärt was ortho (1,2) und meta (1,3) ist.
- Bevor sie mich etwas Weiteres fragen konnten, habe ich erklärt, dass das Anion bei 400nm blaues Licht absorbiert, also gelb erscheint, da dies die Komplementärfarbe ist.
- Wie funktioniert das? Die Valenzelektronen (äusserste Schale) nehmen die Energie des Lichts auf und werden so auf ein höheres Energieniveau gehoben (je weiter weg vom Kern, desto höher). Wenn sie wieder auf ihr Energieniveau zurückfallen emitieren sie die Energie z.B. in Form von Licht oder Wärme. Habe auch noch das Lambert-Beer-Gesetz aufgeschrieben.
- Was sind andere Einflüsse auf die Enzymkinetik? Z.B. pH
- Richtig, haben sie ungefähr eine Vorstellung vom pH-Optimum ihres Enzyms? Ich habe gesagt bei pH 10 da es im Versuch so vorliegt. Es wäre aber eher pH 8 gewesen.
- Haben alle Enzyme ihr pH-Optimum in diesem Bereich? Nein, zum Beispiel Pepsin, das im Magen vorkommt, hat sein Optimum bei einem sehr tiefen pH.
- Was heisst tief? So ungefähr 1.8-3, also einfach bei den Bedingungen, die durch die Magensäure entstehen.

PCR

- Was braucht es alles? Konnte ich einfach vom Blatt ablesen (allgemein guter Tipp wenn man nicht mehr weiter weiss, ich habe meine Notizen und die Versuchsblätter viel zu wenig genutzt). Habe dann betont, dass es extrem wichtig ist 2 Primer und nicht nur einen zu haben.
- Wieso? Die Primer flankieren den DNA-Abschnitt der exponentiell vervielfältigt werden soll. Habe eine Zeichnung gemacht von Sense- und Antisensestrang und wie sich die Primer daran anlagern (ähnlich wie Abb. 3 auf S.5 in der Theorie) und so gezeigt, dass ab dem 3.Zyklus das erste DNA-Fragment entsteht, das der gewünschten Länge entspricht.
- Können sie einen Primer zeichnen? Habe einfach GACGT oder so aufgeschrieben. Sie meinte dann, das dies etwas kurz sei und was dann das Problem wäre, wenn ich nur so wenig Nukleotide hätte. Wäre unspezifisch.
- Was muss man je nach Länge im Bezug auf die Temperatur beachten? Je länger, desto höher muss die Temperatur sein.
- Ist dies der einzige Einfluss? Nein, G-C Bindung: ca. 60kJ/mol, A-T-Bindung: ca. 40kJ/mol. Habe ihnen meine Zeichnung von den 3 bzw. zwei H-Brücken gezeigt und gesagt, dass es ungefähr 2/H-Brücke braucht. Dies sei praktisch, da ich für einen kürzeren Primer mit mehr GC-Basenpaare die gleiche Annealing-Temperatur brauche wie für einen längeren mit mehr AT.
- Ich weiss nicht mehr genau, wie wir darauf gekommen sind, aber ich wurde gefragt was ein Plasmid ist: ringförmige DNA-Moleküle, die eine Starstelle für die DNA-Polymerase besitzen und sich deswegen unabhängig vom bakteriellen Chromosom replizieren. Habe ein Kreis gezeichnet und sie fand dann, das dies nicht korrekt sei, da es sich beim Plasmid um DNA handelt und diese doppelsträngig ist.
- Wann hört die DNA-Polymerase bei einem zirkulären Expressionsvektor mit der Elongation auf (hat ja kein Anfang und Ende)?Zeitbegrenzung durch Temperaturerhöhung. Ihnen war wichtig, dass sich die 3 Schritte des PCR-Programms alleinig durch die Temperatur unterscheiden.
- Zur Restriktionskarte: Wie viele Basenpaare hat ihr Gen ungefähr? 2000bp (konnte man ~ ablesen). Habe dann noch hinzugefügt, dass bei einer Mutation ein Restriktionsenzym nicht mehr schneiden kann und so grössere Stücke entstehen und das sie häufig Palindrome als Erkennungssequenz haben und ihnen meine Zeichnung davon gezeigt.
- Wie funktioniert die Gelelektrophorese? Trennung von DNA-Fragmenten nach Grösse. Habe gesagt, dass das Phosphatrückgrat negativ geladen ist und sich die Fragmente deshalb zur Anode (+) bewegen. Das Agarosegel wirkt als molekulares Sieb, so dass die grösseren Moleküle weniger weit wandern als die kleineren.
- Was zeigen die Banden auf dem Bild? DNA-Fragmente. Sie wollte es genauer wissen: lineare DNA

Sie hat mich auch noch zu den Grundprinzipien von Translation, Transkription und zu einigen Grundbegriffe wie MCS, Ori C befragt.
Für PCR würde ich mir genau überlegen, auf was man seinen Fokus legen möchte, da es ein extrem komplexes und vielfältiges Thema ist und man auch ein bisschen selber steuern kann, zu was man mehr oder weniger gefragt werden möchte.

Viel Erfolg ihr schaffed das

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Repi

27.01.2019 14:18

 Hey liebi Lüüt wo 2019 die mündlich hend. Als Repi hani gmerkt dass einigi Biochemie Praktis ab eurem Jahr kürzt worde sind (endli mal good news), daher hets bi de Studis vo 2018 teils Ufgabe drin, wos im 2019 nöd geh het, bzw i eurem Jahrgang, zB bi Enzymkinetik isch no d Arrhenius Gliichig drin gsi und es Kapitel mit Iifluss vo Inhibitore und Cofaktore. Hani gmerkt bim Lerne, und has nur mal welle gseit ha

2018

Ahmad Patron Miri


31.12.2018 02:16 		Zuna, Nash, LKA, geprüft von Sergios Patron Gloors

Was geht ab was geht ab was geht ab? Ich bins wieder euer Patron. Kurzes Stemanet von mir. Es ists langsam wieder Zeit geworden. Ich wünsche euch viel Erfolg mit eure Prüfung, ja. Lasst euch nichts den Mut nehmen. Du rischtig mieser. Zitat ende.

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Zu


29.06.2018 20:51 		Hämoglobin/Bakteriologie, geprüft von Mittl

Hämoglobin

-Was ist Hämoglobin? Ist es ein Enzym? Unterschied Katalase und Hämoglobin.
-Wie ist ein Enzym aufgebaut? Erklärung inkl. Bindungstasche mit Aminosäuren.
-Eigenschaften eines Enzyms: Enzymkinetik: Reaktionsgeschwindigkeit erklären und die Kurve zeichnen.
-Lernt die Achsen zu beschriften.
-Ich musste sogar die Redoxreaktion mit den Oxidationszahlen aufschreiben und die Katalasereaktion war zudem eine Disproportinierungsreaktion und diesen Begriff wollte er hören und ich kannte den Begriff nicht.
- Warum schäumt es im RG? Mizellenstruktur beschreiben

Bakteriologie

-Die Wachstumskurve erklären und beschriften und danach beschreiben, wie die einzelnen Abschnitte im Logarithmus aussehen würden.
- Welche Bakterien können wir verwenden? E. coli
-Wie schwer und wie gross ist E. coli?
-In welchem Mikroskop können wir E. colli sehen?

Mittl stellte irgendwelche Fragen und keine einzige zu den Praktika. Er versuchte immer wieder zu helfen und war eigentlich auch nett. Seine Fragen waren jedoch nicht einfach zu beantworten. Er bewertet jedoch sehr lieb. Man muss natürlich auch Glück haben. Es gibt Prüfer, welche die Praktika 1:1 abfragen und dann gibt es welche, die einfach die ganze Biochemie abfragen.Ich würde euch empfehlen das Skript von Schuler nochmals anzuschauen.

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it's britney *


20.02.2018 10:43 		PCR / Kreatinkinase, geprüft von P.Lindner / Coex: M.Jinek

Hallo liebe Pfreunde!

Ich erspar mir jetzt den Ablauf (kommt oft genug in anderen Berichten vor)

So.

Ich werde abgeholt. Von Herrn Peter Lindner.
Die Gruselgeschichten hier halfen natürlich nicht, meine innere Ruhe zu finden.

(ja, ich erzähle in der Gegenwart; for a more authentic feeling ya know)

Ich drücke Herrn Jineks Hand und setze mich hin.
Und der Spass kann beginnen.

- So erzählen Sie doch kurz, worum es in diesen Versuchen geht.
> PCR & Kreatinkinase-Versuche kurz beschrieben
- Womit möchten Sie beginnnen?
> Ist mir egal
- Mir auch
> Ok, PCR (I had no idea..)
- So, was ist PCR?
> Polymerase-Ketten-Reaktion
- Was ist der Sinn?
> Nun, zu Beginn hat man wenig DNA, man möchte aber viel herausbekommen, um verschiedene Untersuchungen durchzuführen.
Trotzdem ist die Menge natürlich nicht enorm, wir befinden uns im Mikrogrammbereich (davor Picogramm)
- Ok, ja die Grössenordnungen stimmen, aber was ist der Sinn? Wofür braucht man das Ganze?
> So und hier hatte ich mein erstes (leider nicht letztes Blackout). Ich starrte beide an und wusste, dass ich die Antworten wusste, aber ich brachte irgendwie kein Wort raus. Dann entschuldigte ich mich und sagte ich sei gerade ein wenig verwirrt! (wow)
- Er formulierte die Frage um und dann ging es wieder (einigermassen)
> also man kann PCR in z.B der Forensik anwenden..
- Was ist das?
> Kriminalforschung
- Wie findet man den Mörder?
> (ehm what?) Fingerprint?
- Ja, aber wir haben doch DNA, wie findet man den Mörder, wenn man z.B einen Tropfen Blut hat?
> Man nimmt sich dort die DNA und amplifiziert diese, danach untersucht man sie
- Gut, wofür braucht man diese Reaktion sonst noch?
> Vaterschaftstests
- Wie läuft ein Vaterschaftstest ab?
> (ok, here we go again) Ich glaube, das hat was mit Polymorphismus zu tun
- Was ist das?
> Ein immer wieder auftretender Unterschied in einer DNA-Sequenz (Ein bp oder so etwas ähnliches, bin mir nicht mehr sicher, hier lieber nachforschen!)
- Gut, was noch?
> Krankheitsforschung, z.B AIDS
- Wie?
> DNA-Amplifizierung und Untersuchung (Mutationen in DNA aufgrund des AIDS-Virus)
- Zum Coex: Ich wollte nur sehen, ob sie es weiss :-P
Zeigen Sie mir Ihr Protokoll, dann weiss ich, was ich nicht fragen darf.
> Dann zeige ich es nicht! (hehehe cause me very funny)
- Ihr Zyklus sieht ein wenig komisch aus, wir machen das zusammen
> Tränen in den Augen (joking, bald verging aber auch mir der Spass)

So musste ich die ersten drei Zyklen zeichnen. Er zeichnete mir einen Strich auf ein Blatt und eine zu amplifizierende Sequenz (also ganz banal, ohne jegliche bp oder so, einfach zwei Striche durch die DNA). Jetzt amplifizieren Sie mir diesen Abschnitt.
Und hier machte ich (meiner Meinung nach viele Fehler, aber einem selbst kommt es natürlich immer tragischer vor als es in Wahrheit ist). Ich zeichnete den Primer ein (nach einem kurzen Beschrieb, um was es sich handelt, also was ein Primer ist, wo er ansetzt etc.) Danach zeichnete ich die erste replizierte DNA ein, aber nur bis zum zweiten Strich (also nur bis zum Ende des zu amplifizierenden Bereichs). Er machte mich darauf aufmerksam, dass ich etwas vergessen und nicht zu Ende eingetragen hatte. Nach einigen Anläufen fiel mir der Fehler auf. Die restlichen beiden waren ok.
--> Also man muss natürlich bis ans ENDE des Strangs replizieren und nicht nur bis zum Ende des zu replizierenden Bereichs.
Die ersten Produkte sind länger, verschwinden mit der Zeit aber im Produkt. Ab dem zweiten Zyklus hat man schon die ersten PCR-Produkte, aber erst ab dem dritten DEFINIERTE.

- Wo setzt die DNA-Polymerase am Primer an?
> 5' Ende
- Seeeeehr skeptischer Blick
> 3' Ende (3'Ende stimmt). Am 5'Ende kann man noch eine Sequenz anfügen, welche von Restriktionsenzymen erkannt werden kann, da ansonsten nicht geschnitten werden kann.
- Richtig, das ist für heute aber zu kompliziert.

* Ist mir noch eingefallen, beim Schreiben des zweiten Teils:
- Wieso dNTPs?
> Ist ein Bestandteil der DNA
- Ja, aber MONOPHOSPHAT ist ein Bestandteil der DNA
> Pyrophosphat wird abgespaltet

Also wir haben (kam mir so vor) eine halbe Ewigkeit mit dem Zeichnen des PCR-Zyklus verbracht und ich war ziemlich am Boden, weil ich ja einiges nicht von Anfang an gesehen und eingezeichnet hatte.
Wir gingen zum zweiten Versuch über.

- Erzählen Sie mir etwas über den Versuch
> basics
- Kreatinkinase im Serum, finden Sie das nicht komisch?
> Doch, normalerweise findet man die Kreatinkinase nicht im Serum
- Sondern?
> Mitochondrien, Cytosol
- Ich habe nicht nach dem genauen Ort gefragt
> Muskel (Herz, Skelett)
- Wann findet man dieses Enzym im Serum?
> Bei Herzinfarkten z.B der Muskel wird geschädigt und das Enzym tritt ins Serum, aber auch bei Sportlern kann dieses Enzym und seine Aktivität z.T im Serum gemessen werden
- Lassen wir mal gelten
> Hat Prof. Mittl gesagt!
- Ich werde ihn fragen.
- Ok, was ist ATP und wieso messen wir nicht direkt dieses?
> (hatte alles schon gezeichnet, also ALLE Bestandteile der Reaktion (gekoppelte auch)) Weil wir dieses spektrometrisch nicht direkt nachweisen könnnen und es gleich wieder regeneriert wird.
- Zeichnen Sie mir das Spektrum von ADP
> Einfach bei 260 nm einen Peak aufzeichnen (Adenin absorbiert)
- Gut, und nun das von ATP
> Ist das Gleiche, deshalb können wir es nicht messen und müssen die Reaktion koppeln.
- Aha, na sehen Sie!
(ich habe auch noch kurz erzählt welche Bedingungen erfüllt werden müssen und als ich sagte das Gleichgewicht der ersten Reaktion sei unwichtig und jene der gekoppelten müsste auf der rechten Seite liegen, meinte er; das sagen alle, aber es stimmt nur zu 50%. Danach sagte ich, dass ADP eigentlich auch gleich wieder zu ATP wird und deshalb das Gleichgewicht der zweiten Reaktion auch keine Rolle spiele. Lindner: aha, sehen Sie! Und auch erwähnte ich die Geschwindigkeiten, die erste Reaktion ist die langsamste, geschwindigkeitsbestimmende. Er wollte wissen weshalb, ich meinte, es würde ja keinen Sinn machen, wenn sie schneller laufen würde und wir sie so nicht nachweisen könnten, da die Produkte schon vorhanden wären, bevor die beiden anderen Reaktionen überhaupt stattgefunden hätten).

Hmm was war noch?

Genau, am Schluss wollte er wissen, was es alles für die Reaktion braucht
> Kreatin, ADP, PEP, NADred
- Etwas sehr offensichtliches fehlt, es ist so klar, dass man es meist vergisst
> Also im Körper oder im RG?
- Coex lachte und meinte; im RG (aber natürlich auch im Körper)
> Ich starrte die Reaktion gefühlte 30s an und die beiden wollten es schon verraten,
ABER ICH SAGTE: NEIN! ICH WILL ES SELBST HERAUSFINDEN hahaha
und dann sah ich es: DIE ENZYME! (PK, LDH, KK)
- Na sehen Sie! So wir müssen Schluss machen.
> Ich war offensichtlich nicht sehr glücklich darüber, dass sie Schluss machten mit mir. They saw it in my eyeees
- Ah, Sie wollen bleiben, das ist aber nett.
Schöne Ferien.

So, ich denke, ich habe alles was ich wusste erzählt und hoffe, ich konnte ein wenig helfen.
Herr Lindner war meiner Meinung nach ein angenehmer Prüfer und obwohl er schwierige Fragen stellte, half er auch mal weiter, falls ich es allein nicht ganz schaffte. Also diese Horror-Storys sind echt übertrieben, finde ich.
Der Coex war auch ganz nett, hat aber nicht viel gesagt.

Viel Erfolg allen!

(Note: 5)

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kuckuck


10.02.2018 16:51 		Kinetik (Temperaturabhängigkeit) & Verdauung (Albumin), geprüft von Dutzler & Dame?

Lang, lang ists her ich kann mich nur halbwegs noch an Folgendes erinnern, deshalb gilt bezüglich Korrektheit umso mehr:
KEINE GEWÄHR - WEITERLESEN AUF EIGENE GEFAHR!

VORBEREITUNG: Details - siehe unten (Berichte)

Ihr habt zwar lange 40 Minuten zur Verfügung - versucht trotzdem nicht allzu viel Zeit mit der optimalen Skalierung der Diagramme zu vertrödeln- rückblickend wären stattdessen ein paar zusätzliche generelle Notizen zu den Versuchen vermutlich hilfreicher gewesen. In vielen cgfx-Berichten kann man lesen, dass die gezeichneten Diagramme letzten Endes niemanden interessierten - dies war zumindest bei meinen Prüfern überhaupt nicht der Fall. Sie waren ganz im Gegenteil höchstinteressiert an den Graphen und es kam jeder Einzelne zur Sprache.

Während der Prüfung gerieten meine Zeichenkünste anhand mehrerer zusätzlich verlangter Diagramme (e.g. MM/Boltzmann-Maxwell-Verteilung/Reaktionsenthalpie) nochmals spontan auf den Prüfstand. Da der Fokus auf der Enzymologie zu liegen scheint und diese mit hoher Wahrscheinlichkeit - wenn auch teils auf Umwegen - geprüft wird, lohnt sich ein langer Blick auf das relevante Schuler-Kapitel und die darin vorkommenden Graphen.

BESPRECHUNG:

VERDAUUNG - ALBUMIN:

WAS IST DAS ZIEL DIESES VERSUCHES?
=> sollte Euch natürlich bei jedem Teilversuch vollkommen klar sein, da es meist die Eröffnungsfrage ist.
Beweisversuch, dass Pepsin und nicht HCL alleine für die Verdauung/Spaltung des Proteins zuständig ist.
Ein RG mit reinem HCL & ein RG mit Pepsin.
BEIDE RG SIND MIT HCL GEFÜLLT, ODER?
Was? Nachdem ich eine gefühlte Viertelstunde verwirrt vor mich hinsabbere, zeigt Prof. Dutzler netterweise auf die Zutaten der RG und stellt für die geistig ganz Lahmen eine Hilfsfrage.
IST PEPSIN BEISPIELWEISE BEI PH 7 AKTIV?
Natürlich nicht - irreversibel inaktivert!
(Prof. Dutzler wollte bloss hören, dass in der Pepsinlösung selbstverständlich auch HCL vorhanden ist, da die Protease ansonsten mit einem pH-Optimum von ca. 2 gar nicht aktiv wäre.)
WAS IST DIE FUNKTION VON PEPSIN IM MAGEN?
Spaltung von Peptidbindungen
=> Zeichnen Sie den Reaktionsvorgang auf - Reaktionsart? welche Produkte entstehen?
Proteolyse/Hydrolyse - COOH- und NH2-Enden in vermeintlicher Schuler-Skript-Mustermanier aufgezeichnet - Carbonsäure und Amin.
WÜRDEN DIESE PRODUKTE UNTER PHYSIOLOGISCHEN BEDINGUNGEN IN DIESER FORM VORLIEGEN?
Nein! pKs der Carboxygruppe ca. 2 => deprotoniert => COO- und NH3+ (Korrektur/Verunstaltung meines Kunstwerkes)
WAS IST PEPSIN FÜR EIN ENZYM?
Eine (Serin?)Endo-Peptidase zur Eiweissverdauung.
BEFINDET SICH EIN SERIN-REST IM KATALYTISCHEN ZENTRUM (kritischer Blick inklusive)?
Hab ich tatsächlich solch einen Unsinn erzählt?! Nein - es handelt sich um eine saure Peptidase mit Asp-Asp Dyade.
SAUER AUFGRUND DES SAUREN MAGENMILIEUS?
Klingt eigentlich nicht schlecht, aber Renin ist ebenfalls eine "saure" Protease ohne saure Umgebung, weshalb es sich wohl eher auf die sauren Asparatat-AS im aktiven Zentrum bezieht.
KENNEN SIE NOCH WEITERE SOLCHE PEPTIDASEN?
Solche? Ähnlich wie Pepsin-Proteasen?
WAS IST DENN DER UNTERSCHIED?
Zwischen Peptidasen und Proteasen? Mir wäre keiner bekannt, Peptide sind bloss kleinere...
ES IST GENAU DAS GLEICHE!
Ok - also da gäbe es noch die Caspasen, welche eine Schlüsselrolle bei der Apoptose spielen - Cysteinyl/Thiol Proteasen in Di-oder teils auch Triadenversion, die nach Aspartat spalten - mit ähnlichem Kaskadenmechanismus wie die Verdauungsenzyme - Serinproteasen Trypsin/Chymotrypsin, Elastase, Thrombin - weitere Proteasen bei der Blutgerinnung. Peptidasen mit Threonin als Nukleophil im Proteasom.
GIBTS AUCH PEPTIDASEN MIT ANDERSARTIGEN KATALYTISCHEN ZENTREN?
MMP - Metallomatrix-Protease - mit Zink.
WAS SIND DAS IN BEZUG AUF DIE SPALTUNG FÜR EINE KATEGORIE VON PROTEASEN? KENNEN SIE NOCH ANDERE?
Das sollten bisher eigentlich fast alles Endopeptidasen sein (Threonin?)
Carboxyterminal (A & B) - spaltende Exopeptidasen
WAS SIND DEREN PRODUKTE?
Monopeptide?!
WIE NENNT MAN DAS AUCH NOCH?
Hejeijei - Aminosäuren!
WAS FÜR EIN PH-WERT HERRSCHT BEI 0.1 M HCL?
1
WAS IST DER SINN/DAS KONZEPT HINTER DEN KONTROLLEN A & C?
Absorption/Verfälschung durch HCL oder Pepsin (Peptidbindungen, die mit Biuret-Reagenz Komplexe bilden können) werden eliminiert => B-A & D-C

WEITERE STANDARD-FRAGEN
ZEICHNEN SIE DAS BIURET-REAGENZ! LADUNG VON KUPFER? ZEIGEN SIE DIE E-DONATOREN?
WAS ABSORBIERT? WELLENLÄNGE (Info auf Aufgabenblatt)
WO SPALTEN PEPTIDASEN NOCHMALS GENAU IN IHRER ZEICHNUNG?
PH OPTIMUM VON TRYPSIN?
WIE KOMMT EIN PH OPTIMUM ZUSTANDE? MECHANISMUS DAHINTER? WIESO BEI TIEFEM/HOHEM PH INAKTIV?
WIESO HITZEKOAGULIERTES EIERALBUMIN?
BEOBACHTUNG IN DEN VERSCHIEDENEN RG - WIESO?
(Alle Werte/Trübungsgrad sind im Aufgabenblatt gegeben)

ENZYMKINETIK - TEMPERATURABHÄNGIGKEIT - ALKALISCHE PHOSPHATASE

ZEICHNEN SIE DEN GESAMTEN REAKTIONSWEG!
WAS IST DAS ZIEL DES VERSUCHES?
WAS SIEHT MAN AUF IHREM TEMPERATURDIAGRAMM?
WAS KÖNNEN SIE AUS DER LINEARISIERTEN ARRHENIUS GLEICHUNG UND IHREM GEZEICHNETEN PLOT HERAUSLESEN?
WIE WIRD V GEMESSEN? WAS WIRD GEMESSEN? WAS ABSORBIERT?
WAS IST ES FÜR EINE REAKTION?
WO MISST MAN DIE REAKTION? WIE SIEHT AN DIESEM PUNKT DIE STEIGUNG AUS?
WELCHE BEDINGUNGEN MÜSSEN HERRSCHEN, DAMIT DIESES EXPERIMENT FUNKTIONIERT?
WICHTIG!
Diese Frage wurde mir vermutlich aufgrund unzureichender Beantwortung mehrmals auf verschiedene Art und Weise gestellt.
Alkalischer pH für Enzym-Optimum bei ca. 10 der alkalischen Phosphatase.
Ebenfalls notwendig für Deprotonierung von P-Nitrophenol und damit für Absorption des Anions im sichtbaren Wellenlängenbereich (405nm)
=> Gelbfärbung erkennbar! Ansonsten nur undifferenzierbare "Phenyl-Absorption" im UV-Bereich.
von Konjugation - HOMO/LUMO - E des Lichtquants invers-proportional zu Lambda etc - gelabbert.
(Frage wurde wohlwollend umformuliert nochmals gestellt - zählte verzweifelt weitere offensichtliche Kriterien auf, hab aber ganz offenbar was Wichtiges weggelassen?)
AN WELCHES MOLEKÜL ERINNERT SIE P-NITROPHENOL?
Tyrosin / 2,4-Dinitrophenol mit ein wenig Fantasie?
ZEICHNEN SIE EIN MM-DIAGRAMM!
Detailliert erklären - verschiedene Phasen - zu welchen Zeitpunkten man aus welchem Grund misst?
WIE BEINFLUSST DIE TEMPERATUR DIE GESCHWINDIGKEIT - ERKLÄREN SIE ANHAND EINES DIAGRAMMES!
ZEICHNEN SIE EIN REAKTIONSENTHALPIE-DIAGRAMM!
WAS IST AUF DEN JEWEILIGEN ACHSEN AUFGETRAGEN?
WIE ÄNDERT DIE ZUGABE VON ENZYMEN DIE AKTIVIERUNGSENERGIE? WIE SIEHT DIE EA BEI DER RÜCKREATION AUS?
(Immer im hingeskribbelten Diagramm aufzeigen!)
WAS GIBTS SONST NOCH FÜR PHOSPHATASEN?
PP1/A2 - F-2,6-BP - Calcineurin etc.
WAS IST DIES FÜR EINE REAKTION? WAS GREIFT WO AN?
Hydrolyse - auf gezeichneter Skizze erklärt.

PROF. DUTZLER UND UNBEKANNTE DAME
Ich wählte aufgrund einiger cgfx-Berichte die schnörkellose "kurz & knapp" Strategie zur Beantwortung der Fragen, um mich wenigstens nicht selbst ins Verderben zu stürzen. Diese Taktik erwies sich - zumindest bei diesen beiden Prüfern - allerdings gleich nach meiner ersten minimalistischen Antwort und der darauffolgenden Schweigeminute als die vollkommen Falsche.

Beide Examinatoren lassen Euch viel Zeit für die Beantwortung der Fragen, wobei man ungestört sein Wissen präsentieren kann.
Beispielsweise hätte man höchstwahrscheinlich noch mehrere Proteasen/Phosphatasen nennen können - eventuell sogar einen Exkurs starten in die Blutgerinnung, die katalytische Triade von Trypsin oder gar in die Phosphatasen zur Verhinderung des Vektorverschlusses etc. - je nachdem, wo Ihr am besten bewandert seid.
Diese beiden Prüfer gewährten mir grosszügige Freiräume, wobei ich kein einziges Mal unterbrochen wurde. Aber anstatt loszulabbern, zog ich nach meinen Ein-Wort-Antworten nur erwartungsvolle Blicke auf mich und liess die Grillen zirpen!

Hoffentlich hilfreich toitoitoi!

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Studi

19.11.2018 17:10

 haha, unterhaltsam gschriebe. das muess e gueti note geh ha, trotz churz ahbundene Antworte!

schoggiii


09.02.2018 11:46 		Enzymkinetik und verdauungsenzyme, geprüft von frau Honegger und Herr Dutzler



Enzymkinetik vo de alkalische Phosphatase

i de Vorbereitig:
- müsse t formle vo Nitrophenylphosphatester ufzeichne inkl Reaktion zum Anion etc.
- ahand vonere Tabelle a gschwindigkeite t MM Grafik und t Lineweaver-Burk Grafik ufzeichne (blödi Einheite mit 10^-2 bis 10^3 oder so ähnlich, min Tip: wähled en Exponent öppe i de Mitti, düend alli andere agliche und überelged oi, wo i de Grafik s wichtig isch, das ier gnaui date hend: z.B. bim übergang vom steile Bereich vo de MM zum flache Teil am Schluss und düend eui Skala dementsprechend mache)

i de Prüefig:
zersch de Versuech erchläre, deete hender e chance vo eu us scho chli Schwärpünkt uf eui Stärchine z setze und gwüssi Sache scho gnauer z erchläre.
denn Frage ala:

was macht die alkalischi Phosphatase
wo absorbiert z Anion
Wieso absorbiert z anion
a was erinneret s Nitrophenylphosphatester (phosphorylierts Tyrosin - glaubs)
t Grafike vomer zeichnet het erchläre:
- was zeiget si
- wieso brucht mer beidi Grafike
- was xet mer im Linveweaver-Burk Diagramm
--> die verschidene Inhibitore erchläre ahand vo de Grafik und ich han au na müse ufzeichne wie die Inhibitore funktionieret (han eifach die Abbildige us de Theorie wo so E+S --> ESI etc gstande isch erchlärt)
Was isch km, wie wirds beiflusst
was isch vmax, wie wirds beiflusst

Verdauuigsenzym - Pepsin
i de Vorbereitig:
han de Versuech mit em koagulierte Eieralbumin ka und i de Vorbereitig nur müsse erchläre, für was die verschidene Reagenzgläser sind und t Kontrollene (sind zwei Frage xi aber eig isch t Antwort meh oder weniger s gliche xi)

i de Prüefig:
Versuech erchläre, han eifach alles erchlärt schritt für schritt, was i wellem Glas und wieso und was passiert etc. (han aso bim erchläre die beide Frage automatisch scho beantwortet ka)

Was isch Pepsin, wo chunnts vor --> wichtig si het welle köre das es e suuri Protease isch (hani nöd gwüsst ka) und het denn während öppe 5min probiert mich drufzlupfe so ala:
Was kenned si für Protease (Serinprotease, Cysteinprotease etc.), wo isch Pepsin (surs Milieu vom Mage), t Gruppe im aktive Zentrum muess ja bim pH Bereich chöne protoniert und deprotoniert si, welli chömed da in Frag (suuri Aminosüüre)

Frage zum Absorptionsspektrum, was absorbiert wo (hani t Wellelänge nüme gwüsst und denn eifach chli ufzellt wasi weiss das alles Absorbiert und denn wo si nach de Wellelängine gfrögt het irgendwelchi zahle xeit woni gad na gwüsst han, het aber nöd gstumme)

Wieso isch s Albumin koaguliert --> hitz
denn het si na frage gstellt zum Afärbe und quantifiziere vo de Protein die hani alli eig nöd chöne beantworte willi es durenand ka han mit dene verschidene Färbemethode (het si au gmerkt aber isch denn zum Glück irgendwenn wiiter gange)

sorry dases chli es chaos isch:

mini tipps:
- lerned die Strukture zeichne wo da immer wider erwähnt werded
- lerned die Grafike zeichne (üebeds au mal vo hand dihei mit Wert vo de Versüech denn verlüreder i de Vorbereitig kei zit will er das nöd chönd) und wenn ers i de Prüefig nöd anebechömed die Grafik gnau z zeichne düend eifach paar Wert überträge und de Rest ergänze
- wenn er i de Vorbereitig gnueg ziit hend denn schribed eu scho sache uf wo chönnted gfrögt werde, denn hender en Spick zettel und überelegged eu wie er wennd t versüech vorstelle (was isch s ziel vom Versuech und wieso mer welle Schritt het brucht)
- t Theorie zu de Versüech isch relativ guet, deete mues mer eig jedes Detail au a de Prüefig chöne (han ich ämel s gfühl ka) au so tabelle etc wo eig i de Versüech sälber nöd relevant sind
- trätted sälbstbewusst uf: ich han teilwiis kei ahnig ka und denn eifach völlig überzügt irgend en Seich gseit, gat mengisch nach hine los (z.B. woni xeit han Peptidbindige absorbiered bi 600nm will dete UV-Liecht isch (völlig falsch)) chan aber au guet cho wenn mer ebbe doch öpis na bitsli richtig seit

mached eu nöd fertig wenn er öpis nöd chönnd beantworte. T prüefer probieret eui gränze z finde zum luege, wievill ier wüssed. die zweiti helfti vo de Prüefig bini mer zimli dumm vor cho, han immer wieder öpis nöd gwüsst und bi paar frage sogar offe xeit, ich hegi kei ahnig und denkt das chan ja kei gueti Note geh --> 6

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hello:)


08.02.2018 14:52 		Enzymkinetik und PCR, geprüft von P. Mittl und B. Dreier als Coex

Woran ich mich noch erinnern kann:

Vorbereitung Enzymkinetik:
Ich musste Km und Vmax der alkalischen Phosphatase berechnen und einerseits ein Graph (sollte Hyperbel geben, nach Michaelis Menten) und eine Line-Waver-Burk-Gerade zeichnen mithilfe der angegeben Substratkonzentrationen und Geschwindigkeiten. Ich geriet etwas unter Zeitdruck, da ich zuerst kurz überlegen musste, wie ich die Skalierung am Besten mache (es waren Substratkonzentration im Bereich von 10 hoch -4 bis 10 -1 ) und es ziemlich viele Werte waren. Ich habe mich dann entschieden, ab und zu einen Wert auszulassen. (Hat am Schluss niemanden interessiert, es gab ja trotzdem eine mehr oder weniger schöne Hyperbel.)
Ich war dann einwenig verwirrt, wie ich Vmax ausrechnen muss. Ist ja ein Wert, der das Enzym nie erreicht, sondern nur annähert. Ich habe dann einfach die Geschwindigkeit genommen, bei der sich trotz noch Erhöhung der Substratkonzentration die Geschwindigkeit nicht mehr ändert. Das stimmt zwar nicht ganz natürlich, aber ich musste ja einen Wert haben, um danach Km auszurechnen, da Km ja die Substratkonzentration ist, bei der das Enzym mit halbmaximaler Geschwindigkeit arbeitet.
Auf jeden Fall hatte ich dann Wert für Vmax und Km (die zwar nicht genau stimmten, aber in der Grössenordnung ganz ok waren.)
So konnte ich dann auch die Line-Waver-Burk-Gerade zeichnen, da ja der y-Achsenabschnitt 1 über vmax ist und der x-Achsenabschnitt -1 über Km. Ach ja, und ich musste die chemische Reaktion aufzeichenen. (Spaltung des Nitrophenylesters)


PCR:
Die Aufgaben waren recht simpel. Ich musste anhand der Restriktionskarte (genau die gleiche wie im Praktikumsskript) die Länge des Gens berechnen, das in den Plasmid eingebaut ist. Ist nicht schwer, wenn man weiss, dass das Gen von den Primern flankiert wird (also die Primern an den Genenden ansetzen).
Und ich musste den PCR-Mechanismus aufzeichnen/skizzieren. (Temperatur für Denaturierung, Annealing und Elongation hätte ich nicht mal lernen müssen, waren angegeben. Denke aber, dass es schon gut ist, wenn man die Temperaturen ungefähr weiss.)
Ich glaub, das war alles.


Prüfung:
Mittl fragte mich, mit welchem Experiment ich begnnen möchte und ich sagte mit Km und Vmax der alkalischen Phosphotase (im Nachhinein denke ich, dass es recht dumm war von mir, nicht mit PCR zu beginnen, da ich mir dort viel sicherer war und auch alles genau berechnen konnte. Naja, was die Nervosität so mit einem macht....)

M: Was haben sie genau gemacht?
I: Ich habe die Geschwindigkeit des Enzym, der alkalischen Phosphatase, bei verschiedenen Substratkonzentrationen gemessen.

M: Was ist das für eine Reaktion?
I: Ich zeigte ihm die chemische Reaktion, die ich aufgezeichnet hatte, und sagte Hydrolyse.

M: Wo wird genau gespalten)
I: Zeigte die Stelle.

M: Kennen sie noch andere Hydrolysen)
I: Proteinbindungen (Amidbindungen) werden durch Peptidasen hydrolytisch gespalten. Oder auch die Phoshphodiester der DNA durch Nukleasen.

M: Was ist ein Phosphodiester? Können sie es aufzeichnen)
I: zeichnete im Prinzip einfach das DNA-Rückgrat.

M: Kennen sie noch andere Phoshodiester?
I: Mir fällt im Moment keine ein.

M: Zum Beispiel ATP (war eine Fangfrage!!)
I: Ja.

M: Sind sie sicher?
I: Ah, NEIN! Das sind zwei (energiereiche) Anhydride und ein Phosphomonoester.

M: Nun zeigen sie mal ihren Graphen, den sie gezeichnet haben. (Ich zeigte ihn ihm.)
Nun, was stimmt nicht?
I: Ah, die Hyperbel müsste natürlich durch den Nullpunkt gehen (habe irgendwie im Stress vergessen, die Hyperbel bis in den Nullüpunkt zu verlängern.)

M: Was können sie aus der Grafik rauslesen, Km, Vmax?
I: Ich sagte ihm, dass ich bei der Bestimmung von Vmax einwenig verwirrrt war, da ja das Enzym vmax nie erreicht. wie sollte ich es denn berechnen? Ich sagte ihm, dass ich einfachen Wert angenommen hatte, um weiterzurechnen. Ich sagte ihm aber noch, dass Vmax = Enzymkonzentration mal kcat ist. (Ich habe sowieso alle Gleichungen, die mir zu Michaelis Menten in den Sinn kamen, aufgeschrieben.)

Wir haben dann ziemlich lange über Vmax und Km geredet. Er wollte, dass ich die Korrelation Km = Vmax durch 2 herleite. Ich kam zuerst nicht drauf, doch da ich alle Formeln aufgeschrieeben hatte, half er mir und sagte, ich sollte die Michaelis-MentenGleichung nochmals genauer anschauen. Es klickte immer noch bei mir (habe mir keine Herleitungen angeschaut, im Schuler-Skript würde es sicherlich stehen.) Er betonte dann nochmals, dass ich ja gesagt hatte, dass Km eine Substratkonznetration ist. So habe ich dann gemerkt, dass ich in der Michaelis-Menten-Gleichung einfach die Substratkonzentration durch Km ersetzen kann und dann schön auf Km=vmax durch 2 komme.
Ich war froh, dass Herr Mittl nicht allzu lange darauf rumritt, dass ich vmaxx nicht genau berechnen konnte. (Und ich habe einfach versucht, ihm all mein Wissen trotzdem zu zeigen.) Er wollte auch nooch wissen, was das für ein Verhalten sei, wenn vmax nicht erreicht wird, aber angenähert wird. Ich wusste es nicht, und er klärte mich dann auf (asymptotisches Verhalten.)
Ach ja, ausserdem sagte ich noch, dass die Reaktion unterhalb Km, also eher im linearen Bereich einer Reaktion erster Ordnung enspricht. Er fragte mich, was denn die katalysierte Reaktion für eine Ordnung war. Ich sagte 2-Ordnung. Er fragte mich, wie es denn möglich eine Reaktion 2.Ordnung in einer Reaktion 1.Ordnung darzustellen. Ich hatte keine Ahnung und sagte irgendetwas völlig Falsches. Schliesslich sagte ich, dass ich das nicht weiss und er klärte mich auf (die Wasserkonznetraiton wird konstant gehalten).


PCR:

M: Was ist PCR?
I: Sagte man "spielt eine Art die Replikation nach". (M. fand das glauub einwenig komiische Beschreibung). Man braucht Polymerasen, Primer und co. und es gibt eine Kettenreaktion.
Ich zeigte ihm meine Skizze und begann den Mechanismus zu erläutern.

M: Nach dem Denaturieren durch Hitze wird ja wieder abgekühlt. Wieso gehen dann die Primer nicht wieder zusammen?
I: Das habe ich mir eigentlich noch nie überlegt. Hmmm...

M: Stellen sie sich vor der DNA Doppelstrang wird getrennt und sie sind dann weit auseinander und müssen sich wieder finden.
I: Ich begann zu überlegen und er gab mir glaube ich nochmals einen Hinweis und sagte dann, dass die Primer im Überschuss sein müssen.

M: wie können sie wissen, wie viel gramm Primer in der Lösung sind)
I: Ich sagte dazu bräuchte man die Molekulare Masse, bzw. das Molekulargewicht (also g/mol). Denn im Aufgabenblatt ist nur mol/l angebeen. -> g/mol mal mol/ l = g/mol.

M: Nun studieren sie ja nicht Molekularbiologie, sondern Medizin. Wo wird PCR in der Diagnostik eingesetzt.
I: Sagte ihm, mir fällt im Moment nur Beispiele der Forensik ein. Um ganz kleine DNA-Mengen, die am Tatort zurückbleiben, zu amplifizieren/vermehren.

M: Zum Beispiel in der Diagnostik von Krankheiten. Kennen sie monogenetische Krankheiten.
I: Ja, zum Beispiel zytische Fibrose.

M: Irgendwie sagen alle Medizinstudenten immer zytische Fibrose (liegt vielleicht an Devuyst, da er zystische Fibrose in jeder zweiten Vorlesung erwähntt ). warum nicht Sichelzellanämie?
Nun, wie kann man nun eine monogentische Krankheit erkennen mittels PCR? Wie sähen die Banden in der Gelektrophorese aus`?

I: Ehrlich gesagt, wusste ich es nicht genau, sondern hatte einfach eine Theorie aufgestellt, welche schlussendlich stimmte!
Ich sagte einfach, dass man ja die Mutation kennt (z.B. wird bei der Sichelzellanämie irgendeine AS (sagte aus Nervosität Argininin, Mittl korrigierte: Glutamat) gegen ein Valin ausgetauscht wird. Da es nur ein PCR-Produkt gibt, wenn der Primer annealen kann, müsste der Primer komplemtär zu der Stelle, wo sich theoretisch eine Mutation befinden könnte. Wenn es eine Mitation gibt, kann der Primer nicht annealen und es ist kein PCR-Produkt in der Gelelektrophorese zu sehen.


Das ist alles, woran ich mich noch erinnern kann..
Herr Mittl war sehr freundlich. Die Coexpertin hat nichts gesagt, nur mitgeschrieben, schien aber auch nnett zu sein .

Hoffe, der Bericht hilt den nächsten Zweitis!

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papa_bleech


07.02.2018 19:24 		Enyzmkinetik (L-Phe als Inhibitor) und Proteinreinigung, geprüft von Honegger und Dreier (Coex)

Frau Dreier hat keine Fragen gestellt, nur mitgeschrieben. Lässt euch nicht davon ablenken, sie schreibt auch positive Sachen auf
Ich konnte Schweizerdeutsch sprechen, Frau Honegger sprach auch die ganze Zeit Schweizerdeutsch.


Ich habe mit Proteinreinigung angefangen, was ein Fehler war.
Ich habe den Versuch gezogen mit den verschiedenen Fällungsmethoden (HCl, Trichloressigsäure, Ammoniumsulfat...)

Fragen:
- Erklären, was genau in jedem Reagenzglas passiert: Hier musste ich sehr genau erklären, was genau die Hitze, Essigsäure macht, warum die Proteine denaturieren und aggregieren. Sie ist dann auf jedes Reagenzglas separat eingegangen und hat dazu Fragen gestellt:
- Wasserstoffbrücken und vdW-Kräfte erklären, sind Wasserstoffbrücken gerichtete oder nicht gerichtete Wechselwirkungen?
- Ein paar Beispiele für unpolare Aminosäuren geben: Da ich nie die unpolaren, sondern immer "die polaren", "die sauren" und "die basischen" (wie im Schuler-Script) gelernt habe und die unpolaren AS einfach als "den Rest" angeschaut habe, sind mir genau Alanin, Valin und Phenylalanin eingefallen, was aber völlig in Ordnung war.
- Warum denaturieren die Proteine in HCl, warum aggregieren sie aber nicht?
- Wie könnte man das Protein wieder in den nativen Zustand bringen, wenn es vorher in HCl war? - diese Frage wurde so komisch gestellt, dass ich nicht verstanden habe, auf was die Prüferin hinaus will... Schliesslich hatte ich dann doch die Antwort: den pH wieder uf 7 bringen mit einer Base, z.B. NaOH, es muss aber nicht sein, dass das Protein wieder renaturiert. Es könnte denaturiert bleiben.
- Wie funktioniert die Denaturierung und Aggregation mit Trichloressigsäure?: Hier war ich unsicher, was sie auch merkte. Ich habe dann versucht, etwas zu erklären, aber ich wusste, dass dieser Mechanismus irgendwie komisch ist. Sie hat dann selber gesagt es gäbe verschiedene Erklärungen und ist dann weiter zur nächsten Frage.
- Wie funktioniert die Denaturierung und Aggregation mit Ethanol?: Ich glaube hier war sie glücklich, dass ich ihr das Coulomb-Gesetz aufgeschrieben habe, auch die Dielektrizitätskonstante mehr oder weniger erklären konnte und schliesslich wollte sie noch unbedingt hören, dass der unpolare Teil von Ethanol (ich habe Ethanol auch als Notiz während dem Sprechen gezeichnet) mit den unpolaren AS im Protein wechselwirkt.
- Wie funktioniert die Aggregation mit Ammoniumsulfat? Warum kehrt das Protein in den nativen Zustand zurück?
- Kennen Sie sonstige Stoffe, die eine ähnliche Wirkung wie Ammoniumsulfat haben?: Ich erklärte dann die Hofmeister Reihe (auch wenn ich den Namen nicht mehr wusste, die Wörter "chaotrop" und "kosmotrop" wären sicher auch von Vorteil, wenn man sie noch gewusst hätte). Sie hat aber nicht das gemeint und fragte noch einmal, ob ich sonst irgendwelche Stoffe kenne. Ich war verzweifelt und sagte "Ich kann mir vorstellen fast jeder Stoff, der gerne das Wasser an sich zieht" und sobald ich das gesagt habe, fiel mir ein: Hyaluronsäure. Sie mussten dann beide lachen und sie sagte, es ist nicht das, was sie gemeint hat, aber eine gute Antwort. Ich habe keine Ahnung, was die richtige Antwort auf diese Frage wäre.

Sie hat auch noch viele andere Fragen gestellt, die meistens eine Zusatzfrage war oder sich gerade ergab aufgrund von meinen vorherigen Antworten.


Enzymkinetik:
Hier musste ich sehr viel rechnen und zeichnen. Ich bekam die Resultate in einer Tabelle und musste sie als Lineweaver-Burk Diagramm aufzeichnen, also musste ich alle Werte 1/x rechnen... War echt mühsam, auch die Skalierung auf dem Milimeterpapier und ich habe sehr viel Zeit in der Vorbereitung damit verloren. Würde ich die Prüfung wiederholen, würde ich das Diagramm definitiv weniger genau machen und mehr Zeit in sonstige Notizen investieren.

Aufgaben:
- Lineweaver Burk Diagramm zeichnen
- Anhand vom gezeichneten Diagramm entscheiden, um welche Art Inhibitor es sich bei L-Phe handelt.
- Km und vmax mit und ohne Inhibitor "berechnen" - hier habe ich es einfach aus meinem Diagramm abgelesen.

Ich habe mir dann auch noch als Notiz die verschiedenen Inhibititionsmechanismen aufgezeichnet (I + ES --> ESI usw.) und die passenden Lineweaver-Burk Diagramme gezeichnet.

Fragen:
- Um welche Art Inhibitor handelt es sich? Warum?: Unkompetitiv, ich habe mit meinem Diagramm argumentiert.
- An was erinnert sie die Verbindung, die wir hier als Substrat genutzt haben?: An Tyrosin, eine der polaren proteinogenen AS.
- Kommt dieses Substrat im menschlichen Körper natürlich vor?: Nein
- Warum nicht?: Wegen der NO2 Gruppe
- Warum brauchen wir so ein Substrat und nicht ein anderes, z.B. ein Tyrosin? Wir können die Absorption gut bei einer bestimmten Wellenlänge messen.
- Kommt Tyrosin im Körper phosphoryliert vor?: Ja, Tyrosin ist neben Serin eine der Aminosäuren die von Kinasen phosphoryliert wird. So werden Enzyme in unserem Körper aktiviert und deaktiviert.
- Wissen Sie auch, bei welchen Enzymen Serin und bei welchen Tyrosin phosphoryliert werden?: Ja, z.B. der Insulinrezeptor ist ein Tyrosin-Kinase-Rezeptor. Wenn ein Insulin an diesem Rezeptor andockt, wird es phosphoryliert und dann phosphorylieren sich die Arme gegenseitig immer mehr.
Dann liess sie mich nicht mehr ausreden und sagte, dass die phosphorylierten Serine eher in nicht-membranständigen Enzymen vorkommen.
- Ich sehe, dass Sie hier als Vorbereitung viele Diagramme gezeichnet haben, können Sie mir das erklären?: Hier erklärte ich was die Achsenabschnitte sind, die Inhibitionsmechanismen (E + I --> EI usw.), was sich wie ändert (Km und vmax können hier ja sinken, grösser werden oder konstant bleiben), und warum sich Km und vmax so und nicht anders ändern.
Bei dieser Frage konnte ich ungestört etwa 4-5min erzählen, ich glaube diese kleine Präsentation hat ihr gefallen.


Fazit: Sie hat z.T. echt verwirrende Fragen gestellt, ich wusste nicht, was sie damit meinte oder suchte viel zu weit nach der Antwort, weil ich nicht glauben wollte, dass die Antwort so einfach wäre. Ich habe das Gefühl sie war begeistert von meinen Diagrammen und auch von meinem "Extra-Wissen", also von allem, was ich noch vom Vorlesungsstoff (Stoffwechsel und Signaltransduktion) wusste.
Ich hatte ein gemischtes Gefühl nach der Prüfung, v.a. weil Frau Honegger mich die ganze Zeit unterbrochen hatte und einige Fragen sogar für mich beantwortet hatte, als ihr meine Antwort ein bisschen zu ausführlich schien. Dann habe ich aber gelernt, einfach weiter zu reden oder sie zu unterbrechen, schliesslich muss man ja zeigen, dass man etwas kann! So haben wir z.T. gleichzeitig gesprochen, aber das hat mich nicht gestört


Note: 6

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kiki


05.02.2018 11:38 		MetHb Gehalt und Verdauungsenzyme, geprüft von Schuler

Hey hey,

da mir die Bricht da mega ghulfe hend hani gfunde ich schribe jez auno eine

-MetHB: genau der gleiche Versuch wie im Praktikum. Absorption von Probe A1 ohne und Probe B2 mit Kaliumhexacyanoferrat gegeben. Und dann Absorption nach Gabe von Kaliumcyanid A2 und B2. MetHB Gehalt ausrechnen mit A1-A2/B1-B2 * 100. Erklären wozu die einzelnen Probeansätze dienen.

-Verdauungsenzyme: wie im Praktikum, bestimmen von 2 unbekannten Peptidasen mittels Farbumschlag des Phenolrot. Musste das Substrat N-benzoyl-L-tryrosinethylester zeichnen und aufzeigen wo es gespalten wird.

-Vorbereitung: Ich dachte so yesss kein Enzymkinetik/ Aktivitäts-Scheiss, das lag mir nicht so (wie ich mich täuschen würde...)
Zeit zum Vorbereiten hat man genug. Stifte, Papier, Taschenrechner, Uhr stehen zur Verfügung.

-An der Prüfung: Ich habe mit den Verdauungsenzymen angefangen. Schuler fragte mich zuerst was das Ziel des Versuches war. Dann ging er auf das Substrat ein und fragte ob das natürlich vorkomme. Wieso wird eine Esterbindung gespalten und keine Amidbindung-> H+ würde an das Amin binden und es würde kein Farbumschlag entstehen. Wieso kommt es zu einem Farbumschlag-> H+ wird frei und bindet an Phenolrot. Substratspezifität von Trypsin und Chymotrypsin-> Bindungstaschen. Dann wechselte er das Thema und fragte, ob man auch Km und vmax so bestimmen könnte. Hier war ich etwas überrumpelt und sagte zögerlich dass man das durch ?A/t und Lambert Beer berechnen könnte. Er meinte es würde theoretisch gehen im Bereich pH= pka +/- 1 aber Phenolrot wäre nicht wirklich geeignet dafür, da es immer in einem Mischverhältnis vorliegt. (habe das nicht so genau verstanden sorry) Dann musst ich eine theoretische Kurve der Produktbildung/ Zeit aufzeichnen daraus dann Michaelis Menten und Lineweaver Burke zeichnen und erklären wo Km/ v max ist, was ist die Steigung, wie verändert sich die Linie nach Zugabe eines Inhibitors etc.
War ganz okay ich fand es nur komisch dass er so auf die Enzymkinetik sich fokussiert hat und mir dieses Thema leider nicht so lag...Naja

Zu MetHb: Was war das Ziel? Ist diese MetHb Konzentration physiologisch? (hatte 30%)-> Nein, gibt Schutzmechanismen. Welche? Wie funktionieren sie: Wieso hat es hier in diesem Blut so viel-> Schutzmechanismen (GSH/ MetHB Reduktase) funktionieren nicht mehr so gut wenn das Blut so lange steht-> Anreicherung. Wieso eignet sich Myoglobin nicht für den O2 Transport? Grafik gezeichnet mit Sättigung und p O2-> Myoglobin bindet O2 zu stark-> Sigmoidale Kurve von Hämoglobin gezeichnet. Wie kann man die O2 Abgabe verbessern?-> Co2, H+, Temperatur. Wo wird es denn warm im Körper? Sagte bei der Muskelarbeit. Er akzeptierte das. Wie verbessert H+ die O2 Abgabe?-> Stabilisiert T Form in dem es an His Reste bindet.
Ja und das wars schon.

Fazit: Schuler war sehr angenehm als Prüfer und die CoEx war nett, sagte aber nichts sondern schrieb nur auf (hat sich auch nicht vorgestellt). Er hat sich vor allem auf die Basics fokussiert und fragte keine extremen Detail Fragen. Da Enzymkinetik wohl sein "Baby" ist ging er bei Verdauungsenzyme vor allem darauf ein, was ich schade fand, da ich mehr zum Reaktionsmechanismus und so hätte sagen können. Strukturen im Praktikumsskript müsst ihr unbedingt zeichnen können!!
Da ich wusste, dass mündliche Prüfungen nicht mein Ding sind war ich meeeeega nervös. Mein Hirn stellt irgendwie immer ab und mein Mund labert, was ihm so in den Sinn kommt. Naja es ging dann doch ganz gut (hoffe ich). Im Nachhinein fällt einem natürlich immer noch mehr ein, was man hätte sagen können aber ja... Bin ganz zufrieden

Euch, die ihr hier das hier liest, dann viel Glück an den Prüfungen.

PS: ich stimme The dark knight zu (une dra) Hey Leutes schriebet chli meh Bricht. Ich findes nur fair, ihr hend sicher au voll profitiert devo und s isch jez wüki kein Ufwand!!!

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The dark knight


04.02.2018 21:19 		Enzymaktvität und PCR, geprüft von Lindner

Han minere Meinig nah verdammt Glück gha bim Couvert-Zieh!

Enzymaktivität: Kreatinkinase im Serum
Vorbereitung: Habe mir am Anfang zuerst überlegt, welches Experiment ich zuerst betrachten möchte (bekommt meistens den Grossteil der Zeit) und wie ich den Versuch beschreiben würde und was ich gerne festgehalten haben möchte. Nach 10 Min dachte ich aber: Jetzt aber mit der Auswertung des Versuchs loslegen!! Die Aufgaben waren 1:1 genau gleich wie in der Original-Anleitung. Absorptionsänderung/min aus der Steigung (gegebener Graph) ablesen, Konzentration mit Hilfe des Lambert-Beer-Gesetzes berechnen, Umrechnung in U (Einheiten!), Verdünnungsfaktor nicht vergessen und dann noch durch Wechselzahl! Bei mir war alles gegeben: Absorptionskoeffizient von NADH, die Wechselzahl (8U/mg) und ich glaube auch alle Einheiten (bin mir hierbei aber nicht mehr sicher- sollte sowieso nicht an dem scheitern!!). Ich denke die meisten Teilexperimente sind genau so gegeben, wie sie bei uns vorkommen = wenn der Absorptionskoeffzient von bspw. NADH im Teilexperiment 2 angegeben ist, aber in den weiteren Teilexperimenten ebenfalls benötigt wird, wird sie nicht nochmals angegeben (nur meine Theorie).
Prüfung: Die Prüfer haben sich beide nett vorgestellt und los gings (Protokollführer war eher nervös und wahrscheinlich auch neu, weil Herr Lindner ihm ständig Anweisungen gab- wie man eine Legi überprüft etc.): E = Examinator (aus Deutschland = Gespräch auf hochdeutsch) vs. I = Ich
E: Welche Experimente bringen Sie uns mit (sie wissen es im Vornherein nicht!)? Und mit welchem möchten Sie beginnen?
I: Kreatinkinase. Soll ich das Ziel des Versuches erklären?
E: Ich stelle die Fragen. Sie antworten nur. Was fällt Ihnen am Titel dieses Teilexperimentes auf? Finden sie ihn nicht etwas merkwürdig?
I: (gewisse Ahnung, dass er auf das physiologische Vorkommen der Kreatinkinase intrazellulär zu sprechen kommen möchte und wieso deren Konzentration im Serum dennoch wichtig in der Medizin ist) Nein, ich sehe keinen Fehler im Titel.
E: Was macht die Kreatinkinase? Wo kommt sie vor?
I: Es gibt eine mitochondriale und eine cytosolische Kreatinkinase. Unter Ruhebedingungen wird Kreatin mit Hilfe von ATP zu Kreatinphosphat umgewandelt vs. unter körperlicher Belastung gewinnt man wiederum aus ADP und Kreatinphosphat das ATP (Kopfnicken). Die Kreatinkinase kommt zwar physiologisch in den Muskelzellen vor, aber bei Muskelschäden treten höhere Konzentrationen auch im Serum auf.
E: Also, wenn ich mir in den Finger schneide, dann habe ich Kreatinkinase im Serum? Im Finger hab ich ja auch Muskeln
I: Also, eigentlich benutzt man es eher für die Detektion eines Myokardinfarktes.
E: Stimmt. Wieso haben wir 3 Reaktionen und für welche interessieren wir uns?
I: Wir interessieren uns für die 1. Reaktion, aber deren Produkte und Edukte weisen ein identisches Absorptionsmaximum auf. Aus diesem Grund liefert ihre optische Messung keine Aussagekraft. Weshalb wir sie an eine andere Reaktion koppeln, die Produkte mit einem unterschiedlichen Absorptionsmaximum liefert (Verhaspelungen und Kauderwelsch vorprogrammiert aber normal- hauptsache inhaltlich korrekt!).
E: Ach so. Welche Gruppe absorbiert denn? Meinen sie Kreatin?
I: Eigentlich absorbieren ADP und ATP und zwar genau gleich, da ihre Base für die Absorption zuständig ist.
E: Bei welcher Wellenlänge?
I: 260 nm
E: Für was steht NAD?
I: Nicotinamid-Adenin-Dinukleotid (beim ersten Anlauf das Adenin vergesse ^^)
E: Zeichnen sie bitte die absorbierende Gruppe von NAD/NADH und beschränken Sie sich auf den relevanten Teil.
I: *Beginne ausversehen mit Adenin, da ja auch absorbierende Gruppe, aber eigentlich nicht massgebend, da nicht hier der Unterscheid in der Absorption liegt*
E: Ich habe doch gesagt, nur den relevanten Teil. Ich glaube Ihnen, dass Sie eine Base zeichnen können. Schreiben Sie einfach A für Adenin oder B für Base etc.
I: Ähm, ja sry. Schreibe A für Adenin, Z für Zucker, P für Phosphat, wieder P, Z und zuletzt der Nicotinamidring = Objekt seiner Begierde. Ich habe den Ring ohne den Wasserstoff gezeichnet, da logisch, aber gezögert, ob ich ihn doch zeichnen sollte.
E: Fehlt nicht noch etwas?
I: Meinen sie den Wasserstoff? Ist ja eigentlich logisch und muss man nicht einzeichnen.
E: Aber für uns ist er wichtig.
I: Gezeichnet.
E: Was ist der Unterschied zwischen NADH und NAD?
I: Ähm Proton?
E: Zeichnen Sie das bitte ein.
I: Ähm also Proton und 2 Elektronen!
E: Korrekt. Wie heisst diese Verbindung?
I: Fragender Blick
E: H minus oder? Wie nennt man diese Verbindung?
I: Nach langem Zögern, habe ich es gleichzeitig wie er ausgesprochen: Hydrid-Ion!
E: Genau. Welche Reaktion läuft mit welcher Geschwindigkeit ab? Und wo liegt das GG bzw. ist es relevant, wo es liegt?
I: 2 und 3 schneller als 1. Bei der 3. Soll sie rechts liegen, sonst keinen messbaren Unterschied. 1 liegt unter Laborbedingungen rechts, sonst ist das Laborsetting falsch.

Rechnungen überhaupt nicht betrachtet. Wird aber wahrscheinlich von jedem Dozenten unterschiedlich gewichtet. Eigene Hypothese: Je weniger man von benachbarten Themen weiss, desto mehr bleiben Sie bei den Rechnungen und beim Experiment selber (keine Gewähr für Hypothese meinerseits = selber etwas graue Zellen anschalten!)

Nächstes Teilexperiment

PCR
Vorbereitung: Habe hier den PCR-Zyklus gezeichnet, was ja auch Aufgabe war, Abschätzung der ungefähren Basenanzahl anhand der Marker (Bild gegeben) + Berechnung der exakten Basenzahl des PCR-Produktes aus einem gegebenem Vektor mit Primerstellen (2 Primer).
Prüfung:
E: Was heisst PCR?
I: Polymerase chain reaction
E: Wieso Kettenreaktion?
I: Äh, also für was es gebraucht wird?
E: Nein, welche Kettenreaktion haben wir hier?
I: Polymerase verknüpft Basen.
E: Welche?
I: DNA mit hitzeresistenter Taq-Polymerase.
E: Korrekt. Wozu brauchen wir PCR?
I: Z.B. in der Forensik.
E: Können Sie mir ein Beispiel geben?
I: Z.B. für Restriktionsfragmentlängenpolymorphismus, aber auch microsatelliten-DNA (short tandem repeats)
E: Erläutern sie bitte.
I: Restriktionsblaba erklärt: Bitte auf Wikipedia nachlesen! Hab sehr viel gelabert (Co-Ex kam kaum nach mit aufschreiben).
E: Korrekt. Wozu noch?
I: Also, meinen sie die Erläuterung von short tandem repeats?
E: Sie sind mir etwas zu Forensik fixiert. Nehmen wir doch ein anderes Beispiel.
I: Auch in der Diagnostik verwendbar z.B. existiert in gewissen Genen eine erhöhte Wahrscheinlichkeit für Mutationen, die für molekulare Krankheiten verantwortlich sind. Diese Basenabfolge der Gene können wir mit Hilfe von PCR vervielfältigen und durch DNA-Sequenzierung dann eine Analyse auf Mutationen machen lassen.
E: Korrekt. Was haben Sie uns hier Schönes viel zu klein gezeichnet? Schaut sich meinen Zyklus sehr genau an. Entweder Sie erklären uns diesen zu klein geratenen Zyklus oder zeichnen ihn daneben grösser auf.
I: Erkläre.
E: Hört am Anfang zu, schaut sich nachher genauer an und unterbricht mich. Ok, stimmt. Was haben wir hier (Bild)?
I: Äh, ein Stück zirkuläre DNA.
E: Ist das wichtig für unser Experiment?
I: Also, dass es ein zirkuläres Stück DNA ist?
E: Ja, spielt das eine Rolle? Kann auch lineare DNA verwendet werden?
I: Spielt keine Rolle- Hauptsache der Primer kann binden.
E: Wie muss die DNA vorliegen, damit ein Primer binden kann?
I: Einzelsträngig, da ja sonst logischerweise keine Basenpaarung zwischen Primer und Matrizenstrang geschehen kann.
E: Was ist ein Primer?
I: Eine Basenpaarabfolge von ca. 20 Basen, die eine
E: Nehmen Sie das zurück und geben Sie mir die richtige Antwort.
I: (Äh, ok sry gell?!) Eine palindrome Basenpaarabfolge von 4-8 BP?
E: Sie sind nun bei den Restriktionsenzymen gelandet Vorher haben Sie doch noch mit grösster Selbstverständlichkeit gesagt, dass ein Primer einzelsträngig ist und nun sprechen Sie von Basenpaaren?
I: Äh, ja sry. Das war ein Versprecher, ich meinte natürlich spezifische Abfolge von 20 Basen (han ja nöd scho dobe erklärt, dass es einzelsträngig isch sry, dass ich us Nervosität no Paar hinzuedichtet han sehr überleit rede!! Nehmed eu Ziit zum zweite!!).
E: Wie werden Primer hergestellt?
I: Äh, aso (kein Plan gha echt)
E: Braucht man eine DNA-Polymerase?
I: *Dachte, er wollte helfen* Ohne zu überlegen: Äh, ja genau
E: Nein. Wir sind damit fertig.
I: Wie spät ist es denn?
(Isch echli en blöde Schluss gsi, aber er hät glaubs ghört, was er hät müesse ghöre und mir ischs au recht gsi)

Hät wahrschienli no anderi Frage gha und han au no meh gseit, aber Erinnerigslucke entstönd schnell v.a. bi Nervosität.

Summa summarum: SGanze isch öppe 30 min gange. Es bitzeli Glück ghört dezue! Bin zwar selber es Wrack gsi vor de Prüefig, aber mached eu kein Chopf über Sache, woner nöd beiflusse chönd und kümmeret eu gschieder um das Zügs, woner beiflusse chönd! Ihr bechömed, de/die woner ziend und vodem/vodere wird au en Teil vo eurer Benotig abhänge, aber generell würd ich scho säge, dass mer eus generell nöd vernichte wott (wenn ihr natürlich besser sind, tüends au au vermehrt Fangfrage stelle oder versueche eu zverunsichere etc.) je nachdem welle Dozent ihr händ, müender au andersch ad Sach anegah: die einte gebed eu dFreiheit, echli selber dRichtig vom Gspröch zlenke, anderi sind sehr bestimmend mit de Frage vs. die einte händs gern möglichscht churz und die andere lönd eim alles ablabere etc. Aber immer schön dureschnuufe und lönd eu Ziit bim beantworte vode Frage! Die bechömeder safe!
So long, wünsche allne Nachrücker viel Erfolg!
PS: 6 soziali Lüüt us über 300 Studente? Wänder mich verarsche? O.o Jede, wo en Funke Astand hät und vodene Bericht hät chöne profitiere, sött sich bitte revanchiere. Mached Ferie, lönds lah bambele, aber chömed wieder zrugg und schriebed doch was v.a. wenns eu au was bracht gha hät!! Ich habe fertig.

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Hazard10


01.02.2018 23:37 		Enzymaktivität und Restriktionsenzyme, geprüft von Jelezarov

Versuche: Enzymaktivität & Restriktionsenzyme
Prüfer: Jelezarov / Coex: Mittl

Enzymaktivität: Keq berechnen von der Lactatdehydrogenase, genau wie im Praktikum Anfangskonzentrationen berechnen. Absorption im Gleichgewicht sind gegeben, damit kann man dann die Endkonzentrationen berechnen. Mit dem Massenwirkungsgesetz die Gleichgewichtskonstante Keq berechnen. Formeln sind keine Gegeben. (Am Schluss wurden meine Berechnungen aber nicht angeschaut)

Wann und wieso kommt die Reaktion vor? anaerobe Glykolyse um NADox wiederherzustellen, weil dieser begrenzt ist. Anaerob bedeutet O2-Mangel: also können die zwei Elektronen vom NADH nicht auf O2 übertragen werden. Deshalb kommt es zur Milchsäuregärung!

NADH zeichnen und die einzelnen Teile nennen, wo ist der Unterschied zwischen NADH und NAD+ ein Proton und zwei Elektronen

Wo ist der Unterschied zwischen NADH und NADPH, wo kommt NADPH zum Beispiel vor
Cholesterinsynthese

Lambert Beer Gesetz aufschreiben: A = e*c*D
Mittl: Wenn nun e sehr klein ist (gegen Null strebt), wird es schwierig die Konzentration zu berechnen, was machen sie dann? man muss die Schichtdicke vergrössern!
Wieviel beträgt denn normalerweise die Schichtdicke? 1cm

Von was ist Keq abhängig? Ich habe Temperatur und Druck genannt, Jelezarov wollte dann wissen, wie Keq davon abhängig ist bei exothermen Reaktionen wird mit zunehmender Temperatur Keq sinken vant Hoff Gleichung!

Was ist Lactatdeyhdrogenase? Enzym
Was macht es? Aktivierungsenergie herabsetzen und somit die Geschwindigkeit erhöhen!
Können sie mir das aufzeichnen? habe dann die Kurve gezeichnet für eine katalysierte Reaktion und für eine nicht-katalysierte Reaktion, und darin eingezeichnet wo eben Aktivierungsenergie zu sehen ist!
Enzyme unterscheiden nicht zwischen Substrat und Produkt, sie katalysieren also die Hin- und Rückreaktion!! Das wollte Jelezarov auch noch wissen.









PCR: Genau gleich wie im Praktikum, menschliches Gen Neurotrypsin wird in Plasmid eingefügt und dann mit Restriktionsenzymen geschnitten. Beim mutierten Neurotrypsin wird die Schnittstelle durch eine Deletion so verändert, dass dort nicht mehr geschnitten wird. In der Elektrophorese gibt es durch die Mutation nur noch einen 8000 Basenpaare langen Strang (beim Wildtyp gibt es bei 1500 Basenpaaren und bei 6000 Basenpaaren einen Strang)

Was sind Restriktionsenzyme, was machen sie, wo kommen sie vor, wofür?
Sie hydrolysieren die Phosphosäureesterbindung zwischen Phosphat und Ribose (musste ich aufzeichnen!). Sie kommen nur in Bakterien vor, um die Viren-DNA herauszuschneiden. Bakterie erkennt die Viren-DNA, weil die Bakterien-DNA methyliert ist! Menschen haben keine Restriktionsenzyme!!

Eine Restriktionskarte war gegeben, und das Ergebnis der Elektrophorese. Ich musste dann die DNA-Stränge der Elektrophorese vergleichen mit der Restriktionskarte.

Was ist ein Plasmid? extrachromosomale DNA in Bakterien, diese können auch repliziert werden und werden zufällig auf die Tochterzellen weitergegeben.

Wie funktioniert die Elektrophorese? DNA ist negativ geladen und wird deshalb zur Anode gezogen. Da es sich im Gel befindet, wird es nach der Grösse aufgetrennt, die kleineren wandern weiter nach unten!

Was sind Palindrome? Ich musste eins aufzeichnen und sagen wie das Restriktionsenzym dort schneidet: Sticky und Blunt ends erklären.



Fazit: Jelezarov stellt eigentlich sehr einfache Fragen, diese haben wirklich nur mit dem Experiment zu tun. Er fragt mehr Basiswissen ab, je nachdem was man selber erwähnt, will er dann, dass man das noch genauer erklärt!
Mittl hat nur 2-3 Fragen gestellt, als Jelezarov nicht mehr wusste was fragen. Seine Fragen sind komplizierter und man versteht zum Teil seine Frage zuerst nicht. Auch haben seine Fragen nichts mit dem Experiment zu tun...
Man hat im Allgemeinen genug Zeit um auf die Fragen zu antworten, auch die 45 Minuten Vorbereitung sind genug. In dieser Zeit sollte man sich am besten alles aufschreiben, was man zu dem Praktikum alles weiss.
Der Taschenrechnet der zur Verfügung gestellt wird, ist eher ein alter. Ich hatte während der Prüfung mehr Mühe mit dem Taschenrechner als mit den Fragen^^ Vllt sollte man mal in der Lernphase den Umgang mit alten TR lernen xD

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jojo


01.02.2018 14:51 		Hämoglobin + Verdauungsenzyme, geprüft von Prof. Schuler + Eibauer

Ich habe Hämoglobin und Verdauungsenzyme gezogen. Geprüft hat nur Prof. Schuler, der Coex hat Notizen gemacht.
Vorbereitung Hämoglobin: Titrationskurve von Hb und dem Lösungsmittel aufzeichnen sowie die Pufferkapazität von Hb berechnen. Alle Werte waren gegeben, es wurde auch gesagt welche 2 pH-Werte man wählen soll um die Pufferkapazität zu berechnen.
Vorbereitung Verdauungsenzyme: Zeichnen von L-Benzoyl-L-Tyrosinethylester (um Himmels Willen, lernt die Struktur zeichnen und den genauen Reaktionsmechanismus!! S. weiter unten), erklären des Reaktionsmechanismus und der Farbumschläge (rot --> gelb).
Nach etwa 45min holte mich Prof. Schuler ab und fragte mich mit welchem Versuch ich anfangen wollte. Ich wählte Hämoglobin.
-Was war der Sinn dieses Versuches? Pufferbereich von Hämoglobin, Albumin und Immunoglobulin untersuchen. Habe dann auf meine Zeichnung hingewiesen und erklärt, dass Hämoglobin den breitesten Pufferbereich hat.
-Weshalb puffert das Hämoglobin so gut? Es besteht aus einer breiten Auswahl an Aminosäuren und kann deshalb in jedem Bereich puffern
-Was ist ein Puffer? Schwache Säure/Base mit assoziierter Base/Säure
-Wozu dient ein Puffer? Abpufferung von Säuren- oder Basenüberschuss. Habe dann erklärt, dass das besonders im Blut wichtig ist.
-Welche Puffer finden wir im Blut? Hämoglobin, Albumin und Immunoglobulin. Bicarbonat-Puffersystem + Phosphatpuffersystem (wollte er nicht so genau hören, es reichte, dass ich es wusste)
Sind dann auf die verschiedenen Aminosäuren im Hämoglobin zu sprechen gekommen und er meinte, ich solle ihm ein Beispiel nennen für eine puffernde AS. Ich hatte schon die Titrationskurve von Histidin aufgezeichnet, sowie das Histidin gezeichnet. Habe ich ihm dann gezeigt und alles erklärt (pKa, Äquivalenzpunkteetc.). Er wollte dann noch wissen, an welcher Stelle man das Histidin, das ich gezeichnet habe (vollständig protoniert) vorfinde.
-Weshalb haben sie bei der Titrationskurve von Histidin mehrere Abstufungen, die sie bei der Titrationskurve von Hämoglobin nicht haben? Da war ich zuerst verwirrt. Er wollte nur darauf hinaus, dass nicht alle AS (vom gleichen Typ) im selben Protonierungszustand vorliegen müssen im Protein.
-Welche weiteren AS puffern im Bereich pH 6? Da war ich ebenfalls kurz verwirrt und sagte mir würden keine einfallen. Er sagte dann auch, dass das seinen Grund habe, denn Histidin sei die einzige AS die in diesem Bereich puffert. Er wollte dann noch einige basische und saurer AS von mir hören.
-Hat der pH einen Einfluss auf die Pufferwirkung? Ja, generell kann die Mikroumgebung einen Einfluss auf die Pufferwirkung resp. den Protonierungsgrad der AS haben (z.B. durch polare Elemente in der Umgebung). Habe dann auch auf die Rechtsverschiebung der Sauerstoffbindungskurve hingewiesen.
-Weshalb ist das sinnvoll, dass H+ Ionen die Kurve nach rechts verschieben? Bohr-Effekt (CO2-Aufnahme im Gewebe, zerfällt zu H+ Ionen, Anlagerung an Hb, Freisetzung von Sauerstoff)
-Hat die prosthetische Gruppe des Hämoglobins einen Einfluss auf die Pufferungswirkung des Hämoglobins? Habe dann ausgeholt und erklärt wie Hb aufgebaut ist und irgendwas von Fe2+ und Fe3+ gelabert. Schlussendlich wollte er nur hören, dass Häm keinen grossartigen Einfluss auf die Pufferung hat
2. Versuch (jetzt wird es lustig)
-Was war das Ziel des Versuches? Substratspezifität von Trypsin und Chymotrypsin bestimmen
-Was für ein Substrat haben wir gewählt? L-Benzoyl-L-Tyrosinethylester
-Weshalb genau dieses Substrat? Wie sieht es aus? Ich hatte es gezeichnet, allerdings fehlerhaft und dann ging der Spass los. Er wollte mit mir die richtige Struktur erarbeiten und hat mich etwa 10 Minuten lang zu organischer Chemie abgefragt. Und da ich Genie im 1. Jahr keine OC gelernt habe und auch im Gymi nie wirklich OC hatte war ich total aufgeschmissen
-Wie entsteht ein Ester? Eh ehm keine Ahnung. Hat mir dann bisschen auf die Sprünge geholfen.
-Um was für einen Alkohol handelt es sich? Eh ehm, ebenfalls keine Ahnung (hatte es total vergessen in diesem Moment)
-Es handelt sich um Ethanol. Können sie das zeichnen? Nope, und wieder nein.
Und so ging das die ganze verbleibende Zeit weiter. Prof. Schuler muss sich wohl gefragt haben wie ich überhaupt das erste Jahr bestehen konnte mit so wenig Ahnung in OC.
Habe immer mal wieder versucht das Thema bisschen zu anderen Bereichen überzuleiten (z.B. andere Proteasen). Das hat er sich kurz angehört und dann gemeint jaja, ich sehe sie können das und ist wieder auf dieses blöde Tyrosin-Molekül zu sprechen gekommen.
Bin gespannt was es für eine Note gibt. Ist auf jeden Fall bitter 2 relativ einfache Versuche zu ziehen, gut anzufangen und dann so in eine Ecke gedrängt zu werden. Habe ihm sogar gesagt, dass das nicht so meine Paradedisziplin sei, in der Hoffnung, er möge doch auf etwas anderem rumreiten als auf der blöden Ester- und Peptidbindung. Aber da war nichts zu machen.
Viel Erfolg allen die die Prüfung noch vor sich haben!

Note: 5

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Studi

30.03.2018 15:57

 Super, dass du trotz nicht vorhandenen OC Kenntnissen eine 5 geschafft hast ABER Ethanol könnte sogar ich zeichnen (no hate)

...


25.01.2018 12:20 		Enzymaktivität (NAD-Spektrum) und Ionenaustauschchromatografie, geprüft von Dutzler mit Jelezarov (Coexperte)

Vorbereitung:
NAD: -gegeben war eine Tabelle mit den Absorptionswerten von Nadox und Nadred
- Berchenen von Epsilon bei 260nm und 340nm (nichts mal angeschaut haha)
- Zeichen von Absorptionsspektrum
Ionenaustauschchromatografie:
- Gegeben war Tabelle mit den Farben im Becherglas und Angabe über Intensivität nach Schema +++/---
- Zeichen von Elutionsprofil (interessiert hat es am Ende niemanden)
- Erklären von Ionenaustauschchromatografie

Die Zeit zum Vorbereiten hat mehr als gereicht, hatte gut 20min Zeit um mir eigene Notizen zu machen (wie NADmalen...) was mir am Ende aber auch nicht wirklich geholfen hat.
In der Prüfung hat man die Möglichkeit Notizen zu machen und zu zeichnen.


Prüfung:
Hätte ich es nur im Vorhinein gewusst Ich wurde gefragt mit welchen Versuch ich denn beginnen möchte, natürlich wollte ich mit der Proteinreinigung beginnen (würde es als Fehler bezeichnen)
- Wie funktioniert es
- Warum ist das Trägermaterial negativ geladen -->wollte darauf hinaus das es irgenwas mit Säuren und Basen zu tun hat?
- Was ist Cytochrom c -->wo im Stoffwechsel
- Was ist bei CytC und Hämoglobin gliech --> Hämgruppe
- Wie kann man noch erreichen, dass sich das Protein ablöst-->ph
- Ist Einstellung von ph gute Idee-->Protein könnte denaturieren!
- Was ist Dextranblau -->Zucker (somit lässt sich über das Verfahren nicht nur Proteine trennen)
- Was ist der IEP
- Ist Hämgruppe im CytC wichtig für Austausch ? nein, eher AS von Protein
- Welche Gruppe könnte man statt COOH koppeln (wenn ich das wüsste)
- Welche Chromatografieverfahren kennen sie?
- Erklären wenn man sie kennt haha
- Dutzler wollte auf SDS-Page hinaus und wie diese funktionier ? in dem Kontext habe ich den Link zum anderen Versuch gemacht (geschenkt haha)
- Ox-Phos -->Cyt C kennen


NAD:
- Spektrum erklären
- Was absorbiert wo
- NAD hatte ich schon davor gezeichnet ? erklären
- Lambert-Beer
- Welche Voraussetzung für versucht --> c darf nicht zu hoch sein, sonst tritt licht nicht hinudurch
- Was ist wenn A=1 und bei A=2 ? nur 10% und 1% von Licht treten hindurch
- Was ist wenn Konzentration verdoppelt ist ? Absorption auch verdoppelt (siehe Lambert Beer Gesetzt)
- Wo NAD im Stoffwechsel
- An was für Reaktionen ist NAD beteiligt ? Reduktion/Oxidiation
- Citratzyklus Endprodukte
- NAD im Citratzyklus
- Ox.Phos wozu NADred
- Was ist der Elektronenakzeptor bei Ox.Phos -->Sauerstoff
- wozu kann Reaktion genutzt werden --> Reaktionen untersuchen mit Hilfe von Absorption

Die Fragen waren nicht unbedingt in der Reihenfolge.
Insgesamt kann ich sagen das Dutzler sehr ausschweift, dann aber tatsächlich versucht zu helfen (auch wenn das bei mir nicht wirklich was gebracht hat). Jele hat währenddessen mitgeschrieben, welche Fragen gestellt worden sind und bei manchen noch etwas daneben. Davon einfach nicht beirren lassen. Zum Glück hat er keine Fragen gestellt.

Viel Erfolg und schöne Ferien

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Juhuii


23.01.2018 19:29 		Hämoglobin Pufferwirkung und Verdauungsenzyme, geprüft von Sehr Nette Frau (Treiz?) und Mittl

Also zu erst einmal vielen Dank an alle, die hier ihren Erfahrungsbericht geschrieben haben. Ihr wart echt meine Rettung!

Vorbereitung Verdauungsenzyme:
Es ist genau das gleiche Blatt wie beim Versuch 2.3, nur die Formel von N-Benzoyl-L-Tyrosinethylester ist nicht darauf. Die Aufgabe war dementsprechend N-Benzoyl-L-Tyrosinethylester zu zeichnen und seine Spaltung zu erklären (Hydrolyse). Ebenfalls sollte man die Farbveränderungen in den RGs beschreiben, im Zusammenhang mit dem Indikator. Was mich hier etwas irritiert hat, war dass bei RG B 'rot - gelb' stand. In meinen Unterlagen habe ich nur rot geschrieben und konnte mir auch nicht erklären, wie das plötzlich gelb werden soll, da man ja nur Chymotrypsinogen ohne Trypsin hinein gibt.

Vorbereitung Pufferwirkung Hämoglobin:
Auch hier ist das Aufgabenblatt gleich wie das Blatt im Versuch, man hat aber die Werte der Titration in der Tabelle. Man musste die Titrationskurve zeichnen (einfach Werte eins zu eins übertragen, dauert einfach ein bisschen) und dann musste man die Pufferkapazität berechnen. Hier hat mein Hirn sich kurzerhand entschieden zu vergessen, was die Pufferkapazität schon wieder genau ist, und ich konnte sie dementsprechend auch nicht berechnen. War schlussendlich jedoch kein Problem, weil sie mich nichts dazu gefragt haben (yes !). Man hätte theoretisch das Volumen HCl das man hinzugeben musste, bis sich der pH um eins ändert, mal der Konzentration von HCl gerechnet = n. Diese hätte man dann auf einen Liter hochrechnen müssen, da sich die Pufferkapazität ja auf einen Liter bezieht. Dann muss man noch die Verdünnung des Hb im Vergleich zur physiologischen Konz. berücksichtigen, welche vorne bei der 'Zutaten-Auflistung' steht.

Prüfung:
Herr Mittl hat mich abgeholt und da hatte ich zuerst einen kleinen Schock (hört ja nicht nur das Beste von ihm...). Er war aber trotzdem sehr freundlich. Glücklicherweise hat mich schlussendlich nur die Coexpertin abgefragt und Herr Mittl hat nur drei Fragen gestellt. Sie war sehr nett und hat auch faire Fragen gestellt. Ich konnte wählen mit was ich beginnen wollte und habe mich für Verdauungsenzyme entschieden, da ich hoffte dass so am Schluss nicht mehr so viel Zeit für das Hb bleibt .

- Was haben sie bei dem Versuch genau gemacht? - Hier ist eine strukturierte Formulierung hilfreich. Sie war glaubs kurz verwirrt, weil ich gedanklich schon voll im Experiment war und gar nicht von Anfang an genau gesagt habe, was überhaupt das Ziel des Versuchs war.
- Was sind Trypsin und Chymotrypsin? - Proteasen, Verdauungsenzyme
- Was machen die? - Hydrolyse der Esterbindung
- Wo ist diese und wie geht das genau? - auf der Zeichnung zeigen (zwischen alpha-C und O) - nucleophiler Angriff des Wassers
- Wie funktioniert das genau? Was macht das Enzym? - katalytische Triade
- Gibt es noch andere Proteasen? - saure (Pepsin mit Asp), Cystein (Caspasen),...
- Was machen Caspasen? - etwas im Bereich der Apoptose...
- Was macht Pepsin? - Verdauungsenzym im Magen
- Wieso gibt es keinen pH-Umschlag wenn man nur Trypsin rein gibt? - Trypsin spaltet nicht Tyrosin, sondern lange positive AS - Lysin, Arginin
- Wie entsteht dieser Unterschied zwischen den beiden Enzymen? - Die Bindungstasche (S1-Tasche) ist unterschiedlich, obwohl das katalytische Zentrum gleich ist. Im Trypsin befindet sich eine negative AS (Asp), weshalb Trypsin gerne positive AS spaltet und bei Chymotrypsin ist die S1-Tasche hydrophob.
Dann hat sie Herrn Mittl gefragt ob er noch eine Frage hat. Er wollte wissen wie Trypsin aktiviert wird. - Im Duodenum durch Enteropeptidasen. Wichtig damit keine Selbstverdauung des Pankreas.
- Gibt es noch andere Enzyme bei denen eine solche Aktivierung durch andere Enzyme wichtig ist? Enzym-Kaskade? - da wusste ich die Antwort nicht genau. Habe dann etwas gesagt von wegen Enzyme sollten nur immer an dem Ort aktiviert werden, wo man sie aktiviert haben will (sonst Schädigungen) und dass ich mir schon vorstellen könnte dass das noch bei anderen Enzymen so reguliert wird...
- Bei welchen anderen Enzymen aus dem Pankreas ist dieser Mechanismus auch noch wichtig? - Da habe ich gemerkt, dass ich die Enzyme des Pankreas nicht wirklich gut gelernt habe (ups). Konnte mich noch vage an eine Lipase erinnern, wusste aber nicht mehr wirklich was die macht und wie sie aktiviert wird. Habe dann blöderweise gesagt sie spaltet Fettsäuren, woraufhin er mich sehr lustig angeschaut hat und ich meinte ähhh nein natürlich TAGs. Warum die jetzt nicht im Pankreas aktiviert werden darf, wusste ich nicht mehr. Er hat dann aber gemeint ist ok.

Dann sind wir zum Thema Hb gegangen:
- Was ist Hämoglobin? - ein Protein in Ery, mit 4 Hämgruppen, O2-Transport
- Wie bindet das O2 genau an das Häm? - habe es aufgezeichnet, H-Brücke
- Ist Hämoglobin ein Enzym? - nein, katalysiert keine Reaktion, macht nur Transport - nur Protein
- Gibt es noch andere Proteine die keine Enzyme sind? - da war ich kurz sehr verwirrt, weil ich glaubte die Frage könne nicht so einfach sein . Habe dann gemeint, Albumin sei auch kein Enzym... Da musste sie lachen und meinte, das sei jetzt sehr genau, sie habe nur gemeint dass beispielsweise Strukturproteine auch keine Enzyme sind.
- Wie lässt sich die Pufferwirkung von Hb erklären? - da habe ich irgendwie nur die ganze Zeit an Histidin gedacht, weil das ja zu grossen Anteilen im Hb vorkommt. Habe dann nur über das Histidin geredet bis ich realisiert habe, dass es ja auch noch viele andere AS im Hb gibt, und deshalb der Pufferbereich so breit ist.
- Wie könnte man denn feststellen dass viele His im Hb vorkommen, wenn man das jetzt nicht weiss? - wollte mich wohl nett darauf hinweisen, dass ich einen kleinen Fehler gemacht habe und nicht nur His im Hb vorkommt. Thx Habe es dann auch gemerkt
- Welche AS sind dann noch für die Pufferung wichtig? Kommen in fast jedem Protein vor? - hier kommt ein Denkfehler von mir. Ich meinte die Carboxylgruppe und Aminogruppe komme in jedem Protein vor und sei wichtig für die Pufferung (dumm). Da schaute sie mich sehr verwirrt an und fragte wie viele Carboxylgruppen es denn im Hb gäbe? - ich, in meinem Denkfehler drin, hatte irgendwie das Gefühl die AS kämen einzeln im Protein vor und deshalb habe es gleich viele Carboxylgruppen wie AS (was Nervosität nur mit einem machen kann ^^)
Da merkte sie, dass ich gerade verwirrt war und hat sehr lieb versucht mir zu helfen und fragte wie denn ein Protein genau aufgebaut sei? Primär-, Sekundär-, Tertiär-, Quartärstruktur? - spätestens da habe ich meinen Fehler erkannt und laut gelacht . ja natürlich gäbe es pro Polypeptidkette nur eine Carboxylgruppe und eine Aminogruppe. Deshalb seien sie an der Pufferung auch nicht wirklich wichtig beteiligt.
- Welche AS sind denn noch beteiligt? - Da habe ich einfach alle aufgezählt bei denen ich den pKs der Seitenkette wusste, und meinte, dass ja die Pufferkapazität bei pH = pKs am höchsten sei und deshalb z.B. Arg gut im basischen Bereich puffert. Damit war sie dann zufrieden.
- Können sie noch die Titrationskurve von Histidin zeichnen? - einfach 3 Stufen bei den jeweiligen pKs der Gruppen - da habe ich dann auch deutlich gesehen dass die Histidin Kurve und Hb-Kurve definitiv nicht gleich aussehen und deshalb nicht nur Histidin an der Pufferung beteiligt sein kann.
- Wieso hat dann die Kurve des Hb kein grosses Plateau bei pH 6.5, wo ja das Histidin sehr gut puffert? (es kommt übrigens tatsächlich sehr viel His im Hb vor, hat sie dann auch gesagt) - da wusste ich die Antwort nicht genau, meinte dann dass es wahrscheinlich zu einer Wechselwirkung zwischen His und den anderen AS kommen muss und die sich gegenseitig beeinflussen. Sie nickte dazu nur und meinte "Mikroumgebung". Hatte kein Plan was sie meinte aber nickte auch nur . Das war die letzte Frage und die Prüfung war vorbei.

Fazit:
Die Prüfung war viel weniger schlimm, als ich sie mir vorstellte. Die Fragen waren echt fair und abgesehen von meinem einen Denkfehler und der Histidin-Verwirrung, hatte ich ein gutes Gefühl. Die Stimmung war echt sehr entspannt und wir haben viel gelacht. Ich war sehr dankbar, dass mir Herr Mittl nur drei Fragen stellte, die ich tatsächlich auch schwieriger zu beantworten fand. Aber er war trotzdem sehr nett und freundlich, auch wenn ich offensichtlich nicht so eine grosse Ahnung hatte. Ich würde mich tatsächlich hauptsächlich mit cgfx vorbereiten, die Fragen kommen wirklich so.

Macht euch nicht einen all zu grossen Stress (ja ich weiss kann man im Nachhinein immer leicht sagen). Ich hoffe dieser Bericht konnte euch gut helfen, so wie mir all die anderen Berichte zuvor sehr geholfen haben.

Schöne Ferien! You can do it!

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Flamingo whisperer


22.01.2018 17:54 		PCR und Enzymkinetik: Temperaturabhängigkeit der Enzymaktivität, geprüft von Hr. Gloor und unbekannt

PCR:
Aufgabenstellung: Basenpaare des Gens berechnen (einfach Schnittstelle Primer 2 minus Schnittstelle Primer 1)
Prinzip der PCR aufzeichnen (also diese Grafik aus der Theorie)

Enzymkinetik: Temperaturabhängigkeit der Enzymaktivität
Aufgabenstellung: Graphen zeichnen von v (y-Achse) und T (x-Achse) und der Arrheniusgleichung, und Kcat berechnen, war etwas knapp von der Zeit.


Herr Gloor liess mich entscheiden mit welchem Thema ich beginne und ich wählte PCR und zeigte ihm meine gezeichnete PCR-Skizze. Wir gingen Sie zusammen durch, ich erklärte die einzelnen Schritte.
Seine Fragen dazu:
- Was wird genau vervielfältigt? Ich sagte ein DNA-Stück, ein Gen, er wollte es genauer, also er wollte hören dass es eine Abfolge von Basenpaaren war. (ca. 600)
- geht PCR nur mit doppelsträngiger DNA? Ich sagte zuerst ja, da es ja in ein Plasmid eingebaut werden müsse. kam aber später nochmals darauf zurück und sagte es würde theoretisch auch mit einem Einzelstrang gehen. Er liess dies so stehen.
- Wie lange ist ein Primer? ca 20 BP war er bei mir.
- Ist es wichtig wie lang er ist? Ich sagte ja, da er mit zunehmender Länge spezifischer wird. zu lang sollte er aber auch nicht sein. (wusste aber selber nicht genau wieso, erzählte was von der Schmelztemperatur)
Er erklärte mir dass der Primer gar nicht viel spezifischer werden könne als bei 20 BP.
- Bis wo/ wann synthetisiert die Taq-Polymerase? bis ende des Matrizenstrangs
- Für Was braucht man PCR? Für Krankheitsdiagnosen - Ja wie kann man dann Diagnosen stellen? - indem man Mutationen feststellt? - Was muss man dazu wissen? - kam nicht gerade darauf, sagte die Sequenzen der Basenpaare (meinte Baasenpaarabfolgen) und er korrigierte mich und sagte die Abfolge der Basenpaare

Beim zweiten Thema: Enzymkinetik, Temperaturabhängigkeit der Enzymaktivität, machte der Coex weiter. Er hat sich nicht vorgestellt und war auch etwas unsicher.
- Was haben Sie im Versuch gemacht?
- Wie sieht die Zunahme der Geschwindigkeit aus? exponentiell
- Für wann gilt die linearisierte Arrheniusgleichung? nur für den exponentiellen Teil, nicht mehr wenn das Protein denaturiert ist.
- Was hat das ganze mit dem Vant Hoff Plot zu tun und der MM-Gleichung? Ich war sehr ratlos, Herr Gloor hat dann wieder übernommen und fragte anders weiter.
- Was erkennt man aus der Arrhenius representation? die Steigung = -Aktivierungsenergie/R
- Warum nimmt mit der Temperaturerhöhung die Enzymaktivität zu? Da die kinetische Energie zunimmt und somit die nötige Aktivierungsenergie von mehr Teilchen erreicht wird (Bolzmann-Verteilung)

Herr Gloor war sehr nett und die Stimmung war eher angenehm für eine mündliche Prüfung

Ich wünsche euch allen viel Erfolg!!

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schweineschmalz

23.01.2018 12:57

 danke fürs teilen!

2017

Battery Man


09.02.2017 19:53 		Ionenaustauschchromatographie (Proteinreinigung) und Bestimmung von Km und Vmax der alkalischen Phosphatase (Enzymkinetik), geprüft von Jelezarov

Vorab: es ist schon etwas mehr als eine Woche her, ich versuche so viel wie möglich zu rekonstruieren.

**Vorbereitung:**

- *Ionenaustauschchromatographie*: Aufzeichnen eines Elutionsprofils (1:1 wie im Praktikum). Gegeben waren die Intensitäten der Proben, welche von 1-8 nummeriert waren. Die Aufgabe war kein Problem.

- *Bestimmung von Km und Vmax:* Aufzeichnen von p-Nitrophenol und der Reaktion dazu (1:1 wie in der Praktikumsanleitung auf der ersten Seite) sowie die Erstellung von 2 Graphen. Angegeben war eine Tabelle mit Substratkonzentrationen und dazugehörigen Anfangsgeschwindigkeiten. Zu Zeichnen waren die normale Michaelis-Menten-Kurve ([S] zu v) und die Lineweaver-Burk-Funktion zu den gleichen Werten. Aus Lineweaver-Burk konnte dann Km und Vmax gelesen werden.

- Ich hatte einen rechten Stress bei der Vorbereitung! Das Elutionsprofil war mehr als easy, die Tabellenwerte für die Graphen waren jedoch etwas blöd angegeben, sodass ich mehrere Male neu anfangen musste (die Skalierung bereitete mir irgendwie Probleme, da die Werte mit x * 10^-irgendwas angegeben waren). Den letzten Strich habe ich gezogen, als Jele mich dann gleich in den Nebenraum geholt hat.


**Die Prüfung**

- Jelezarov fragte mich, mit welchem Versuch in beginnen möchte. Aus irgendeinem blöden Grund wählte ich die Ionenaustauschchromatographie, obwohl ich mich in der Enzymkinetik eigentlich sicherer gefühlt hätte. Überlegt euch das gut, ich hatte durch meine Wahl nur ca. 7 Minuten für den zweiten Versuch und war wütend auf mich selber für meine Wahl!

- Worum geht es im Versuch? Ich erklärte, dass Kationen an das Säulenmaterial binden, während ungeladene und negative Moleküle hindurch können. Anschliessend wird mit Puffer ausgewaschen, wobei die Kationen des Puffers das Cytochrom c verdrängen.
- Woran binden die Kationen? An negativ geladene Seitenketten des Säulenmaterials
- Was sind die negativ geladenen Seitenketten des Säulenmaterials? Ich hatte keine Ahnung, Jele hat gelacht und gesagt: die Lösung steht auf dem Aufgabenblatt. Ich musste erst einmal suchen, die Lösung ist: Carboxymethylcellulose (resp. die Carboxylgruppe davon)
- Was beeinflusst das Anbinden der Stoffe? z.B. pH, Konzentration
- Welcher Wert wird verwendet, um das Verhalten eines Proteins bezüglich pH zu beschreiben? "Der Ks-Wert" sage ich, "falsch", sagt Jelezarov, "nur Aminosäuren haben einen Ks-Wert, Proteine nicht"
- Ich musste die Gleichung einer Säure-Base-Reaktion hinschreiben (HA -> H+ + A-) und die Gleichung für die Gleichgewichtskonstante Ks angeben (Ks = ([H+] * [A-]) / [HA]
- Erneut die Frage, welcher Wert Auskunft über das Verhalten eines Proteins bezüglich pH beschreibt. Ich komme diesmal nach kurzen Überlegen darauf: der Isoelektrische Punkt.
- Was ist der Isoelektrische Punkt (IEP)?
- Wie ist das Protein über/unter dem IEP geladen?
- Welche Aminosäuren sind sauer, welche basisch?
- Was hat mit dem Hoch- und Tiefsalzpuffer auf sich; wieso sind diese nötig?
- Muss der Hochsalzpuffer 1M sein oder kann er auch eine andere Konzentration haben? Muss er natürlich nicht.
- Was ist Cytochrom c? die Antwort: "ein globuläres Protein mit einem Häm c als prosthetische Gruppe" war okay
- Was ist Dextranblau? "Ein Farbstoff" war nicht genug, er ging kurz auf Dextran ein.
- Auf das Elutionsprofil ist er nicht eingegangen. Als wir zum 2. Versuch übergingen, meinte er: "jetzt wären mir noch ein paar Fragen zum Elutionsprofil eingefallen, schade dass ich das vergessen habe". Ich war froh, denn das Thema gefiel mir immer weniger.

- Worum geht es im Versuch?
- Ist p-Nitrophenol ein natürlich vorkommender Stoff? Nein, es ist künstlich hergestellt. Die alkalische Phosphatase ist hingegen natürlich vorkommend.
- Aus welcher Aminosäure kommt Ihnen der untere Teil des p-Nitrophenols bekannt vor? Tyrosin
- Wo in der Zelle wird Tyrosin phosphoryliert? Ich bin ewig nicht draufgekommen. Was er hören wollte war, dass es an Enzymen phosphoryliert würde, um die Enzyme zu aktivieren oder zu deaktivieren.
- Dann Fragen zu Vmax und Km. Sind die beiden von [E] oder [S] abhängig? Ich antwortete, Vmax sei von [E], nicht aber von [S] abhängig, bei Km war ich nicht sicher (ich denke, es ist von beiden unabhängig, weiss es aber nicht sicher)
- Was ist Km, was ist Vmax?
- Was haben sie hier gezeichnet? Erkärung der beiden Graphen (Michaelis-Menten und Lineweaver-Burk)
- Wie haben sie Km und Vmax bestimmt? Ausgelesen aus Lineweaver-Burk


**Fazit**

- Ich hatte die Prüfung am 01.02., also relativ spät und wollte daher eigentlich einen 5er haben. Da ich recht lange bei den sauren und basischen Aminosäuren hängen geblieben bin und fast noch länger bei Tyrosin und warum es phosphoryliert würde, hatte ich aber das Gefühl, "nur" einen 4er erreicht zu haben.
- Jelezarov war sehr nett, der Coex war mir unbekannt, stellte nie eine Frage, schien aber ebenfalls recht nett zu sein. Die Stimmung war "angenehm", ich war jedoch auch recht nervös.
- Ich habe am Ende doch einen 5er bekommen, war jedoch darüber etwas überrascht und zufrieden.

- Ich habe mich geärgert, dass ich die Aminosäuren nicht mehr präsent hatte. Ich hätte eine Menge Zeit sparen können, wenn ich noch kurz einmal das Schuler-Skript durchgeblättert gehabt hätte, so war es teilweise recht harzig verlaufen.
- Blättert - wenn ihr Zeit habt - den Schuler noch einmal durch, die Fragen waren bei mir (!) mehr auf die Basics bezogen als auf die Versuche.
- Versucht, euch zu entspannen. Haha!
- Die Prüfer bleiben in der Regel so lange bei einer Frage, wie ihr braucht, um sie zu beantworten. Je mehr ihr sagt (laut Nachdenken ist dafür ganz gut), desto einfacher können sie euch auf die rechte Bahn lenken. So spart ihr Zeit.
- Manchmal ist die Frage einfach nur banal (wozu werden Aminosäuren in der Zelle phosphorliert? Um sie bzw. die Enzyme zu aktivieren/deaktivieren). Sprecht die Lösung einfach aus, ich habe ewig herumstudiert ä la "was meint er damit?"

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Stinkende Fische


09.02.2017 17:24 		Gleichgewichtskonstante Keq und Restriktionsanalyse, geprüft von Jelezarov und Dreier

No schnell vor de Frage: Ich schrieb das rasch ide Ferie und chan mich evtl nöd ah alles erinnere. Ah die schwere Frage sötti mich aber no erinnere.

Gleichgewichtskonstante Keq.
Dufgab isch gsie Konzentrationen vo de beteiligte Edukt und Produkt zberechne. Also vo Lactat, NADox, Pyruvat, und NADred. Isch eigentlich keis Problem. Ihr bechömed Konzentratione vo NADox und Pyruvat vor de Reaktion über und Dabsorption bi 340nm, woner denn NADred chönd berechne und das Glichsetze wie Pyruvat etc.

Restriktionsanalyse:
Super eifach. Ihr bechömed eh Restriktionscharte über und Dergebnis vode Restriktionsanalyse. Waser det müend mache isch eifach ablese wo was sie müsst. Zudem hani müesse ufzeichne wie Hydrolyse vomene DNA Strang usgseht. Han Base aber nöd zeichnet nur de Zucker und Phosphat. Achtet immer druff wos gnau gschnitte wird.

Frage:
Gleichgewichtskonstante
Was hend sie gmacht?
Konzentration berechnet mit Lambert Beer und Absorption etc.
Wieso genau die Reaktion? Hett sie en physiologische zweck?
Ja Milchsäuregärig
Was isch die Gnau?
Energiegwünnig bi Anaerobe Bedingige.
Wie gwünned sie suscht Energie?
Oxidativi Phosphorylierig und Atmigskette
Was isch wichtig?
Das NADox regeneriert wird und damit Glykolyse chan wieter ablaufe
Was isch das Lambert Beer genau?
Han schnell müesse dFormle herleite
Was heisst Absorption =1?
Da negativi log also 10^-1 = 0.1, bin aber durch de stress ned druff cho, dass das eifach heisst das 90% absorbiert wird (peinlich)
Was isch NAD?
hans scho vorzeichnet und schnell gseit wases heisst und wiesos absorbiert (vo mesomere Nicotinamidring (ox) zu Chinon Form (340nm neus Maxima)
Lauft die Reaktion immer ab oder nur bi anaerobi Bedingige?
Zumene Chline Teil immer. sini Antwort: Genau, mer chan eig so Reaktione nie 100 Prozent abschalte
Wieso lömer die Reaktion Rückwärts ablaufe?
Han denn probiert öbbis herzleite, waser hett welle ghöre isch dases eifach schneller im Labor zum Glichgewicht chunt da weniger Produkt entstönd (eig Klar)
Sie hend Exotherm erwähnt, mit wellere Glichig chönd sie das formuliere?
Vant Hoff, han sie denn zwar falsch zerst ufgschriebe denn aber richtig korrigiert. Er hett trozdem druff behart dass sie falsch isch. hanen denn gfrögt ebber sich sicher isch wells mir zu hundertprozent anderst glernt hend. denn hetter schnell sini Notize ahgluegt und gfunde ahja sry stimmt.

Restriktionsanalyse
Was hend sie gmacht?
analysiert.
Was isch es Palindrom?
Han das Vo EcoRI ufgschriebe und zeigt wies gschnitte wird.
Was entstönd?
Sticky bzw blunt ends, müesse ufzeichne
Was passiert wenns so schnided? hetter en neue schnitt zeichnet wo aber nöd symmetrisch das Palindrom schnidet
han gseit gaht nöd wells nöd ade gliche stell schnidet und so dsymmetrie nüme stimmt
Und denn hetter mini Zeichnig ahgluegt
Sie hend demfall gseit es schnidet det: hetter ufs 3' endi zeiged, was isch das?
Ester Bindig, Alkohol und Süre (Da ischs Phosphat)
Chends au da schnide? Hetter under min Schnitt zeiged wos 5' endi gsie isch:
han gseit theoretisch ischs au en ester, aber es ufgrund vode Base Andersch gschnitte. Wichtig sind 3' Endi, das hettem Glanged
Was hend sie Benutzt zum Ahfärbe?
Mir hend irgendwie EZ Vision kah als alternative zu Ethidiumbromid, hetter aber nöd kennt drum hani halt mit Ethidiumbromid wietergredet dasses interkaliert und Fluoresziert.
Was isch Fluoreszenz?
Lueged bi Wikipedia nah haha
Wieso erkennts Palindrom?
Isches Homodimer, dh 2 glich UE drum erkennts die glich Sequenz.
Hend Mensche Restriktionsenzym?
Nei
Wer hetts?
Bakterie
Wieso?
Fremd DNA zschniide, also Phage DNA
Wie wird's erkennt?
Methylierigsmuster, DNA Methylase methyiliered base vom Bakterium, und so passts nüme id Substratbindigsstell

Danke vielma. Prüefig fertig

Note: 6

Wichtig: laufed det selbstbewusst inne, lächled und löhnd eu nöd niederkriege. Denked nöd zwit. Ide Prüefig situatione würked frage oft schwerer als sie sind, dantworte sind oft so simpel dasser nöd denked dasses stimme würd (Kollegin isch gfrögt worde vowo Chymotrypsin gholt wird, antwort isch eifach Tier gsie). Und wenner mal was nöd wüssed nöd schlimm, ihr müend nur de idruck erwecke dassers verstande hend. Wiener gseh hend hani au nöd alles gwüsst und en 6er irgendwie gschafft. Wenners wüssed antworter churz und gezielt. Je länger eui antwort isch desto grösser isch dchance dassd öbbis innerutscht wo nöd stimmt und denn hackeds druff rum haha

Viel Glück allne!

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it's britney *


09.02.2017 13:01 		PCR / Kreatinkinase, geprüft von Examinator: P.Lindner / Coex: M.Jinek

Hallo liebe Pfreunde!

Ich erspar mir jetzt den Ablauf (kommt oft genug in anderen Berichten vor)

So.

Ich werde abgeholt. Von Herrn Peter Lindner.
Die Gruselgeschichten hier halfen natürlich nicht, meine innere Ruhe zu finden.

(ja, ich erzähle in der Gegenwart; for a more authentic feeling ya know)

Ich drücke Herrn Jineks Hand und setze mich hin.
Und der Spass kann beginnen.

- So erzählen Sie doch kurz, worum es in diesen Versuchen geht.
> PCR & Kreatinkinase-Versuche kurz beschrieben
- Womit möchten Sie beginnnen?
> Ist mir egal
- Mir auch
> Ok, PCR (I had no idea..)
- So, was ist PCR?
> Polymerase-Ketten-Reaktion
- Was ist der Sinn?
> Nun, zu Beginn hat man wenig DNA, man möchte aber viel herausbekommen, um verschiedene Untersuchungen durchzuführen.
Trotzdem ist die Menge natürlich nicht enorm, wir befinden uns im Mikrogrammbereich (davor Picogramm)
- Ok, ja die Grössenordnungen stimmen, aber was ist der Sinn? Wofür braucht man das Ganze?
> So und hier hatte ich mein erstes (leider nicht letztes Blackout). Ich starrte beide an und wusste, dass ich die Antworten wusste, aber ich brachte irgendwie kein Wort raus. Dann entschuldigte ich mich und sagte ich sei gerade ein wenig verwirrt! (wow)
- Er formulierte die Frage um und dann ging es wieder (einigermassen)
> also man kann PCR in z.B der Forensik anwenden..
- Was ist das?
> Kriminalforschung
- Wie findet man den Mörder?
> (ehm what?) Fingerprint?
- Ja, aber wir haben doch DNA, wie findet man den Mörder, wenn man z.B einen Tropfen Blut hat?
> Man nimmt sich dort die DNA und amplifiziert diese, danach untersucht man sie
- Gut, wofür braucht man diese Reaktion sonst noch?
> Vaterschaftstests
- Wie läuft ein Vaterschaftstest ab?
> (ok, here we go again) Ich glaube, das hat was mit Polymorphismus zu tun
- Was ist das?
> Ein immer wieder auftretender Unterschied in einer DNA-Sequenz (Ein bp oder so etwas ähnliches, bin mir nicht mehr sicher, hier lieber nachforschen!)
- Gut, was noch?
> Krankheitsforschung, z.B AIDS
- Wie?
> DNA-Amplifizierung und Untersuchung (Mutationen in DNA aufgrund des AIDS-Virus)
- Zum Coex: Ich wollte nur sehen, ob sie es weiss :-P
Zeigen Sie mir Ihr Protokoll, dann weiss ich, was ich nicht fragen darf.
> Dann zeige ich es nicht! (hehehe cause me very funny)
- Ihr Zyklus sieht ein wenig komisch aus, wir machen das zusammen
> Tränen in den Augen (joking, bald verging aber auch mir der Spass)

So musste ich die ersten drei Zyklen zeichnen. Er zeichnete mir einen Strich auf ein Blatt und eine zu amplifizierende Sequenz (also ganz banal, ohne jegliche bp oder so, einfach zwei Striche durch die DNA). Jetzt amplifizieren Sie mir diesen Abschnitt.
Und hier machte ich (meiner Meinung nach viele Fehler, aber einem selbst kommt es natürlich immer tragischer vor als es in Wahrheit ist). Ich zeichnete den Primer ein (nach einem kurzen Beschrieb, um was es sich handelt, also was ein Primer ist, wo er ansetzt etc.) Danach zeichnete ich die erste replizierte DNA ein, aber nur bis zum zweiten Strich (also nur bis zum Ende des zu amplifizierenden Bereichs). Er machte mich darauf aufmerksam, dass ich etwas vergessen und nicht zu Ende eingetragen hatte. Nach einigen Anläufen fiel mir der Fehler auf. Die restlichen beiden waren ok.
--> Also man muss natürlich bis ans ENDE des Strangs replizieren und nicht nur bis zum Ende des zu replizierenden Bereichs.
Die ersten Produkte sind länger, verschwinden mit der Zeit aber im Produkt. Ab dem zweiten Zyklus hat man schon die ersten PCR-Produkte, aber erst ab dem dritten DEFINIERTE.

- Wo setzt die DNA-Polymerase am Primer an?
> 5' Ende
- Seeeeehr skeptischer Blick
> 3' Ende (3'Ende stimmt). Am 5'Ende kann man noch eine Sequenz anfügen, welche von Restriktionsenzymen erkannt werden kann, da ansonsten nicht geschnitten werden kann.
- Richtig, das ist für heute aber zu kompliziert.

* Ist mir noch eingefallen, beim Schreiben des zweiten Teils:
- Wieso dNTPs?
> Ist ein Bestandteil der DNA
- Ja, aber MONOPHOSPHAT ist ein Bestandteil der DNA
> Pyrophosphat wird abgespaltet

Also wir haben (kam mir so vor) eine halbe Ewigkeit mit dem Zeichnen des PCR-Zyklus verbracht und ich war ziemlich am Boden, weil ich ja einiges nicht von Anfang an gesehen und eingezeichnet hatte.
Wir gingen zum zweiten Versuch über.

- Erzählen Sie mir etwas über den Versuch
> basics
- Kreatinkinase im Serum, finden Sie das nicht komisch?
> Doch, normalerweise findet man die Kreatinkinase nicht im Serum
- Sondern?
> Mitochondrien, Cytosol
- Ich habe nicht nach dem genauen Ort gefragt
> Muskel (Herz, Skelett)
- Wann findet man dieses Enzym im Serum?
> Bei Herzinfarkten z.B der Muskel wird geschädigt und das Enzym tritt ins Serum, aber auch bei Sportlern kann dieses Enzym und seine Aktivität z.T im Serum gemessen werden
- Lassen wir mal gelten
> Hat Prof. Mittl gesagt!
- Ich werde ihn fragen.
- Ok, was ist ATP und wieso messen wir nicht direkt dieses?
> (hatte alles schon gezeichnet, also ALLE Bestandteile der Reaktion (gekoppelte auch)) Weil wir dieses spektrometrisch nicht direkt nachweisen könnnen und es gleich wieder regeneriert wird.
- Zeichnen Sie mir das Spektrum von ADP
> Einfach bei 260 nm einen Peak aufzeichnen (Adenin absorbiert)
- Gut, und nun das von ATP
> Ist das Gleiche, deshalb können wir es nicht messen und müssen die Reaktion koppeln.
- Aha, na sehen Sie!
(ich habe auch noch kurz erzählt welche Bedingungen erfüllt werden müssen und als ich sagte das Gleichgewicht der ersten Reaktion sei unwichtig und jene der gekoppelten müsste auf der rechten Seite liegen, meinte er; das sagen alle, aber es stimmt nur zu 50%. Danach sagte ich, dass ADP eigentlich auch gleich wieder zu ATP wird und deshalb das Gleichgewicht der zweiten Reaktion auch keine Rolle spiele. Lindner: aha, sehen Sie! Und auch erwähnte ich die Geschwindigkeiten, die erste Reaktion ist die langsamste, geschwindigkeitsbestimmende. Er wollte wissen weshalb, ich meinte, es würde ja keinen Sinn machen, wenn sie schneller laufen würde und wir sie so nicht nachweisen könnten, da die Produkte schon vorhanden wären, bevor die beiden anderen Reaktionen überhaupt stattgefunden hätten).

Hmm was war noch?

Genau, am Schluss wollte er wissen, was es alles für die Reaktion braucht
> Kreatin, ADP, PEP, NADred
- Etwas sehr offensichtliches fehlt, es ist so klar, dass man es meist vergisst
> Also im Körper oder im RG?
- Coex lachte und meinte; im RG (aber natürlich auch im Körper)
> Ich starrte die Reaktion gefühlte 30s an und die beiden wollten es schon verraten,
ABER ICH SAGTE: NEIN! ICH WILL ES SELBST HERAUSFINDEN hahaha
und dann sah ich es: DIE ENZYME! (PK, LDH, KK)
- Na sehen Sie! So wir müssen Schluss machen.
> Ich war offensichtlich nicht sehr glücklich darüber, dass sie Schluss machten mit mir. They saw it in my eyeees
- Ah, Sie wollen bleiben, das ist aber nett.
Schöne Ferien.

So, ich denke, ich habe alles was ich wusste erzählt und hoffe, ich konnte ein wenig helfen.
Herr Lindner war meiner Meinung nach ein angenehmer Prüfer und obwohl er schwierige Fragen stellte, half er auch mal weiter, falls ich es allein nicht ganz schaffte. Also diese Horror-Storys sind echt übertrieben, finde ich.
Der Coex war auch ganz nett, hat aber nicht viel gesagt.

Viel Erfolg allen!

(Note: 5)

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lala


03.02.2017 13:09 		Substratspezifität Trypsin und Chymotrypsin, Gleichgewichtskonstante berechnen, geprüft von examinator: Herr Jinek, coex: Frau Honegger

in der Vorbereitungszeit musste ich die Gleichgewichtskonstante (LDH Reaktion) herleiten und anhand der gegebenen Daten die Konzentrationen im Gleichgewicht berechnen, Achtung nicht vergessen, dass die H+ Konzentration anhand des gegebenen pHs berechnet werden kann und da die Reaktion gepudert ist, bleibt der pH und somit die Konzentration konstant.
Bei den Verdauungsenzymen musste ich wie im Experiment die Peptidase I und Peptidase II bestimmen, den Reaktionsemechanismus der Serinproteasen skizzieren (katalytische Triade, wie im Schuler-Skript auf der letzten Seite). Musste auch noch das N-Benzoyl-Tyrosinethylester zeichnen.
Ex: Mit welchem Experiment möchten Sie beginnen?
Ich: Verdauungsenzyme
Ex: Erklären Sie, wozu Sie dieses Experiment durchgeführt haben?
Ich: Da Trypsin und Chymotrypsin den gleichen Reaktionsmechanismus aufweisen (beides Serinproteasen), aber unterschiedliche Substratspezifität haben, wollten wir mit diesem Experiment nachweisen, dass Trypsin nach positiv geladenen AS Resten Peptidbindungen schneidet und Chymotrypsin nach grossen hydrophoben AS Resten.
EX: Was für grosse hydrophobe AS kennen Sie?
Ich: Tyrosin...Phenylalanin...
Ex: Ja...und?
Ich: Tryptophan!
Ex: das wollte ich hören.
(Während der Vorbereitungszeit hatte ich den ganzen Reaktionsmechanismus der Serinproteasen aufgezeichnet.)
Ex: (zeigt auf mein Protokoll) Sie haben hier den Reaktionsmechanismus aufgezeichnet..Können Sie mir diesen erklären?
Ich: (erklärt wie alles funktioniert..Aktivierung des Serins durch Basenwirkung von Histidin etc.)
Ex: in diesem Experiment haben sie aber keine Peptidbindung gespalten..wieso?
Ich: damit wir eine pH Änderung messen können, welche durch die entstandene Carbonsäure verursacht wird.
ex: aber wieso verändert sich der pH..wir haben ja in der Reaktion einen Tris Puffer hinzugegeben?
Ich: (war grad überfordert, weil ich mir das vorher nie überlegt hatte.) hmmm weil mein Puffer irgendwann ausgeschöpft ist?
Ex: ja..schauen sie darauf was sie genau hinzugegeben haben. Das H+ stammt ja von ihrem Substrat.
Ich: (hab auf die Konzentrationen geschaut und gesehen dass ich doppelt so viel Substratkonzentration als Puffer hatte) Weil ich halb so viel Puffer wie Substrat habe.
Ex: genau. Wo genau wird die Bindung gespalten?
Ich: (auf das Carbonyl C Atom gezeigt) Nukleophiler Angriff auf das C Atom.
Ex: Skizzieren sie bitte das Enzym trypsin und chymotrypsin.
Ich: (hab zuerst nicht ganz verstanden, was er unter skizzieren meinte. hab dann aber einfach zwei kreise mit zwei "Ausstülpungen" bezeichnet und die eine als "active site" bezeichnet und die andere als "substratbindungstasche" wobei ich bei Trypsin einen negativ geladenen aspartatrest gezeichnet hab und bei chymotrypsin hydrophobe Gruppen.)
Ex: wie schneidet meine Peptidase?
Ich: (Frage nicht verstanden) Mittels meiner katalytischen Triade und dem vorhin erklärten Mechanismus (???)
Anscheinend wollte er hier von mir hören, dass es N Terminal von meiner Bindungstasche schneidet oder sowas ähnliches..habs nicht ganz verstanden.
Ex: wieso weisst dieses Enzym ein pH Optimum auf?
Ich: Diese beiden Enzyme kommen im Dünndarm vor, wo ein pH Bereich von ca. 8-9 herrscht..dies ist wichtig weil bei ph werten unter 7 der Imidazolring am histidin proponiert wird und das Serin nicht mehr aktivieren kann.
Bevor wir zum nächsten Experiment gewechselt haben, musste Frau Honegger natürlich noch eine gemeine Frage stellen...
Honegger: Wie wird ein Protein synthetisiert?
Ich: mittels tRNA?
Honegger: jaa..klar...aber wie?
Ich: ich verstehe nicht ganz..
Honegger: von welchem Terminus nach welchem?
Dies wusste ich nicht mehr und hab falsch geraten. Danach haben wir zum nächsten Experiment gewechselt.
Ex: wozu dient die Reaktion (Pyruvat + NADH + H--> Laktat + NAD)
Ich: zur Regeneration von NADH, falls anaerobe Bedienungen herrschen und Pyruvat nicht weiter in den Citratzyklus hineinfliegen kann, dann stellt die Zelle damit sicher, dass die Glykolyse nicht stillsteht.
EX: Wie haben sie die Gleichgewichtskonzentrationen berechnet?
Ich: erklärt und dabei gemerkt dass ich die Konzentration von H+ vergessen habe. War in diesem Moment sehr verwirrt, aber sie haben mir dann einen Tipp gegeben, dass ich auf den pH wert schauen soll..wobei ich dann so schnell gemerkt habe, dass ich die pH=-log c(H+) und dies durfte ich dann noch auf mein Protokoll aufschreiben.
Ex: hat ein Enzym einen Einfluss auf das Gleichgewicht?
Ich: Skizze mit Substrat Produkt Diagramm und aktivierungsenergie und freie enthalpie gezeichnet: Nein, das Enzym senkt nur die Aktivierungsenergie, indem es einen neuen reaktionsweg eröffnet, wobei die freie enthalpie nicht verändert wird. Es beschleunigt lediglich die Einstellung des Gleichgewichts.
Ex: wovon hängt die Einstellung des Gleichgewichts ab?
Ich: nur von der Temperatur (hatte während der Vorbereitungszeit die Vant'hoff Gleichung aufgeschrieben und alles gemäss le chatelier erklärt)
Ex: von meiner Seite her wäre ich fertig... (zu Frau Honegger): möchten sie noch eine frage stellen?
und danach hat sie mir genau dieselbe frage gestellt, wovon die einstellungs des Gleichgewichts abhängt, wobei ich einfach meinte: wie zuvor gesagt nur von der Temperatur. Ich glaube sie wollte mich mit dieser Frage verunsichern.

Im gross und ganzen lief es sehr gut, wenn ich etwas nicht wusste, hat Herr Jinek mich in die richtige Richtung zu leiten versucht und mir kleine tipps gegeben. Sie haben mir nicht einfach beim verzweifeln zugeschaut die Atmosphäre war auch sehr angenehm. Manchmal habe ich aber seine Frage nicht verstanden, bzw. nicht verstanden worauf er hinauswollte, weil die frage einfach nicht klar gestellt war. Herr Jinek war sehr freundlich, daher war ich wirklich froh, dass er die Fragen stellte. Er hat auch immer kommentiert wenn etwas gut war.

Ich hoffe dieser Eintrag war hilfreich Viel erfolg!

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02.02.2017 21:43 		Enzymkinetik alkalisch Phosphatase mit und ohne Inhibitor, Ionenaustauschchromatographie, geprüft von Gloor

Enzymkinetik:

Aufgaben vor der Prüfung:
-Reaktion der alkalischen Phosphatase aufzeichnen
-Lineweaver-Burk Diagramm zeichnen mit und ohne Inhibitor
-Reaktionsmechanismus des Inhibitors bestimmen

Fragen während der Prüfung:
-Woran ist man interessiert, wenn man Enzymkinetik erforscht? Geschwindigkeit einer enzymkatalysierten Reaktion
-Wie ist die Geschwindigkeit einer Reaktion definiert? Änderung der Produktkonzentration pro Zeit
-Was absorbiert? das Produkt (Zeichnung)
-Wie sieht die Kurve aus, wenn man die Absorption gegen die Zeit auträgt? steigt zuerst, flacht dann ab und stagniert
-Wann wird die Reaktionsgeschwindigkeit gemessen? Wieso? Anfangsgeschwindigkeit, weil da die Kurve linear ist, sobald Substrat zu Produkt umgewandelt wurde, verlangsamt die Reaktion, weil sich ein Gleichgewicht einstellt.
-Zeichnen Sie die Kurve der Reaktiongeschwindigkeit während der Zeit? Was kann man daraus herauslesen? Was ist vmax und Km? hyperbolische Kurve, vmax=maximal mögliche Geschwindigkeit, Km=Substratkonzentration, bei der die halbmaximale Geschwindigkeit erreicht wird.
-Wie sieht die Kurve aus wenn nur halb so viel Enzym vorhanden ist? Wieso ändert sich vmax? Wieso ändert sich Km nicht? Können Sie das mit einer Gleichung belegen? vmax halbiert sich weil vmax=k2*Enzymkonzentration, Km bleibt weil Km=(k-1+k2)/k1
-Wozu die Lineweaver-Burk Kurve? linearisierte Form der Michaelis Menten Gleichung, Km und vmax einfacher herauszulesen
-Was ist es für ein Inhibitor? kompetitiver Inhibitor (weil vmax gleich blieb, aber Km grösser wurde)
-Gibt es kompetitive Inhibitoren, die nicht an die Substratbindungsstelle binden? Ja, allosterische
-Wo? Wozu? Zum Beispiel in Glykolyse, negativer feed-back Mechanismus

Ionenaustauschchromatographie:

Aufgaben vor der Prüfung:
-Elutionsprofil zeichnen
-Was können Sie dadurch über Dextranblau und Cytochrom c sagen?

Während der Prüfung:
-Wie sah der Versuchsaufbau aus? Säule aus unreaktivem Material mit Anionen gekoppelt, Dextranblau und Cytochrom c in Puffer darauf aufgetragen.
-Welche Anionen wurden gekoppelt, Cl-? eher Carboxygruppe, weil sie auch eine negative Ladung trägt wenn der pH nicht zu tief ist und einfacher zu koppeln ist
-Dextranblau ist ja blau und Cytochrom c rot, wie sah das Gemisch aus? braun, dunkel
-Was sieht man im Elutionsprofil? Dextranblau konnte nicht an Matrix binden, wurde ausgewaschen, Cytochrom c hat gebunden, wurde erst mit Hochsalzpuffer ausgewaschen.
-Was schliessen Sie daraus? Dextranblau ist negativ geladen oder ungeladen, Cytochrom c ist positiv geladen
-Wie könnte man den Versuch durchführen, wenn mehr verschiedene Proteine im Gemisch sind? Salzkonzentration langsam und schrittweise erhöhen oder pH langsam und schrittweise erhöhen oder erniedrigen.
-Wie könnten Sie die Proteine nachweisen, die nicht farbig sind? Absorption bei 280 nm messen.
-Ist diese Methode genau? Kommt auf Epsilon drauf an.
-Wie bestimmen Sie Epsilon bei 280 nm, wenn Sie die Aminosäurezusammensetzung des Proteins kennen? Anzahl aromatischer Seitenketten mit Epsilon für eine Gruppe multiplizieren.

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FreshDumbledore


01.02.2017 15:54 		pH-Abhängigkeit von Trypsin und Absorptionsspektrum von NADH, geprüft von Prof Mittl & Prof. Caflisch

Wie ihr die Versuche zieht wisst ihr wahrscheinlich schon was man wohl noch erwähnen könnte, ist, dass jeder in der Dreiergruppe bereits im Voraus einer Farbe zugeteilt wurde (die ersten z. B. immer rot etc.) und entsprechend zu der Vorbereitung und Prüfungsräumen mit den jeweiligen Prüfern geführt wird wie lange diese aber dort bleiben - für allfälliges Last minute Kalkulieren (oder beten) - weiss ich aber nicht ;-)

Zu den Versuchsanleitungen:
Trypsin: BAPNA war bei mir bereits gezeichnet (war bei anderen anscheinend nicht so umsonst gelernt). Die Aufgabe war auch nicht sonderlich schwer und musste eigentlich nur das jeweilige Delta der Absorption (Vergleich zur Kontrolle) bei entsprechendem pH auftragen. Nutzte die Zeit für einige Notizen.

NAD(H) Spektrum: Ja man kann auch diesen Versuch ziehen haha. Wie im Praktikum musste ich die jeweiligen Extinktionskoeffizienten berechnen und die Spektren aufzeichnen (habe ich dann aus dem Kopf gemacht, anstatt alle siebenundzwanzigtausend Werte aufs Millimeterpapier zu übertragen). Zeichnete NADox und machte mir kurz ein paar Notizen.

Da hörte ich auch schon gleich Prof. Mittls Stimme, welcher mich zur Prüfung bat.

Im Prüfungsraum begrüsste mich Prof. Caflisch und ich bekam kurz Zeit meine Versuchsunterlagen mit den entsprechenden Berechnungen zu ordnen, welche ich später herzlich wenig gebrauchen würde.

Nun was können sie uns denn erzählen?

- In diesem Versuch untersuchten wir die pH Abhängigkeit der Trypsinaktivität.

Und nun versuchte ich einfach einmal die Gunst der Stunde zu nutzen und quasselte drauf los, zu den erwähnten Punkten gehörten unter Anderem:

Trypsin = Zymogene, aktiviert durch die Enteropeptidase (Bürstensaumenzym), wie die anderen Verdauungspeptidasen eine Serinprotease, katalytische Triade mit Ser-His-Asp, entstand sogar zweimal während der Evolution (Funfact aus dem Schuler Script, welches ich am Vorabend im highspeed Modus durchlas bzw. blätterte höhö), ähnlich funktioniert auch die Cys-His Diade. Bei der katalytischen Triade nukleophiler Angriff des Serins, welcher durch den Abzug des Protons durch Histidin ermöglich wird. Das Enzym ermöglicht eine gleichzeitige Säure-Basen-Katalyse. Zwischen Trypsin und Chymotryspin liegt der wesentliche Unterschied aber nicht wie bereits erwähnt im katalytischen Zentrum, sondern in der S1 Bindungsstelle. Ausserdem weisen beide eine hohe Sequenzhomologie auf.

Nach diesem gesprochenen, vielleicht etwas wirren Mind-Map, begann er mit Fragen leider für mich manchmal ebenso nicht ganz klaren, an welche ich mich leider nicht mehr exakt erinnere. Das Gespräch verlief eher wie eine Diskussion mit vielen Erörterungen meinerseits, während er immer wieder bestimmte Sachen aufgriff, wobei auch einige Themen wiederholt an verschiedenen Stellen zur Sprache dran Hier mein Versuch die Prüfung in Form eines nützlichen Frage-Antwort-Katalogs einigermassen wiederzugeben ;-)

Er ging kurz auf mein Beispiel der Evolution ein (Wie man sich selbst ein Ei legt Part 1).

Wo entstanden Serinproteasen denn noch?

- In Mikroorganismen

Aber wir entstanden doch auch aus Mikroorganismen, leuchtet mir noch nicht ein.

- Versuchte mich mit dem Stichwort Sequenzanalyse zu retten und dass man das dies dort nachweisen könnte.

Sie haben erwähnt, dass es sich bei Trypsin um eine Serinprotease handelt, kennen sie noch andere Beispiele?
- Klar, einerseits sind andere Peptidasen wie Chymotrypsin oder die Elastase Serinproteasen. Ein anderes prominentes Beispiel, wären Gerinnungsfaktoren, welche übrigens auch nach dem Zymogenen- bzw. Kaskadenprinzip funktionieren um spezifischer zu sein handelt es sich hierbei um die Gerinnungsfaktoren 2, 7, 9, 10, 11 und 12 wovon 11 und 12 nicht Vitamin K abhängig sind. Sprich nicht carboxyliert werden für die Komplexierung von Calciumionen etc.

Sie haben ebenfalls die katalytische Triade und Cys-His Diade erwähnt, können sie die beiden noch etwas erörtern.
- Fasste kurz das wichtigste der katalytischen Triade zusammen (His zieht Proton vom Serin ab, His wird stabilisiert von Asp, Serin greift Carbonyl C Atom nucleophil an). Bei der Cys His Diade greift hingegegn das Cys nukleophil an. Ich hätte mir dabei überlegt gehabt, dass Cystein einen tieferen pKs hat (gab noch grob Auskunft über die pKs Werte: Cys ca. 8.5, His 6.5, Asp 4, und Serin mhh... sehr hoch), und Cystein deswegen sein Proton leichter abgegeben könnte als Serin, sprich keine dritte Aminosäure zur Stabilisierung nötig wäre.

Hmm... das stimmt aber nicht (Autsch... wird wohl nichts mehr mit Postulieren in der Gloor Manier)

Was ist den nucleophiler, das Cystein oder Serin?
- Oh da fragen sie aber Stoff vom letzten Jahr ab... ich überlegte lange, in der Hoffnung, dass sich meine OC-Neurone vom letzten Semester melden würden leider vergebens bzw. die falschen und redete um den heissen Brei hmm... also was ich noch weiss, ist, dass man bei Schwefelvebindungen den Präfix- Mercapto braucht, weil es sehr gut Blei bindet hmm... Es wäre dann auch tatsächlich der Schwefel gewesen. Hätte eigentlich im Kontext der Frage darauf kommen können, da dies anscheinend der Grund ist weshalb nur eine Diade benötigt wird, überlegte aber ganz in die falsche Richtung, schade.

Irgendwie schaffte ich die Überleitung auf den Versuch und zeigte ihm meine Kurve aus der Vorbereitung mit der pH Abhängigkeit der Trypsinaktivität. Erwähnte, dass im leicht sauren Bereich die Abnahme nicht etwa durch Denaturierung zustande käme, sondern eben durch Protonierung im katalytischen Zentrum sprich des Histidins (kann danach kein Proton von Serin abziehen). Erwähnte noch das Prinzip der pH Abhängigkeit von enzymatischen Reaktionen, dass bereits kleinste Änderungen zu Protonierung im katalytischen Zentrum oder des Substrats die Enzymaktivität massiv einschränken können.

Wie wirkt sich denn der tiefere pH-Wert jetzt konkret bei der katalytischen Triade aus?
- Die Frage warf mich wieder etwas aus der Konzept, da ich eigentlich bereits vorher das Histidin erwähnte, mir aber auf einmal doch nicht mehr so sicher in der Sache war. Erwähnte, dass grundsätzlich alle drei Aminosäuren Protonen aufnehmen und abgeben (können) und erzählte etwas über die pKs Werte. Verzettelte mich aber beim erklären. Auch bezeichnete ich Serin als Tyrosin (was die Nervosität so alles mit einem macht ;-) ) was er auch prompt bemerkte. Schlussendlich wollte er eigentlich einfach (noch einmal) konkret Histidin hören, was ich dann aber doch verbockte, weil er im verlauf der Diskussion die Frage umkehrte sprich was spielt denn jetzt keine Rolle, was ich nicht mehr ganz mitbekam.

Tipp meinerseits: Lieber kurz einige Sekunden innehalten und alles in Ruhe darlegen oder durchaus noch einmal nach dem Wiederholen der Frage bitten und euch bewusst sein, dass die Professoren durchaus auch richtige Antworten hinterfragen können.

Wo wird den BAPNA konkret gespalten?
- Zeigte auf die Bindung und nebenbei noch auf das Kohlenstoff Atom welches nucleophil angegriffen wird vielleicht etwas zu wenig bestimmt/undeutlich.

Also welche Bindung wird jetzt genau gespalten, meinen sie diese hier? Zeigte dabei auf die falsche Bindung.
- Nein nicht diese, sondern diese!

Weshalb wird diese Bindung gespalten und nicht diese zum Benzoylring?
- Trypsin spaltet carboxyterminal und...

Das reicht schon. Weshalb ist denn Calcium in der Trypsin-Lösung? (Ah da sind wir beim altbekannten Mysterium)
- Da bin ich mir nicht ganz sicher. Im Praktikum wurde uns gesagt, dass Calcium die Trypsinaktivität fördert. Jedoch befindet sich aber in der Lösung auch ein Puffer der u. a. Citrat enthält, was unter anderem Calcium komplexiert, dessen Effekt u. a. benutzt werden kann, um Blutproben ungerinnbar zu machen das ganze Set-Up ist daher etwas verwirrend. Auf jeden Fall können Ionen an Enzyme binden und beispielsweise ihre Konformation stabilisieren.

Wo könnte denn Calcium an Trypsin binden? (ich unterdessen langsam aber sicher aus der Reserve gelockt und nicht sicher worauf er hinaus will)
- Calcium ist positiv geladen wodurch es grundsätzlich mit negativ geladenen Seitenketten von Aminosäuren interagieren könnte. Sogar im aktiven Zentrum befinden sich ja negative Ladungen, aber hier wäre eine Bindung wohl eher ungünstig.

Aber woran/wie könnte es denn nun binden?
- Ich schlug und zeichnete ihm ein ähnliches Konzept vor, wie es bei der Gerinnungskaskade vorkommt, bei dem Calcium von den Seitenketten saurer Aminosäuren komplexiert werden könnte, sprich den Carboxylgruppen der Asparaginsäure oder Glutaminsäure, wodurch zum beispielsweise benachbarte Proteindomänen stabilisiert werden können. Das schien ihm schlussendlich zu gefallen.

Zeichnen sie bitte eine Peptidbindung
- Zeichnete (mittlerweile etwas verwirrt und unsicher) die Peptidbindung. Nebenbei benennte ich während dem zeichnen das typischerweise chirale C-Alpha Atom (Ausnahme Glycin) und den jeweiligen C-terminus bzw. N-Terminus. Während mein Gekritzel gemustert wurde wollte ich die unangenehme Stille füllen (wieso mache ich bloss solche Sachen), und zeigte noch auf das Carbonyl-C Atom welches nucleophil angegriffen wird und zeichnete dazu noch ein Hydroxidion mit dem angreifenden Elektronenpaar dazu.

Weshalb kann das C-Atom denn nucleophil angegriffen werden?
- Das Sauerstoffatom besitzt eine hohe Elektronegativität, wodurch es Elektronen auf seine Seite zieht und somit den Angriff des freien Elektronenpaars auf das Kohlenstoffatom ermöglicht.

Was ist das für eine Reaktion?
-Hydrolyse

Wie heisst das Gegenteil?
- Kondensation

Greift im Enzym das Hydroxidion so an wie sie das jetzt gezeichnet haben?
- Äh... nein hier greift das aktivierte Serin des Enzyms an, aber die Peptidbindung kann grundsätzlich auch schlicht im Wasser gespalten werden, geschieht aber kaum (dachte an die HWZ von Peptidbindungen, siehe Schulerskript)

Wie heisst denn das Zwischenprodukt der Serinprotease, welches während der Katalyse entsteht?
- War mir ziemlich sicher, dass er auf den Begriff Acylenzym aus war, nutzte aber die Gelegenheit, um etwas auszuholen und es evtl. die Antwort direkt noch herzuleiten. Erzählte etwas vom zu Beginn entstehendem tetraedischen Zwischenprodukt, welches eben genau den Übergangszustand darstelle, welcher durch Bindung des Sauerstoffs in der positiv geladenen Oxyaniontasche stabilisiert wird.

Aber wie heisst denn nun das danach entstehende Zwischenprodukt?
- Acylenzym

Kennen sie weitere Beispiele für Proteasen mit anderen Enzymmechanismen?
-Cys-His Diade zB bei Caspasen
- Saure Peptidasen wie zB Pepsin heissen aber nicht sauer Peptidasen, weil sie etwa bei saurem pH arbeiten, sondern wegen den beiden Asp-Resten im aktiven Zentrum. Renin gehört bspw. auch in diese Klasse arbeitet bekanntlich nicht unter sauren Bedingungen
-Threonin Peptidasen wie beim Proteasom
- hmmm.... ach ja Metallenzyme gibt es ebenfalls mit zB Zink im Zentrum die Carboanhydrase wäre da ein Beispiel die den pKs des Wasser...

Ist das auch eine Protease?
- (Ops) nein selbstverständlich nicht, ein Beispiel für eine Metall-Protease wäre da die Metallomatrixprotease


Nun zum Versuch mit NADH

Was haben sie gemacht?
- Das Absorptionspektrum von NADH und NADox aufgenommen.


Was heisst NAD?
- Nicotinamidadenindinucleotid, zeigt ihm daraufhin meine bereits vorbereitete Zeichnung von NADox, was ihn gefreut hat, woraufhin er aber sofort Folgefragen stellte.

Benennen sie die einzelnen Bestandteile!

- Base = Adenin, Ribose, Phosphorsäure Rückgrat, erneut Ribose und der Nicotinring mit der Amid Gruppe. Zeigte ihm noch wo die Redoxreaktion stattfindet.

Können sie noch den reduzierten Zustand zeichnen?
- Ähm... ok... zeichnete den Nicotinring in seiner reduzierten Form.

Was ist ein Nukleotid?
- Base + Ribose + Phosphat (zeigte es ihm nochmals auf der Zeichnung)

Wie kommt nun das Absorptionsspektrum zustande?
- Empfand dies wieder eher als eine freie Frage und fing an über das HOMO und LUMO zu reden, welche sich mit zunehmender Grösse des delokalisierten Elektronensystems annähern. Immerhin Herr Caflisch schien beeindruckt. Grinsend erwähnte ich, dass wir hier wohl bei der Quantenmechanik gelandet sind, die wohl niemand exakt versteht.

Aber was absorbiert denn jetzt genau bei NAD? Mittl, offensichtlich noch nicht beeindruckt

Verwies auf den Adeninring, welcher bei 260nm absorbiert, was sich auch beim DNA-Nachweis nützlich macht. Ebenfalls absorbiert der Nicotinring, dessen Absorption sich durch Anlagerung der Elektronen ändert mit einem neuen Maximum bei 340nm. (War mir dem bezüglich aber nicht zu 100% sicher, ich nahm an, dass der oxidierte Nicotinamidring ebenfalls schon bei 240 absorbiert, sein Spektrum dann aber ändert, weswegen die Kurve von NADox die von NADred bei 260nm übersteigt. Ich zitiere hierbei Hagrid aus Harry Potter Teil 1: I shouldnt have said that, I should not have said that! https://www.youtube.com/watch?v=498HkRM77gg)

Wie kommt nun die Veränderung zustande?
- War mir nicht sicher worauf er heraus wollte, da ich dachte, dass ich ihm die wesentlichsten Punkte bereits erläutert hatte. Daher erklärte ich noch einmal etwas spezifischer das HOMO und LUMO und benutzte dazu, das Spektrum welches ich im Vorfeld gezeichnet hatte. Je grösser das delokalisierte Elektronensystem ist, umso näher kommen sich HOMO und LUMO, sprich weniger Energie ist für die Anhebung vonnöten und die absorbierte Wellenlänge wird grösser. Als Beispiel habe ich beta-Carotin erwähnt, was im hochwelligen Bereich absorbiert, weswegen auch das Rüebli orange ist. Verglich nun den reduzierten und oxidierten Nicotinamidring und postulierte, dass hier ebenfalls eine solche Änderung stattfinden müsste. Musste ausserdem noch genau auf de Spektren zeigen, was jetzt was ist bzw. was die Absorption gibt.

Zeigte auf den reduzierten Nicotinamidring und was das jetzt ist?
- War etwas verwirrt und wusste nicht sofort auf was er herauswollte. Mir kam das Chinon in Sinn, wessen Struktur ich aber etwas im Kopf hatte von der Struktur (zB bei Jelezarov, Chinon und Hydrochinon des Coenzym Q der Atmungskette, ohne N). Getraute mich aber nicht mehr unsichere Antworten zu geben und sagte, nach etwas überlegen, dass das doch eben der Nicotinring sei... Es wäre aber doch das chinoide System gewesen... (Ah ja klar!....)

Wofür wird NAD im Körper gebraucht?
-Redoxreaktionen zB geben der Citratzyklus und die Glykolyse viele Elektronen an NAD ab, welche für die spätere Energiegewinnung verwendet werden.

Können Sie das noch weiter erläutern?
- Die Elektronen werden an die Atmungskette abgebeben. Diese wandern durch die einzelnen Komplexe welche eine unterschiedliche Anzahl Protonen auf die Aussenseite der Innenwand des Mitochondriums pumpen. Diese erzeugte Protonenelektromotorischekraft (Höhöhö, hoff das habe ich jetzt richtig ins Deutsche übersetzt) wird von der ATP-Synthase genutzt um schlussendlich ATP zu produzieren.

Was ist denn der terminale Elektronenakzeptor?

- Sauerstoff

Was entsteht dabei?

- Wasser

Es gibt auch NADP zeigte einfach bzw. zitterte mal auf die Stelle wo das Phosphat wäre äh... ja genau da wäre das Phosphat aber wofür wird NADPH denn gebraucht?

- Ähm... für die Synthese... zum Beispiel die von Fettsäuren oder Cholesterin. Ausserdem für den Erhalt des reduktiven Milieus in der Zelle durch die Reduktion von Glutathion

Geanu, Glutathion kann aber auch durch NADH reduziert werden - kennen sie auch ein Beispiel wo NAD für die Synthese verwendet wird?

- Diese Frage verwirrte mich etwas und ich hirnte Lage herum. Schliesslich erwähnte ich, dass beispielsweise Pyruvat zu Lactat reduziert werden kann, um den Fluss der Glykolyse unter anaeroben Bedingungen zu erhalten.

Ja das stimmt zwar, aber kennen sie ein konkretes Beispiel einer Synthese?

-Ich überlegte...

Sie können auch kein Beispiel haben, das ist ok.

- Gab mich daraufhin halb geschlagen und sagte, dass ich kein konkretes Beispiel sicher wüsste. Wenn ich raten müsste, würde ich aber auf die Nucleotidsynthese tippen, ich meinte, dass hier ab und zu auf den Folien NADPH oder NADH mit Schrägstrich gestanden sei.

Immerhin gefiel ihm, dass ich seine Folien genau studierte hatte stellte sich aber heraus, dass es sich hier eigentlich um eine Fangfrage handelte und er darauf hinauswollte, dass NADP (verallgemeinert) hauptsächlich für anabole Biosynthesen verwendet wird wie bei den Beispielen die ich bereits genannt hatte und eben NADH eben weniger.

Daraufhin war die Prüfung auch schon zu Ende wie meine Nerven.

Den Fangfragen und Falsch!s zum trotz, war Prof. Mittl aber ein netter Prüfer, sprich er hatte gute Laune und lächelte eigentlich immer. Jedoch verlief die Prüfung nicht unbedingt wie ein nettes Gespräch unter Biochemikern wie es Prof. Gloor gerne nennt, sondern eben als das was es nun mal leider ist: Eine mündliche Biochemieprüfung und Prof. Mittl ist bekannt dafür die Gelegenheit zu nutzen, um einen aus der Reserve zu locken, eklig nachzuhaken und Stoff abzufragen, der nicht direkt auf die Praktika bezogen ist eine gute Vorstellung was da gefragt werden könnte, geben die cgfx Berichte hier :-) . Wenn man ausserdem die Berichte hier liest und weiss, dass das so abläuft geht man auch etwas beruhigter in und aus der Prüfung. Wenn ihr also seine Stimme hört, macht euch darauf gefasst euch während der Prüfung irgendwann zu verzetteln, stottern und innerlich kurz zu sterben - was völlig normal ist. Nach dem kleinen Sturz durchatmen, aufstehen, Krönchen richten ääh... halt Stopp tragen nur Prinzessinnen Krönchen? Ah egal: Dafür habt ihr danach Ferien und die Benotung sei milde bis nett ich lass mich überraschen.

Hoffe die Fragen bringen euch etwas, nehmt nicht alles zu Ernst und geniesst die wohlverdienten Ferien!
Peace out!

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Biochemie, Biochemie, macht was auch immer Biochemie macht


01.02.2017 03:44 		Enzymaktivität (2.1) & Verdauungsenzyme (2.1), geprüft von Sergio Gloor &amp; nette Dame

Den Versuchsablauf, lass ma aussen vor, siehe unten. Ich ging, ich sass, ich rechnete. Tatsächlich wurde leider nie ,die, auf dem Fragenbogen, gestellten Fragestellungen während des Gesprächs zurückgegriffen, Die Fragen waren allgemein sehr offen gehalten.

Die Atmosphäre war sehr angenehm. Herr Gloor ist ein sehr angenehmer Gesprächspartner. Den Namen der Frau kenne ich nicht. Sie hat aber während der Befragung nichts gesagt. Meine persönliche Meinung: Ich habe mich auf Herrn Gloor gefreut, da ich davon ausging, dass er kein Prof ist, der viel Auswendig-LernZeuugs abfragt, sondern einen zum denken, überlegen anregt, mit seinen Fragen (Was schlussendlich auch so war. Das einzige Problem war, dass ich öfters die Frage nicht verstanden habe, respektive nicht verstanden habe, was von mir verlangt war)

Wir stiegen ein mit: Was haben sie hier in diesem Experiment gemacht. (Verdauungsenzyme,Pepsin)Eine vermeintlich einfache Frage, die mit Worten schwierig zu formulieren ist... für mich zumindest. Eventuell hilft es bei der Vorbereitung, sich selber das Experiment laut vorzutragen? Vergesst nicht, es kommt nicht drauf an wie stark ihr mit Worten umgehen könnt, wenn ihr in eurem natürlichen Habitat umherstreift... sobald ihr in diesem Zimmer seid flutschen euch die Ähms nur so raus.

Es kamen viele Fragen zum HCL, z.Bsp: was der pH von 0.1 M HCL ist. Die Antwort ist pH1->
0.1M-> 10^-1 M
HCL-> (H+) + (Cl-)-> (H+)-> 10^-1, der negative dekadische Logarithmus von 10^-1 ist 1.


Haben Sie schon mal ein rohes Ei gegessen?
-Nein. Sie?
Nein auch nicht. Nehmen wir mal das Eigelb weg. Sie nehmen nur das Eiweiss zu sich. Können sie das Verdauen?
-Ja kann man.
Aber im Experiment kommt hitzekoaguliertes Albumin vor.
-Im Körper übernimmt der hohe HCL-Gehalt & der damit tiefe miteinhergehende pH, die Entfaltung des Proteins.

(HCL wird übrigens von den Belegzellen hergestellt, der auch für die Absorbtion von Vit. B12 mittels Intrinsic Factors verantwortlich ist. Pepsin wird von den Hauptzellen hergestellt. Es wird als Pepsinogen in den Magen gesondert. Durch den tiefen pH und durch Autokatalyse wird Pepsin aktiviert. Pepsin besteht ausserdem aus...etc etc.....wollte ich sagen, konnte ich aber nicht. Ich weiss, dass meine Antworten sehr minimal und knapp bemessen aussehen, aber ich kann beim bestem Willen nicht sagen, wie man sich verhalten soll. Ich habe mich danach gerichtet, dass er viele Frage so einfach wie möglich beantwortet haben wollte, ohne grosses Drumrumgerede. Was gut an dieser Variante ist-> Es gibt viele Fragen-> klar sind paar falsch, aber prozentuell fallen bei vielen Fragen einige falsche Fragen nicht so fest ins Gewicht...denke ich...hoffe ich...bete ich...
Was nicht so gut ist: Schwer auf seinen Stärken aufzubauen, respektive frei einfach all sein Wissen preisgeben können.

Würde dieses Experiment auch 1:1 gehen, wenn wir statt hitzekoaguliertes Albumin, Albumin in HCL gelöst haben.
- Ja ich sehe da ehrlich gesagt kein Problem. Das Albumin ist in diesem Fall ebenfalls denaturiert. Das hat viele Angriffsflächen, da kann Pepsin schön schneiden.

Problem an der ganzen Geschicht: Das Experiment besteht aus 2 Komponenten. Einerseits messen wir ganz am Schluss die Absorbtion. Da besteht tatsächlich kaum ein Unterschied in den Absorbtionswerten. Aber es gibt noch eine Tabelle, wo ihr einmal HCL und einmal Pepsin mit Albumin interagieren lässt. Das hitzekoagulierte Albumin sammelt sich dann in der Zentrifuge auf dem Boden. Die Probe, die nur Albumin und HCL enthält, hat einen dementsprechend grösseren Bodensatz als das mit Pepsin bearbeitete Albumin.
Ist jetzt das Albumin durch Hitze denaturiert- Peptidketten aggregieren.
tiefer pH-> Albumin denaturiert ABER weit weg vom Isoelektrischen Punkt. Das heisst Albumin trägt eine Ladung. Das heisst jedes Albuminteilchen trägt die gleiche Ladung. Ziehen sich gleiche Ladungen an?-Nein, Sie stossen sich ab. Somit liegen sie in gelöster Form vor, was zur Folge hat, dass bei der Zentrifuge nur mit HCL, ebenfalls sehr wenig Bodensatz erkennbar wäre.
Herr Gloor hats mir natürlich nicht so ausführlich erklärt. Schade, machbare Aufgabe.

Nächstes Experiment Enzymaktivität:

Wieso messen Sie nicht die Absorbtion bei ATP? Ich brauchte etwas Zeit, kam aber noch auf die Antwort, dass das Adenosin bei ATP und ADP gleich absorbiert- Sie meinen Adenin... äääh ja Adenin. Meine NAD-Molekülstruktur wollte niemand sehen.

Dann kamen zum Glück einige Standartfragen:
-Was ist der Sinn dieses Experiments?
-Wie schnell müssen Lactatdehydrogenase und Pyruvatkinase agieren? Etc...

Dann kam eine hypothestische Situation, da ich der Kursleiter bin und alle nötigen Edukte in ein Gefäss rein tun musste, wo schon alle 3 Enzyme drin sind. Ich hatte etwas mühe mit dem Verständnis dieser Frage, doch als mir klar wurde, was von mir verlangt war- nicht schwer. Man tut Kreatin, ATP, Phosphoenolphospaht und natürlich NAD(red) da rein, die restlichen Produkte (die ja in der Folgereaktion zum Edukt werden, muss man nicht rein tun) werden durch die Enzyme katalysiert.

Ich weiss nicht wie, aber Irgendwie kamen wir auch noch auf den Therminus Exotherm und Endotherm. Ich habe dann sogleich gesagt, dass die Reaktion Pyruvat + NAD(red)-> Laktat + Nad(ox) exotherm ist. Dann habeich das Prinzip von Le chatelier erwähnt, dass die ersten Reaktionen keine Rolle bezüglich der Reaktionsrichtung spielen, da es nur auf die oben erwähnte, letzte Reaktion drauf ankommt. (Prinzip von le chatelier: Da die Reaktion von Pyruvat-> Lactat spontan abläuft, fällt die Pyruvatkonzentration stetig. Da aber Pyruvat das Produkt von der Pyruvatkinase ist, wird diese ebenfalls nach rechts verschoben( ACHTUNG: das heisst nicht, dass das Gleichgewicht dieser Reaktion auch tatsächlich rechts liegt(Das GGW dieser Reaktion liegt rechts), sondern nur, dass es nach rechts verschoben wird) genau so verhält es sich bei der Kreatinkinase)

Leider habe ich aber die ganze Zeit nur mit dem Terminus Exotherm und Endotherm herumhantiert, bis mich Herr Gloor darauf aufmerksam gemacht hat, ob der Terminus Exergon und Endergon nicht zutrefflicher wäre. Ja das tuts auch. Exergon beschriebt die Spontanität einer Reaktion, sprich berücksichtigt die Temperatur und die Entropiekomponente ebenfalls.

Über die KK-Aktivität selber haben wir kaum geredet. Er zeigte einmal auf das Blatt mit der Graphik (ähnliche Graphik, wie wir sie ausgedruckt haben) Wir haben dann über die Graphik gesprochen. Was ich völlig verpeilt hatte, war die Frage was man direkt aus der NAD(red) (Negativ-)Steigung herauslesen konnte. Mir wollte leider nichts anderes als Enzymaktivität in den Sinn kommen, da ich ziemlich auf meine mit bravur gelösten Matheaufgaben fixiert war. Sogar als er mich direkt fragte, was delta(c)/delta(t) mir sagt, kam ich nicht drauf- es beschreibt natürlich die Enzymgeschwindigkeit....

Dann kamen noch einige Fragen zur Kreatinkinase selber. Wichtig ist hier, dass das ein Protein ist,welches nur in der intakten Muskelzelle vorkommt- tritt nur im Serum auf, bei kaputten Muskelgewebe, wird gemessen bei Herzproblemen.

Hoffe ihr konntet etwas mitnehmen!- man hört sich bei den Anatomie-Histologie und Physiologieberichten wieder...

Viel Erfolg und schöne Ferien

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Alles dufte


31.01.2017 20:03 		Enzymaktivität: Kreatinkinase / Bakteriologie: Wachstumskurve, geprüft von Coex: Jelezarov, Fragen von Mann mit sehr Konkreten Fragen

Sehr vieles wurde schon gesagt. Ich erwähne es aber trotzdem nochmal. Tada:
- Man zieht je ein Kuvert aus 2 versch. Stapeln
- Man wird in einen Raum geführt mit Taschenrechner, Bleistift, Kugelschreiber, Massstab, Millimeterpapier und einer Uhr.
- Man hat 40 Minuten Zeit zum erarbeiten


Bearbeitungszeit:
- Blatt sieht aus wie aus den Praxisunterlagen (Sogar der Einleitungstext ist ähnlich)
- Zusammensetzung der Reagenzien sind ebenfalls wie in den Praxisunterlagen gegeben
- Am Schluss gibt es Fragen:

Kreatinkinase:
1) Bestimmen Sie die Enzymaktivität U aus der Steigung der Kurve in einem Linearen Bereich (Die Kurve mit den Absorptionswerten war sehr übersichtlich gegeben)
2) Bestimmen Sie die Konzentration der Kreatinkinase im Serum in mg/ml
--> Hier musste man die Rechnung können und am besten sich auskennen mit den Einheiten U, spezifische katalytische Aktivität usw. (Vieles davon war zwar auch auf dem Blatt erklärt, es hilft aber trotzdem.)

Bakteriologie:
1) Zeichnen Sie die Wachstumskurve
2) Berechnen Sie Generationszeit und Teilungsrate (Auch hier waren die Begriffe erklärt)
--> Hier habe ich zuerst die Berechnungen gemacht. Da man am Schluss jeweils den log braucht, hat das dann recht lange gedauert, weshalb mein Millimeterpapier schlussendlich leer war. Interessierte aber auch niemanden so wirklich.


Prüfungsteil:
Aus irgendeinem Grund hatte ich mir immer vorgestellt, man würde stehen... Vielleicht hilfts ja manchen, zu wissen, dass man in der Tat zu dritt in einem Halbkreis an einem Tisch sitzt und in einer angenehmen Atmosphäre miteinander redet.

Bin reingekommen, haben uns begrüsst, habe die ID gegeben, mich hingehockt und dem Prüfer meine Berechnungen hingeschoben. Dieser schob sie mir ohne zu zögern prompt wieder zurück. Naja... auch ne Möglichkeit.
Haben dann mit Enzymaktivität angefangen:
- Was mussten Sie machen? - (Punkt 1 und 2 der Aufgabenstellung erläutert)
- Was ist das (Kreatin +ATP...) für eine Reaktion? - Öhm Hydrolyse...? - Ja und? - ...Phosphorylierung? - Ja...? - Also die Kreatinkinase spaltet da so nen Phosphat und bringt es da wieder an... - Ja richtig, die Kreatinkinase überträgt Phosphatgruppen - Ok.
- Was ist ATP in Worten? - Also ATP ist das energietragende Molekül des Me - Nein. Sie haben die Frage falsch verstanden. Was ist ATP in Worten? - ... Pause ... Adenosintriphosphat? - Richtig.
(Hier habe ich langsam angefangen zu merken, dass Ausschweifungen unerwünscht waren und nur präzise Antworten zählten.)
(Hier war auch, wo ich langsam richtig nervös wurde)
- Wieso brauchen wir die Reaktionen S2 und S3? - Kopplung, Messung von Absoprtion von NADH usw.
- Wieso messen wir nicht einfach direkt die Absorptionsänderung von ATP und ADP - Weil ATP und ADP sich lediglich im Phosphat unterscheiden, die absorbierende Gruppe aber das Adenosin ist - Sie meinen das Adenin? - Oh ja natürlich... - Was ist denn Adenosin? (FUCK) ... Adenin und ein Zucker? - Richtig.
(An dieser stelle habe ich dann langsam gemerkt, dass die Antworten wirklich kurz, präzise und prägnant sein müssen und damit ging dann auch die Nervosität runter)
- Und wie ist das bei NADH? - Dort ändert sich der Nikotinring, so, dass er nun bei 340 nm absorbiert.
- Haben sie NADH gezeichnet? - Nein. Kann ich aber machen. (NADH gezeichnet)(Ab da hat sich meine Nervösität fast ganz gelöst und die Atmosphäre im allgemeinen ist viel lockerer geworden)
- Spektrum? - (Spektrum gezeichnet, erwähnt, dass NADox bei 260 nm interessanterweise einen tuk mehr absorbiert als NADred. Fand er gut, wollte aber wissen wieso. Anscheinend wechselwirkt der Nikotinring im NADox mit dem Adenin oder so...)
- Sie haben hier das Lambert-Beer Gesetz aufgeschrieben. Da fehlt noch was oder? - (Habe dann noch A=log Io/I aufgeschrieben)
- (Skeptischer Blick) Ist das richtig so? - (Hier habe ich min. 30 Sek lang das Blatt angestarrt): Ja. - Korrekt. (Wirklich heikler Moment für meine Nerven)
- Nehmen wir mal an A = 2. Wie ist dann das Verhältnis? - (Bin schlecht in Mathe, hab dann aber doch irgendwann geschafft herzuleiten, dass log 100 = 2 ist und Io/I also 100/1 sein muss)
- Dann gabs paar Fragen zu Aktivierungsenergie und freie Enthalpie, diese waren aber recht einfach.
- Wo phosphorylieren Kinasen? - An den Resten von AS.
- Welche genau? - (Hier habe ich 1 Minute lang die Wand angestarrt. Er hat mich ausdenken lassen. Aus den hintersten Ecken meines Hirns habe ich nach 1 Min. die Antwort ausgegraben) - Serin und Threonin. - Korrekt!
- Und wo noch? (FUCK... Ernsthaft?) - Tyrosin wahrscheinlich? - Korrekt!
- Zeichnen sie Threonin. - Gezeichnet
(irgendwo waren auch noch Standartfragen a la: Wie müssen Reaktion S2 und S3 sein, damit das ganze fukntioniert usw.)


Bakteriologie:
Hier wussten beide nicht wirklich was fragen und haben mir nur 4 Fragen gestellt:
1. Welches Bakterium benutzen wir und wieso? (Hier haben wir zsm erarbeitet, dass es E-coli ist, da billiger und tiefe generationszeit)
2. Wieso heisst E.coli, E.coli? Ich helfe Ihnen auf die Sprünge wo kommt es vor? - Ah ja colon, deshalb.
3. Zeichnen sie eine Wachstumskurve. - Hab die dann direkt ins leere Milimeterpapier gezeichnet und alle phasen erklärt
4. Was ist in der Stationären Phase? - Es sterben gleich viele Bakterien wie neue entstehen.

Danke. Schönen Tag noch.


Ganz allgemein:
- Nervös ist man immer, das ist normal
- Die Prüfer sind nett und entgegenkommend, man muss sich einfach unbedingt auf ihre Abfrageart einlassen und so antworten, wie man merkt, dass es ihnen passt (Also kurz und knapp, oder ausschweifend und detailliert usw.)
- Auch ist es sehr wichtig die Prüfer ausreden zu lassen, sich zeit für die Antwort zu nehmen (bis eine Minute ist i.O ) und die Antworten überlegt in strukturierten Sätzen zu geben. Die paar Male wo ich zu hektisch war mit der Antwort (z.B Adenosin, statt Adenin) waren sofort ein Schuss ins Knie, weil die Prüfer sofort sehen wo Lücken sein könnten und meistens sehen sie diese richtig. Dann wird man, wenn man Pech hat mit Fragen zu dem Fehler durchlöchert. Also lieber etwas länger überlegen, dann aber in seinem Satz nur Wörter benutzen, die man auch erklären könnte. (War bei mir kritisch, als ich z.B."pi-Elektronensystem" benutzt habe)

Moleküle die man für den 6er zeichnen können sollte:
- ATP, NADH(achtung unterschied zu NADPH), DNA (mit Basen und H-Brücken)
- Porphyrinring
- ALLE AS (sie fragen teilweise Random irgend ne AS (Siehe Threonin)) und Peptidbindung
- v.A Imidazol vom Histidin mit der dazugehörenden Titrationskurve und den vercsh. Protonierungsstadien
- Polyacrylamidgel aus Acrylamid und Bisacrylamid
- P-Nitrophenylphosphatester mit dem dazugehörigen phenol und phenolat
- Das Benzoyl-L-Tyrosinethylester oder so aus der Verdauung
- Die Enzymbindungstasche von Trypsin und Chymotrypsin mit dem dazugehörigen Reaktionsmechanismus
- (Penicillin)
- (Vielleicht TAGs und Phospholipide)
- (Pyruvat, Lactat, PEP)

Wenn jemanden noch was einfällt, gerne melden


Also Jungs und Mädels. Es ist verdammt Nervenzereissend (autocorrect schlägt mir hier Nervenzerfetzend vor... Geil) und nichts was irgendjemand sagt kann das ändern, aber am Ende ist es auch nur eine Note. Also geht nüchtern an die Sache und dann klappt das. Ihr packt das schon! Viel Glück und geniesst die Ferien!

Tüdelü.

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Man Of Steel


31.01.2017 16:15 		2.1 Bestimmung von Km und Vmax der alkalischen Phosphatase (Enzymkinetik) & 2.1 Verdauung von Eieralbumin durch Pepsin (Verdauungsenzyme), geprüft von Frau und Coex Peter Lindner

Arbeitsblätter Allgemein
Man erhält/zieht 2 Couvert und löst die Aufgaben. Die "Aufgabenblätter" sind eigentlich Praktikumsanleitungen, welche fast exakt den Anleitungen, die wir im Praktikum hatten, entsprechen. Die konkrete Aufgabenstellung findet man im Teil " Auswertungen".

Arbeitsblatt: 2.1 Bestimmung von Km und Vmax der alkalischen Phosphatase

-Zeichnen Sie die Reaktion auf: P-Nitrophenylphosphat --(Hydrolyse, alkalische Phosphatase, alkalische Umgebung)--> p-Nitrophenolat

-Erstellen Sie eine Grafik anhand der Messwerte: Hier habe ich eine Tabelle bekommen mit verschiedenen Substratkonzentrationen (0.15mM, 0.2mM, 0.25mM,.., 10mM) und den entsprechenden V-Werten und musste daraus eine Grafik auf Millimeterpapier zeichnen. Achtung: Skalierungsprobleme sind vorprogrammiert! Man hat V-Werte die von 1.25*10^(-4) bis 2.2*10^(-2) gehen! Echt eklig!

-Ermittle Km und Vmax aus der Grafik: Einfach dort, wo die Kurve abflacht (asymptotisch), die Hälfte von Vmax bestimmen! (Man sieht es auch in der Tabelle! Die letzten zwei V-Werte ändern sich trotz erhöhter Substratkonzentration nicht!) Km kann man danach auch bestimmen, wenn man Vmax/2 bestimmt hat.

Arbeitsblatt: 2.1 Verdauung von Eieralbumin durch Pepsin

-Was passiert in den Reagenzgläsern A bis D bzw. für was werden sie gemacht?:
A: Kontrolle, um zu wissen, ob HCl mit der Biuret-Reagenz reagiert
B: Um zu kontrollieren, ob HCl das hitzekoagulierte Eieralbumin gespalten hat
C: Kontrolle, um zu wissen, ob Pepsin mit der Biuret-Reagenz reagiert (Tut es auch! Diese Absorption muss von Reagenz D abgezogen werden, damit man nur die Absorption der gelösten Peptide hat)
D: Um zu kontrollieren, ob Pepsin tatsächlich das hitzekoagulierte Eieralbumin gespaltet hat

-Wozu die Kontrollen?: Siehe erste Frage

Mündliche Prüfung: 2.1 Bestimmung von Km und Vmax der alkalischen Phosphatase

-Was haben Sie gemacht? (Habe die Reaktion von p-Nitrophenylphosphat erklärt, Reaktionsart Hydrolyse, alkalische Bedingungen & Mesomeristabilisierung führen zur Deprotonierung der Alkoholgruppe im p-Nitrophenol-Molekül, p- in p-nitrophenolat wegen der para-Stellung, Nitro wegen NO2-Gruppe und Phenol wegen Phenolgruppe -> hier habe ich einfach geredet und die Examinatorin konnte sich nicht wirklich durchsetzen bis schliesslich Lidner meinen Monolog unterbrach und sagte, dass sie die Fragen stellen und ich nur darauf antworten müsste. Hahaha)

-Was bedeutet km und Vmax? (km: Mass für die Affinität des Enzyms zu seinem Substrat & Substratkonzentration bei der V=Vmax/2 ist, Vmax: Die maximale Geschwindigkeit, die bei Substratüberschuss erreichbar ist -> Habe hier die Michaelis-Menten-Gleichung aufgeschrieben)

-Wann ist die Substratkonzentration nicht im Überschuss? (Am Anfang. Hier ist die Funktion sogar linear, da die Substratkonzentration relativ zur km-Konstante viel kleiner ist und somit "ausser Acht" gelassen werden kann. In der Michaelis-Menten-Gleichung ist V nur noch von der Substratkonzentration abhängig und ist somit eine Reaktion 1. Ordnung)

-Wie sieht die Kurve aus, wenn die Enzymmenge halbiert wird? (Vmax wird gleichzeitig auch halbiert -> Musste das neue Vmax einzeichnen)

-Welcher Punkt bleibt jedoch gleich? (Komisch gestellte Frage. Sie wollte darauf hinaus, dass mit Km nichts passieren sollte. Habe ich auch gesagt und sie war zufrieden)


Mündliche Prüfung: 2.1 Verdauung von Eieralbumin durch Pepsin

-Was haben Sie gemacht? (Pepsinwirkung auf Eieralbumin)

-Wieso haben Sie Eieralbumin einmal mit HCl und einmal mit Pepsinlösung reagieren lassen? (Antwort steht oben bei der Erklärung der Reagenzien)

-Wieso haben Sie diese Kontrollen durchgeführt? (Antwort steht oben bei der Erklärung der Reagenzien)

-Wieso absorbieren Reagenzien A und B trotzdem? (Absorbierten sehr wenig. Man kann davon ausgehen, dass es Verschmutzungen sind)

-Wieso absorbiert die Reagenz C? (Pepsin befindet sich in der Lösung. Pepsin wird durch Biuret gebunden, da es ebenfalls Amidbindungen besitzt)

-Wieso absorbiert Reagenz D? (Peptide, die gespalten wurden, befinden sich in der Lösungen und diese werden durch Biuret gebunden)

-Wie funktioniert die Biuret-Reagenz? (Es handelt sich dabei um eine Kupfersulaft-Lösung. Cu-Ionen komplexieren die Peptidbindungen im Protein und führen dann zum charakteristischen Absorptionsmaximum bei 546nm, Biuret-Reagenz ist unspezifisch)

-Wieso muss die Reaktion im sauren Millieu stattfinden? (Sauer, da sonst das katalytische Zentrum nicht optimal funktionieren könnte -> habe nur das gesagt, aber natürlich gibt es 1000 weitere Begründungen, wie z.B. dass es vom IEP besser passt und etc.)

Dann kam am Schluss eine Frage von Lindner

-Wieso hitzekoaguliertes Eieralbumin? (Die Frage war sehr ungenau gestellt: Ich habe mein gesamtes Wissen ausgekotzt und trotzdem war er nicht zufrieden. Ich habe über den hydrophoben Effekt geredet, dass es von der Entropie und Enthalpie her günstiger ist, wenn bei höheren Temperaturen Proteine ausfallen (H-Brücken werden "aufgespalten", da sie sehr wenig Energie haben -> 20kJ/mol). Auch dass Pepsin hydophobe Aminosäuren eher bevorzugt und deshalb lieber die denaturierten Proteine spaltet, hat ihn nicht ganz zufrieden gestellt. Dann hat er nochmals eine Frage gestellt: Kann Pepsin normales Eieralbumin spalten? Ich habe zuerst ja gesagt, da Amidbindung durchaus auch an der Oberfläche eines Proteins sein können. Dann habe ich das wieder zurückgenommen und habe argumentiert, dass Pepsin Eieralbumin so nicht spalten könnte. Der Grund dafür ist, dass sich die favorisierten hydrophoben Aminosäuren im Inneren des Proteins befinden. Erst bei Denaturierung und Ausfällung liegen die hydrophoben SK frei und Pepsin kann so diese spalten. Hab auch noch etwas darüber erzählt, dass es statistisch nicht möglich wäre für das Protein sich korrekt zu falten und dass es deshalb sich falsch faltet, hydrophobe Seiten exponiert und dann durch den hydrophoben Effekt aggregiert und ausfällt.)


Es waren natürlich nicht nur diese Fragen gekommen und ich habe auch nicht nur so wenig gesagt, aber ich kann leider nicht alles niederschreiben, da ich eigentlich bei jeder Frage weit ausgeholt habe haha. Alles in Allem war die Prüfung fair und die Atmosphäre war locker.
Sagt einfach alles was euch in den Sinn kommt! Die Prüfer sollen sehen, dass ihr etwas wisst.
Und unbedingt paar cgfx-Berichte durchlesen. Ich weiss, dass die Bericht teils sehr "psychen", aber es lohnt sich! Die Prüfer haben fast die gleichen Fragen gestellt wie in den cgfx-Berichten beschrieben.

Vill Glück!
Peace from the Westside

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LariFari


28.01.2017 17:57 		Bakteriologie Wachstumskurve und Enzymaktivität Temperaturabhängigkeit von Laktat- Dehydrogenase, geprüft von Frau Honegger und CoEx Jelezarov

Das isch wohl de ersti Bitrag zum Thema Bakteriologie. Ja, es ist tatsächlcih möglich das z'zieh. Ich han aber d Theorie, dass mer so Themene wie Bakteriologie nur zieht, wenn mer eis vo de ALLER ALLER unterste Couvert nimmt.. drum het wohl au susch niemert jemals Bakteriologie gha

D Frau hani ned so sympathisch gfunde, mer sött sich aber uf gar kein Fall verunsichere lah. De Jele isch en mega liebe und git eim au es guet gfühl. D Atmosphäre isch aber alles i allem sehr sehr agnehm gsi (eher wie es Gspräch als e Prüefig)

Bakteriologie: Erstellen einer Wachstumskurve

Vorbereitig: Ich han e Versuchsreihe becho, wo 1 ml Bakterienkultur i 20 ml LB- Medium glöst gsi isch. Us dere Lösung entnimmt mer alli 30 min 1ml und misst d' OD. De einzig Unterschied zude Versuchsaleitung im Praktikum isch, dass die zletzt gemesseni Prob ufgrund z grosser Zelldichte 1:1 verdünnt und erst aschliessend gmesse worde ist (dh theoretisch wär d Zelldichti dopplet so viel). Ufgab: Zeichnet sie uf Milimeterpapier d Zelldichti (Zelle pro ml) gege d Zit (den bechunt mer d Wachstumskurve inklusive lag und log- Phase). Usserdem: Berechnet sie d Teiligsrate und Generationszit (also unbedingt erst ide log-Phase).

Ade Prüefig selber: Was hend sie gmacht, weli Phasene gits bim Wachstum vonere Bakteriekultur (4 Phasene: lag, log, steady state und Absterbephase) und dur was sie charakterisiert sind (Apassig Stoffwechsel, Abbauprodukt etc). Unterscheidig Lebendzellzahl vo Gsamtzellzahl und wo weles Verhältnis zunenand. Was bruched d Bakterie zum wachse und was isch limitierend (limitierend sind Mikroelement, drum hets au NaCl im LB- Medium). Dur was laht sich s Wachstum beiflusse? (Temperatur, pH, Mikro- und Makrostoff, Antibiotika). Woher nehmed d Bakterie ihre Stickstoff und ihre Kohlestoff (ha gseit usm Trypton, sprich us de Aminosüre aber mit dem isch sie ned so zfriede gsi.. ha schlussendli ned usegfunde was sie het welle ghöre).
-> Fazit: ha allgmein s Gfühl gha, sie het sich bitz gfregt was sie so für Frage söll stelle bi Bakteriologie. Uf jede Fall isch sie überhaupt ned uf Antibiotika igange.

Enzymaktivität: Tmeperaturabhängigkeit vode Laktat- Dehydrogenase

Vorbereitig: D Reaktion staht, mer het d GG- Konstante bi verschiedene Temperature gmesse. Leitet sie us de zwei folgende glichige d Vant Hoff glichig her: "Delta G= Delta H - T x Delta S" und "Delta G= Delta G + R x T x ln (Keq).
(Mer setzt d glichige glich und löst nach ln(Keq) uf um uf d Form "y= mx + c" z'cho). Überträged sie de Vanthoff Plot uf Milimeterpapier. (Dafür heti evt 1 minütli meh brucht aber sie hends ned schlimm gfunde dassi ned ganz fertig worde bin- ha denn schemathisch zeichnet was für exo und endothermi Reaktione gilt und erchlärt wieso und wie- denn sinds scho zfreide gsi).

A de Prüefig: Was hend sie gmacht, Wo chunt die Reaktion im Körper vor (bsunders intensiv lauft sie ab bi anaerober Glykolyse etc). Wieso isch sie wichtig? (NADox bereitstelle für Glycerinaldehyd- 3- Phosphat- Dehydrogenase ide Glykolyse, sodass die wenigstens ned zum Stillstand chunt im Gegesatz zum lahm- gleite Citratzyklus etc). Denn hani mi ned bremse lah und ha allgemein vode Elektronetransportchett afange rede (hani chli komisch gfunde, dass sie mich ned gstoppt hend- janu, hani halt wieter de Stoffwechsel abegrappt). Vant Hoff: exo und endotherm, wie d Stiegig, wieso, i welli richtig isch d Laktat- DH exotherm (vo Pyruvat zu Laktat), es entstaht en Alkohol (Laktat) wo im Gegesatz zum Keton Pyruvat die stabiler Verbindig isch. Was het d Temperaturerhöhig für e uswürkig uf Keq (gseht mer ja, Keq nimmt ab). D Reaktion isch reversibel, drum isch d Stigig i beidi Richtige (exotherm vo Pyr zu Laktat und endotherm vo Laktat zu Pyruvat) glich steil.

Und nach 15 min isch denn d Prüefig au scho verbi gsi..
Hoffe de Bricht bringt eu epis und wünsch eu ganz viel Erfolg und schöni Ferie

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Hääää

29.01.2017 18:48

 Ok ich versuchs nochmal mit meiner Frage CGFX hasst mich glaubs ^^

Hast du direkt die Gleichgewichtskonstanten bekommen?
Oder musstest du die noch mit der mühsamen Rechnung selbst ausrechnen?

Einhornsteak


28.01.2017 12:16 		Enzymkinetik & Ionenaustauschchromatografie, geprüft von Schuler

Enzymkinetik

Versuch welcher von 'H' & 'S.L' bereits beschrieben wurde.
- p-Nitrophenylphosphat zeichnen + restlichen Reaktionsmechanismus
Musste jeweils begründen wie Name zustande kam Nitro (Nitrogruppe), Phenol (AS) und das Phosphat & wie die jeweiligen Substrate heissen: Nitrophenyl & Nitrophenolat
eine weitere Frage war noch warum dieses System nun Farbe absorbiert -> pi elektronensystem
& auch die Frage ob wir Phosphatasen im Körper besitzen, Antwort ja, da wir viele phosphatbindungen besitzen in Bsp: DNA, Phospholipide, ATP, NADH, etc...
Ps: Kreatin verwendet keine Phosphatase, das wäre Energieverschwendung und entsprechend unsinnig (durfte ich während der Prüfung feststellen)


-Tabelle mit Werten zur Temperatur und der jeweiligen Geschwindigkeit der Phosphatase
Initial is es ein Exponentielles Wachstum (wurde gefragt wieso... wusste es nicht genau, aber mit der Temperatur steigt die Bewegung im Lösungsmittel (Substrat-Enzym-Encountering-Wahrscheinlichkeit wird erhöht) aber auch die KINETISCHE Energie des Substrats wird erhöht... ich habe immer nur Geschwindigkeit gesagt... & er hat etwa eine gefühlte stunde versucht mich 'druf z lupfe' aber ich habe mich tapfer gewehrt!

Auch musste ich das ganze in die Arrheniusgleichung (gegeben) einsetzen und teilweise einzeichnen, die Zeit reichte hinten und vorne nicht, hatte 30 Minuten für diesen Versuch verbraucht und der Arrheniusteil wurde nicht einmal abgefragt. Entweder weil ich mich davor zu dumm gestellt habe und die Zeit weg lief oder er mir anmerkte, dass ich zu nervös war und er freundlicherweise ein Kammerflimmern vermeiden wollte.
Hätte es aber gezeichnet gehabt und soweit richtig, Arrhenius war der Grund warum ich so lange hatte, man muss die Kehrwerte bzw. Logarithmen bilden was zeit kostet und schwierig ist einzuzeichnen, im Bezug auf die Skalierung usw. da es ja eine Gerade ist habe ich nur die ersten und letzten Werte verwendet... dennoch vergebens, es wurde nicht abgefragt.

Der Zweite Versuch war die Ionenaustauschchromatografie, sprich der Versuch mit Cytochrom C und Dextranblau plus die Resultate in Form von 0/+/++/+++/++++/++++-/+++++ bei den jeweiligen Tubes (8 Stück).
-Prinzip der Ionenaustauschchromatografie beschreiben
-Eluationsprofil erstellen

In den ersten Tubes ist das Elutat blau, weshalb Dextranblau entweder Negativ oder neutral sein muss. Cytochorm C bleibt als negatives an der Matrix zurückgehalten. (Von Vorteil ist wenn die Begriffe Eluent und Eluat sitzen.)
Zuerst musste ich einfach das Ganze grob beschreiben, Was ist die Ionenaustauschchromatografie überhaupt wie läuft es ab...
Gab generelle Infos welche weiteren Proteinreinigungsverfahren es noch gab (Präzipitation & Diurese) und natürlich die Chromatografie, von welcher die Ionenchromatografie eine davon ist.
Ich erklärte kurz warum die Farben in der Lösung zustande kamen und hatte vom Praktikum falsch im Kopf, dass Dextranblau negativ ist. Es ist aber Positiv (Seine Fragestellung: Was erwarten sie von einer Substanz Namens Dextran? -> Zucker -> Können sie mir einen Zucker zeichnen? -> Ja -> folglich ist Dextranblau UNGELADEN
Ich beschrieb noch die Versuchsdurchführung, warum zuerst Dextranblau ausfällt und welche Möglichkeiten es gibt Cytochrom ausfällen zu lassen (Nannte den pH bzw. die Zugabe von höher konzentrierten Kompetitoren wie dem Hochsalzpuffer, welcher 10x soviel Kalium-Ionen enthält wie der Tiefsalzpuffer)
Wir widmeten uns dem Eluationsprofil, woran ich mich nicht aus den Versuchen erinnern konnte, geschweige denn wusste wie Zeichnen. Notlösung war das Elutionsprofil aus der Gelfiltration mit den Peaks, welches ich dann auch Zeichnete, wobei die höhe der Peaks die Intensität (welches meine Ordinate war) widerspiegelte. Erwähnte aber während der Prüfung, dass ich nicht genau wusste was er wollte und es eben nach dem Vorbild des Eluationsprofil der Gelfiltration gelöst hatte. Die Lösung des Ganzen wäre eine Kurve gewesen, was ich dann auch rasch, durch das Verbinden der Peaks, erstellen konnte.

Weiter ging die Frage welche weiteren chromatographischen Methoden ich kennen würde. Ich nannte irrtümlicherweise die Präzipitation und Dialyse, korrigierte mich aber rasch (Skeptischer Blick) und bemerkte, dass es sich dabei zwar auch um Proteinreinigungsverfahren handle, nicht aber um chromatografische.
Ich erklärte kurz die drei weiteren Verfahren die wir in der Theorie aufgeführt hatten: Die Affinitäts Chromatografie, Hydrophobe Interaktionschromatografie und Gelfiltration (Erwähnt aber nicht erläutert wurde zudem noch die Metallchelat Chromatografie). Dabei nannte ich bei der Affinitätschromatografie speziell das Antikörperbasierte Verfahren.

Wer Fehler findet soll sie bitte zurück geben, speziell die Kommas, davon fehlen nämlich einige! (Ja fickt euch Kommas, ihr gehört in die Hölle)

Zum ende noch eine Bitte an alle die von diesen Texten profitieren auch ihre eigenen Prüfungserfahrungen hoch zu laden! Hätte ich nicht dank 'H' gewusst, dass man Molekülstrukturen zeichnen muss, ich hätte es nie gelernt und wäre entsprechend aufgeschmissen gewesen, darum Danke!
Ja es scheisst an nach den Prüfungen (bzw. heute morgen mit leichtem Kater) sich hin zu setzen und einen Text zu schreiben aber schlimmer dran sind nur diejenigen die die Prüfung noch vor sich haben, die wie ihr auch froh wären einen weiteren Bericht lesen zu können.

Noch ein strategischer Gedanke für die Intelligenzkoryphäen die meinen, mit diesen Berichten würden mehr Leute bestehen und es herrsche mehr Konkurrenz bei den nächsten Prüfungen.... Diejenigen die 'nur' dank diesen Berichten knapp bestehen sind in der Regel auch eher diejenigen die bei den Schriftlichen eher knapp sind. Somit drückt ihr die Durchschnittspunktezahl für die kommenden Prüfungen nach unten wenn ihr denen beim Bestehen helft. Die "6er-Gang" besteht auch so! Netter Nebeneffekt ihr macht sie glücklich wenn sie eine 6 holen können und somit nicht wie ein pubertierender Ministrant vom katholischen Priester verstossen werden.

An der Stelle: Viel Erfolg und holt euch eure verdienten Ferien!

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Da es mein Kommentar nun zum zweiten mal nicht anzeigt füge ich ihn einfach hier ein:
Lieber Wendy-Leser


Zusätzlich zur Arrheniusgleichung war der Zusammenhang v=k_cat*[E] gegeben (ich hoffe ich erinnere mich korrekt, ich habe meine Lernunterlagen schon weiter gegeben und die Prüfung ist doch schon ein Weilchen her ;D)

Folglich hatten wir noch eine Enzymkonzentration E=0.000005M (weiss die Anz. Nullen nicht genau) durch diese musste man einfach die jeweilig gegebene Anfangsgeschwindigkeit teilen (z.B. bei 25C v=8.06*E-3 (ja die Werte waren so dämlich gegeben)) und dann den Logarithmus bilden und gegen den Kehrwert in Kelvin auftragen und voil! Um die aussage exotherm oder endotherm zu tätgien würde es entsprechend auch einfacher mit der Temperatur in Celsius gehen aber warum einfach wenn's auch kompliziert geht?

Ich merke gerade, dass ich nicht sicher bin, wie die Konzentration angegeben war! ob Molar oder mol, wäre es M wie ich es oben geschrieben habe müsste man für die Enzymzahl noch das Volumen der Lösung berücksichtigen um auf die richtige Enzymzahl zu kommen! Weiss es leider nicht mehr! Ich habe es aber als absolute Enzymmenge verwendet! (kann nicht sagen ob dies nun stimmt, aber unter dem wissen wäre es rechentechnisch ja nicht schwierig)

Beste Grüsse und viel Erfolg!
Das Einhornsteak
Ps: versuch mal die Bravo! dort hat sogar ein Doktor eine 'Kolumne' mit nützlichen Tipps fürs Studium und den promiskuitiven Alltag

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Wendy-Leser

28.01.2017 14:18

 Danke Einhornsteak für den ausführlichen Beitrag! :-)

Dürfte ich fragen, was beim Arrhenius versuch die gegebenen Werte waren? Sprich, war beispielsweise schon kccat zu unterschiedlichen Temperaturen gegeben, oder musstest du alles anhand der sich verändernden Substratkonzentrationen berechnen?
jojo

30.01.2018 11:01

 Für alle die verwirrt sind: Cytochrom c ist positiv und nicht negativ geladen geladen! Es besitzt einen IEP von 10.7, d.h. gibt erst bei sehr pH-Werten seine H+ Ionen ab und wird dann erst negativ geladen!

Kreatinkinase


27.01.2017 21:25 		pH-Abhängigkeit von Trypsin und Aktivität von Kreatinkinase im Serum, geprüft von Peer Mittl und Coex Daniel Nettels

Die Atmosphäre bei der Prüfung war OK (angenehm würde ich sie aber nicht nennen). Was mich etwas gestört hat, dass die meisten Fragen mit den Versuchen und Praktikumsinhalten wenig zu tun hatten. Herr Mittl fragt einfach sehr gerne Dinge aus seiner Vorlesungen, die leider nicht die einfachsten Themen beinhalten.

pH-Abhängigkeit von Trypsin

Beschreiben Sie den Versuch. Dann Fragen:

Wo wird das Substrat (BAPNA) genau gespaltet? Ha, in der Versuchsanleitung im Praktikum gab es nicht mal die Formel von BAPNA, aber bei der Prüfung haben sie die ganze Reaktion in der Anleitung angegeben. Egal, aus der Reaktion sieht man eigentlich, wo es gespaltet wird, nämlich zwischen der Carboxylgruppe von Arginin und p-Nitroanilin.

Was ist das für eine Reaktion? Hydrolyse.

Wie heisst die Rückreaktion? Da war ich überfragt, habe aber Dehydratisierung gesagt. Falsch. Das heisst Kondesation.

Welcher Teil von BAPNA entspricht dem natürlichen Substrat von Trypsin? eigentlich Arginin-Teil, zwischen Besoyl und Nitroanilin.

Wofür ist die Bensoyl-Gruppe da? Damit es besser an Trypsin bindet (Dank dem Bericht von Vimes unten wusste ich das irgendwie).

Warum spaltet Trypsin dann nicht die Peptidbindung zwischen Besoyl und Arginin? weil es nach Arginin spaltet und nicht vor Arginin.

Dann kam eine ganze Reihe von Fragen zu katalytischen Triade und binding pocket, wie unten schon beschrieben und ich musste noch ein Dipeptid zeichnen. Wie es sich herausgestellt hat, bildet Trypsin mit dem Substrat an der Substratbindungsstelle ein Beta-Faltblatt (mir war das vor der Prüfung nicht klar).

Wofür braucht man CaCl2? Als Kontrolle, da Trypsin in 20mM CaCl2 Lösung verwendet wird.

Warum ist dann Trypsin in CaCl2 aufgelöst? Das wusste ich nicht und er hat mir das auch nicht erklärt.

Welche Farbe hat das Licht mit der Wellenlänge 410nm? Blau.



Aktivität von Kreatinkinase (KK) im Serum

Hier hat Herr Mittl mich voll zu seiner Vorlesung (Folien 78-80) befragt, um den Versuch ging es gar nicht. Hier sind die Fragen, an die ich mich erinnern kann:

In welcher Richtung läuft die Kreatinkinasereaktion in vivo? - sie läuft in beide Richtungen.

Wo findet die Kreatinkinasereaktion statt? z.B. im Skelettmuskeln.

Wo genau in der Zelle? Bildung von Kreatinphosphat in den Mitochondrien, die Rückreaktion im Zytosol.

Warum messen wir dann die Aktivität im Serum? Bei der Zelltod komm KK ins Blut.

Ist KK bei Gesunden im Serum nachweisbar? Was ist der Normbereich? Das wusste ich nicht genau, habe ein bisschen laut
nachgedacht. Die Antwort ist: bei grosser Muskelmasse und bei Sportlern kann man KK-Aktivität im Serum nachweisen, ansonsten ist das pathologisch.

Was ist Kreatinin? Und wie wird es gebildet? Das wusste ich auch nicht genau. Also, Kreatinin entsteht spontan aus dem Kreatinphosphat.

Viel Erfolg!

P.S. Herr Mittl ist zwar hart bei der Prüfung, ist aber ziemlich grosszügig mit den Noten. Mir hat er dann "6" gegeben.

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Fruchtig

30.01.2017 10:22

 Danke für den Bericht!
Für alle die sich auch fragen wieso man CaCl2 braucht beim Trypsin Versuch:
--> Trypsin verliert 80% seiner Aktivität in Ethanol und CaCl2 stabilisiert Trypsin irgendwie.
Hatte eigentlich gehofft, dass solches spezifisches Wissen als eine Art Ass im Ärmel benutzt werden kann, aber beim Mittl ist das wohl Grundlagenwissen...
Hmm

30.01.2017 13:25

 Welchen Alkohol meinst du denn? Meiner Ansicht nach wurde weder Alkohol verwendet noch ist einer entstanden???
Oder meinst du den Puffer?
Ich weiss dass ich nichts weiss

30.01.2017 14:25

 evtl war auch bei diesem versuch das substrat in 50% ethanol gelöst (?)
steht aber nicht in der anleitung

S.L.


26.01.2017 17:21 		Enzymkinetik: Alkalische Phosphatase und Verdauungsenzyme: Aktivierung von Chymotrypsinogen, geprüft von Annemarie Honegger und Coex Peter Lindner

Noch ein Eintrag im neuen Prüfungsmodus..

Allgemeiner Ablauf:
Man geht zu dritt in den Biochemietrakt und dort gibt es verschiedene "Teams". Rot, gelb, blau. Die nette Laborleiterin hat uns freundlich aufgeklärt, wie es abläuft. Wertsachen haben wir bei ihr deponiert. Auch hier keine Uhren erlaubt. Essen kann man theoretisch mitnehmen. Es gibt 2 verschiedene Stapel von Couverts, mindestens 20 pro Stapel. Man zieht ein Couvert von jedem Stapel und erhält ein Protokollblatt.
Man wird dann sofort in den zugeteilten Raum geschickt.
Es sitzt normalerweise schon jemand dort drin und derjenige wird nach ungefähr 10 Minuten aufgerufen.

Im Raum hat es: Taschenrechner, Stifte, Notizblätter, mm-Papier, eine Uhr.
Man hat genau 40 Minuten Zeit.

Zu den Versuchen:

Enzymkinetik:
Bestimmung von Km und Vmax der alkalischen Phosphatase.
- p-Nitrophenylphosphat zeichnen + restlichen Reaktionsmechanismus
- Michaelis-Menten-Kurve und Lineweaver-Burk für die gegebenen Messresultate aufzeichnen.
- Km und Vmax grafisch bestimmen.

Es ist alles fast 1:1 gestanden wie in unserer Anleitung + eine zusätzliche Tabelle, die wir im Excel eingegeben hatten.

Verdauungsenzyme:
Aktivierung von Chymotrypsinogen.
- Modellsubstrat N-Benzoyl-L-tyrosinethylester zeichnen
- Reaktionsmechanismus zeichnen/erläutern
- Reaktionsmechanismus für die Aktivierung

Auch hier alles genau 1:1 wie in unserer Anleitung, ausser natürlich das Bild vom Modellsubstrat.

Ich muss ehrlich sagen, die 40 Minuten waren sehr knapp bemessen um alles perfekt zu beantworten. Ich habe alles auf das Protokollblatt geschrieben, gezeichnet.
Es wurde erwähnt, dass es für allfällige Rekurse u.a. angeschaut werden kann, aber für die Benotung spielt es keine Rolle. Es gibt jedoch einen gewissen Halt während der Prüfung. Schreibt also so viel ihr könnt auf!

Zur Befragung:

Verdauungsenzyme:
- Was haben Sie gemacht?
- Wieso ist bei RG B auch eine Farbveränderung von rot -> gelb? (Ich weiss die Antwort nicht.. Ich habe einfach weiter gelabbert und die Frage ging dann unter..)
- Wieso gab es einen Farbumschlag?
- Wie kommt es zu diesem Farbumschlag?
- Wieso wird es genau gelb? Wie muss der Indikator sein? (war zunächst eine sehr verwirrende Frage)
Wie geht das Proton an den Indikator? Was für Eigenschaften muss der Indikator aufweisen? (wirklich sehr spezifisch gefragt.. schlussendlich wollte sie nur hören, dass sich das Proton ans pi-Elektronensystem so anlagern muss, dass es sich verändert. duh...)
- Wie wird Chymotrypsinogen aktiviert?
- Wie funktioniert der Reaktionsmechanismus molekular?
- Was wird gespalten?
- Zeichnen Sie eine Peptidbindung.
- Wie wird es hier gespalten?
- Wie funktioniert die katalytische Triade? (anhand der Peptidbindung erklärt)
- Welches Produkt geht zuerst raus?
- Wie weiter?
- Was für Proteasen kennen Sie? (VL Folie von Prof. Mittl über Aminosäuren.. Folie 9? Alles 1:1 aufgezählt mit Beispiele + Cofaktor)
- Wieso sind Matrix-Metallopeptidasen medizinisch wichtig? (Makrophage kann ins Bindegewebe, Krebs kann metastasieren)

Ich konnte relativ frei reden und sie hat mir mit Zwischenfragen nur die Richtung gegeben. Das meiste habe ich also schon selber erklärt und habe sie mit der ganzen Praktikumstheorie vollgelabbert. Alles schön molekular aufgezeigt. S1-Bindungstasche von alleine gezeichnet, erläutert etc.

Enzymkinetik:
- Was haben Sie gemacht?
- Was sind die natürlichen Substrate von der Phosphatase. (Habe AMP gesagt)
- Wo noch? (dummerweise DNA, ATP gesagt.. mir fiel nichts ein.. und musste dann meine eigenen Aussagen molekular widerlegen)
- Was erkennt die Phosphatase genau? Wie macht sie das? Wie kann sie die verschiedenen Phosphatgruppen von ATP unterscheiden und nur das eine abspalten? (wieder eine mühsame Fragerei.. ich wusste nicht genau, was sie wollte... schlussendlich sagte sie etwas von negativen Ladungen, was ich eigentlich selber schon irgendwie vorher formuliert hatte.. sie wirkt manchmal verwirrt)
- Danach hatte sie ganz kurz meine Grafiken gesehen (Ich hatte mir die Y- und X- Achsenwerte schon im voraus auswendig gelernt.. die Skalierung war also wie von einer Excel-Tabelle) Sie hat wohl gemerkt, dass es schon perfekt aussah und fragte direkt: Für was ist die Lineweaver-Burk? Ich habe da ausgeholt mit dem nachfolgenden Experiment über Inhibitoren.
- Erklären Sie diese Inhibitoren. (Habe ich alles aufgezeichnet wie in der Theorie, erklärt wie welcher Inhibitor genau funktioniert.. inkl. Spezialfälle etc. Alles noch mit den Formeln, die ich alle schon in der Vorbereitung aufgeschrieben habe, und mit der Lineweaver-Burk Grafik erklärt. Ich hatte die Vermutung, dass Mathe nicht ihre Stärken waren..)

Das wars. Ich habe das Gespräch grösstenteils auf meine eigenen Stärken aufgebaut und konnte wirklich brillieren mit spezifischem Zusatzwissen.
Es war eine wirklich sehr angenehme Atmosphäre. Die Themenauswahl war natürlich ganz nach meinem Geschmack.
Prof Lindner (der "böse" Mann) hat gar nichts gesagt. Nur aufgeschrieben, er hatte eine positive und eine negative Spalte... die positive überwiegte deutlich (lucky me).

Ach ja, ich konnte alles auf Schweizerdeutsch besprechen. würkli chillig gsi :P

Zusatzbemerkung: die 3er Gruppe vor mir hatten alle Enzymkinetik und ich hatte es auch.. also mindestens 4 Couverts über Enzymkinetik.. Der Schwerpunkt wird wahrscheinlich auf Enzymologie liegen.. schaut es euch doch genauer an im Schuler Skript. Nur eine Empfehlung...

Schöni Ferie! Es chunt alles guet

PS: Rechtschriebefehler chönd ihr gern phalte.

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Hoi

27.01.2017 19:33

 Bi dir tönt das so schön eifach super leistig und danke für tipps!
T

29.01.2017 16:15

 Hey vielen Dank für deinen Bericht!
Was war denn alles auf der Excel Tabelle, welche du zu Enzymkinetik bekommen hast?

Wir haben ja im Praktikum eine Steigung der Geraden zur (P) über die Zeit vom Computer berechnet bekommen, war das auch drauf? Oder musstest du die Steigung selber berechnen und wenn ja wie hast du das gemacht

S.L.

09.02.2017 16:28

 war eine 6

H


23.01.2017 22:58 		Enzymkinetik: Alkalische Phosphatase und Verdauungsenzyme (Trypsin aktiviert Chymotrypsinogen), geprüft von Raimund Duzler und evt Frau Honegger (ka, han die no nie gseh oder irgendwo ka)

Also ich bin glaube ich der erste der im neuen Prüfungsmodus getestet wurde und hier schreibt . Ich wurde von R. Duzler geprüft und habe ihn als extrem angenehm empfunden (hat nie gesagt nein falsch, sondern eher so la, hmm macht das jetzt Sinn so? und dann konnte ich meistens immer selbst noch auf die Lösung kommen).

Enzymkinetik - alkalische Phosphatase
Also die Versuchsanleitung bestand aus einer kleinen Einleitung, dann die Reagenzien, die verschiedenen Substratkonzentrationen die verwendet wurden etc. Auf dem zweiten Blatt des Versuchs war eine Tabelle mit den gemessenen Enzymgeschwindigkeiten und denn Substratkonzentrationen. Der Auftrag lautete nun:
- Zeichnen sie p-Nitrophenolphosphat und den entsprechenden Reaktionsmechanismus
- Zeichnen sie die Michaelis-Menten-Kurve mittels der obigen Messresultate auf und ermitteln sie Vmax und Km
- Zeichnen sie die Lineweaver-Burk

Also hier musste ich sagen, dass ich eigentlich extrem froh über diesen Versuch war, ich aber 30min! hatte diese scheiss Werte auf das mm-Papier einzutragen weil ich einfach nicht wusste was eine gescheite Skalierung sein könnte (die Werte waren etwa 1.234, 1.675, 1.983, 2.56 und mit Exponenten, einfach mühsam). Alles in allem aber keine Hexerei, Vmax und Km kann man einfach aus der Michaelis-Menten Kurve rauslesen (eigentlich schon aus der Wertetabelle, Vmax einfach da vo die Maximalwerte sind, dann Vmax/2 -> entsprechende Substratkonzentration rauslesen). Das zeichnen der Line-Weaver-Burk Geraden war eigentlich eine Alibiübung, habe einfach 1/Km und 1/Vmax reingezeichnet, und eine Gerade gemacht, *angeschaut wurden die Kurven nachher sowieso nicht mehr*.

Nachfolgend die Fragen an die ich mich noch erinnern kann zu diesem Versuch:
Was war der Sinn dieses Versuches?
Sie haben hier das Substrat aufgezeichnet, wo sehen sie da die Nitrogruppe? - Oh, habe eine Aminogruppe gezeichnet, natürlich müsste es NO2 sein
Kommt p-Nitrophenolphosphat so im Körper vor? - Nein, das ist wahrscheinlich nur ein Modellsubstrat, aber es kommen durchaus Moleküle etc. mit Phosphosäureestern vor, die von der alkalischen Phosphatase, die Monophosphatester spaltet, gespalten werden können. Und dann wollt er plötzlich alles über Phosphosäureester wissen:
Wo hat es im Körper denn Phosphosäureester? - Hmm, ja zum Beispiel in NADH, ATP, DNA-Rückgrad.
ATP? Können sie mir den Phosphosäureester dort mal zeigen? - Dann habe ich ihm das ATP gezeichnet, aber habe dann nur eine Phosphogruppe gezeichnet und gesagt ja da kämen noch zwei, aber das hier wäre eigentlich die Phosphosäureesterbindung die er sehen wollte.
Ok, was würde denn nach dieser Phosphatgruppe kommen? - Noch zwei Phosphate - Können sie die bitte zeichnen? (Ich dacht eh ok?) - Dann habe ich halt noch die zwei Phosphate rangezeichnet - Was ist das für eine Verbindung? (zeigt auf das O zwischen den zwei Phosphaten) - Das ist ein Phosphosäureanhydrid - Genau.
Wo kommen denn Phosphosäureester sonst noch vor, also abgesehen von DNA, ATP etc.? - Sphingophosphatide?
Sphingophosphatide? Was ist das? - Ceramid mit Phosphogruppe dran - Genau. Was sprechen sie da für eine Gruppe an? - Phospholipide - Genau.

Also sie haben ja in jeder Gruppe die Enzymgeschwindigkeit gemessen in Abhängigkeit von der Substratkonzentration, wie haben sie das gemacht? - Also Absorption des Produktes gemessen, weil es speziell bei 405nm absorbiert - Ja, aber was war speziell, also was müssen sie bezüglich der Enzymgeschwindigkeit beachten, wo messen sie? - Am Anfang der Reaktion - Warum? Weil dort die Geschwindigkeit des Enzyms maximal ist - Und was würde passieren wenn sie die Reaktion weiterlaufen lassen würden und erst dann messen? - hmm (war mier irgendwie unsicher, obwohl es eigentlich voll eifach ist), ja die Substratkonzentration stagniert irgendwann, hmm, Gleichgewicht? Ja genau. - Wie würde die Steigung aussehen wenn sie mehr Substrat einsetzen? - War mier unsicher, ich sagte, ja die Absorption wäre höher oben- er sagte ja, aber die Steigung wäre auch steiler - Klar eigentlich, aber habs da grad aber nicht gecheckt.

Dann noch was ist Km? Warum steht es auch für Affinität (habe es dann mit der E+S -> ES usw. Gleichung hergeleitet). Was wäre wenn sie halb so viel Enzym verwenden würden (also was passiert mit der Michaelis Menten Kurve)? Vmax sinkt, Km bleibt gleich, weil Km Substrat- und Enzymspezifisch ist aber nicht von der Enzymmenge abhängt - Genau. Ok, gehen wir zu Verdauung.


Verdauung: Trypsin aktiviert Chymotrypsinogen

Auf dem Aufgabenblatt stand:
Wieder Reagenzien, Resultate mit Farbumschlägen etc. Die Aufgabe: Zeichnen sie das Substrat: N-Benzoyl-L-Tyrosinethylester und zeigen sie wo die Spaltung stattfindet.

Was hat man in diesem Experiment zeigen wollen? Kann man in diesem Experiment zeigen, ob Chymotrypsin spezifisch schneidet? - Nein, also wir sehen einfach den Farbumschlag und das es schneidet. - Habe dann von den Bindungstaschen (S1, S2, 40% Homologie, gleiche Active Sites aber andere Binding Pockets, also beim Vergleich Trypsin, Chymotrypsin) usw. geredet, dann fragte er - Wo bindet denn das Substrat, wo wird es geschnitten - War ein bisschen aufgeschmissen ;D, also habe gesagt ja gebunden wird es im Binding Pocket, aber habe dann nicht genau gewusst was anschliessend passiert, er sagte egal.

Dann noch über Chymotrypsin geredet, Serin in der Bindungstasche, für was Serin? Teil von was? - katalytische Triade - Was macht es? - Nucleophiler Angriff auf C der Peptidbindung - warum kann es dort angreifen? - Weil das O die Elektronen vom C (negativer Induktiver Effekt) wegzieht - genau.

Weiss jetzt nicht mehr genau was er gefragt hatte, aber ich habe mich die ganze Zeit sehr sicher gefühlt, auch wenn ich 2-3 etwas blödes gesagt habe, er hat mich auch nie irgendwie böse korrigiert (also la nein das ist falsch), sondern hat dann zusammen mit mir auf die Sprünge geholfen (habe z.B. zu Erst gesagt, dass das Serin das alpha-C-Atom angreifen würde, dann sagte er - hmm, dass macht jetzt nicht so Sinn, haben sie vorhin nicht gesagt es würde die Peptidbindung spalten? - ach ja klar, also dieses C- Ja genau), in dem Stil.

Alles in allem habe ich die Prüfung mit einem guten Gefühl verlassen, mal schauen was ich für eine Note bekomme!
Viel Glück, hätte eigentlich nicht so nervös sein müssen.

PS: Also meine Michaelis-Menten Kurve usw. haben die glaub ich ein mal angeschaut, mehr nicht, ich glaube das muss einfach grob stimmen. Die Frau vom Chemiepraktikum hat sowieso gesagt, dass das Zeug auf den Blättern nicht benotet wird!


Habe eine 5 bekommen!

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Hoppla

24.01.2017 22:11

 Ich glaube nach diesem Bericht muss ich noch ein bisschen Formeln zeichnen üben....
Anonym

25.01.2017 14:52

 Danke für den ersten und wohl einzigen Bericht dieses Jahres!

2016

fvmed-Tipp


12.11.2016 10:58 		neuer Prüfungsmodus, geprüft von ACHTUNG!

Liebe Zweitis ab HS2016

WICHTIG: all diese Bericht weiter unten der letzten Jahre stammen aus der Zeit, als wir noch Pingpong-Bälle ziehen mussten und so entschieden wurde, ob wir in Biochemie oder Physiologie geprüft werden. Dieser Modus galt sowohl im HS als auch im FS. Nun ist ja klar, dass BC im HS und Physiologie im FS geprüft wird.

Bitte geniesst daher diese Erfahrungsberichte mit VORSICHT! Wir mussten die Versuche noch richtig durchführen und hatten vielleicht auch einen anderen Fokus in der mündlichen Abfrage. Das ist aber nur eine Vermutung...
Die Erfahrungsberichte können natürlich immer noch hilfreich (und gleichzeitig frustrierend) sein, aber verlasst euch nicht zu sehr auf sie und schreibt lieber nach eurer Prüfung einen kurzen Bericht für die Nächsten!

Viel Spass beim Lernen! Freut euch auf die Zeit, wenn's vorbei ist

PS: In der Anatomie und Histologie bleibt der Prüfungsmodus aber gleich.

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Hosenträger

15.11.2016 20:18

 Wo könnte denn der Schwerpunkt in den zukünftigen Prüfungen liegen? Auf der Auswertung der Werte und Versuchsergebnisse, die sie uns vorlegen?
Danke für de Tipp
Stinkende Fische

17.01.2017 22:01

 Ich bin Repetent und denk dassd Prüefige sich ned gross ändere werdet. Mer hend letst jahr zwar versüech müese mache, aber Resultat sind chum beachtet worde. Ich chan mer guet vorstelle dass sie eus dasjahr halt die Ergebnis gebet und mer churz schildere müend was evtl gmacht worde isch und wies mir selber gmacht hettet. Drechnige würi lerne au wenn mer sie evtl nüme ahwende muen. Ich hoff Das kei absichtlichi Fehler i die Resultat i gschmugled werded, aber denks nöd, Prüefige sind wükli fair. Mached eifach de fehler nöd wien ich zu wit zdenke, dfrage sind wükli oft banal. mich hett das sehr verwirrt und da ich eh dezue neige extrem nervös zsie hettmer das denn chli en strich durchd rechnig gmacht. Lueged CGFX ah, letschtjahr sind eigentlich dfrage 1.1 cho, ich hans natürli ned ahgluegt welli denkt kah han eh kei zit. Aber nurscho eimal durrelese hilft imens.
Zahlensalat

21.01.2017 00:05

 Bekommt man eigentlich einen Taschenrechner oder ähnliches für die Auswertung???
Wenn ich mir so die Geilchgewichtsberechnungen anschaue, wäre dass doch eher von Vorteil
Buchstabensalat

23.01.2017 18:39

 @Zahlensalat:

Ja der wird zur Verfügung gestellt.

Gwendolyn


12.07.2016 18:43 		Pepsinverdau, Pufferkapazität von Hb, geprüft von Coex Schuler

Die Versuchsdurchführung war ok, auch wenn Titration wirklich nicht mein Ding ist. Alles aufgeschrieben, einige Strukturen gezeichnet (Peptidbindung, Histidin, Titrationskurve von Histidin).
Die Prüfung selbst war ein wenig schräg. Mein Prüfer sprach Deutsch aber definitiv nicht wie ein Deutscher, teilweise habe ich nicht ganz verstanden, was er wissen wollte.

Pepsinverdau
Sie hatten Freude an den Reagenzgläsli vom Biuretversuch aus dem Pepsinverdau. Pepsin wird in Biuretreagens denaturiert und färbt drum auch, natives Protein nicht. Wie GENAU funktioniert Biuret. Anscheinend sind zwei Peptidbindungen genau im richtigen Abstand für die Komplexierung mit Cu. Drum müssen es mind. zwei Peptidbindungen sein. Das haben wir etwas holprig zusammen hergeleitet. Naja.

Titration
Titration warum puffert Hb. pKa von Hb, welche Seitenketten puffern im bei hohem pH. Puffert Hb gleich, wenn man es zerschneidet und die Bruchstücke als puffer einsetzt. Habe dann gesagt, dass es schon noch puffert, die Kurve aber wahrscheinlich anders sei weil man die Struktur verändert hat und pKa-Werte einzelner Seitenketten anders sind. Er war nicht ganz überzeugt, wir habens dann aber gelassen. Puffert also noch. Seitenketten puffern im Hb, nicht die Peptidbindung. Ist ja klar, habe ich aber wohl nicht in dem Moment gesagt, wo er es hören wollte.
Zeichnen Sie Glycin. Ist das auch ein Puffer? Ja aber hat einen pK-Wert, den wir medizinisch (hab da blöderweise biologisch gesagt) nicht als Pufferbereich im menschlichen Körper sehen. Habs nicht so rausgekriegt wie ich meine aber die Message ist - Carboxyl- und Aminoreste aller AS sind Puffer. Hat etwas überrascht/verwirrt dreingeschaut und war zuerst nicht sicher, was ich für einen Müll gebrabbelt habe. Stimmt aber wohl schon so.

Naja alles in allem seltsam, holprig aber war glaub von der generellen Linie klar. Sie fragen wirklich Dinge, die man einfach mit logisch Überlegen hinkriegt. Sie versuchen wohl, von Jahr zu Jahr mit neuen Sachen zu kommen damit die Prüfung nicht immer leichter wird durch Erfahrungsberichte. Wie immer, keep calm. Wenns gar nicht geht irgendwie zu den Grundlagen zurücklenken.

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Fridolin

26.09.2016 17:38

 Bist du sicher, dass Pepsin denaturiert wird? Meinst du nicht Albumin?

BC


08.07.2016 21:15 		Eieralbuminverdauung mit Pepsin / Hämoglobin Pufferkapazität, geprüft von Hr. Mittl und Fr. Dreier

Pufferkapazität Hämoglobin

Was habe ich gemacht?

Warum hatte Hämoglobin am Anfang einen pH von 11?

Was ist Pufferkapazität?

Warum puffert Histidin gut?

Was hat es im Puffer drin?

Wieso puffert Hämoglobin gut?

Titrationskurve Histidin?

Was ist pKs-Wert?

Was ist pH-Wert?

Welchen pH hat Histidin in der hydrophoben Tasche und warum? Ich glaube ich habe diese Frage nicht wirklich verstanden...

Eieralbuminverdauung mit Pepsin

Was habe ich gemacht?

Warum verklumpt Eieralbumin?

Wo wird Pepsin ausgeschüttet?

Was für eine Protease ist Pepsin?

Was gibt es sonst noch für Pepsine?

Hydrolyse von Aminosäuren?

Aktive Stelle Pepsin?

Andere Proteasen inkl. aktiver Stelle?

Für jede Protease ein Beispiel nennen?

Wie werden Disulfidbrücken eliminiert?

Primär- Sekundär- Tertiär- und Quärtärstruktur beschreiben können

Biuret Methode erläutern?

Warum ist Ansatz D bläulicher?

Wie funktioniert Gelektrophorese?

Alles in allem war es in Ordnung. Die Prüfung dauerte etwa 30min

Die Fragen sind nicht alle in dieser Form gefragt worden (schön wärs). Hätte ich einige Fragen besser verstanden, dann hätte ich auch bessere Antworten liefern können...

Der Examinator und die Co-Examinatorin waren beide ausgesprochen nett während der Prüfung.

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Tawara

08.07.2016 21:58

 Was gibt es sonst noch für Pepsine?
--> meintest du "Proteasen"? Pepsin gibts so viel ich weiss nur eines.
Stinkende Fische

17.01.2017 22:08

 Denke er meint auch Proteasen. Wichtig sind vor allem die Serin Proteasen (Katalytische Triade)

-.-


04.07.2016 22:06 		Eieralbuminverdauung mit Pepsin / Hämoglobin Pufferkapazität, geprüft von Nettels, Co-Ex Jele

ich war zunächst überglücklich mit biochemie und mit meinem versuch, ich konnte alles durchführen, war sehr angenehm, alles gerechnet, ich habe viele strukturen auf mein blatt gezeichnet (häm, his, häm, titrationskurve his, biuret-konformation mit peptidbindungen).
ich hatte eigentlich das gefühl, ich sei gut vorbereitet, dann kam nettels.

pepsin
was haben sie gemacht?
verdaut hcl denn auch?
was macht hcl im protein? wo im protein? welche struktur?
er wollte auf irgendwas hinaus, dass hydrophobe ketten kurzzeitig nach aussen klappen oder so. noch nie gehört - ich hab es wirklich nicht verstanden und ich habe nachgeschaut: selbst wenn ich das schuler-skript wort für wort hätte rezitieren können, ich hätte niemals das sagen können, was er hören wollte.
es war äusserst unangenehm, er liess mich rumstammeln und hat mich einfach angeschaut und gewartet.
nach so 10min liess er ab von allen möglichen faltungen und strukturen im protein, er hat mich dann nach biuret gefragt.
was ist drin? ich: es ist eine kupferlösung - er: falsch, sie meinen biuret-reagens.
(und im versuch doch irgendwie zu punkten, habe ich dann meine zeichnung der beiden peptidrückgrate mit dem koordinierten cu-zentralion rausgeholt und habe verzweifelt von lambert-beer und A~c gesprochen - jele hat da viel aufgeschrieben)

hb-puffer
wieso puffert hb?
wo ist his?
wie sieht hb aus?
dann wieder alles mögliche über proteine.
welche puffersysteme gibt es noch?

ich kann mich grad nicht erinnern, was er alles noch gefragt hat. ich kann mich v.a. an die fragen erinnern, welche ich beantworten konnte. das waren vergleichsweise sehr wenige in der sehr langen prüfung (~35min)
nettels ist gemäss unserer uni-homepage professor der biochemie spezialisiert auf proteindynamik. er hat mich auch die meiste zeit nicht wirklich über etwas anderes gefragt.
ich musste keine rechnung präsentieren und nichts zeichnen. er hat mit seiner 2. frage gemerkt, dass ich nicht ganz sicher bin auf seinem thema proteinstruktur (was sicher ein fehler war), worauf er schlussendlich die ganze prüfung über herumgeritten ist, anstatt dass ich einfach weiter machen hätte dürfen.
er war am ende überrascht, dass die zeit so schnell vorbei gegangen war und hoffte für mich (zynischerweise) das gleiche.
ha. ha.

ich habe viel gemacht und war vorbereitet und egal, wie viel mehr das ich gemacht hätte - ich hätte seine fragen unter keinen umständen besser beantworten können.

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Bowman Star

06.07.2016 09:22

 Meinte er bei der Proteinfaltung vielleicht die verschiedenen Strukturen?
Primärstruktur: AS-Ketten
Sek. Struktur: alpha-Helix und beta-Faltblatt
Tert. Struktur: anordnung der Helices und Faltblätter
etc.?
...

06.07.2016 17:14

 Nein, das hab ich gesagt. Er wollte weiter in die Dynamik.

x


02.07.2016 12:39 		Kreatinkinase, Absorptionsspektrum Hb, geprüft von Jelezarov

6.1
Was ist die Kreatinkinase? Wo kommt sie vor? Isoformen?
Wie genau erfolgt die Energiebereitstellung im Muskel? Welche energiereiche Bindung wird gespalten? Querbrückenzyklus erklären. Wozu braucht der Körper sonst noch ATP?
Zeichen Sie ALLE vorkommenden Moleküle der Reaktionsgleichung (ATP, Pyruvat, Lactat, NADH, PEP)
Ist NADH das einzige Molekül, das sie photometrisch messen können? - Nein, auch ADP/ATP.
Wieso messen Sie dann nicht ATP? - links und rechts befinden sich gleich viel A. Deshalb ist Absorption bei 260 nm konstant. Nur A 340 nimmt ab.
Wieviel mal schneller laufen die gekoppelten Reaktionen bzw wie viel mal schneller müssten sie sein? - 100 mal schneller. auf jeden Fall sehr viel schneller.
Was bedeutet geschwindigkeitslimitierend?
Zeichnen Sie die Absorptionsspektren für NADred und NADox.
Was absorbiert genau, was bedeutet Absorption eigentlich.
Was ist epsilon im Lambert-Beer-Gesetz? Einheiten des Lambert-Beer-Gesetzes aufschreiben.
Was ist d? Dicke der Kürette war nicht ok, richtig wäre Weglänge des Lichtes.
Was ist typisch für epsilon? - stoffspezifisch, spezifisch für eine Wellenlänge und konzentrationsunabhängig.
Sie messen ja Konzentration von NADH, aber sie wollen ja eigentlich die Bildungsgeschwindigkeit von ADP messen bzw die Konzentration der Kreatinkinase im Blut. Wie geht das? - Stöchiometrie ist 1:1. Das heisst, pro reagiertes ATP bzw Kreatin entsteht am Ende genau ein NADH. Deshalb kann ich die Konzentrationen gleichsetzen.
Wie müssten Sie mit der ausgerechneten Konzentration vorgehen, wenn die Stöchiometrie 2:1 wäre?
Was ist U? wie haben Sie U berechnet?
Wenn die Absorption = 1 ist, wie viel wurde dann absorbiert? - 90%. mit Logarithmus überlegen und ausrechnen.

12.3
Wie können Sie sicher sein, dass Sie Oxy-Hb gemessen haben? - Küvette hatte Luftkontakt und es steht in der Anleitung.
Was macht Natriumdithionit? - es macht eine komplizierte Reduktion von Sauerstoff.
Wieso liegt nachher Desoxy-Hb vor? - Sauerstoff wurde aus der Lösung entfernt. Dh es gibt keinen Sauerstoff mehr in der Lösung, Natriumdithionit ändert nichts an der Bindungsstelle von Hb für Sauerstoff etc.
Wieviele Sauerstoffmoleküle kann Hb binden? Wo? Welche Ketten hat Hb?
Sauerstoffpartialdrücke im Körper?
Zeichnen Sie die Sauerstoffsättigungskurve?
Wieso ist sie sigmoid? - positive Kooperativität, R/T-Form, homotrope Regulation.

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Vomiruus

06.07.2016 17:14

 De Houptgrond esch doch, dass ATP oder ADP ned gmesse werdet, well die ähnlichi Absorptione hend ond sech überlageret.
Ned, dass es glichvell uf beidne Site het. (?)
Kohlrausch

08.07.2016 09:07

 Habe ich auch so verstanden, Vomiruus.

mixxie


01.07.2016 12:39 		Hb Pufferkapazität und Verdauung von Eieralbumin durch Pepsin, geprüft von Jelezariv und Coex Frau Dreier

verdauig vo eieralbumin mit pepsin

was isch eieralbumin, wo chunnts vor? es protein im ei
wieso hitzekoaguliert? (demitmer nur de überstand pipettiert)
chamer denaturiere ohni dases koaguliert? ja (isch ja au im mage so)
wie funktioniert biuret? werum bruchts mind. 2 peptidbindige? wieso heissts biuret?
chönntmer d konzentration vo eieralbum mit dere methode berechne? nur wemmer d eichkurve het, (mittels lambert beer würmer ja d konzentration vo biuret usrechne)
wie chönntmers susch na afärbe? (han bradford gseit, de jele het den gmeint "eifach mitere andere farb"?what)
was isch pepsin füre peptidase? Asp-Protease
wieso heisst sie so? asp im aktive zentrum
was isch pepsinogen? zymogen
wie wird pepsin aktiviert?

Hb Puffer im Blut

wo isch die besti pufferkapazität bi Hb? nöd bi His und physiologischem pH, sondern ganz links und ganz rechts isch d kurve flächer (er het aber den auned gnau erchlär wos jetzt wükli am stärchste isch)
wieso pufferets bi pH7? His
Was pufferet susch no dass d kurve au nebedra so flach isch? Suri und basischi AS sitechettene
und denn hets agfange...
Was fürtig gits denn bi welne AS? han den gad na Lys, Arg, Tyrosin anebracht. Cys gits natürli auna (weiss ned gad uswendig weli alli, han kei ziit gha das z lerne). Denn hetter vo allne de pKa welle wüsse, hani natürli aunöd gwüsst und igendwas grate bismer ali dure gsi sind. Also wener ziit hend lueged das no ah!!
was gits suschna für puffer im bluet? Bicarbonat, Albumin, Phosphat i chliner konzentration -> luut jele isch de aber gar nöd im bluet sondern nur ide zelle weler im bluet susch würd mit Mg en komplex mache und usfälle (bin aber zimli sicher das de jele da chli seich verzellt het, phosphat hetmer scho biz im bluet)

versüech, berechnige und au strichformle hend ihn gar nöd intressiert. im gegesatz zu wasmer susch so ghört hanich de jele nöd als super agnehme prüefer erlebt, weler nie bestätiget wemer öpis richtigs gseit het und alles kritisch hinderfrögt. ich hoff d benotig isch wenigstens so wie alli seged. d frau dreier het wenigstens nett glächlet
vill glück allne!

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n1234

04.07.2016 21:00

 heisst das de jele git eher gueti note ?
mixxie

06.07.2016 17:10

 so wienis vo letscht semester ghört han scho, aber mer weiss ja nie^^

nobody


01.07.2016 12:04 		6.3. GGW-Konstante, 12.2. Substratspezifitäten von Trypsin und Chymotrypsin, geprüft von Netter (?) und Honegger

Der Netter (oder s.ä., weiss nicht ob ich den Namen richtig verstanden habe) ist ein wirklich angenehmer Prüfer, er stellt Fragen sehr verständlich und beginnt auch deutlich mit einfachen Fragen und geht dann immer zu schwierigeren. Also perfekter Prüfungsaufbau. Ich wusste deswegen zu Beginn die Antworten, was mich etwas beruhigte. Als dann die schwierigeren kamen, konnte ich natürlich nicht mehr alles, aber der Netter hilft einem, die Antworten zu finden.
Hier, an was ich mich noch erinnere:

6.3. GGW-Konstante bestimmen:
Zuerst die allgemeine Frage, was man gemacht hat (Bestimmung der Konzentrationen der Komponenten mithilfe des optischen Tests, dann Berechnung von Keq). Wie berechnet man die c mit dem optischen Test? (Lambert Beer erwähnt, Formel) Wie steht denn das Verhältnis? (stark auf Produktseite), was ist mit den Protonen (die Protonenkonzentration wird in der Prüfung NICHT einbezogen, so dass Keq viel kleiner wird, aber theoretisch müsste man es einbeziehen). Was geschieht wenn der pH sinkt? (GGW nach rechts) Wo wird diese Reaktion (Pyruvat NADred -> Lactat NADox) im Körper gebraucht? (Milchsäuregärung, wollte da noch den Enzymnamen wissen und wozu das ganze dient. Habe mich da etwas versprochen und gesagt, das NADred muss irgendwo oxidiert werden da der Citratzyklus nicht mehr funktioniert bei anaerobem SW, da habe ich was komisches über den Citratzyklus gelabert, er hat mich aber korrigiert und geholfen). Wie funktioniert ein Photometer? (ehmm, monochromatisches Licht wird durch Probe gesendet, Intensität davor und dahinter gemessen und mit LB-Gesetz A berechnet?)

12.2. Trypsin und Chymotrypsin:
Was habe ich gemacht? Was war das Resultat? (nur dort, wo passendes Substrat vorkommt, verfärbt es sich gelb) Was ist denn das passende Substrat? (musste Benzoyltyrosinester und -argininester zeichnen) Wo schneiden die beiden Enzyme und wie? (Serinproteasen, katalytische Triade) Wieso verändert sich der pH? Wieso funktioniert es mit einem Amid nicht, auch wenn da die N-terminale Aminogruppe ja eig bereits protoniert ist bei pH 8? (bei einem Amid entsteht durch Spaltung eine zusätzliche Aminogruppe nebst dem N-Terminus und diese kann dann noch puffern) Wieso spaltet das Enzym C-terminal? (k.A... es passt wahrscheinlich einfach nur so in die Bindungstasche, dass der C-Terminus dann zum Serin kommt?).

Das wär das, was mir noch in den Sinn kommt.. Der Versuch selber ist eig nicht so schwer, es steht wirklich alles genau beschrieben, auch was man auswerten soll und die Formeln, aus denen man die vant Hoff-Gleichung berechnen kann. Einfach aufpassen bei den Keq-Berechnungen. Ich hatte da so meine Mühe mit all diesen vielen Zahlen. Aber man hat ja genug Zeit, so dass auch solche Antimathematiker wie ich mal auf eine Lösung kommen Und schlussendlich haben ihn die Zahlen gar nicht interessiert.. Hat nicht mal meine Gerade angeschaut. Aber das kommt wahrscheinlich auch noch auf den Prüfer an.

Wünsch euch noch viel Erfolg!

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kjdf


01.07.2016 09:22 		12.1 Katalase & 13.3 Chymotrypsinogen, geprüft von Gloor und e Assistentin vom Labor?

da na a was ich mich erinnere:

12.1
- was hend sie gmacht?
- wieso hend sie e Kontrolle gmacht? -> zum zeige dass nöd natriumazid MetHb bildet
- wie entstaht H2O2 und wie O2-? -> O2 isch es Oxidationsmittel und chan Hb zu MetHb oxidiere und debi wird O2 zu O2-
- wieso isch s eine Reagenzglas zerst brun und wird denn wiis? -> Oxidation vo Fe2+ zu Fe3+ und denn später Oxidation vom Porphyrinring. de chan denn kei Liecht meh absorbiere

13.3
- was hend sie gmacht?
- vill Frage wie im Itrag unde dra
- merked oi was "es schniedet nach Lys" heisst -> C-terminal
- was isch vorne und was isch hine bimene Protein -> vorne isch de N-terminus
- wie isch das definiert? -> s Protein wird vo det er synthetisiert
- Peptidbindig, Esterbindig zeichne chöne
- über was für e Bindig isch N-Benzoyl a de AS agmacht? -> Peptidbindig
- wieso schniedet s Chymotrypsin nöd die Peptidbindig, sondern d Esterbindig?
- Er het mir denn e Linie mit N-Terminus und C-Terminus als Zymogen ufzeichnet und ich han müesse zeige wo s gschnitte wird bi de Aktivierig (aso ob eher bim N oder C-Terminus und so dass s Verhältnis vo dem abgschnittene Teil öpe stimmt) -> eher N-terminal



A meh chan ich mich leider nümm erinnere. De Gloor isch kein unagnehme prüefer, aber ich han mängisch nöd ganz verstande, was er will ghöre...
btw. min wiise ball het sich glatt afühlt und ich han denn s windrand zoge...

vill glück oi allne!

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RC


28.06.2016 12:27 		12.1 Katalase, 13.3 Chymotrypsinogen , geprüft von Honegger feat. Dutzler

Hier an was ich mich noch erinnere was so gesagt und gefragt wurde:

12.1

hab zuerst den versuch erklärt, überlegt euch in der vorberietung wie ihr einen versuch möglich einfach erklären könnt.

- Katalase was, wo: im Ery, 2 H2O2 -->2 H2O + O2
- wie bekommt katalse zugang zu H2O2: zelllyse Ery durch Wasser (hypoton)
- was für eine Rektion ist das: Redox
- was ist Redox, was red, was ox: Electronen übertragung, red: e aufnahme, ox: e abgabe
- welche Prost Gr. gibt es die Redox machen: Häm!, somit Häm in Katalse
- warum H2O2 gefährlich: Superoxid bildung
- was mach das: ox Fe im Ham zu Fe3+ kann kein O2 mehr binden
- was haben wir für ENzyme um das zu verhidnern: Katalse, GSH/GSSG, spez. für Superoxid: Superoxiddismutase!
- welche andere Enzyme mit Häm als prost gruppe gibt es: Myoglobin, Cytochrome (Stichwort Zellfarbstoff) (bei Biotrasformation, Electronen übertragung Zellatmung, cyt c cyt p)
- was ist eine prostet gruppe: fkt einheit des Proteins, welche nicht aus AS betseht, "funktionels Fremdmolekül im Protein"

13.3

hab wiederum zuerst erklärt um was es geht.

- was sind Zymogene und warum gibt es sie: hier zum schutz vor selbsteverdaung (des Pankreas) oder als vorstufen bei signalkaskaden (RAAS: Angiotensinogen)
- was ist "-ogen": anteil der AS kette welcher dan preoteolytisch heraus gespalten wird und so das prot aktivert.
- wie aktiviert es das protein: (hier habe ich keinen konkreten mechanismus erwähnt; nur gloor-style postuliert) die abspaltung der zymogen seuqenz könte die katalyt domäne so verändern das diese zugänglicher ist für substrat, es verändert das "micromilieu", solche sachen eben
- was sind das für protease: ser-proteas, endopeptidasen
- was ist endopeptidae: schenidet mit peptid (im gegensatz zu exo peptidase)
- chymotryspin aktivierung: Enteropeptidase (brushborder enterozyt) aktivert Trypsin, aktiviert Chymotrypsin, schneitde nach Tyrosin
- was mach ser protease: schneidet C Term von hydrophoben AS (Trp, Tyr, Phe)
- weiter beispiele hydrophob AS: Leu, Ile (Val)
- wie arbeitet ser protease: ser in kat domäne, teil eines kat trias
- kat trias was: "Ser AspHis", Asp und His übenerhmen ein Proton vom Ser und machen dies nucleophiler, womit Ser nucleophil am C atom der c term peptid bin vom Tyr angreifen kann --> Hydrolyse
- Hydrolyse was: spaltet in Amid und CSäure, hier: CSäure und Alk
- Farbnachweis wie: das von der der Csäure abgestosene Proton kann nicht durch den Alk gepuffert werden und es kommt zur pH änderung (erähnt das puf Kap des puffer erreicht ist)
- welche proteasen gibts sonst noch: Pepsin (2xAsp in kat domäne), MMP (mit Zink Komplex), Cys Proteasen (Caspasen)
-Caspasen wo: Apoptose
- MMP wo: Immunzellen, ermögglichen Leukotaxis durch auflösung der ECM damit sie zum entzündungs herd kommen
- "welche anderen unangenehmen beispiele gibt es bei denen MMPs eine rolle spiele": sie wollte auf Tumorzellen hinaus die MMPs exprimieren zur metastasierung
- andere Beispiele Kaskaden wo proteasen dabei sind: Gerinnungskaskade
- andere faktoren für Gerinnungskaskade: (als sie anfing mit dem röhrchen it dem blut zu spielen und fragte was es da drin hat) Citrat (blut), verhidnert gerinnung,
- warum Citrat was macht es: (stichwort von ihr: EDTA) Calciumchelator!!!, Ca als cofator für gerinnung

So das war so das gröbste an das ich mich erinnern mag. Hatte echt ein gutes gefühl nachher, sie wirkt zwar ein wenig desinteresiiert aber lasst euch durch keinen Prüfer verunsichern. Tretet selbstbewusst auf und hört nicht auf zu labern. Es war nicht so das jede antwort meinerseit wie zur Kanone rauskam, teils habe ich einfach laut vor mich hingedacht und bin dan mit ihrer hilfe drauf gekommen.

Mein Tipp: zT hat sie angefangen mir Sachen zu erklären die ich eigentlich wusste. Fahrt ihr einfach übers Maul und erklärt es selbst sie sollen sehen was ihr wisst. Auch wenn sie was wissen will auf das ihr dann doch nicht kommt und sie es dann sagen muss, wenn euch irgendwas dazu einfällt werdet es los!!

und lessed das huere CGFX, 2/3 was sie het welle wüsse sicher schomal da erwähnt worde

So viel glück allen!

ps: erfühlt den glatten (weissen!!) Ball (es geht, i swear) und dann zieht den Mansgoggel der ein Fass schiebt. Laut cgfx hiess das nix rechnen und so wars auch! Peace...

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B.S.

05.07.2016 19:32

 Hydrolyse einer Peptidbindung - Produkte sind:
Carbonsäure und Amino-Gruppe (-->Amin)

Nicht Amid, wie oben beschrieben.
Peptidbindung ist eine Amidbindung, eventuell lag da der Überlegungsfehler.

thenextolivierd.


27.06.2016 17:54 		6.1 Kreatinkinase + 12.3 Absorptionsspektren Oxy-Hb/Desoxy-Hb, geprüft von Sergio Gloor und Amadeo Caflisch (Co-Ex)

Fragen&Ablauf, siehe Bericht von "G" (23.06.2014 18:17)

zusätzlich:

6.1:
Enzymaktivität eine thermodynamische oder kinetische Grösse? -> kinetisch, denn wir messen ja auch Absorptionsänderung pro Zeit (bezieht sich auf Substratumsatz pro Zeit);
Welche Edukte müssen vorhanden sein, sd. die Reaktion abläuft? -> Kreatin, ATP(!), Phosphoenolpyruvat und NADred;

12.3:
Wie würden Sie ein Pulsoxymeter designen (nachdem ich darüber sprach)? -> 2 Messwerte, einer für c des Hb, wo Kurven sich schneiden, plus einer für Verhältnis Oxy-Hb/Desoxy-Hb, wo Kurven unterschiedlich;
Gerät misst zw. 450 und 630nm, wie würde Kurve weiterverlaufen unterhalb 400nm -> starker Anstieg, bis 400nm (Soret-Bande);
Wie überführt man Oxy-Hb in Desoxy-Hb? -> Reduktion des O zu H2O.

War ein angenehmes Gespräch, Prof. Gloor sehr nett und Prof. Caflisch ruhig, schreibt bloss mit.

Wünsche euch "bonne chance"!

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2015

Vimes


27.06.2015 00:14 		13.2 Substratspezifität von Trypsin & Chymotypsin, 6.3 Bestimmung der Gleichgewichtskonstante, geprüft von Peer Mittl & Amedeo Caflisch (Experte)

Vergesst beim 6.3 nicht, die Verdünnung zu berücksichtigen (c1 * V1 = c2 * V2), die Werte für NADred und somit Pyruvat bei der gegebenen Temperatur errechnet man mit dem Lambert-Beer Gesetz.

Ich habe das 13.2 während während einer Wartezeit durchgeführt -> piece of cake

Dann zur Befragung:

Die Prüfungssituation fand ich unangenehm. Mittl stellt einfach keine Klartext Fragen, ganz ehrlich man hat oft keine Ahnung auf was er hinaus will, sobald es nicht mehr eine simple Frage ist. Es ist schade, denn später denkt man ja das hätte man evt. gekonnt.. plus er macht die ganze Zeit mhm mhmm. mhhhhmmm. Stellt euch darauf ein.

Den Graphen aus 6.3 hat er gar nicht angeschaut (bei Gloor soll die halbe Befragung darauf beruhen, munkelt man), die ganzen Strichformeln (zwar unbedingt notieren) auch nicht gross. (diese sind ebenfalls i.d.R sehr wichtig!)

Hier einfach ausgeschrieben seine Fragen (totaler Kauderwelsch bisweilen). Dafür müssen die Antworten punktpräzise sein sonst sagt er pauschal "falsch". Der Kerl nebenan hat nichts gesagt.

13.2:

-Was ist ein Ester (zeigt auf Substrat)? Eine Verknüpfung zwischen Carbonsäure und Alkohol (Genauer: irgendeine Säure und Alkohol, besonders wichtig Phosphorsäure für Organismen)
-Nennen Sie ein Beispiel: uhm uhm uhm Cholesterinester - weshalb? Zu viel Cholesterol in einer Zelle ist toxisch, deshalb Veresterung mit Fettsäure

-Was ist eine Protease? ein Enzym, genauer "ein spezifisches Enzym" (da f..). Was ist das? - Ein Protein, d.h eine Kette von AS.
-Ist eine Peptidase dasselbe? Ja, denn schlussendlich spaltet es auch AS-Ketten.

-Was macht ein Enzym? Biokatalysatorfunktion - senkt die Aktivierungsenergie. Wie? .. indem es eine spezifische Mikroumgebung für die Reaktion bereitstellt. Das ist schwammig, er möchte es genauer:
Was bindet ein Enzym am besten? - Substrat? nein. Enzymsubstratkomplex? nein. .... -> der Übergangszustand zwischen Substrat und Produkt bindet es am besten. Deshalb senkt es die Aktivierungsenergie.

-Wie funktioniert eine Serinprotease? Aspartatgruppe nimmt H+ auf, welches es vom Histidinrest erhält, welches es Wiederrum vom Serinrest erhält -> erhöht die Nucleophilität des Serins. (Siehe Schulerskript -> würde ich mal genauer anschauen)

-Kennen Sie weitere Proteasen? Matrixmetalloproteasen (Zn2+), Caspasen (Cystein), Theroninproteasen (Proteasom), Aspartatproteasen (Pepsin) ... so viele wie möglich auswendig lernen.

-Ist eine Cysteinprotease änlich wie eine Serinprotease? Serin / Cystein sehen ähnlich aus aber Grössenverhältnisse anders (oops) - Cysteinproteasen haben zusätzlich nur eine Aspartatgruppe in der katalytischen Tasche (so habe ichs verstanden - lieber nachschauen)

-Wofür ist die N-Benzoyl Gruppe da? Schutzgruppe, damit eine pH-Änderung registrierbar ist. Falsch. (Gloor??) - stellt sich heraus, im Setting wäre die NH3 Gruppe sowieso protoniert, d.H sie würde keinen weiteren Einfluss nehmen. (Der wahre Grund ist: Die N-Benzoyl Gruppe hilft bei der Bindung in der katalytischen Tasche)
Was ist wenn dort statt N-Benzoyl eine weitere AS wäre - Würde die Reaktion immernoch ablaufen? - Ja. Wieso? weil die Protease in Vivo auch an langen Peptidketten eine solche Reaktion katlysieren könnte.


6.3:

-Was ist das Reduktionsmittel bei dieser Reaktion? Pyruvat - NADred ist schon reduziert.

-Worauf beruht die Wichtigkeit dieser Reaktion? Unter anaeroben Verhältnissen muss die Zelle Versorgung mit ATP gewährleisten. Da die oxidative Phosphorylierung stockt (O2 Mangel!) tut dies die Glycolyse -> dafür muss sie genug NADox haben, da bei der GAP3-dehydrogenase dies ein Essentielles Cosubstrat ist. (Enzym kennen, "vorgeschaltet in Glycolyse" reicht nicht)

-Wie erreichen dies Mikroorganismen? - Alkoholgärung - Erzählen sie alle Schritte: Glucose -> Glycolyse -> Pyruvat -> via Pyruvat Decarboxylase zu Acetaldehyd-> Aldehyddehydrogenase zu Ethanol (bildung von NADox)

-Wie funktioniert Entgiftung in Menschen? Ethanol -> Alkoholdehydrogenase zu Acetaldehyd (hepatotoxisch) -> Aldehyddehydrogenase -> Einschliessen von Acetyl-CoA in den Fettsäureaufbau

-Wofür braucht man denn NADPred in der Zelle? -> wird u.a gebildet bei Glucose-6-P dehydrogenase -> Regeneration des Glutathionhaushalts. (weitere Funktionen auch vorhanden)

-Zeichnen Sie NADPred -> an Position 2 des Adeninnucleotids ein Phosphat (nicht von "sind sie sicher" verwirren lassen - mehrmals in der Prüfung)

Das war alles, an was ich mich erinnern kann. Eben Experimente könnt ihr eigentlich rauchen. Viel wichtiger ist: LEST ALLE CGFX FRAGEN. Ohne hätte ich wohl gefailt obwohl das gesamte Wissen irgendwo im Kopf war.

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Vimes

12.07.2015 17:32

 Und trotzdem wurde es dann eine 6. Mein Tipp: euer Gefühl nach der Prüfung sagt nichts aus über die Realität...
Hoii

06.07.2016 17:08

 NADred isch reduziert, genau darum isch es es reduktionsmittel, well es wieder 2 Elektrone und 1 H+ chan abgeh.
Anonym

28.09.2016 15:53

 Gratulation zum 6er. Ha nume schnell welle afüege, dass Caspasen zu den Cysteinprotease ghöred, aber dasses neb de Caspasen au no anderi Cysteinprotease git (glaub Papain, was aber nöd im Mensch vorchunt)

Esmeralda


26.06.2015 16:58 		6.1 Kreatinaseaktivität und 12.4 Abs.spektrum von oxy/desoxy, geprüft von gloor buddie

So, ich han bim Gloor sim Jünger gha aber ich han sgfühl sie prüefed sehr ähnlich.

Mit 6.1. begonnen:
- was haben sie gemacht?
- Warum sind die Reaktionen gekoppelt? kommt das physiologisch auch so vor? (Nein, wahrscheinlich nicht. k.a. was der wissen wollte.)
- wo kommen die reaktionen vor? kreatinase z.b. in muskulatur, die 2. rkt. teil der glykolyse (ohne witz, aber die sollte man noch können, wenn man ein so grosses glück hat diesen versuch zu ziehen!!!) 3. reaktion (hatte ich keine ahnung, irgendwie was anaerobes ;D)
- was sind die voraussetzungen für die kopplung? (höhere geschw. irgendwie spielt ggw keine rolle, also schon aber trotzdem nicht ganz, nicht verstanden)
- wie ist absorption definiert? (böh)
- warum nad red gemessen.


12.4
-warum in diesem bereich gemessen, bzw. warum diese absorptionsmuster? (Fe beeinflusst delok. pi-elektr.?)
-nutzen dieser messung. (o2 gehalt messung mittles isobestic points und verhältniss bei anderem wert.)
-warum rotes blut?
-bindungskurven von hämoglobin und myoglobin
-was absorbiert?
-warum ist methäm dunkler? (absorbiert auch im roten bereich)

allg. die strichformeln würde ich lernen!! am besten alle!

bitzli kurz aber besser als nichts oder...

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nix pillepalle


26.06.2015 08:19 		13.2 Substratspezifität von Trypsin und Chymotrypsin; 6.3 Bestimmung der Gleichgewichtskonstanten, geprüft von Examinator: Peer Mittl, Co-Examinator: Sergio Gloor

Meine Biochemieerfahrung zähle ich nicht zu meinen schönsten Erlebnissen am Irchel Ich habe Biochemie gezogen und mich eigentlich darüber gefreut, aber man soll den Tag bekanntlich nicht vor dem Abend loben

Durchführung:
13.2 ist ein sehr einfacher Versuch, schnell durchgeführt und einfach verständlich.
6.3 hingegen war nicht so mein Fall, da viel gerechnet werden muss. Die Formel für Keq ist nicht gegeben, ist ja aber auch nicht wirklich schwierig (Konzentration der Produkte über Konzentration der Edukte, wobei beachtet werden muss, dass ich am Anfang zwar Lactat und NADox beigebe, es sich bei diesen aber eigentlich um die Produkte der Reaktion handelt). Die Protonen-Konzentration muss im Gegensatz zum Praktikum nicht berücksichtigt werden, was mich etwas störte, da dadurch auch die Resultate eine andere Dimension erhalten (Keq im Bereich von 10^4 anstatt 10^12, da H+-Konzentration bei pH 8= 10^-8) und generell andere Zahlen. Die Durchführung an sich ist in der Biochemie eigentlich kein Problem. Ich musste dann jedoch noch die Vant Hoff-Gleichung ableiten, wobei ?G= -R T lnKeq und ?G = ?H T ?S gegeben waren (müssen gleichgesetzt und nach lnKeq aufgelöst werden). Da bereits meine Resultate etwas komisch waren, wurde es dann bei der Darstellung der Gleichung auf Millimeterpapier richtig unübersichtlich

Bei der Prüfung habe ich dann mit 13.2 angefangen, da ich mich hier sicherer fühlte. Jedoch bereits ab dem Einstieg war es holprig. Was haben sie gemacht? konnte ich ja noch erklären (mittels vier Ansätzen das Enzym in zwei unbekannten Peptidaselösungen bestimmen). Was sind Trypsin und Chymotrypsin? - Peptidasen, anderer möglicher Namen? - Proteasen, Allgemeiner? Enzyme, Noch allgemeiner? Proteine, Gibt es auch Proteine, die keine Enzyme sind?- Natürlich!, Zum Beispiel? Hmmm, da gibt es viele, sie kamen mir nur leider nicht gerade in den Sinn Habe dann GPCR erwähnt (er meinte, das seien auch Enzyme), hmmm Stabilitätsproteine in der Membran von Zellmembranen, war er auch noch nicht zufrieden, bis mir endlich Hämoglobin in den Sinn kam, Genau, und zu welcher Klasse gehören diese Proteine?- Transportproteine, gibt es noch andere Transportproteine im Blut?- Ja, z.B. Albumin und viele andere
Was machen Enzyme?- sie katalysieren eine Reaktion indem sie die Aktivitätsenergie erniedrigen, durch Überführung in einen Übergangszustand. Wollte dann noch irgendwie wissen was ein Enzym besser bindet als das Substrat Die Antwort wäre gewesen den Enzym-Substrat-Komplex oder so, habe ich nicht wirklich kapiert...
Dann kam er auch mal wieder zum eigentlichen Versuch zurück:
Zu welcher Klasse von Pepitdasen gehören Trypsin und Chymotrypsin?- Serinproteasen, Wie sind diese aufgebaut? erzählte von der katalytischen Trias (Aspartat, Histidin und Serin) im aktiven Zentrum, Welche weiteren Proteasen gibt es? - Metalloproteasen (war stolz, dass ich das wusste), Ein Beispiel?- (und ich war schon stolz, dass ich Metalloproteasen überhaupt kannte) Bsp.: Kollagenasen (wenn ich mich richtig erinnere), Was befindet sich dort im Zentrum?- ein Metallion, Was für eines?-Ähm, da muss ich rate, Nicht raten, wissen!- Magnesium? Nein, Zink?! ja genau (war stolz, dass ich es im zweiten Anlauf herausgefunden habe!), Welche weiteren Proteasen-Gruppen gibt es?- Ich kenne keine weiteren mehr (habe doch soeben die Metalloproteasen gekannt, reicht das nicht?!), Sagt ihnen Caspase etwas? - Leider nein (irgendwo im Zusammenhang mit Apoptose), Was könnten diese im aktiven Zentrum haben?- ähmmm, Eine Aminosäure mit C?- Cystein! (leider kam es nicht mir in den Sinn, sondern ihm), Dann gibt es noch die sauren Peptidasen!- (Ohhh sh**, die hätte ich wohl kennen sollen, mittlerweile hatte ich aber die Schnauze voll von Peptidasen!) Beispiel?- Pepsin (wuueeeh erste richtige Frage seit laaangem), Letzte Gruppe?- ???, ich weiss nicht mehr wie er sich die Frage selber beantwortet hat (bzw. mir erklärt hat), aber sie haben glaube ich ein Threonin im aktiven Zentrum, und werden nur halb als eigene Gruppe gerechnet, da sie auch zu den Serinproteasen gezählt werden können (alkoholische Aminosäuren)
Zurück zum Experiment (endlich ein Wechsel): Ich musste N-B-Arginin-ethylester und N-B-Tyrosin-ethylester zeichnen bzw. ich hatte es bereits vorgezeichnet, allerdings habe ich die Spaltstelle versehentlich falsch eingezeichnet. Wir besprachen, wie die Esterbindung gespalten wird: Was entsteht? - Wusste ich leider nicht mehr Carbonsäure und ein Alkohol, wusste jedoch, dass H+ frei bleibt und somit durch den Indikator nachgewiesen werden kann. Wieso ist H+ nachweisbar, wenn man einen Puffer hinzugibt? Puffer ist zu gering konzentriert, Wie ist die Konzentration des Puffers? kann man in der Versuchsanleitung nachschauen (4mM zu 8mM des Substrats, d.h. Puffer kann gar nicht alles abpuffern).
Dies war dann in etwa alles zu diesem Versuch, wobei die Besprechung mehr als die Hälfte der Prüfung dauerte, was mir ja eigentlich recht war Denn ich wusste ja, dass ich mit 6.3 nicht unbedingt punkten kann, es kam jedoch schlimmer als erwartet!

Ausgangsreaktion von 6.3 ist ja Pyruvat + NADred + H+ -> Lactat + NADox, diese haben wir nun eine gefühlte Ewigkeit besprochen. Wie heisst diese Reaktion?- ich hatte keine Ahnung (wie bei diversen dieser Fragen, ich schreibe euch also einfach die Lösung hin!): Milchsäuregärung, Wo gibt es sonst noch eine Gärung?- Alkoholische Gärung, Was ist der Unterschied?- kam ich nicht drauf, also liess er mich Pyruvat und Lactat zeichnen (uuups, kam nicht so gut raus) und dann den Alkohol, was schlussendlich der Unterschied ist, habe ich leider vergessen Wo kommt diese Reaktion vor?- Im Körper unter anaeroben Bedingungen, dann kamen noch diverse Fragen zum Stoffwechsel, die ich verdrängt habe, da noch nie meine Stärke und viel zu vieles habe ich bereits wieder vergessen.
Wie messe ich die Veränderung? - Ich messe die Änderung der Absorption von NADred beim spezifischen Maximum von 340nm mittels Photometer, Was absorpiert? - Nicotinamid-Ring, Wieso? strukturelle Änderung im Ring, da wollte, er dass ich dafür NADred und NADox aufzeichne, was ich auch nur so halb konnte. Dann fragte er mich noch, was dann übertragen wird Ich sagte ein Proton. Was noch? - Mittlerweile kamen mir die zwei Elektronen nicht mehr in den Sinn, die für die Bindung mitgeliefert werden
So ich denke wir sind fertig Und wie!

Die Atmosphäre war eigentlich trotz meiner Unfähigkeit angenehm (so angenehm wie möglich), an den Fragen störte mich, dass sie mehrheitlich nichts mit dem Versuch zu tun hatten (bzw. nur indirekt)! Zwei, drei solcher Fragen für das Ausloten der Grenzen des Studentens würde ich ja okay finden Für eine vernünftige Vorbereitung auf eine solche Prüfung hätte ich wohl, Schuler vom 2. Semester, sowie sämtliche Stoffwechsel-Vorlesungen repetieren müssen, wofür mir in meinen 2,5 Tagen definitiv die Zeit fehlte. Tipps: Unbedingt Strukturformeln lernen, da wenn man etwas aufzeichnen kann, dann kann man wenigstens etwas Und auch wichtig: einfach nicht unterkriegen lassen!

Ich wünsche euch allen viel Glück!

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Done


25.06.2015 09:13 		13.2 Substratspezifität Trypsin/Chymotrypsin und 6.3 Bestimmung der Gleichgewichtskonstante, geprüft von Gloor & Jele

Versuch 13.2
- Was sind Proteasen, wo kommen sie vor, was machen sie?
- Wie ist ein Protein aufgebaut? Was wird als hinten/vorne definiert (wollte glaubs C/N-Terminus hören)
- Müssen die Proteine denaturiert sein für die Spaltung?
- Zeichnen: Peptidbindung, Esterbindung -> aufzeichnen wie und wo die Spaltung erfolgt, was dann entsteht
- Was sind Trypsin/Chymotrypsin für Proteasen? (Serin -> aufzeichnen)
- Zeichnen N-Benzoyl-L-Arginin/Tyrosinethylester, dazu erklären: Wo greift Serin an (am C bei der Esterbindung) Warum greift das Serin nicht die Peptidbindung zur Benzoylgruppe an? (weil Proteasen jeweils das C in Richtung C-Terminus angreifen und nicht das C am N-Terminus; dazu aufzeigen wo wäre C-bzw. N-Terminus, wenn das hier ein ganzes Protein wäre)
- Was macht die Benzoylgruppe? (Reaktion mit/ohne Benzoyl aufzeichnen)
- Wieso wird die Lösung gelb (sauer) trotz vorhandenem Puffer? er wollte die genaue mengenmässige Antwort hören: im Experiment verwendet man 4mM Puffer, aber 8mM Substrat -> d.h. sobald mehr als 4mM Substrat reagiert hat, ist der Puffer ausgeschöpft und es kann ein Farbumschlag detektiert werden


Versuch 6.3
- Was haben sie gemacht?
- Wie haben sie berechnet? (Pyruvat, NADred anfangs Null etc.)
- NADred aufzeichnen, Absorptionsmaxima erwähnen, Lambert Beer erklären
- Warum die Produkte als Substrate? kommt nicht drauf an von welcher Seite das Gleichgewicht erreicht wird
- Was bedeutet Keq? Was sagt uns ihr Wert hier? (GGW liegt stark rechts)
- Was wäre Keq wenn... (er sagt irgendwelche Zahlen für die Produkte/Substrate zur Reaktion) -> Antwort: Keq ist immer gleich! (nicht verwirren lassen)
- Van't Hoff Herleiten und erklären was sie aussagt, dazu die Van't Hoff Darstellung erklären
- Was erwarten sie für ihre Reaktion (eine Gerade) - Warum? (abhängig von 1/T siehe Gleichung) - Warum haben sie eine Kurve? (ähmm... zu ungenau gearbeitet? oder ich war zu langsam beim Messen, dann kühlt die Lösung wieder etwas ab und es gibt falsche Resultate)
- Was sagt uns diese Steigung? (exotherm) - Warum? (lnKeq sinkt mit steigender Temperatur, d.h. GGW verschiebt sich nach links)
- Was wäre bei der umgekehrter Reaktion? (endotherm) - Wie wäre die Steigung? (negativ, aber genau gleich, d.h. nicht steiler oder flacher) - Weshalb? (Weil die Reaktion reversibel ist!)


Allgemein: Gloor ist ein sehr netter und geduldiger Prüfer, beharrt jedoch auf seinen Fragen und lässt einem keine Ruhe, bis man die richtige Lösung sagt (auch wenn er sie einem in den Mund legen muss), ich musste sehr viel zeichnen und viele Fragen waren über die grundlegende Chemie mit Bindungen etc.

Viel Glück!

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tuusig


23.06.2015 15:56 		13.3 Chymotrypsinogenaktivierung und 12.1 Katalase im Blut, geprüft von Jelesarov, Co-Examinatorin: Frau Honegger

Zog die Karte mit dem Männchen, das ein Fass oder so vor sich herschiebt.
Beide Versuche sehr einfach, da nicht genau gearbeitet werden muss und war nach ca. 20min komplett fertig. Hatte also genügend Zeit um mein "Spick" zu schreiben, etwas zu essen und nervös zu werden.

Zu Jelesarov: lässt sehr viel frei erzählen (hat mich nie unterbrochen). Faire Fragen und hilft dann auch, nachdem er etwas Zeit zum nachdenken gab. Etwas verwirrend kann sein, dass er teilweise Fragen stellt, die man eigentlich schon im vorherigen Gespräch erklärt hat. Einfach nochmal erklären und nicht verwirren lassen, dann hat er Freude

PS: er hat v.a. Fragen gestellt, die hier im cgfx schonmal erwähnt wurden, lohnt sich definitiv also mal druchzugehen!

12.1 Katalase:
- Warum haben Sie eine Kontrolle gemacht?
- Wie entsteht H2O2 (au O2-, dieses wiederum entsteht weil es ein elektron vom Hb bekommt)
- Warum wird die eine Lösung weisslich (gebleicht) - Jelesarov wollte folgendes hören: "H2O2 oxidiert den Porphyrinring"
- Was macht H2O2 sonst noch (meine Antwort: Zellmembrane und Strukturen durch Oxidation zerstören, k.A. obs richtig war)
- Wie entsteht Schaum?
- Kann ein Protein als Seife/Detergenz wirken? (Jelesarov: Theoretisch Ja! Seife = innen hydrophob, aussen hydrophil - ist bei vielen Proteinen der Fall - sollte Beispiele für andere Detergenzien als Phospholipide nennen.. naja hatte keine Ahnung)

13.3 Chymotrypsinogenaktivierung
- Warum esterbindung genommen und nicht Peptidbindung?
- Warum wird nicht die Peptidbindung zwischen Tyrosin und Benzoylrest hydrolisiert? (Enzym hat eine schneidrichtung durch die 3D Struktur und erkennt ganz einfach diese Stelle nicht, musste den Tyrosin-benzoylester zeichnen)
- Welche AS in den aktiven Zentren von Trypsin, Chymotrypsin, Pepsin
- Warum hat es einen Puffer, obwohl die H+ Ionen vom Farbstoff aufgenommen werden sollten? (Die ungefähre Antwort die ich mit ihm zusammen ausgearbeitet habe: Sorgt dafür, dass Reaktion bei pH 9 (oder so) abläuft, aber ist nur in kleiner Konzentration vorhanden, so dass die Pufferkapazität sehr tief ist -> keinen grossen Einfluss auf das Ergebnis)


Viel Erfolg!

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2014

Nathan


02.07.2014 17:42 		Eieralbumin (13.1) und Hämoglobinpuffer (12.3), geprüft von Caflish?!

Hoi zäme!

Wie min vorschriiber hani die gliche vrsüech gha. Dvrsüech selber sind agnehm vrloffe, han super ziit gha und mr hend e mega liebe betreuerin gha.

Ich has nid bim schueler gha... bi somene typ wo wienen bündner tönt het vom name her.

dBefragig:

13.1.:
-sehr ähnliche Fragekatalog wie min Vorredner, au hitzekoagulierig wieso?
-Denn isch pepsin spezifisch?
-wo chunts vor?
-weli peptidase gits na?
-was spaltet pepsin? d.h. weli bindig? (Peptid, resp. amidbindig)
-i welem Bereich idealerwiis am schaffe, vergliche mit Chymotrypsin/trypsin, ha denn en aktivitätskurve bezoge uf de pH müesse zeichne für bedi
-basischi Aminosäuren kennen (für Funktionsweise von Trypsin, wo ja Aspartat i de Bindigstäsche het)
-Aspartat zeichne
-Tertiär, sekundär, primärstruktur kenne, was gat bir denaturation kaputt (wichtig wege hitzekoagulierig u.a.)
-Wie würkt Biuret?

12.3.:
-Titrationskurve erchläre (Histidin pka kenne)
-Histidin chenne zeichne (wichtig isch de gsi zsege, dass es en imidazolring het)
-Ahand vo de Titrationskurve pKa erchlere (d.h. was es isch)
-Ladigszueständ vo Histidin erchlere anhand vo de Titrationskurve
-chlini rechnige zu pka und süüre baase gliichgwicht

Ich has recht schwierig gfunde, bin aber denki au nid optimal vorbereitet gsi. Summa summarum: dFraage sind echt tricky und es deckt en riiiise bereich ab, vo physiologie halbe über basics vo biochemie (enzymatik) über sehr spezifischi fraage... also en mega breite beriich. bitzeli schwierig, wemmer biochemie scho so lang nümm gha het und zum abschluss au dmotivation langsam fehlt, nomal vollgas zgeh.

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Soli


01.07.2014 11:35 		13.1 Verdauung von Eieralbumin durch Pepsin und 12.3 Pufferkapazität von Hämoglobin , geprüft von Schuler

ha wieder Biochemie zoge wie im winter, es ischmer eich relativ glich gsi wasi zieh, ha eifach druf ghofft Ases hoffentlich fair isch und i mis wüsse cha zeige!

uf au fäu bini as zwöits gange, dr kolleg vor mir scho usecho mit grosse auge und biz schockiert, do hani grad chli angst becho :P

dr schueler wetts eifach gnau wüsse, är frogt noche und haket au noche bisme das seit woner wett ghöre, und i glaub är wett eifach so luege obmes verstande het oder nur uswändig glehrt!

i ha eifach chli e blöde start gha, ha mitem eieralbuminversuech agfange und dete isch s eieralbumin hitzekoaguliert, und är het eifach wöue wüsse was das denn heisst koaguliert , isch gfüehlti tusig johr gange zum das erkläre, het immer wieder nocheghaket und wöue wüsse was das bedütet, das het mi chli usdr bahn gworfe aber jo :P

er het gfrogt:
- ebe was koaguliert genau behütet
- ob Pepsin spezifisch isch (jo isches; für hydrophobi AS)
- obi no was anders kenne wo spezifisch isch, do simer denn uf chymotrypsin cho, was dr unterschied isch : beidi ame andere ort, und beidi bi versch. pH aktiv (pepsin bi 2 und chymotrypsin glaub bi 8) und ob sie sech unterscheide, jo sie unterscheide sech enorm i dr AS zämesetzig!
- denn no erklärt was so i de vier reagenzglesli passiert isch, nur bim letzte (dete wo Pepsin dinne isch) änderet sich d farb und wird dünkler : somit het dete au d Reaktion, also d Verdauuig stattgfunde

denn witer zur Pufferkapazität:
- erkläre wieso d kurve so usgseht und erlütere wie Hämoglobin ufbaut isch (viel histidin ca 7%)
- denn hani müsse i mini kurve (woni uf Millimeterpapier ha ufzeichnet) e titrationskurve inemole vom histidin (ha mir vorher schnell e chlini is Protokoll zeichnet plus no die vier versch. dissoziationsstufe vo histidin, auso vier mau histidin zeichnet mit versch. azahl H+)
denn hanis zerst chli versetzt zeichnet as d plateaus nid gstumme hei, er wetts wüki wüki GENAU und au mit dr genaue erklärig!
- denn hani müsse d plateaus erkläre: auso lehret die titrationskurve zeichne, plus histidin natürli und denn s oberste plateau isch vodr amidgruppe, die nimmt solang H uf bis sie usgschöpft isch, denn gheit dr pH denn nimmt dr Ring H uf bis dä au usgschöpft sich und denn am Schluss carboxylgruppe! und ah ja de jeweilig pH vo dene, s oberste plateau öpe pH 9,s mittlere glaub 6 und s unterste ca pH 3!

jo das wärs gsi, hane as rächt toughe examinator empfunde, vilich au willi sone blöde start gha ha! Aber dänke mir mau,aser fair benotet (hoffentlech!)

viu erfoug no :-)

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FG


27.06.2014 15:38 		6.3 Gleichgewichtskonstante 13.2 Bindungsspezifität von Chymotrypsin und Trypsin, geprüft von Frau und Co: Jelli

Ich habe mit dem Versuch 13.2 angefangen war ja auch ganz schnell erledigt.. 3 Sachen zusammen mischen und schon erledigt. (2 mal rot 2 mal gelb - Gelb: Reaktion hat stattgefunden - wieso wird es gelb? pH - H wird nicht gepuffert weil es eine Esterbindung hat)
Ich habe sofort mit dem nächsten Versuch angefangen, der dauert echt lange! Bis ich den Versuch mit allen Gleichgewichtskonstanten berechnet habe war schon fast 10 Uhr! Ich hatte glück musste ich nicht als erstes zur Prüfung.

13.2
Was haben sie gemacht? Was können sie dauraus schliessen? - Chymotrypsin und Trypsin haben unterschiedliche Bindungsspezifitäten. Wie können sie sich das erklären? - unterschiedliche Bngtasche (habe ich vorher aufgezeichnet mit all den Beteiligten AS) Was ist es für eine Reaktion? - Hydrolyse mit erklärung (habe vorher die Reaktion aufgezeichnet) was ist es für eine Protease? Serinprotease Was gibt es sonst noch für Proteasen? Metalloprotease Wo ist diese im Körper zu finden? Dann sind wir noch auf die Spaltungen von Lipiden und Kohlenhydraten gekommen - steht eigentlich alles im Olatskript. Ach ja auf Pepsin sind wir irgenwie auch noch zu sprechen gekommen.

6.3
Habe mich leider verrechnet bei der Gleichgewichtskonstante - iwie hatte sich ein Folgefehler eingeschlichen. War hoffentlich nicht zu schlimm. Habe jeweils die Absorption und Konzentration von Nadred auch noch auf das Protokell geschrieben. Musste deshalb zeigen wie ich es berechnet habe.
Dann weiter wieso messen wir von Nadred? Wo liegt das Spektrum? (habe vorher Nadred aufgezeichnet, bzw Nadox) Vant Hoff erklären. Unterschied endo- exotherme Reaktion. Was bestimmt die Geschwindigkeit einer Reaktion? - ich habe die ganze Zeit etwas von Temp. Enzymkonzentration, Substratkonzentration, pH und Aktivatoren und Inhibitoren erzählt - doch sie wollte nur AKTIVIERUNGSenergie hören!

Ja das wars auch mehr oder weniger. War halb so wild.

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Fisch


25.06.2014 19:51 		13.1 Verdauung von Eieralbumin durch Pepsin & 12.3 Pufferung von Hämoglobin im Blut, geprüft von Sergio Gloor + Honegger

Ich han de wissi Bölle zoge --> mööp

Han denn aber zimmli Glück gha mit de Experiment, die send super eifach und es staht so zimmli alles ide Aleitig. Die Frau wo uf ois ufpasst isch sooo ultra nett, wines Grossi wo immer chunnt choge luege wänn'd chli verwirrt driluegsch. Si hett mer zum Bispiel die ganze Absorptione gmesse, zum mer zeige, dassmer das ganze mit nur 1 Küvette chan messe.

De Gloor fangt issy a, seit eifach erkläred sie mol was sie gmacht hend. Denn hetter uf mini Reagenzgläser zeigt und gfrogt wasi do demit gmacht hab. Bin zimmli ufem Schluuch gstande, woner gfrogt het, wieso dass Eieralbumin nöd in glöster Form teschtet wird. Nachem gfühlte 100schte Tipp vo ihm bini denn druuf cho (und au scho wieder vergesse, sorry).
Was isch Pepsin? Wie schützt sich s'Pepsin vor de Süüri? Wie entstahts? Was isch s'spezielle a dere Reaktion (so us bichemischer Sicht)?. Was isch Biuret? Chamer anhand vo de Reagenzröhrli und de Absorptione usefinde wieviel d'Konzentration vom Pepsin sich (wtf?) Achtet druuf, dass der "biochemische Wortschatz" verwändet, er hets nöd so gfühlt woni gseit ha, "s'Peptid isch umgefloge".

Bim zweite Versuech nomol gliich agfange. Wo pufferet Hämoglobin, wie pufferets? Was hend sie do mit dere Kontrolle bewirkt?
Was isch en Puffer? wo und wie pufferet s'Histidin? und dänn Bääm: Zeichned sie en Titrationskurve vo Histidin... und ich han kei Plan gha. Hans den 4 mal müesse Versueche z'zeichne, has aber ned gschafft. De Gloor isch liecht stinkig gsi und ich sehr piindlech berührt.

De Gloor isch ziemlich heftig, find ich. Er hackt solang uf de Frog ume, bis du d'Antwort seich. Zeichne hani nüt müsse, die Sache woni zeichnet ha und ehm ha welle zeige: "Ja das intressiert mi etz nöd"

Toitoitoi allne

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G


23.06.2014 18:17 		6.1 Aktivität der Kreatinkinase und 12.4 Absorptionsspektrum von Oxy/DesoyHb, geprüft von Herr Gloor und Jele

Versuche sind eigentlich schnell gemacht, war nach ca. 20 min fertig. Danach alles brav ausrechnen (Konzentrationen mit Lambert-Beer und dann noch Verdünnungsfaktoren und bei 6.1 in U umrechnen und die Konzentration bestimmen) und schön darstellen. Noch ein paar Spektren zeichnen und gut ist! Hab die Zeit dann noch genutzt um nachzurechnen und ein paar Moleküle zu zeichnen, man weiss ja nie...

Gefragt wurde: (An was ich mich noch erinnern kann...)
Was ist die Kreatinkinase? (Enzym im Muskel, wichtig für Energiestoffwechsel, Reaktion ist ja bekannt)
Wieso ist es für Mediziner wichtig über Kreatinkinase bescheid zu wissen? (Habe zuerst allgemein über Enzymaktivitäten und von der KK gesprochen, wollte einfach hören dass sie bei Muskelschäden/Herzinfarkten im Serum nachweisbar ist)
Prinzip des Experiments? (Bei Herrn Gloor geht es eigentlich die ganze Zeit nur um Prinzipien aber haben über die gekoppelten Reaktionen, Absorption von NADH gesprochen. Wichtig dass Reaktion 1 keinen photometrischen Nachweis gibt. Bedinungen der nachfolgenden Reaktionen. Wo liegen GGWs? FliessGGW? etwas über Thermodynamik...)
Was ist eigentlich Epsilon? (Hatte etwas lange bis ich es so gesagt habe wie er es haben wollte)
Welche Komponenten zwingend im Überschuss?
Wichtig dass Reaktion 3 ganz rechts liegt, bei anderen nicht so wichtig.
Bei 10 Reaktionen ist immer die langsamste Geschwindigkeitsbestimmend!

Was haben Sie gemessen? (chilliges Experiment, Gerät misst eigentlich alles)
Wie würde das Spektrum bei 50/50 Oxy/DesoxyHb aussehen? (genau in Mitte der Kurven, isosbestische Punkte als Fixpunkte)
Was ist Hämoglobin? (Transportprotein für O2, da ja praktisch unlöslich)
Welche Farbe hat Blut und wieso? (Blutrot! max. Absorption eben nicht bei 550nm sondern bei ca 400 also eher im kurzwelligen Bereich --> daher rot)
prostetische Gruppe von Hb? (Wollte nicht dass ich den Porphyrinring zeichne, habe aber dies schon extra gemacht also hab ich ihn ihm auch unter die Nase gehalten xD)

Allgemeines: Herr Gloor ist nett. Und Jelezarov lächelt immer fröhlich und schreibt fleissig mit. Ein super Duo an der Prüfung! (Habe das Gefühl es ist fast entscheidender wer Prüfer ist und nicht ob man es im Griff hat - etwas Glück gehört halt auch dazu...) Er wollte keine einzelne Rechnung oder Struktur sehen, obwohl ich bei beidnen Experimenten rechnen musste und es ja darum ging die Aktivität bzw. Konzentration der KK als auch die Konz. von Hb zu bestimmen. Ihm ging es vor allem ums Prinzip und ums grosse Ganze. Benützt man Begriffe richtig, versteht man GGW usw.
Also alles in Allem ein fairer Prüfer, den die Details nicht interessieren (andere Profs dafür ja umso mehr...) und schaut ob man die Grundlegenden Dinge verstanden hat bzw. sich seiner Sache sicher ist. Ach ja ganz wichtig: wenn man in seiner Zusatzvorlesung am Freitagnachmittag war, hat man die halbe Prüfung schon im Sack

Also möchets guet und scho bald isches ja dure


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Li

06.07.2014 16:43

 Die Absorption ist doch eben gerade bei 400 rum nicht vorhanden, daher wird es reflektiert und wir nehmen es rot wahr..
F

06.07.2014 18:02

 im Gegenteil, bei 400nm (Soret-Bande!) ist die Absorbtion bei weitem am stärksten!
G

16.08.2014 18:55

 EDIT: het grosszügigerwiis en 6er gäh

2013

FragMutti


08.07.2013 16:41 		13.3 Chymotrypsinogenaktivierung und 12.1 Katalase im Blut, geprüft von Ben &quot;the kid&quot; Schuler

Liebe Kinder,

1. evtl. sind die weissen Bälle wirklich rauher. Ich hatte das Gefühl mein Weisser wars.

2. es gibt 2 identische Karten mit "Tulpe/Blume im Topf" und die sind nicht unterscheidbar und eins davon ist glaube ich ein böser Versuch mit viel Mathe. Und alle stürzen sich als erstes auf diese Karten!

3. ich zog eine Karte mit so nem Männchen drauf, dass was rollt oder so, ist das einzige Bild, wo es keinen Hintergrund oder eine Landschaft drauf hat. Tadaa, ein netter Versuch ohne Mathe! Für alle mit Dyskalkulie ein wahrer Segen!

4. was mir schlussendlich am meisten half und eventuell auch den Ar*** rettete: die alten Fragen hier lesen, verstehen oder sonst einfach die Antworten auswendig lernen! Für diesen Versuch reicht das völlig, hab das Skript keine Sekunde angeschaut und erinnerte mich null ans Praktikum.

Schuler war sehr sympathisch und freundlich, die Co-Examinatorin schrieb nur auf. Er liess mich frei reden, fragte mal nach, wenn er auf was anderes hinaus wollte oder noch mehr darüber wissen wollte. Wenn er Fragen stellte, dann wirklich nur diese, die ihr in den älteren Protokollen hier zum Versuch nachlesen könnt. Da ich die halb auswendig konnte und die andern tatsächlich verstanden hatte, war es einfach nur Schoggi! Ich war nach 15min mit den Versuchen fertig und konnte den Rest der Zeit alle Antworten vorsorglich aufschreiben und dann bei der Befragung nur noch vom Blatt ablesen.

Zuerst erklärt man, was man gemacht hat und was der Sinn des Versuchs war...Sinn ist manchmal sehr stupide und steht im Titel (die Aktivierung von Chymotrypsin untersuchen/Aktivität der Katalase veranschaulichen).

Bei Katalase: wieso schäumt A? Ich war mir echt nicht mehr sicher, hier stehen ja komische Sachen. Schuler sagt: weil Katalase Redox macht, also H2O2 oxidiert, wird dadurch O2 frei....das ist alles!!! Ja merci...ich habs einfach voll unverständlich ausgedrückt.

Zwei Aussagen/Fragen von ihm habe ich nicht richtig verstanden (Relevanz von Chymotrypsin für Medizin, wollte nicht die ganze Physiologie abhandeln/ wieso Röhrchen C im Katalaseversuch heller ist als A, nicht weil es mehr Wasser drin hat). Was ich da gemacht habe: einfach ignorieren und über was anderes, ähnliches weiterreden. Er hat es tatsächlich durchgehen lassen und ist nicht mehr auf die Fragen eingegangen! Nett!

Zeichnen: er wollte das N-Benzoyl-Tyrosinester-Dingsda (Ethyl, also CH3CH2OH) gezeichnet haben. Ich hab mir nur den Benzoylrest gemerkt, den Rest habe ich dann (mit ein wenig Hilfe von ihm), hergeleitet. Wäre gut, wenn man Tyrosin zeichnen kann. Ich hab ihm zuerst eine standard-AS gezeichnet, dann den aromat.Ring angefügt...er dann "ja und jetzt haben Sie Phenylalanin"...ich: "oh ja.." und habe dann schnell das -OH angefügt...dann nur noch die Esterbindung, also ein Alkohol anhängen ans -COOH vom Tyrosin und fertig! Habe mir vorher natürlich Peptid und Esterbindungen schön aufgezeichnet, wie sie entstehen, also woraus und wie man sie spaltet und was dann passiert. So kann euch nichts erschüttern, da ihr nur noch vom Blatt spicken könnt.
Wenn ich es nicht schon gezeichnet hätte, hätte ich ihm sicher auch die Peptid/Esterbindungen zeichnen müssen. Also zeichnet alles vor!

Hämoglobin wollte er natürlich auch gezeichnet haben. Konnte nur die einfache Pacman-Version, hab die aber ausführlich erklärt und gesagt was für Ketten im Globin sind. Dann wollte er wissen, wie die Globine untereinander verbunden sind. Kam nicht drauf...hab was von Quartärstruktur und diverse Bindungen gefaselt. Musste dann alle Bindungsarten (vdW, H-Brücken, kovalent, S-S etc.) aufzählen und auswählen welche es nun sind...(alles ausser Kovalent angeblich). Richtig konnte ich nur den Häm-Teil des Hb zeichnen, fand er aber auch ok. Dann die Frage, wie das denn nun mit dem Rest verbunden ist (5. Bindungsstelle erwähnt, Imidazol, Histidin..da hatte er Freude).
Was ist denn an der 6. Bindungsstelle? Da bindet der Sauerstoff.
Sehr schön, Sie können gehen.
Merci!

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N


29.06.2013 10:35 		13.2 Substratspezifität Trypsin/Chymotrypsin und 6.3 Gleichgewicht Pyruvat --> Lactat inkl Temperaturabhängigkeit, geprüft von Dutzler + ?

Habe genau den gleichen Versuch wie Pilkku am Morgen gehabt (Symbol mit Brücke), aber Dutzler wollte überhaupt nicht wissen was ich ausgerechnet habe

Er wollte eher was über chemische Verbindungen und Glykolyse/Citratzyklus hören...Reaktionen aufzeichnen und wenn falsch darauf eingehen was warum falsch ist..irgendwie hat er immer wieder nachgehakt und ich kann mich gar nicht an spezifische Fragen erinnern.
Es war viel mehr so: Wie ist das jetzt genau? Und was kommt dabei heraus? Naja war ziemlich nervig..hier ein paar Beispiele, wie gesagt kann mich nicht an die genaue Frage erinnern bzw. waren meist darauf bezogen was ich gerade gesagt/gezeichnet hatte (meist irgendwas falsches)...

Versuch 13.2
1. Warum kann man anahand des Versuches Trypsin und Chymotrypsin unterscheiden?
2. Was spalten sie? Peptidbindung aufzeichnen
3. Wo greift sie an und warum? Sind auf Serin (aktives Zentrum) eingegangen wo und warum das genau angreift
4. Warum Esterverbindung genommen? Ester aufzeichnen,
5. Reaktion was kommt dabei heraus (Alkohol), wieder aufzeichnen
6. Warum Puffer in Reaktion obwohl man pH messen will?
7. wofür ist Benzoylgruppe da und wo ist sie angehängt? Habs an völlig falschen Ort gezeichnet gehabt, ist sehr genau darauf eingegangen warum falsch
8. Andere Peptidasen? Pepsin...im sauren Bereich wegen sauren AS in aktivem Zentrum
9. Warum hat pH Einfluss auf Pepsin? weil deprotoniert/protoniert...
10. Saure AS bei Pepsin im Magen protoniert od deprotoniert? Habs natürlich vor lauter Aufregung falsch gesagt..
11. Bei welchem pH wirken Trypsin und Chymotrypsin? Warum? Irgendwie dann draufgekommen, dass Histidin bei dem Bereich puffert (ist ja im aktiven Zentrum drin)

Versuch 6.3
1. Was für eine Reaktion?
2. Pyruvat aufzeichnen, was für eine Verbindung? Ketonkörper
3. Wo kommt Pyruvat im Körper vor? Glykolyse und Ort wollte er hören
4. Glykolyse was ist das für eine Reaktion?
5. Was wird aus Pyruvat in Glykolyse/Citratzyklus? Wollte hören CO2
6. Was wird H2O in Glykolyse? O2
7. Warum überhaupt diese Reaktion? schnellere Energiebereitstellung anstatt OxPhos
8. Lactat aufzeichnen...wusste nicht mehr genau wie und hatte ziemlich ne lange Leitung wo jetzt die Alkoholgruppe hin muss
9. Warum NADred als Messung für Reaktion? (zusätzliche Absorption bei 340nm wegen Nicotinamidring)
10. NAD was absorbiert? Er ging v.a. darauf ein was ich falsch gezeichnet hatte
11. Was hat Temperatur mit allem zu tun?
12. Aufzeichnen Reaktion in einer Grafik mit G auf Y-Achse... was ist wichtig für Unterschied exotherm/endotherm: ?G + zeigen
13. wie erkennt man ob exotherm od endotherm?

Alles in Allem wars ziemlich scheisse...er hat mich sehr verunsichert und auf Details rumgehackt (v.a. 1. Jahresstoff), wollte aber überhaupt nicht sehen was ich schon alles gezeichnet hatte und so...(Klar Protokoll dient als Spick aber trotzdem) Irgendwie eher nach dem Stil: "ich finde jetzt heraus was du alles NICHT kannst" =/

EDIT: Hat trotzdem eine 4 gegeben

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Pilkku


28.06.2013 17:46 		Substratspezifität Trypsin/Chymotrypsin, Bestimmung der Keq Pyruvat/Lactat-Reaktion (inkl. Temperaturabhängigkeit der Keq), geprüft von Gloor & etwas komische Frau

Ich habe das Los mit der Brücke drauf rausgezogen und die beiden obigen Versuche erhalten.

Der erste Versuch, wo man die Substratspezifität von Trypsin und Chymotrypsin bestimmen soll, ist sehr einfach durchzuführen. Gloor fragt aber dazu ziemlich spezifische Fragen, genauer Ablauf der Reaktion, warum Indikatorumschlag trotz Puffer, warum Ester im Versuch und nicht Peptidbindung, genau welches Proton ist dann für den Farbumschlag zuständig, Unterschiede Ester-/Peptidbindung, was ist Serinprotease, welche AS spaltet Trypsin bzw. Chymotrypsin.

Der zweite Versuch ist vom Durchführen her nicht schwierig, man muss aber einiges rechnen. Die Berechnungen sind in dem Sinne einfach, aber man sollte eine gute Übersicht behalten. Man muss van't Hoff herleiten können, auch nicht schwierig, aber sollte man vielleicht am Abend vorher nochmals anschauen, damit man sicher ist. Delta H muss berechnet werden können! (Am besten via Steigung der Geraden (m = Delta-H/R --> nach Delta-H auflösen)

Ich war froh, diese Versuche gezogen zu haben, man muss zwar ziemlich viel rechnen, aber ich denke, wenn man alle Berechnungen tiptop kann, gibt das bestimmt Pluspunkte!

Gloor habe ich als freundlichen, aber doch ziemlich toughen Experten empfunden! Er verzieht so ziemlich keine Miene und er lässt nicht locker, bis man die richtige Antwort gibt. Also, einfach nicht aus der Ruhe bringen und sich nicht einschüchtern lassen, dann klappt das Ganze auch!

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Michal


28.06.2013 14:59 		13.1 Verdauung von Eieralbumin durch Pepsin & 1/3 12.3 Pufferung von Hämoglobin im Blut, geprüft von Lindner (&amp; Peer)

Ganz nette Atmosphere, sowohl im Labor (essen, trinken, schwätzen erlaubt während dem warten, solange es die anderen nicht stört ) als auch an der Prüfung selber (viel lachen, viele hilfsfragen)

Vooooorig Zeit für die Versuche, mit dem Eieralbumin anfangen und es stehen lassen, während dem Hb titrieren zum rechnen gibts kaum was. Beim plotten von der Titrationskurven aufpassen: Hb in 100 um Schritt titriert, NaCl nur mit 50 um!

Experimente haben gut geklappt

Verdauung von Eieralbumin:
Was haben sie da gemacht, was war der Sinn dieses Versuchs? - Ob Pepsin koaguliertes Eieralbumin verdauut oder nicht? - Und was haben Sie rausgefunden? - Es verdaut's. - Was ist koaguliertes Protein? - Das Protein wurde erhitzt, und es verlor seine Stuktur. - Ja, aber warum verklumpt es denn so? - Es hat sich entfaltet und ist langkettig geworden. Es zurück in seine ursprungliche Form hinzukriegen ist schwierig. - Was hat es zusammengehalten? - Schwache, nichtkovalente intermolekulare Kräfte: H-Brücken, polare Wechselwirkungen. - Ist das alles, was ein Protein in seiner Form hält? Nein, vdW-Kräfte, S-Brücken. - Da sind wir aber zurück bei den kovalenten. - Ja - Ich helfe Ihnen. *scribble* Sagen wir das ist Albumin. - Auf der Oberfläche sind die polaren AS, in der Mitte, geschützt, die hydrophoben. - Genau. Und wenn das Protein denaturiert? - Sind die hydrophoben frei zugänglich. - Haben sie das gerne? - Nein, sie suchen sich andere hydrophobe Gruppen. - Woher? - Im gleichen Protein... - Aber sie haben gesagt, das es schwierig ist, den Protein zurück in seine ursprüngliche Form hinzukriegen. - ... oder von den anderen Proteinmolekülen. - Genau. Und somit koaguliert das ganze

So, gut, und was macht Pepsin? - Es schneidet die Peptidkette? - Wo? - Zwischen den Aminosäuren an der Peptidbindung? Können Sie es mal zeigen? - Ja, da habe ich eine Peptidkette für den Biuret-Nachweis... da ist die Peptidbindung... da kommt Pepsin, und macht eine hydrolytische Spaltung (H2O dazugezeichnet), dann geht das H ans N, und das OH ans C, bildet dann die Carboxygruppe. - Da sehe ich, sie haben den Biuret-Nachweis skiziert... Ist aber nicht ganz richtig, es fehlt noch was... - Cu2+ - Ja. Und was machts? - Es komplexiert die Peptidbindungen. - Genau. Wofür brauchen wir denn den Biuret-Reagenz? - Ehm (?)... Um das Kupfer zu lösen? - Ja, das Kupfer muss in Lösung sein, aber das ist nicht, warum es den Biuret braucht. Warum heisst über Biuret "Biuret"? Nach dem Herrn Biuret? - Nice try, ausnahmsweise nicht . Was sehen sie da? - Bi--uret? Also 2 Uret? - Genau, 2 Urea. Und was passiert? - Es komplexiert den Kupfer von der anderen Seite. - Ja. Geht es nur mit dem Biuret? Keine Ahnung? Vielleicht ja? - Nein, aber es ist das kurzeste Molekül, das es kann. Es braucht eben 4 blahblah um dem Kupfer zu komplexieren.

Kommen wir zum nächsten Versuch...

Pufferung von Hämoglobin:
Was haben Sie da gemacht und warum? - Der Ziel war, rauszufinden, ob Hb ein guter Puffer ist. Dazu haben wir Hb gelöst in 150 mM NaCl Lösung titriert, und reine 150 mM NaCl Lösung zur Kontrolle. Hb puffert gut. - Wieso? Es hat Histidin, und Histidin puffert gut im physiologischem Bereich, weil es ein pKa zwischen 6-7 hat. - Was ist pKa? - Der negativer Logarithmus aus der Säurenkonstante. - O.o Und was sagts aus? - Bei pH = pKa liegen die Moleküle zur 1/2 als Säure und zu 1/2 als Base vor. - Genau das wollte ich hören Ist Hb ein guter Puffer? - Ja. - Warum? Es ist nicht das, an was Sie zuerst denken, wenn Sie das Wort Puffer hören. Wenn ich Sie jetzt ins Labor schicken würde, einen Puffer für pH 6-8 herzustellen, kämen Sie wahrscheinlich nicht mit Hb zurück, oder? - Nein, ich käme wahrscheinlich ohne Puffer zurück - Ja, aber warum ist den Hb so ein guter Puffer? - Wir haben eine hohe Hb Konzentration im Blut. - Das ist ein sehr guter Punkt. Wenn wir ihre Titrationskurve anschauen, warum sieht es so aus? - Hb puffert. - Aber sie haben gesagt im Bereich 6-7. Was passiert denn da oben und da unten? - Es gibt andere AS, die protoniert und deprotoniert werden können? z.B.? Asp, Glu, Lys, Arg, ... - Da haben Sie noch so einen Dreieck, wozu denn? - Teil der Aufgabe, war die Pufferkapazität auszurechnen. - Was ist die Pufferkapazität? - Anzahl mol H+, die in 1l der Lösung hinzugegeben werden müssen, um das pH um 1 zu erniedriegen. - Hängt die Pufferkapazität von der Hb Konzentration ab? - Ja. - Sind Sie sicher? - Nein. - Also ja oder nein? - ... Ja. - Richtig. Gibts noch weitere Puffer im Blut? - Ja klar! - Warum den klar? Für mich ist das gar nicht klar... - :/ Für mich als Mediziner schon(?) - also gut, fahren Sie fort - Es gibt den Bicarbonatpuffersystem, der ist sehr gut, weil er offen ist. - Dh.? - Man kann immer Nachschieben oder wegnehmen, und weil es nur auf den Quotient von Konz. Säure zu Base drauf ankommt, kann das pH gut rel. konstant gehalten werden. Dann gibts noch den Albuminpuffer, als 2. häufigster Protein im Blut und den Phosphatpuffer, der aber nur zu einem geringen Teil an der Pufferung beteiligt ist. - Gut. Das wär's meinerseits. Vielen Dank und auf wiedersehen! - Danke, aber hoffentlich sehen wir uns dann nächstes Jahr nicht wieder -

Wünsche euch viel Glück!

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Mirko


28.06.2013 14:34 		6.1 enzymaktivität kreatinkinase und hämoglobin oxy/desoxy, geprüft von Kei ahnig meh

son schissdreck

also nach langem umepröble hani usegfunde wiemers meh oder weniger berechnet.
chumi in ruum, erschti frog:

Zeichnen sie ATP und das absorbtionspektrum vo ADP + ATP. kei ahnig gha, han strukture generell nid uswenidglernt.
has den mit A Ribose p p p <-- ufzeichnet. hends gfroget was wo absorbiert. han nur gwüsst 260 oder 280, vom A.

naaaajaa ufjedefall het er denn wölle dasi NAD OX au is absorbtionspektrum izeichne (hani au nid gwüsst, hamer nur NAD red bi 340 gmerkt.) has den glich wie ADP plus minus zeichnet, obs stimmt hetter nid ahmerke loh...^^

NAD red hani auna is spektrum izeichnet, aber in relation zude andere anschienen vill zhöch :P

super, toll, naja denn sind eich die erschte froge zum versuech selber cho, wieso mues glichgwicht rechts si? vo allne reaktione oder gits au usnahme? was hend sie berechnet, wie hend sies berechnet? da isch alles gange, han ihne min lösigsweg erklärt, was für zahle debi usechömed hends selber kein blasse. also 80% vode ziit uf dene blöde strukture umegritte^^

naja deeeenn wiiter, Häm

s'erscht waner het welle, wieder dasi de shit ufzeichne, isch natürli super usecho :P han den afach chli vom häm verzellt, de 6 koordination stelle, 4 zum FE eis zum histidin und eis für de suurstoff. hetter hämoglobin ufzeichned welle ha ( het gmerkt dasi kein blasse han, also heter gseit i sölls mit kreisli und so zeichne, bin nid würkli druscho wiener sich da vorstellt^^) chli über Beta und alpha chetene gschnorred, gseit s'häm isch prostetischi gruppe. o2 bindig verhaltet sich allosterisch.
denn het er suurstoffbindigskurve welle ufzeichnet ha, hani au kei ahnig gha ussert halt dases sigmoid isch.
d'resultat und berechnigsweg hends nid interessiert, isch denn au fertig gsi...^^

viel spass

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NA


26.06.2013 18:27 		12.1 Katalase und 13.3 Chymotrypsinogen, geprüft von Jelezarov (Gloor Co-experte)

habe sofort blume im topf genomen, wollte nicht rechnen...
Versuch lief super. Jelezaov verzieht keine Miene, hat aber gegen schluss noch gescherzt. Fragt unbedingt nach! teilweise wollen sie ganz banale sachen hören, aber man zu "denkt chemisch" oder die banalalität der frage verwirt einfach, weil man nicht glauben will ob sie das ernst meinen....

12.1
-was haben sie gemacht
-warum wurde die lösung braun
-warum ist sie jetzt weiss? (der porphyrinring bleicht wegen des h2o2 aus)
-was macht die katalase
-was macht h202
-was macht Natriumazid
-warum haben sie wasser im versuch benutzt (damit die erys lysieren und die katalase frei wird)
-wie lysieren die erys (wegen osmose, saugen sich mit wasser voll, platzen)
-was ist MethHb
-kommt das physiologisch im körper vor? (ja 2% des blutes, reduktase reduziert sie)
-wie entsteht MetHb? (O2 nimmt e- von Fe2+, reduktase reduziert das Fe3+, SOD macht aus O2- ein H2O2 und katalase reduziert es zu H2O und O2)
-warum schäumt es? wegen der proteine die als detergenzien wirken
-was sind detergenzien? (ich hab noch andere proteine aufgezählt etc. etc. er wollte nur seife hören :P blöd formuliert)

13.3
-Was haben sie gemacht
-Warum ist die lösung D gelb (substrat wrude umgesetzt, pH änderung)
-Warum ist B orange/ gelb (obwohl kein trypsin enthalten ist, die chymotrypsinogenlsg verunreinigt und es hat bereits einige aktivierte chymotrypsine, die die anderen chymotrypsinogene aktivieren)
-Was greift an das terminale C des substrates an? Serin, weil es ja serinproteasen sind?
-Wo ist das serin (in der aktiven tasche)
-Was kommt da noch vor (Histidin und arginin)
-warum hat es da noch histitdin und arginin obwohl nur serin reagiert? (sie machen das serin elektrophiler, saure umgebung)
-was schneidet Chymotrypsin?(die peptidbindung nach tyrosin, tryptophan, und phenylalanin)
-was sind das für AA? (Hydrophbe AA)
-was bedeutet "nach"? er wollte hören das wir ja eine peptidkete vom N terminus zum C terminus lesen und ich musste ihm dann einzeichnen wo sie jetzt schneidet, ich konnte natürlich die AAs zeichnen, wusste aber ihre blöden kürzel (Y, F, W) nicht, hab geraten und es war offenbar richtig)

so das war das gröbste. Ich hab im Protokoll alles aufgezeichnet und die reaktionen, edukte und produkte. war noch recht hilfreich. ich habe mich mit den alten Fragen aus den früheren Jahren vorbereitet und die meisten fragen werden jedes jahr gestellt.

kann also den versuch nur empfehlen!

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boom

03.07.2013 09:57

 wärs nöd serin, histidin und aspartat wo i dä aktive tasche vorchömmed? katalytischi triade, oder?
iim

22.06.2015 14:51

 ja es isch aspartat und histidin. und sie mached serin nucleophiler, nid elektrophiler

Per


26.06.2013 15:47 		12.1 Katalase im Blut, 13.3 Aktivierung von Chymotrypsinogen, geprüft von Dutzler (und Lindner als Co-Experte)

Die Versuchsdurchführung ist hühnen einfach, sie ist sehr schnell gemacht. Ich habe nach 15 Minuten schon alle Ansätze vorbereitet gehabt. Und nach insgesamt einer Stunde hatte ich schon alles auf das Protokoll geschrieben und gezeichnet was mir nur in den Sinn gekommen ist. Da ich so viel Zeit hatte, konnte ich Häm, Superoxid, Peroxid, Phenolrot, Peptidbindung, Esterbindung schon vorzeichnen.

Um 10:00 holte mich dann Herr Dutzler ab.
Die Befragung begann ganz lgre mit der Erklärung der Farbumschläge bei 12.1. Ich erklärte wieso die Lösung A schäumt (weil O2 gebildet wird und v.a. auch weil oberflächenaktive Moleküle aus den EC gelöst wurden [z.B. Phospholipide aus der Membran]); wieso die Lösung B braun ist (weil die Katalase von Natriumazid gehemmt wurde, und das H2O2 konnte darum das Fe der Häm-Gruppe des Hämoglobins oxidieren); dann sagte ich, dass die Lösung B nachher weiss wird, weil das H2O2 den Porphyrin-Ring zerstört, da lachte der Dutzler und sagte es sei schon nicht ganz so krass, da liess er mich noch ein bisschen überlegen, musste mir dann aber auf die Sprünge helfen (das H2O2 oxidiert natürlich die Doppelbindungen des Porphyrin-Rings zu Einzelbindungen und somit verschwindet die rote Farbe); dann fragte er mich über die Katalase aus: was für eine Reaktion sie katalysiert (eine Redox-Reaktion); wie sie diese Reaktion katalysiert (zuerst ist sie Kat(red) dann wird sie zu Kat(ox) und dann wieder zu Kat(red)); dann fragte er mich was bei dieser Reaktion oxidiert oder reduziert wird, da habe ich mich verschnurrt und er sagte ich solle die Moleküle mit ihren Oxidationszahlen aufzeichnen (ich zeichnete also Peroxid, O2 und H2O nochmals auf mit den Oxidationszahlen für Sauerstoff)

Dann sollte ich in einem Satz erklären was ich im Versuch 13.3 gemacht habe; er fragte mich wieso wir einen Ester als Modellsubstrat haben (weil sonst ein primäres Amin bei der Hydrolyse entstehen würde, welches ein H+ aus der Lösung aufnehmen kann und so unseren pH verfälschen könnte, da musste der Dutzler wieder lachen); wieso wissen wir, dass es von Chymotrypsin gespalten wurde und nicht Trypsin (weil das Modellsubstrat ein Tyrosin hat und Chymotrypsin dieses spezifisch spaltet); dann fragte er mich wie fest verwandt Chymotrypsin und Trypsin sind, da wusste ich nicht so ganz auf was er hinaus wollte, ich erzählte es sind beides Serinproteasen und werden beide im Pankreas hergestellt, er sagte nein ganz allgemein wenn wir 2 Substrate haben wie können wir sie auf Ähnlichkeit testen (der Grosche war bei mir noch nicht gefallen), ja was sind denn diese Enzyme (ja Proteine...aaaha ja natürlich wenn die Aminosäuresequenz, Primärstruktur ähnlich ist); wie wird das Trypsin aktiviert (durch die Enteropeptidase auf der Dünndarmschleimhaut); bei welchem pH arbeiten Chymotrypsin und Trypsin (da sagte ich 12, da lachte der Dutzler wieder einmal, aber da korrigierte ich mich schnell "12..äh nei wart 7....nei nei, 8 ja 8!"); gibt es Enzyme, welche bei tieferen pH-Werten arbeiten (ja Pepsin z.B., dieses wird von HCl aktiviert); dann fragte er mich wie das Pepsin bei so tiefem pH arbeiten kann und ich erklärte weil es aus vielen sauren Aminosäuren besteht v.a. im aktiven Zentrum, doch damit war er nicht so einverstanden, da fand er ich solle doch ein Protein zeichnen (ääähm ok...) "ja zeichnen sie einmal eine Kugel, einen Pacman" (okee....) "ja wo sind jetzt die sauren Aminosäuren" (ja hauptsächlich im aktiven Zentrum [sagte ich doch schonl]) "ja das stimmt ja so"

Alles in allem war der Versuch Schoggi
Herr Lindner lächelte immer nett und auch Herr Dutzler war ein sehr angenehmer Prüfer, aber ich hatte ja auch auf Biochemie gehofft

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Per

17.07.2013 22:58

 hät übrigens en 5.5 gä

Der Junge mit dem Zahnstocher


26.06.2013 14:50 		Aktivität von Kreatinkinase im Serum, Absorptionsspektrum von OxyHb/DesoxyHb, geprüft von Serdscho Gloor

Kreatinkinase Versuch:
- Was haben Sie gemacht? --> Aktivität der Kreatinkinase bestimmt, anhand 3 gekoppelten Reaktionen...
- wieso haben sie nicht nur die erste Reaktion? --> Aktivität wird anhand der Absorption bestimmt von NADred, da die Absorption der KreatinkinaseReaktion keinen Unterschied ergibt, da die Absorption von ADP/ATP praktisch gleich bleibt...
- was absorbiert denn bei ATP und ADP? --> Adenin natürlich
- wie können sie von Absorption auf Enzymaktivität schliessen? --> Lambert-Beer-Gesetz (Was sagen uns die verschiedenen Komponenten etc.? Epsilon spezifisch für jede Wellenlänge...) --> gibt uns die Konzentrationsabnahme des NADred über die Zeit (ist ja messbar wegen zusätzlichem Absorptionsmaximum 340 nm)
- wie ist das Verhältnis der Geschwindigkeiten der 3 Reaktionen --> Kreatinkinasereaktion ist am langsamsten (geschwindigkeitsbestimmend--> egal wo das GGW liegt) die anderen 2 müssen schneller sein

Absorptionsspektren OxyHb/DesoxyHb
- Was sagen uns Absorptionsspektren? --> Reinheit einer Lsg. kann bestimmt werden
- wie sähe die Kurve aus wenn A mit Epsilon ersetzt wird? --> genau glich dängg
- Was genau macht das Natriumdithionit? --> reduziert den Sauerstoff des OxyHb
- wie können sie sicher sein, dass gesmate Anfangsläsung OxyHb war? Blut lange genug stehen gelassen (OxyHb entsteht)
- wie sähe eine Kurve aus mit 50% OxyHb und 50% DesoxyHb? --> geht durch isosbestische Punkte und zwischen den jeweiligen Absorptionsspektren von DesoxyHb und OxyHb durch
- wo können sie bei reiner Lösung überall die Konzentration des Stoffes messen? Überall, besonders gut eignen sich Maxima und Minima (kleinere Fehlerwahrscheinlichkeit)
- wieos ist OxyHb rot, obwohl es bei roten Wellenlängen Absorptionsmaxima hat? Absorbiert alles ausser rot (--> starke Absorption im UV Bereich= Soret Bande) und hat nur "kleine" Peaks im roten Bereich des Spektrums, so erscheint es also rot

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2012

P-TeCH


14.07.2012 03:36 		Substratspezifität von Trypsin und Chymotrypsin und Bestimmung der Gleichgewichtskonstante, geprüft von Lindner, Jelezarov

s'erscht experiment isch in 10 min gmacht gsi, uswertig und so 1:1 wie im praktikum also würkli eazy

- Was ist Verdauung für Sie?
- Was genau sorgt für die Substratspezifität, welche AS sitzen in den hydrophoben Taschen und wieso
- Was 'macht' eine Serinprotease?
- hydrolitische Spaltung erklären, nucleophiler Angriff mit Angriffspunkt (C würde reichen)
- Was absorbiert genau bei NAD+ (Adenin), Was bei NADH (zusätzlich Nicotinamid, konj. DB-System)
- Entsprichen die Substrate den Substraten im Körper? (Nein, da Peptidbindungen absorbieren und somit pH-Messung nicht möglich wäre)

zeichnen & verstehen:
- Peptidbindung
- Aminosäuren Lysin, Arginin
- Esterbindung
- Ablauf der hydrolitischen Spaltung (nucleophiler Angriff skizzieren)

prüefigsgspröch do würkli eazy, hend guet 20 min gredt, sind vil molekulari details gfroget worde aber au paar sehr oberflächlechi froge aso d'vorbereitig ufem blaton langet super!
schueler skript isch sicher au kein fehler, mis wüsse het glanget aber mit chli wüsse über esterbindige und nucleophili aagriff etc oder de korrekte darstellig vo AS gäbts sicher zuesatzpünkt


Bestimmung der Gleichgewichtskonstante (inkl. temperaturabhängigkeit)

experiment isch eigentli simpel, muesch chli vorsichtig arbeite und luege dass nüt durenand bringsch. d'wert vo spektrometer oder wie das teil heisst immer grad notiere will de enzymatisch prozess doch recht schnell isch
und d'lösige nöd wegleere zwüschetdure

s'experiment bestoht us zwei teil
1. Gleichgewichtskonstante berechne:
- Absorption vom Spektrometer
- d'Afangskonzentratione sind bereits vorgeh
- mit formle & verdünningsfaktor GG-Konz. berechne (musterlösig wär so grösseordnig 10^12)

2. Temperaturabhängigkeit vo de GG-Konstante berechne
- Temp. 25, 35, 45 nomol s'glich theater (siehe oben), also inkubiere im Wasserbad, Absorbtion messe und GG-Konz. berechne
- van t'hoff HERLEITEN, de "Afang" d.h. die erscht linie im Skript isch vorgeh
- Temp. Abhängigkeit uf mm Papier "nohwiese", eifach nach van t'hoff ufträge

prüefigsgspröch
- Was sagt uns die GG-Konstante?
- Was passiert wenn die Temp. erhöht wird?
- Wo auf der van t'hoff Gerade liegen nun höhere Temp. wo tiefere und wieso?
- allg. d'Formle usenandgnoh, was im Nenner was im Zähler und wieso

zeichnen & erklären:
- NADH, NAD+ mit Absorptionsspektrum
- van t'hoff

also i han s'experiment durezoge, alli absorbtione notiert und d'glichgwichtkonzentratione berechnet. wiiter bini nöd cho, ha weder e venünftigi GG-Konstante usebrocht no irgendwas nach van t'hoff chöne herherleite, gschweige denn uf mm-Papier überträge - ha denn behelfsmässig eifach d'ordinate (sind vorgeh) zeichnet und beschriftet und irgendwie e gerade i de entsprechende richtig (wie im praktikum halt) anekrizlet
bi denn zimli gnau über d'eigeschafte und sinn vo de GG-Konstante befrogt worde, isch denn bald meh rötle gsi as suscht was für mi, han vo negative GG-Konstante gredt was anschiinend nöd git und willd dur gegend gschätzt woner mi gfrogt het wasi denn für en wert erwartet het - woner denn 5min vor schluss gseh het dassi gar nüt recht berechnet ha heter chli komisch driigluegt, das mitem satz "hmm so schwer war dass doch eigentlich nicht" quitiert und d'ziit isch ume gsi

also wie gseit s'zweit experiment us miner sicht lediglich korrekt duregfüehrt, alles andere nöd z'bruuche gsi - het en 4er geh! YEAH!

d'interpretation überlohni dem wo das liist aber ganz grundsätzlich kein stress wener müeh hend mit rechne; die herre wennd kei nackti zahle oder formle gseh sondern eifach e halbstund über chemie plaudere, han au beidne aagmerkt dass jezz i mim fall schnell gseh hend dass nix ume isch mit mathematischem verständnis für van t'hoff, beidi hend aber voll gstrahlt woni no erwähnt ha dass seb e reziproki darstellig isch und drum hohi temp. nöcher bim null sind etc. - also take it eazy, schlechter as I chönder seb experiment gar nöd bespreche!


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Ralf

14.07.2012 15:30

 chani bestätige...wenn ihr de Lindner hend, hender eifach scho gwunne..
hanen im Winter ka und han nach de befrögig es gfüehl ka, dass ich en 1er han!
abgseh devo, was ich im versuech gmacht han, hani nix gwüsst...het so zügs wele wüsse, was de versuech uusseit und vor allem chemie 1. semester..wtf

schlussendli isch es en 4,5 worde...........................

eli


03.07.2012 17:13 		Aktivierig vo Chymotrypsinogen und Katalase im bluet, geprüft von Frau Honegger, de schueli schreibt nur uf

also d'frau honegger isch e liecht verwirrti Frau wo d'frage stellt und denn zum Schüler lügt, d'frag sich übrigens trotzdem a eu grichtet und löhn eu nöd vo ihrem hervorblickende bh irritiere, shiiit happens!

zur vollstänidkeit erwähn ich nume d'sache wo da no die erwähnt worde sind (warum citrat Blabla wird natürli au gfröget, ahja und s'calcium wird fürs thrombin bruucht, so für die ganz spitzfindige examinatore, messiiii)

chymotrypsinogen:
- anderi Serinproteasene im Körper? boooo, het mier versuecht z'helfe mitem stichwort bluetgrinnig, isch chli peinlich gsi, aber isch halt alles scho z'lang her--> es wär schlussendlich thrombin gsi!
- katalytischi triade? schomal ghört, aber hans wieder vergesse gha
- peptidbindig und alles drum und dra, am beste vorher scho zeichne
- am beste wüsse, was elektophil und nucleophil heisst
- warum verfärbt sich de ragenzgläsli ohni trypsin trotzdem, han chli vermuetige ahgstellt mit Verunreinigung und autokatalyse..

katalase
- wie enstaht wasserstoffperoxid, wemmer das weiss; wie enstaht superoxid--> denn wenns met-häm enstaht
- was für e Reaktion katalysiert d'katalase, wenner dass nöd wüsste denn mühend ier d'OXIDATIONZAHLE vo de Reaktion ufschriebe wtf!
- warum N, benzoyl---> es bindet am N, für alli blitzmerker (han sicher 1min müesse überlegge)
- wieso gits ä schuumbildig? (scho wieder vergässe...) wiiter isch gfröget worde wieso Wasser hinzuegfüegt worde isch (damit de Ery lysiert, durch Osmose. Erylysierig bruncht damit dkatalase frei wird...erst dänn chan Swasserstoffperoxid usgschalte werde -> h202 isch ja eigentli au im ery drin)

fazit; meh gaht uf guet glück ine und hetz s'gfühl me hetz so halbe begriffe, chunnt denn recht verwirrt wieder use!

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eb

26.06.2013 21:57

 note 4.5

sa


03.07.2012 16:20 		13.1 Verdauung von Eieralbumin mit Pepsin / 12.3 Pufferwirkung von Blutproteinen, geprüft von Gloor/Jelezarov

13.1:
Was passiert in den 4 Röhrli und wieso? Was macht Biuret genau? (Komplex mit Peptiden)
sehr viel und genau zu Pepsin: wo wird es hergestellt? (hauptzellen, pepsiongen, autokatalyse) Wieso wirkt es bei tiefem ph? Wie schützt es sich vor dem tiefen ph? (AS mit tiefem pKa aussen) Was würde mit anderen Proteinen passieren bei tiefem ph? Was heisst Denaturierung (genau! Verlust der räumlichen Struktur reicht nicht molekular erklären) Wie sieht es mit den Ladungen auf dem Protein aus? Wann ist es wie geladen? Welche AS sind im aktiven Zentrum? (2 Asparaginsäuren) Wo spaltet es bevorzugt? (zwischen hydrophoben, apolaren) AS. Wie sieht eine Peptidbindung aus? Zeichnen sie mal.. Und wenn Pepsin spaltet, wie sehen die Teilstücke aus?

12.3:
Was puffert denn alles im Blut? Wo ist die Pufferwirkung am besten? (Achtung, nicht reinfallen, die Kurve ist beinahe linear--> es wird also im ganzen Bereich gut gepuffert!) Welche AS puffern wo am besten? (His: 6-7, basisch: Arginin, Lysin, sauer: Aspartat, Glutamat) Was bedeutet puffern molekular gesehen, was passiert denn da? Definition Pufferkapazität? Wieviel His in den Hb-Ketten? Für die Pufferkapazität blieb keine Zeit mehr..

Alles in allem: zum Glück ist es vorbei! Schöööne Ferien :-)

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28.06.2012 18:30 		Oxy/Desoxyhb Absorptionsspektrum und Kreatinkinase enzymaktivität , geprüft von Ma/Frau

Bim Name hani (wie jede s macht wener öpperem vorgstellt wird) nöd zueglost, irgendso en Dütsche und so e Frau wo nebedrah ufgschribe het... mega nett aber hesch eifach nie cheggt uf was er ganu bide frage usewill

Het wele wüsse:
Wie mer überhaupt gseht dases oxyhb isch. hani gseit ich weis das oxyhb 541 und 577 Absorptionsmaximum het und de Photometer het au das ahgeh.
het nöd das wele wüsse. hani gseit am Farbumschlag woni nacher Dithionit dritah han dases blau worde und somit zu desoxyhb worde isch. drum chani devo usgah dases vorher oxyhb gsie isch.
het au nöd das wele wüsse. Den heter gfröget was den no idere Lösig isch. Hani gseit citrat wo kalzium bindet dases nöd grinnt. wo chunt den citrat vor? hani fälschlicherwis gseit im ery. het er gseit nei nöd wüki. hani gmerkt das ide erys ja kei citratzyklus macht, hani den aber au korrigiert. also citrat eigentlich nöd deht ine, isch ebe dezuegeh worde damit s nöd grinnt.. so züg wod eifach normalerwiis usem stehgreif weisch, aber wend den deht hocksch isch d feschtplatte plötzli glöscht naja
heter gseit was isch den no im hb fläschli als oberi schicht hani nöd cheggt waser meint. uf was er vo ahfang ah het usewele, isch, dases auno o2 ide luft obe im fläschli het unds drum oxyhb seg... ahok messi

den heter standardsache über hb gfröget, wases no für arte (meth hb etc.) git, wie ufbaut (2alpha2beta, 4 häm)
wos o2 gnau bindet - ade 6te konjugationsstell vom fe - was den die andere seged: histidin 5te vom globulin und 4x n vom porphyrinring. wo den auno porphyrinring vorchömed wo nöd fe ide mitti händ - hani kein plan gha, han nur die ufzellt wos no fe het (Kathalase (fe3plus), cytochrom c oxidase...) heter gmeint lueg mal use. ich, ide pflanze - wo ide pflanze? hani gseit chloroblaste. heter gseit was bindets denn. hani gseit oeppis anders zweifach positiv gladnigs wie cu oder mg. magnesium het gstumme. heter gfröget wie den das protein heisst im chloroplast. kei ahnig... isch denkt chlorophyll gsie..
nacher ischer drufihgange wie s o2 denn gnau bindet, ich sölli e surstoffsättigungskurve zeichne... han nurno gwüsst dass si sigmoid isch, huere schlecht zeichnet gha... das lieber nomal ahluege.. algemein grüttervorlesige zu hb.

zu kreatinkinase heter fasch kei ziit meh gha, standardzüg gfröget, warum wichtig für mediziner - bi muskelschädigung (herzinfarkt) chunts ENZYM (und nöd kreatinin wie ich gseit han) im bluet vor, suscht nöd. was den mitm kreatinin isch - hani gseit ah genau damit chamer die glomerulär filtrationsrate usrechne, also bi niereinsuffizienz und so.
den bi atp simmer irgendwie druffcho was absorptionsmax. vo atp isch - 260nm weg em adenin. den heter gfröget wo kratinkinase vorchunt bi eus: nöd cytosol sondern mitochondrie, will deht ja atp bildet wird.


versuech nöd eimal ahglueget, am beschte mer tuet eifach nomal die scheiss biochemievorlesige zu hb ahluege und halt immer überlege wo all enzym im körper sind und so...
basics hani mit chline usrutscher chöne drum hoffi scho uf de vierer aber han ghört alli vor mier seged au hert usenand gno worde, also ja, halt biochemie

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amerkig

21.06.2014 16:58

 zude Kreatinkinase, sie gits sowohl i de mitochondrie um Kreatinphosphat z bilde als au im Sarkoplasma um ATP us ADP z regeneriere. (siehe Jele-Vorlesig 1. Jahr Biochemie Muskelzelle)

JPM


26.06.2012 12:55 		Substratspezifität von Trypsin und Chymotrypsin und Bestimmung der Gleichgewichtskonstante, geprüft von Peer Mittl (so ein Norddeutscher) und Dutzler als Co-Examinator

Als erstes Experiment ziehen: hab so ne Karte gezogen mit ner Brücke vorne drauf. Danach Experiment machen. Voll easy, wird alles erklärt, man muss nur den Anweisungen folgen. Danach etwas rechnen, vor allem bei der Gleichgewichtskonstante. Auch das ist kein Problem.

Der Prüfer, der Mittl, hat am Ende von jedem Satz ein merkwürdiges hohes Pfeifen von sich gelassen, als ob das die Frage betonen würde. Wäre ich nicht so nervös, hätte ich sogar gelacht.
Er hat recht viel gefragt zu Strukturen von Aminosäuren, und wollte auch noch eine Menge von dem Zitratzyklus wissen. Sollte man auf jeden Fall noch mal am Abend vor der Prüfung noch mal kurz repetieren. Auch hat er recht viel nach dem Säure-Basen Zeugs gefragt. Er fragte auch wo das ganze Enzym Zeugs im Körper vorkommt, aber hat eigentlich nicht so wirklich viel zu dem eigentlichen Versuch gefragt.

Unterm Strich lohnt es sich auf jeden Fall nochmals kurz den Zitratzyklus anzuschauen, zu wissen wie die Aminosäuren aussehen, und so ein paar Strukturen wie Pyruvat oder Lactat oder NAD zeichnen können.

Bonne Chance!!

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JPM

17.07.2012 10:26

 Note: 4,5

2011

suckerpunch


01.07.2011 17:36 		Katalase im Blut Aktivierung von Chymotrypsinogen, geprüft von Schuler

Wie auf dieser Seite beschrieben, habe ich "Blume im Topf" genommen und sehr leichte Versuche bekommen.

Man hat viel zu viel Zeit, habe deswegen alles das ich weiss aufgeschrieben, zwiebelartig um den Versuch bis hin zu Mikroumgebung und deren Einfluss auf pkA.


Chymotrypsinogen
-was untersucht dieser Versuch?
-was haben sie gemacht?
-weiter Peptidasen (spezifität)
-Enzymaktivität
-Michaelis-Menten
-Absorbtion
-farbänderung erklären

Katalase
-wieso bidest. H20? (lysieren der erys)
-wieso citratblut (binded calcium, keine gerinnung)
-farbänderung erklären
-Hb, komplex, koordinationsbindungen,
-pH-Einfluss auf O2 Affinität
-wo bindet H im Hb?


ALGMEIN: Er fragt manchmal bis man nicht mehr weiter weiss, denke das sind dann bessere noten.
SCHULERSKRIPT MOLBIOCHIE: Kapitel: ProteinA+B, AS, Thermodynamik, EnzymA+B
BAICI VERDAUUNG: Kapitel Verdauung

Sehr freundlich, hilfreich, zeigt ob er zufrieden ist oder nicht, zeigt das etwas eine 6er Frage wäre.


Blumentopf

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Anonym

17.01.2013 17:02

 note 5.5

2010

me you them everybody everybody


21.07.2010 09:06 		chymotrypsin/trypsin substratspez. - gg-konstante von kreatinkinase und temp.abhängigkeit, geprüft von

sie liessen mich reden, war angenehm.
er wollte wissen wieso wir eine farbänderung sehen.
ich erzählte von den enzymen, was sie normalerweise machen, zeichnete das substrat (n-benzoylusw.) bezeichnete die gruppen (benzoyl, ester usw) und erklärte was das tolle am substrat ist (keine pufferung der h+ ionen von carbonsäure)
dann fragte er mich ob die reaktion physiologiesche bedeutung habe, ich nein, im körper werden ja peptide gespalten. er war nicht einverstanden, dann sagte ich: um die substratspez. eines enzyms im labor zu bestimmen, das fand er gut.
frage: wieso können wir hier einfach ester nehmen. ich: weil ester und amid/peptidbindung ähnlich aussehen, beide elektrophiles c haben, und die serinproteasen nucleophil sind. frage: wie wird substratspez. erreicht. ich: p1 tasche mit (bei trypsin) asp (für negative basische as) und bei chymotrypsin hydrophobe as (für die hydrophoben: phe, tyr, trp), das katalytische zentrum ist für die reaktionsspezifität. er: wieso können wir ph messen obwohl wir einen puffer haben. ich: der puffer ist schwach. können Sie das beziffern? ich: puffer 4mM substrat 8mM und weil die Reaktion so freiwillig ist wird das ganze Substrat reagieren. Er hat gelächelt und gefragt was so freiwillig heist. ich wollte mit gibbs energie beginnen aber er wollte nur hören das das gg auf der rechten seite liegt.

gg-konstante:
man beginnt mit nur produkten und verfolg die bildung des substrats, mittels massenwirkungsgesetz kann man auf die gg-konstante schliessen. nadh konnte ich zeichnen (mit "adp-ribose-" und den ring ganz gezeichnet, fand er geschickt gemacht=) dann die tempabh. : wenn die temperatur steigt und das gg sich nach links verschiebt handelt es sich um eine exotherme reaktion. er wollte wissen wie man die lineare aufzeichnung erhält, ich habe es ansatzweise aus den 2 gegebenen gleichungen für gibbs energie gezeigt. ich habe ihm dann noch erklährt wieso pyruvat zu lactat reagieren soll (um nadh/reduktionsäquivalent loszuwerden damit nad+ wieder zur verfügung steht) und dann wollte er noch wissen wie pyruvat denn normalerweise weiterreagiert, ich: es geht in den citratcyclus. er wie. ich: als pyruvat... dann nach einiger zeit ist mir eingefallen: als acetyl - coA, ein co2 geht weg (die guten alten grauen zellen haben mich nicht im stich gelassen=)

er war zufrieden und ich konnte gehen.

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Blues Brothers

21.07.2010 17:21

 everybooody needs somebody
SoulMan

22.07.2010 15:14

 fettistisch!

Mitaros


20.07.2010 13:21 		Katalase und Aktivierung von Chymotrypsinogen, geprüft von Unbekannter

habe das grosse los gezogen! die einfachsten beiden versuche meiner meinung nach. bist nach 15 minuten fertig und die einzige bleibende herausforderung ist, als erster dranzukommen. hat aber auch geklappt.

der prüfer war ok, so ein deutscher unbekannter. hat zwar mit der zeit dinge vom ersten jahr gefragt, da ich aber die grundlagen konnte wars sicher nicht schlimm, dass ich da keinen blassen hatte. also konkret wollte er wissen wo's sonst noch häm gibt (cytochrom wollte er hören und was die funktion von dem ist). dann bei der verdauung wollte er noch über andere verdauungsenzyme und klassen etwas hören. bei jedem fucking enzym wollte er wissen wie genau es funktioniert. und immer betont, dass das im skript stehe. auf meine frage welches skript, hat er geantwortet das vom praktikum, also eigentlich das von der vorlesung. welche vorlesung hab ich dann nicht gefragt, wahrscheinlich schuler oder jelezarov oder was auch immer. aber tut euch das nicht an, für die grundlagen muss er eine genügende note geben. der kann ja irgendwas fragen.

dass er mich nach 20 minuten gehen lassen hat, deute ich als gutes zeichen.
nützlich ist auf jeden fall, wenn man alle moleküle die man kennt, die vorkommen, zeichnet. vor allem der tyrosinethylester war wichtig. das häm hat er auch zur kenntnis genommen.

und noch was: die tulpe mit topf kommt zweimal vor. ich hab keine von beiden gezogen und trotzdem die guten versuche gehabt. also nicht darauf gehen, der ders gezogen hat hatte enzyme.

machts noch gut - ich verzieh mich mal in die grünen ferien.

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zb

20.07.2010 13:47

 hatte den deutschen biochemiker auch den letzten semester. fragt viele verständnisfragen aber benotet sehr mild. man kommt sehr schnell auf eine 5.

nv


19.07.2010 13:04 		Chymotrypsin, Trypsin und Vant Hoff, geprüft von Gloor

Tja das war wohl nicht mein Tag.
Die Versuche sind sehr schnell durchgeführt. Alles kein Problem. Das Rechnen bei Vant Hoff ist dann schon schwieriger. Die Anfangskonzentrationen sind gegeben, Gleichgewichtskonzentrationen und Konstante ausrechnen. Dann soll man noch den Graph aufzeichnen und die vant hoff Gleichung herleiten. Gegeben sind die beiden G0-Gleichungen.
Komisch war bei mir, dass die GG-Konstante sehr gross war. Hat mich ein wenig verunsichert, wir sind an der Prüfung aber nicht drauf eingegangen, daher weiss ich auch nicht obs stimmt.

Der erste Versuch war auch in der Prüfung nicht so schwierig. Geholfen hat, dass ich die Verbindungen aufgezeichnet habe. Dann sind wir auf die Bindungen eingegangen. Wo wird gespalten, warum. Warum sieht man einen Farbumschlag trotz Puffer (Kapazität erschöpft).

Dann vant hoff. was ist geschehen. Funktioniert die Reaktion in beide Richtungen. In welcher richtung wird GG schneller erreicht? exotherm / endotherm. Warum? Graph. was kann man daraus lesen. Was sagt die Steigung aus.

Alles weiss ich nicht mehr. Gloor war sehr sehr fair und hat mir viel geholfen. Wenn man etwas nicht weiss, wird gemeinsam versucht es herzuleiten.
Weiterhin viel Glück, bald ist es vorbei!

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Nikolaus

19.07.2010 19:05

 klingt ja gar nicht mal so schlecht. vielleicht wars doch dein tag!

TTT


17.07.2010 13:28 		12.4 Absorptionsspektrum von Hämoglobin, 6.1 Aktivität von Kreatinkinsase im Serum, geprüft von Schuler, Experte: ?

12.4
Wichtig zum Versuch ist, dass ihr beide Absorptionskurven selbst auf Millimeterpapier zeichnen müsst. Dabei sollten sich die Kurven an verschieden Stellen kreuzen: Überlegt euch was diese Kreuzungen bedeuten und wozu sie gut sind!!!
-Was haben Sie untersucht und wieso?
-Wieso unterschiedliche Absorptionsspektren von Oxy- und Desoxyhämoglobin?
-Muss man dass spektrometrisch messen damit man einen unterschied sieht?
-Was ist Absorption? (A= ?cd bzw. A = log (Ieintretend/Iaustretend)) -> das wollte er ziemlich genau wisse, hatte leider ein riesiges durcheinander.
-Hämoglobin zeichnen (???) -> einfach mal schematisch mit zwei ?- und zwei ?- untereinheiten und ihren Häm-Taschen. Das Häm selbst hatte ich schon gezeichnet.
-Erklären was genau absorbiert, und wieso etwas überhaupt Licht absorbiert? (Lambert-Beer)
-Was ist denn ein Hämoglobin ohne Häm und was für eine Farbe hat es? (???? Habe einfach mal Globin gesagt und gemeint es sei farblos.
Zum "farblos" hat er gemeint, das wäre nicht schlecht, aber dann wollte er wissen, ob den Proteine ohne prosthetische Gruppen (oder so) auch absorbieren. -> Ja die aromatischen, aber die absorbieren im UV-Bereich (!!!) deshalb farblos (fürs Auge) (hab ich leider zu spät geschnallt).
-Wie kann man das gesamte Hämoglobin in der Lösung bestimmen?
1. alles Hämoglobin in Desoxyhämoglobin umwandeln und dann mittels Lambert-Beer die Konzentration bestimmen. -> Hat gesagt, das wäre eine Möglichkeit, wollte aber noch eine hören.
2. Hatte keine Ahnung, er hat mir dann etwas auf die Sprünge geholfen und wir sind dann auf die Kreuzungspunkte der Kurven gekommen, weil dort die Absorptionskoeffizienten für beide gleich (???) sind.

6.1
- Wieder: Was haben sie untersucht und wieso?
- Wieso NADred?
- Was bedeutet Enzymaktivität (umgesezte Substratmenge pro Zeit) und wie bezeichnet man das in der Chemie? -> Wäre Reaktionsgeschwindigkeit gewesen (stand aber mal wieder auf der Leitung).
- Wieso ist es wichtig die Aktivität der Kratinkinase bzw. ihre Konzentration zu bestimmen? -> wollte es ganz spezifisch für Kratinkinase wissen: ist z.B. erhöht bei Muskelschäden (Herzinfarkt!!!)!
- Und dann kam er mit Km! (:-()
-> Was bedeutet Km? Was bezeichnet es? Wie kann man Km bestimmen (graphisch!!!)? Wozu ist es gut? etc.

Allgemein:
Schuler war sehr freundlich. Er hat faire Fragen gestellt, manchmal sogar so einfache, dass ich nicht verstanden habe was er jetzt will. Der Experte hat nichts gefragt und meine Berechnungen wurden auch nicht angeschaut. Die Experimente waren einfach und schnell erledigt.

Fazit: Die Prüfungsatmosphäre war sehr angenehm. Habe mich viel besser gefühlt als bei meinem letzten Abenteuer ins Land der Biochemiemündlichen im Winter.

PS.: Es lohnt sich bei einigen Themen noch schnell ins Schuler Skript zu schauen ;-)

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DT


16.07.2010 17:05 		Katalase, Chymotripsinogen, geprüft von Jelenzarov, Experte: Fr. Dreier

Chymotripsinogen:
zunächst Röhrli erklären. Was wo passiert. Wie genau wird chymotrypsinogen aktiviert (keine Ahnung!). Was könnten Uraschen sein, dass Chymotrypsinogen alleine auch färbt. Was für eine Art Protease ist es? (Serinprotease) Wo wird Chymotrypsinogen hergestellt? (Pankreas) Warum wird Chymotrypsinogen nicht aktiv hergestellt? Ich hatte die Formeln alle bereits aufgezeichnet, was sich als hilfreich erwiesen hat. Mit diesen konnten wir anschhliessend arbeiten. Auch eine Peptidbindung zeichnen (Daran denken, dass es NH ist und nicht nur N - hatte ich vergessen). Warum kann es auch einen Ester spalten, wenn es eigentlich für Amidbindungen gemacht ist? (Da das C dennoch elektrophil ist... Elekrophiler Angriff der Serinprotease...) Uhh, und natürlich die Pufferfrage: Wieso wird trotz des Puffers ein Farbumschlag entstehen? Nicht etwa, weil Tris-HCl ein schlechter Puffer ist, sondern wegen der unterschiedlichen Konzentrationen von Puffer und dem Ester!

Katalase:
Wieder beschreiben was in den verschiedenen Röhrli passiert. Nachgefragt bei unklarheiten.
Wieso gibt es Schaum? Es ist NICHT wegen des Sauerstoffes, warum wusste er auch nicht, eventuell wegen Proteinen?
Was ist passiert als wir das Wasser zu dem Blut gegeben haben (oder umgekehrt?). Erys sind lysiert! Wichtig, da sonst das H2O2 gar nicht angreifen könnte.
Beim Ansatz B zunächst braun (weil Fe2+ zu Fe3+) aber später wird es weiss, warum? (Porphyrinring wird zerstört!)
Wie funktioniert die Katalase genau? und wie hemmt Natriumazid (oder wie es heisst)? ersteres wusste ich nicht. Zweiteres mit Hilfe: Katalase hat häm als prosthetische gruppe, Natriu... nimmt Bindungsstelle ein und somit funktioniert es nicht mehr.

Alles in allem: Angenehme Atmosphäre, sehr nette Professoren... bei Unsicherheit wird gerne nachgeholfen. Er möchte, dass man selbst denkt und hilft einem dabei, wenns mal happert.
Viel Erfolg euch allen noch beim Lernen!

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Anonym

16.07.2010 19:08

 wieso es schaum gibt? nicht ausschliesslich wegen sauerstoff, aber mitbeteiligt ist er allemal.. die proteine sind schuld, die haben eine art surfactant wirkung, wodurch die schaumbildung erst ermöglicht wird.
peace and out
Sko

17.07.2010 12:28

 das müsst me mal de Tutore erkläre wos praktikum leitet!!

han scho vo paarne ghört das sie das de prüefer gfrägt hät, und O2 lönds nöd gelte, werded mitlerwiele sogar hässig wenn das seisch!

händ glaub scho vo es paarne di falsch antwort becho
Anonym

18.07.2010 20:43

 haha, guete witz.. einigi tutore i de biochemie sind da, zum ufpasse, das mir nöd s labor id luft jaged oder am zyankali nuggeled.. aber für meh chasch diä nöd bruche (und minnere meinig nah, sötts lösigä ghä, wenigstens für d tutore.. aber anyway..)
Mitch

28.06.2011 11:56

 Schaumbildung:
Proteine wirken als Detergenz, wie z.B. auch Seife!
Mitch

28.06.2011 11:58

 Schaumbildung:
Proteine wirken als Detergenz, wie z.B. auch Seife!

Trick Track


15.07.2010 23:10 		Tipp, geprüft von egal

bi biochemie muess mer ja es chärtli zie wie bie physiologie au, nur isches bi biochemie e so, das die chärtli es muschter druff händ, ich han mer jetzt mal das muschter gmerkt!!

also die wo jetzt no biochemie händ, nämed eifach das chärtli mitem Topf und de Tulpe drin dän händer dä versuech 12.1 und 13.3 , das isch "katalase im bluet" und "d'aktivierig vo chymotrypsinogen"

beides huere eifachi versüech und ihr münd gar nüt rechne :-D

tüend eu eifach mal uf die 2 Versüech guet vorbereite und probierets us, ich glaub nämli nöd das sie die chärtli ustusched und wenn doch den händer au nüt verlohre!

vill erfolg

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Tegi

16.07.2010 17:01

 Vielen Dank. Die anderen Symbole wären auch noch interessant ...hehehe ;-). Weiss eigentlich jemand, ob nun die weissen Bälle (Biochemie, oder?) rau oder glatt sein sollen? Hat das jemand ausprobiert oder Gerüchte?
Sko

16.07.2010 17:04

 ich glaube rau ist "weiss"

bei einer mitstudentin hats geklappt "anscheinend"
Anonym

10.07.2016 18:12

 sie wechsled d Chärtli jedesmal, hett ja dänn e Nummere druf und die isch jedesmal en andere versuechsplatz....

Trick Track


15.07.2010 23:10 		Tipp, geprüft von egal

bi biochemie muess mer ja es chärtli zie wie bie physiologie au, nur isches bi biochemie e so, das die chärtli es muschter druff händ, ich han mer jetzt mal das muschter gmerkt!!

also die wo jetzt no biochemie händ, nämed eifach das chärtli mitem Topf und de Tulpe drin dän händer dä versuech 12.1 und 13.3 , das isch "katalase im bluet" und "d'aktivierig vo chymotrypsinogen"

beides huere eifachi versüech und ihr münd gar nüt rechne :-D

tüend eu eifach mal uf die 2 Versüech guet vorbereite und probierets us, ich glaub nämli nöd das sie die chärtli ustusched und wenn doch den händer au nüt verlohre!

vill erfolg

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zl


15.07.2010 18:27 		eieralbumin und pufferkapazität vom hämoglobin, geprüft von ?

-unterschied denaturierung, ausfällen
-peptidbindung zeichen und spaltung pepsin erklären
-primär, sekundär, tertiär, quartiärstruktur erklären und wo welche bindungen zusammenhalten
-biuret, was ist das , wieso absorbiert es

-wieso puffert hämoglobin so gut (histidn, hohe konzentration)
-wieso puffern andere aminsäuren nicht
-wie wird pka von umbgebung beeinflusst
-adere wichtige puffersysteme das körpers erklären und wie wie funktionieren
-wieso puffern albumin und igG schlechter als hämoglobin

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Anonym

15.07.2010 21:41

 gleicher versuch, gleiche fragen, bei mir war der prüfer gehring, coexaminator mitte (unbekannter). lohnt sich, nochmals kurz die AS durchzuchecken, bei mir sind sie da recht drauf eingegangen(pka, ladung, etc....schuler script!), ansonsten eher verständnisfragen (wofür braucht der körper das?)
rolf

24.06.2012 14:37

 wieso puffern andere aminosäuren nicht? o_o
fluppi

03.07.2012 08:20

 Die puffern auch. Einfach nicht im physiologischen Bereich.

IgG und Albumin haben je nur ca. 2% Histidinseitenketten. Darum puffern sie weniger gut.
Der Unterschied zwischen IgG und Albumin liegt noch darin, dass die Histidinseitenketten bei IgG weniger gut zugänglich sind als bei Albumin.

j.lo


15.07.2010 12:00 		hb-pufferkapazität und eieralbumin, geprüft von gloor

angefangen mit pepsin versuch. fragen zur methodik und zum vorgehen. warum absorbiert die lösung mit pepsin? 0.1M hcl: welcher ph ist das? warum denaturieren proteine bei tiefem ph? warum denaturiert das enzym pepsin nicht? ist der ph im magen tief wegen dem pepsin? oder umgekehrt? Er wollte hören, dass pepsin durch säure aktiviert wird. wie kommt diese aktivierung durch den ph zustande?

Hb-titration. vergleich der beiden titrationskurven von Hb und NaCl (anders als im praktikum). warum puffert Hb über den ganzen Ph-bereich gut? wie kann die mikroumgebung einer seitenkette im protein deren pka verändern(schuler-script!!). dies wollte er ganz genau wissen. ich wusste nur das der pka von den ladungen der benachbarten seitenketten abhängt. den genauen zusammenhang haben wir danach zusammen erarbeitet. er gab mir ein paar inputs worauf ich dann doch noch zur gewünschten lösung kam.

komisch: ich musste nicht eine struktur zeichnen..

insgesamt sehr freundliche und angenehme atmosphäre. es war nicht einfach ein dummes abfragen nach irgendwelchen details ( wie man es von anderen gehört hatte). mehr ein gespräch auf augenhöhe mit dem ziel zusammen einen zusammenhang zu erarbeiten. nach all den schlimmen geschichten eine positive erfahrung.

viel glück euch allen

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rm


14.07.2010 12:34 		Verdauung Pepsin und Blutpufferung, geprüft von Jelezarov und anderer

Was macht Pepsin? Sind auch einzelne AS im Überstand (ja aber wenig, Endopeptidase)? Können diese durch Biuret nachgewiesen werden (nein, nur Peptidbindungen)? Was macht Biuret (Cu-Komplex mit NH an Peptidbindung)? Warum ist Eieralbumin verklumpt (Seitenketten mit gleichen Eigenschaften sind durch hohe Hitze (Denaturierung) nicht mehr abgeschirmt, Aggregation)? Andere Verdauungsenzyme (Trypsin, Chymotrypsin)? Welche AS spalten diese (Lysin/Arginin, Phenylalanin/Tyrosin/Tryptophan)?

Warum puffert Hb (Histidin, pKs zwischen 6 und 7)? Was ist ein pKs (AS gleichermassen protoniert und deprotoniert)? Welche AS puffern in welchem Bereich (basisch: Lysin, Arginin, Histidin, sauer: Aspartat, Glutamat)? Wie kommt eine Pufferung allgemein zustande?

Insgesamt war der Prüfer sehr fair, hat praktisch nur Dinge im theoretischen Dunstkreis der Versuche gefragt...

Viel Erfolg!

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ak


13.07.2010 16:58 		Chymotrypsinogen/Trypsin und Katalase, geprüft von Schuler

Allgemein: Versuch sehr detailiert erklären können ( will ganz genau wissen wo nun was herkommt (z.B. H+) , welche Bindungen etc. ) und nicht irritiert sein wenn man nach 5s mitten im Satz schon wieder unterbrochen wird

Fragen:

Wie wird ein Zymogen aktiviert (allgemein)?
N-Benzoyl-L-Tyrosinethylester zeichnen, wo schneidet Chymotrypsin, Esterbindung, Endprodukte zeichnen und benennen
Wieso Farbumschlag (sauer werden) trotz Puffer?

Struktur von MetHb beschreiben oder zeichnen (beschreiben war ihm zu ungenau (wie eigentlich alles) also hab ichs gezeichnet)
Wie entsteht MetHb, Mechanismen zur Elimination?
Vorkommen von Natriumazid,wo?
Struktur von Hämoglobin, wo bindet der Sauerstoff? Wie nennt man die Ringe?
Was kann im menschlichen Körper ausser Eisen noch so alles oxidiert werden, jetzt denken Sie mal ein wenig weiter...

Extrem unangenehme Befragungsmethoden, ist ihm alles zu ungenau oder stimmt zwar, hätte er aber anders gesagt. Daher-wenn ihr von ihm befragt werdet auf keinen Fall wage Begriffe verwenden. Fazit: ging guter Dinge in die Befragung, kam einen Kopf kürzer raus.

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ak

14.07.2010 17:48

 sorry war wohl etwas ungenau formuliert.
ganzes Häm mit Porypherinring zeichnen, Bindungstelle zu O2 und Globulin einzeichnen (einfach auf die andere Seite ein Histidin zeichnen),
Struktur von Hämoglobin beschreiben ( 2x alpha globulinkette,2x betaglobulinkette, 4 Häm, 4 O2 können gebunden werden)
ak

14.07.2010 17:50

 sorry war wohl etwas ungenau formuliert.
ganzes Häm mit Porypherinring zeichnen, Bindungstelle zu O2 und Globulin einzeichnen (einfach auf die andere Seite ein Histidin zeichnen),
Struktur von Hämoglobin beschreiben ( 2x alpha globulinkette,2x betaglobulinkette, 4 Häm, 4 O2 können gebunden werden)

k


13.07.2010 11:11 		katalase, chymotrypsin, geprüft von ? hatten wir noch nie

häm zeichnen + tyrosin mit benzogruppe zeichnen. aminosäuren zeichnen. ok. katalytische trias: histidin, asparginsäure, serin. stellte aber leider nur fragen zum 1. jahr: nucleophiler angriff, alle gruppen bennenen (NH, NH2, -O-, -N-, Carboxylgruppe); unterschied Peptidbindung/ Esterbindung. Fand die Prüfung insg. nicht sehr fair (wollte nichts über SOD, OH', andere Hb-Formen, Funktion der Absorption, Verdauungsvorgänge... wissen); Liegt aber sicher am Prüfer. giel vlück!

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cu

14.07.2010 15:29

 häm oder hämoglobin zeichnen? also der ganze porphyrin ring und so? oder nicht
Anonym

14.07.2010 15:46

 Häm sollte reichen :-D


12.07.2010 19:21 		"Aktivität von Kreatinkinase im Serum" + "Absorptionsspektrum von Hämoglobin", geprüft von

Leider hab ich dieses Jahr den weissen Ball erwischt !

zum Glück konnte ich einigermassen die Versuche durchführen, kam aber auf völlig falsche Resultate, hat aber die Prüfer nicht weiter gestört!

Viele Fragen über Hämoglobin : was absorbiert genau beim Hämoglobin,
aus was besteht es genau -> musste ein Häm aufzeichnen , dannach wollte er wissen welche AS absorbieren und wiso genau (aromatische mit Ring) und allgemein wiso ihrgendetwas überhaubt absorbiert!
viele Fragen über das 1. Semester Chemie (wtf)

zum Versuch mit der Kreatinkinase sind wir dann nur kurz eingegangen, er wollte das ich ein Kreatin zeichne (keine Ahnung)

unter anderem wollte er noch wissen wo überall kreatinkinasen vorkommen!
->Signaltransduktion

was heisst NADred ? (keine ahnung wie man das ausschreibt!! )

naja einige Sachen wusste ich aber viele auch nicht : Fazit -> zum Teufel mit der Biochemie !!!

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